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Version 64 (Etienne Pallier, 03/23/2015 09:46 am)

1 1 Etienne Pallier
h1. Wiki
2 1 Etienne Pallier
3 8 Etienne Pallier
{{toc}}
4 3 Etienne Pallier
5 35 Etienne Pallier
---
6 35 Etienne Pallier
7 35 Etienne Pallier
h2. DEPOT SVN
8 35 Etienne Pallier
9 35 Etienne Pallier
(cliquer sur l'onglet Dépôt)
10 35 Etienne Pallier
11 35 Etienne Pallier
 * URL du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk/
12 35 Etienne Pallier
13 35 Etienne Pallier
 * Administration du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu
14 35 Etienne Pallier
15 35 Etienne Pallier
 * Administrateur : Etienne Pallier
16 35 Etienne Pallier
17 35 Etienne Pallier
 * Groupes :
18 35 Etienne Pallier
   * grp-admin-chemcam : Admin du dépot CHEMCAM (RW sur racine).
19 35 Etienne Pallier
   * grp-chemcam : Les développeurs de CHEMCAM (RW sur branches).
20 35 Etienne Pallier
   * On peut également créer un groupe grp-readonly-chemcam (et mettre les droits en read-only sur tout le projet)
21 35 Etienne Pallier
22 35 Etienne Pallier
 * Ajout d'utilisateurs 
23 35 Etienne Pallier
24 35 Etienne Pallier
  * On peut ajouter des utilisateurs extérieurs via l'interface web, puis les ajouter dans les groupes (en tant que "Utilisateurs affectés").
25 35 Etienne Pallier
  * Dans le cas des utilisateurs IRAP, il faut qu'ils se connectent une première fois sur https://usvn-idems.irap.omp.eu avec leur login/mdp IRAP avant de pouvoir être affectés dans les groupes du repository.
26 35 Etienne Pallier
27 35 Etienne Pallier
 * Dashboard : le dashboard du projet est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu (=interface de gestion des utilisateurs, groupes et droits d'accès sur le repo, et également navigateur/explorateur du repo)
28 35 Etienne Pallier
29 35 Etienne Pallier
 * Accès : Le repo SVN est accessible depuis partout dans le monde (svn-over-https only), la racine du repo est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/chemcam/
30 11 Etienne Pallier
31 42 Etienne Pallier
 * TODO: passer sur SourceSup : https://sourcesup.renater.fr, https://sourcesup.cru.fr/
32 41 Etienne Pallier
33 12 Etienne Pallier
---
34 11 Etienne Pallier
35 11 Etienne Pallier
h2. SPECIFICATIONS
36 1 Etienne Pallier
37 11 Etienne Pallier
38 12 Etienne Pallier
h3. Schéma de connexion
39 11 Etienne Pallier
40 11 Etienne Pallier
PcEGSE <==RJ45==> EGSE <==serial==> ChemCam
41 11 Etienne Pallier
42 11 Etienne Pallier
ChemCam (garde tous les spectres en RAM) : serial==> BU (Body Unit) <== MU (Mast Unit)
43 11 Etienne Pallier
- MU : fait les tirs
44 11 Etienne Pallier
- BU : analyse les spectres
45 11 Etienne Pallier
46 11 Etienne Pallier
SOH (Spectra O? HK)
47 11 Etienne Pallier
48 30 Etienne Pallier
h3. Types d’observations
49 30 Etienne Pallier
50 30 Etienne Pallier
(sur la ligne DOLIBS modifier controlWord)
51 11 Etienne Pallier
52 11 Etienne Pallier
Bit # 	Bit Value	Fonction si activé
53 11 Etienne Pallier
-----	---------	------------------
54 11 Etienne Pallier
55 11 Etienne Pallier
0		1	 	Do focus : effectuer une focalisation (voir focusAlgorithm)
56 11 Etienne Pallier
57 11 Etienne Pallier
1		2	 	Pre dark spectra : acquisition d’un spectre dark AVANT les tirs
58 1 Etienne Pallier
59 11 Etienne Pallier
2		4 		Post dark spectra : acquisition d’un spectre dark APRES les tirs
60 11 Etienne Pallier
61 20 Etienne Pallier
*3		8 		Enable laser : effectuer un (des) tir(s) laser (voir Nshots) (sinon, c'est un DARK)*
62 11 Etienne Pallier
63 11 Etienne Pallier
4		16 		Collect spectra : acquisition de spectre pendant les tirs
64 11 Etienne Pallier
65 11 Etienne Pallier
5		32 		BS
66 11 Etienne Pallier
67 11 Etienne Pallier
68 14 Etienne Pallier
=> 25 = 1+8+16 = tir avec laser
69 14 Etienne Pallier
=> 17 = 1+0+16 = tir sans laser (DARK)
70 11 Etienne Pallier
71 11 Etienne Pallier
Bits 0 et 1 pas utilisés !!! :
72 11 Etienne Pallier
Le mode (Bit0 ET Bit1 activés) ne fait pas des darks after et before satisfaisant donc on le fait séparément en faisant un spectre sans enable laser,
73 1 Etienne Pallier
ce qui génère tous ces spectres avec un controlWord =17 dans la liste.
74 11 Etienne Pallier
75 31 Etienne Pallier
h3. Fichier spectre
76 11 Etienne Pallier
77 11 Etienne Pallier
Suite d'intensités pour chaque canal (dans l'ordre 0, 1, 2, 3, ... 6444)
78 11 Etienne Pallier
A représenter sur axe 
79 11 Etienne Pallier
- X : channel number, assimilable à longueur d'onde : 0 à 6444
80 11 Etienne Pallier
- Y : intensité
81 11 Etienne Pallier
82 11 Etienne Pallier
Si fichier DARK, alors intensités (à peu près) constantes (toutes égales) :
83 14 Etienne Pallier
=> donne le bruit de fond de l'instrument, puisque on a zero lumière
84 1 Etienne Pallier
85 32 Etienne Pallier
h3. Stratégie de développement
86 13 Etienne Pallier
87 11 Etienne Pallier
Prendre le last stack only
88 11 Etienne Pallier
89 11 Etienne Pallier
Lire fichier *_spect.TXT et *_SOH.TXT associé (celui qui est juste avant, < 5mn avant)
90 11 Etienne Pallier
91 11 Etienne Pallier
1 fich/jour
92 11 Etienne Pallier
93 11 Etienne Pallier
Methods to write :
94 11 Etienne Pallier
95 11 Etienne Pallier
findSOH(liste des *SOH.TXT du jour, spect.TXT)
96 16 Etienne Pallier
=> convertit les noms SOH en timestamps, trouve le SOH qui est juste avant le spect.TXT (< 5mn avant)
97 11 Etienne Pallier
98 11 Etienne Pallier
findDARK(liste des *spect.TXT (dark), le spect.TXT pour lequel on veut le dark)
99 16 Etienne Pallier
=> retourne le fichier dark qui est juste après (<5mn) (mais, peut être before...)
100 16 Etienne Pallier
=> regarde un peu autour (avant et après)
101 11 Etienne Pallier
102 11 Etienne Pallier
findAutofocus(...)
103 16 Etienne Pallier
=> *_afocus.TXT (juste prendre son nom, pas son contenu), qui est AVANT
104 11 Etienne Pallier
105 15 Etienne Pallier
h3. EXEMPLE DE FICHIER RESULTAT (LOG) A OBTENIR (1 par jour)
106 11 Etienne Pallier
107 11 Etienne Pallier
data_Feb25_2014_5 
108 11 Etienne Pallier
firstfile = Feb25_161115_2014_spect.TXT
109 11 Etienne Pallier
lastfile = Feb25_162059_2014_spect.TXT
110 1 Etienne Pallier
111 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, 
112 1 Etienne Pallier
113 11 Etienne Pallier
// from *_SOH.TXT file :
114 15 Etienne Pallier
nbStacks					// Nb de stacks (indiqué par le nb occurences de "mast SOH" qui indique le début d'un nouveau stack) - Prendre seulement les HK du LAST stack
115 1 Etienne Pallier
temp_laser_min(degC), temp_laser_max(degC),	// prendre min et max des 4 HK_Temp_Laser_1-4
116 15 Etienne Pallier
temp_spect(C), 					// Spectrometer_Temp
117 15 Etienne Pallier
pm(cnts), 					// Motor_Position
118 11 Etienne Pallier
119 11 Etienne Pallier
// from *_spect.TXT file :
120 15 Etienne Pallier
dist(mm),					// distance to target distToTarget
121 15 Etienne Pallier
nshots, 					// (Nshots) ajouter ici "nshots_real" car le laser fait parfois plus de shots que prévu (erreur) (lire 1ère ligne pour savoir le nb de col)
122 15 Etienne Pallier
controlWord, 					// 25 = tir avec laser,  17 = tir sans laser (DARK)
123 15 Etienne Pallier
data_mean,					// moyenne des data \ nbshots reels (= intensité moyenne ?) (à lire from >>>>>Begin Processed Spectral Data<<<<<)
124 15 Etienne Pallier
dark_file, 					// remplacer par dark_file_before, dark_file_after (file name)
125 15 Etienne Pallier
mean_spect_value - dark				// (= data_mean - ???)
126 11 Etienne Pallier
127 11 Etienne Pallier
128 11 Etienne Pallier
// Liste des fichiers *_spect.TXT associés avec leurs paramètres HK (trouvés dans *_SOH.TXT) :
129 11 Etienne Pallier
130 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, nbStacks, temp_laser_min, temp_laser_max, temp_spect, pm, dist(mm), nshots, controlWord, data_mean, dark_file_before, dark_file_after, mean_spect_value - dark
131 11 Etienne Pallier
132 11 Etienne Pallier
  1 Feb25_161115_2014_spect.TXT 161055 nbStacks 4.25 5.44 30.15 5499 3000 10  25   677.39 161142 dark_file_after 50.28 
133 15 Etienne Pallier
  2 (D)Feb25_161142_2014_spect.TXT 161132 4.29 5.48 30.15 5499 3000 10  17   627.11 -        627.11 
134 11 Etienne Pallier
  3 Feb25_161243_2014_spect.TXT 161210 4.29 5.33 30.15 5444 2951 10  25   649.07 161307    19.72 
135 11 Etienne Pallier
  4 Feb25_161307_2014_spect.TXT 161257 4.25 5.55 30.15 5444 3000 10  17   629.35 -        629.35 
136 11 Etienne Pallier
  5 Feb25_161339_2014_spect.TXT 161329 4.25 5.59 30.15 5454 2959 10  25   674.78 161404    43.76 
137 1 Etienne Pallier
  6 Feb25_161404_2014_spect.TXT 161353 4.29 5.52 30.15 5454 3000 10  17   631.02 -        631.02 
138 1 Etienne Pallier
  7 Feb25_161435_2014_spect.TXT 161425 4.21 5.55 30.15 5463 2967 10  25   693.77 161500    60.76 
139 11 Etienne Pallier
  8 Feb25_161500_2014_spect.TXT 161450 4.33 5.59 30.15 5463 3000 10  17   633.01 -        633.01 
140 11 Etienne Pallier
  9 Feb25_161532_2014_spect.TXT 161521 4.29 5.59 30.15 5473 2975 10  25   703.08 161556    68.71 
141 11 Etienne Pallier
 10 Feb25_161556_2014_spect.TXT 161546 4.36 5.52 30.15 5473 3000 10  17   634.36 -        634.36 
142 11 Etienne Pallier
 11 Feb25_161646_2014_spect.TXT 161636 4.33 5.63 30.15 5482 2983 10  25   702.22 161711    67.98 
143 11 Etienne Pallier
 12 Feb25_161711_2014_spect.TXT 161701 4.33 5.59 30.15 5482 3000 10  17   634.24 -        634.24 
144 11 Etienne Pallier
 13 Feb25_161743_2014_spect.TXT 161733 4.36 5.55 30.15 5493 2992 10  25   695.08 161808    58.88 
145 11 Etienne Pallier
 14 Feb25_161808_2014_spect.TXT 161757 4.36 5.55 30.15 5493 3000 10  17   636.20 -        636.20 
146 11 Etienne Pallier
 15 Feb25_161840_2014_spect.TXT 161829 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  25   683.94 161905    46.74 
147 11 Etienne Pallier
 16 Feb25_161905_2014_spect.TXT 161854 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  17   637.20 -        637.20 
148 11 Etienne Pallier
 17 Feb25_161937_2014_spect.TXT 161926 4.40 5.59 30.15 5513 3009 10  25   675.67 162002    37.24 
149 11 Etienne Pallier
 18 Feb25_162002_2014_spect.TXT 161951 4.44 5.59 30.15 5513 3000 10  17   638.43 -        638.43 
150 11 Etienne Pallier
 19 Feb25_162034_2014_spect.TXT 162023 4.36 5.63 30.15 5522 3017 10  25   663.56 162059    24.10 
151 15 Etienne Pallier
 20 (D) Feb25_162059_2014_spect.TXT 162048 4.40 5.63 30.15 5522 3000 10  17   639.46 -        639.46
152 15 Etienne Pallier
153 46 Etienne Pallier
h3. CAS EXCEPTIONNELS à traiter (Exceptions)
154 43 Etienne Pallier
155 43 Etienne Pallier
 * NoDataFileFoundException : pas de fichier (ni Spectre ni SOH) dans le dossier DATA/
156 43 Etienne Pallier
157 43 Etienne Pallier
 * MalformedFileException : fichier (Spectre ou SOH) avec format incorrect
158 43 Etienne Pallier
159 43 Etienne Pallier
 * UnknownCaseException : Cas inconnu ; par exemple, controlWord ni 17 (DARK) ni 25 (PAS DARK) !!!
160 43 Etienne Pallier
161 47 Etienne Pallier
 * noSOHFileFoundForSpectraFileException : pas de fichier SOH (HK) trouvé pour un fichier Spectra (data)
162 47 Etienne Pallier
163 17 Etienne Pallier
---
164 11 Etienne Pallier
165 61 Etienne Pallier
h2. INSTALLATION ET TESTS
166 4 Etienne Pallier
167 1 Etienne Pallier
S'assurer d'avoir python 2.7
168 1 Etienne Pallier
169 63 Etienne Pallier
h3. Sur Mac (Machine de développement)
170 1 Etienne Pallier
171 58 Etienne Pallier
Avec Macport, pour que la version 2.7 soit bien la version par défaut quand on tape "python" :
172 58 Etienne Pallier
173 1 Etienne Pallier
sudo port select --set python python27
174 1 Etienne Pallier
175 1 Etienne Pallier
$ which python
176 1 Etienne Pallier
/opt/local/bin/python
177 1 Etienne Pallier
178 1 Etienne Pallier
$ python --version
179 1 Etienne Pallier
Python 2.7.9
180 2 Etienne Pallier
181 2 Etienne Pallier
Mettre à jour MacPort :
182 2 Etienne Pallier
sudo port -v selfupdate
183 2 Etienne Pallier
sudo port upgrade outdated
184 1 Etienne Pallier
185 64 Etienne Pallier
h3. Sur CentOS 6.5 (serveur de production)
186 58 Etienne Pallier
187 64 Etienne Pallier
(fait le 19/3/15 sur le pc-EGSE Chemcam ; cf fiche wiki du pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour)
188 58 Etienne Pallier
189 60 Etienne Pallier
Prérequis : installer Python 2.7 (voir à ce sujet l'installation faite sur le pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Installation_de_Python_2_7)
190 60 Etienne Pallier
191 58 Etienne Pallier
cd /home/vx/C-SPEC-HK/
192 58 Etienne Pallier
193 58 Etienne Pallier
svn co https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
194 58 Etienne Pallier
195 58 Etienne Pallier
cd c-spec-hk-svn/
196 1 Etienne Pallier
197 62 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
198 62 Etienne Pallier
199 62 Etienne Pallier
py27 c_spec_hk_TEST.py
200 62 Etienne Pallier
<pre>
201 62 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
202 62 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 5.833s
203 62 Etienne Pallier
204 62 Etienne Pallier
OK
205 62 Etienne Pallier
206 62 Etienne Pallier
</pre>
207 62 Etienne Pallier
208 62 Etienne Pallier
209 62 Etienne Pallier
210 62 Etienne Pallier
*2) Test de Performance (Benchmark)*
211 62 Etienne Pallier
212 62 Etienne Pallier
<pre>
213 62 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk.py -t
214 62 Etienne Pallier
...Executing main program...
215 62 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
216 62 Etienne Pallier
217 62 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
218 62 Etienne Pallier
219 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
220 62 Etienne Pallier
0.000790863037109
221 62 Etienne Pallier
222 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
223 62 Etienne Pallier
0.000117941689491
224 62 Etienne Pallier
225 62 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
226 62 Etienne Pallier
0.0429699897766
227 62 Etienne Pallier
228 62 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
229 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
230 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
231 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
232 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
233 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
234 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
235 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
236 62 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
237 62 Etienne Pallier
total 56
238 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20110223
239 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2011_0223_logs.csv
240 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20130223
241 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2013_0223_logs.csv
242 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140123
243 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0123_logs.csv
244 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140223
245 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0223_logs.csv
246 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140225
247 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  16:39 2014_0225_logs.csv
248 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140226
249 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  16:39 2014_0226_logs.csv
250 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20150223
251 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2015_0223_logs.csv
252 62 Etienne Pallier
253 62 Etienne Pallier
1.91459012032
254 62 Etienne Pallier
Average time per day : 0.273513
255 62 Etienne Pallier
256 62 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
257 62 Etienne Pallier
258 62 Etienne Pallier
</pre>
259 62 Etienne Pallier
260 62 Etienne Pallier
261 62 Etienne Pallier
262 62 Etienne Pallier
TESTS FAITS AVEC PYTHON 2.6
263 62 Etienne Pallier
264 62 Etienne Pallier
265 59 Etienne Pallier
*1) Test de Benchmark*
266 58 Etienne Pallier
267 58 Etienne Pallier
$ ./c_spec_hk.py -t
268 58 Etienne Pallier
<pre>
269 58 Etienne Pallier
...Executing main program...
270 58 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
271 58 Etienne Pallier
272 58 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
273 58 Etienne Pallier
274 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
275 58 Etienne Pallier
0.00105306601524
276 58 Etienne Pallier
277 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
278 58 Etienne Pallier
0.000152537894249
279 58 Etienne Pallier
280 58 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
281 58 Etienne Pallier
0.0518409013748
282 58 Etienne Pallier
283 58 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
284 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
285 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
286 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
287 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
288 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
289 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
290 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
291 58 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
292 58 Etienne Pallier
total 56
293 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20110223
294 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2011_0223_logs.csv
295 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20130223
296 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2013_0223_logs.csv
297 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140123
298 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0123_logs.csv
299 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140223
300 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0223_logs.csv
301 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140225
302 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  14:01 2014_0225_logs.csv
303 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140226
304 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  14:01 2014_0226_logs.csv
305 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20150223
306 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2015_0223_logs.csv
307 58 Etienne Pallier
308 58 Etienne Pallier
2.33647012711
309 58 Etienne Pallier
Average time per day : 0.333781
310 58 Etienne Pallier
311 58 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
312 58 Etienne Pallier
</pre>
313 1 Etienne Pallier
314 58 Etienne Pallier
315 59 Etienne Pallier
*2) Execution des TESTS*
316 58 Etienne Pallier
317 58 Etienne Pallier
cd test/
318 58 Etienne Pallier
319 58 Etienne Pallier
$ python premiertest.py
320 58 Etienne Pallier
<pre>
321 58 Etienne Pallier
...
322 58 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
323 58 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
324 58 Etienne Pallier
325 58 Etienne Pallier
OK
326 58 Etienne Pallier
</pre>
327 58 Etienne Pallier
328 58 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk_TEST.py
329 58 Etienne Pallier
330 58 Etienne Pallier
<pre>
331 58 Etienne Pallier
...
332 58 Etienne Pallier
======================================================================
333 58 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
334 58 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 6.742s
335 58 Etienne Pallier
336 58 Etienne Pallier
OK
337 58 Etienne Pallier
</pre>
338 21 Etienne Pallier
339 21 Etienne Pallier
---
340 21 Etienne Pallier
341 33 Etienne Pallier
h2. EXECUTION
342 21 Etienne Pallier
343 25 Etienne Pallier
h3. A. EXECUTING TESTS 
344 1 Etienne Pallier
345 22 Etienne Pallier
(pour s'assurer que tout va bien)
346 22 Etienne Pallier
347 21 Etienne Pallier
h4. 1) en mode ligne de commande
348 21 Etienne Pallier
349 21 Etienne Pallier
cd test/
350 21 Etienne Pallier
./chemcamSpectraOrganize_TEST.py
351 21 Etienne Pallier
352 21 Etienne Pallier
Voici le genre d'affichage attendu si tout va bien :
353 21 Etienne Pallier
354 21 Etienne Pallier
Log files created in SPECTRA/LOGS/ :
355 21 Etienne Pallier
total 56
356 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff   533 10 mar 12:04 2011_0223_logs.txt
357 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff   533 10 mar 12:04 2013_0223_logs.txt
358 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff   533 10 mar 12:04 2014_0123_logs.txt
359 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff   533 10 mar 12:04 2014_0223_logs.txt
360 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff  3630 10 mar 12:04 2014_0225_logs.txt
361 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff   533 10 mar 12:04 2014_0226_logs.txt
362 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff   533 10 mar 12:04 2015_0223_logs.txt
363 21 Etienne Pallier
364 21 Etienne Pallier
createAllLogFiles(True) execution time : 3.223165 seconds
365 21 Etienne Pallier
366 21 Etienne Pallier
TestFunctionalTests() finished
367 21 Etienne Pallier
.
368 21 Etienne Pallier
TestFunctionalTests() finished
369 21 Etienne Pallier
.
370 21 Etienne Pallier
TestParseArgs() finished
371 21 Etienne Pallier
.
372 21 Etienne Pallier
TestUnitTests() finished
373 21 Etienne Pallier
.
374 21 Etienne Pallier
TestUnitTests() finished
375 21 Etienne Pallier
.
376 21 Etienne Pallier
TestUnitTests() finished
377 21 Etienne Pallier
.
378 21 Etienne Pallier
TestUnitTests() finished
379 21 Etienne Pallier
.
380 21 Etienne Pallier
--------------------------
381 21 Etienne Pallier
Ran 7 tests in 5.869s
382 21 Etienne Pallier
383 21 Etienne Pallier
OK
384 21 Etienne Pallier
385 21 Etienne Pallier
386 21 Etienne Pallier
h4. 2) Depuis Eclipse
387 21 Etienne Pallier
388 21 Etienne Pallier
Ouvrir la console adaptée : Window / Show View / PyUnit
389 21 Etienne Pallier
clic-droit sur test/chemcamSpectraOrganize_TEST.py
390 21 Etienne Pallier
Run As / Python unit-test
391 21 Etienne Pallier
392 26 Etienne Pallier
h3. B. EXECUTING MAIN SCRIPT
393 21 Etienne Pallier
394 21 Etienne Pallier
h4. 1) In Command line mode
395 21 Etienne Pallier
396 21 Etienne Pallier
	a) Pour voir l'aide :
397 21 Etienne Pallier
398 21 Etienne Pallier
./c-hk.py -h
399 21 Etienne Pallier
400 21 Etienne Pallier
401 21 Etienne Pallier
	b) Speed testing (benchmark)
402 21 Etienne Pallier
403 21 Etienne Pallier
./c-hk.py -t
404 21 Etienne Pallier
You should get this kind of display results (run on a Macbook Pro 11.1, end 2013, 2.8Ghz Intel Dual Core i7, RAM 16Go) :
405 21 Etienne Pallier
406 21 Etienne Pallier
$ ./c-hk.py -t
407 21 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
408 21 Etienne Pallier
409 21 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
410 21 Etienne Pallier
0.000821402072906
411 21 Etienne Pallier
412 21 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
413 21 Etienne Pallier
0.000123869013786
414 21 Etienne Pallier
415 21 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
416 21 Etienne Pallier
0.0619421958923
417 21 Etienne Pallier
418 21 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
419 21 Etienne Pallier
Log files created in test/SPECTRA/LOGS/ :
420 21 Etienne Pallier
total 56
421 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff   533 10 mar 14:51 2011_0223_logs.txt
422 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff   533 10 mar 14:51 2013_0223_logs.txt
423 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff   533 10 mar 14:51 2014_0123_logs.txt
424 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff   533 10 mar 14:51 2014_0223_logs.txt
425 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff  3630 10 mar 14:51 2014_0225_logs.txt
426 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff   533 10 mar 14:51 2014_0226_logs.txt
427 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff   533 10 mar 14:51 2015_0223_logs.txt
428 21 Etienne Pallier
429 21 Etienne Pallier
2.76413011551
430 21 Etienne Pallier
431 24 Etienne Pallier
finished TIMING
432 23 Etienne Pallier
433 23 Etienne Pallier
434 21 Etienne Pallier
	c) Pour faire un test avec les données d'échantillon fournies :
435 21 Etienne Pallier
436 21 Etienne Pallier
./c-hk.py -p 'test/SPECTRA' -i 'DATA' -o 'LOGS'
437 21 Etienne Pallier
438 21 Etienne Pallier
Exemple d'affichage attendu :
439 21 Etienne Pallier
440 21 Etienne Pallier
path is "test/SPECTRA"
441 21 Etienne Pallier
inputDataDir is "DATA"
442 21 Etienne Pallier
ouputLogDir is "LOGS"
443 21 Etienne Pallier
444 21 Etienne Pallier
Log files created in test/SPECTRA/LOGS/ :
445 21 Etienne Pallier
total 56
446 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff   533 10 mar 12:14 2011_0223_logs.txt
447 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff   533 10 mar 12:14 2013_0223_logs.txt
448 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff   533 10 mar 12:14 2014_0123_logs.txt
449 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff   533 10 mar 12:14 2014_0223_logs.txt
450 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff  3630 10 mar 12:14 2014_0225_logs.txt
451 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff   533 10 mar 12:14 2014_0226_logs.txt
452 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff   533 10 mar 12:14 2015_0223_logs.txt
453 21 Etienne Pallier
454 21 Etienne Pallier
h4. 2) Depuis Eclipse
455 21 Etienne Pallier
456 21 Etienne Pallier
clic-droit sur cc_spectra_HK_extract.py
457 21 Etienne Pallier
Run As / Python Run
458 21 Etienne Pallier
Type d'affichage attendu :
459 21 Etienne Pallier
460 21 Etienne Pallier
path is "test/SPECTRA"
461 21 Etienne Pallier
inputDataDir is "DATA"
462 21 Etienne Pallier
ouputLogDir is "LOGS"
463 21 Etienne Pallier
464 21 Etienne Pallier
Log files created in test/SPECTRA/LOGS/ :
465 21 Etienne Pallier
total 56
466 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff   533 Mar 10 12:17 2011_0223_logs.txt
467 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff   533 Mar 10 12:17 2013_0223_logs.txt
468 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff   533 Mar 10 12:17 2014_0123_logs.txt
469 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff   533 Mar 10 12:17 2014_0223_logs.txt
470 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff  3630 Mar 10 12:17 2014_0225_logs.txt
471 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff   533 Mar 10 12:17 2014_0226_logs.txt
472 21 Etienne Pallier
-rwxrwxrwx  1 epallier  staff   533 Mar 10 12:17 2015_0223_logs.txt
473 36 Etienne Pallier
474 36 Etienne Pallier
475 36 Etienne Pallier
---
476 36 Etienne Pallier
477 36 Etienne Pallier
h2. DAILY WORKFLOW
478 36 Etienne Pallier
479 54 Etienne Pallier
h3. 1) Voici la structure de fichiers réalisée sur le pc-EGSE :
480 36 Etienne Pallier
481 52 Etienne Pallier
Les nouveaux fichiers de données produits lors des tirs de Chemcam sont automatiquement placés dans /home/vx/data/ (au fur et à mesure des tirs)
482 50 Etienne Pallier
483 52 Etienne Pallier
Ils sont ensuite déplacés dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ lorsqu'ils ont été traités
484 1 Etienne Pallier
485 52 Etienne Pallier
Les fichiers de LOG (relation spectre => HK) créés sont placés directment dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
486 52 Etienne Pallier
487 1 Etienne Pallier
<pre>
488 1 Etienne Pallier
489 52 Etienne Pallier
- /home/vx/data/ : données d'origine restant à traiter (spectres et HK), provenant directement de la manip
490 37 Etienne Pallier
491 53 Etienne Pallier
- /home/vx/EQM_DATA/ : données traitées (spectres, HK, et fichiers logs produits)
492 50 Etienne Pallier
    - AAAAMMJJ/ : un dossier par jour
493 50 Etienne Pallier
        - les fichiers logs produits (CSV)
494 50 Etienne Pallier
        - DATA/ : les données d'origine (spectres et HK)
495 50 Etienne Pallier
496 36 Etienne Pallier
</pre>
497 36 Etienne Pallier
498 40 Etienne Pallier
h3. 2) WORKFLOW
499 40 Etienne Pallier
500 48 Etienne Pallier
Ce workflow devrait normalement fonctionner dans tous les cas de figure (démarrage n'importe quand, en début de journée ou en cours de journée, ou même reprise après un crash brutal...)
501 1 Etienne Pallier
502 51 Etienne Pallier
Démarrage automatique du workflow à partir du Démarrage du pc-EGSE
503 48 Etienne Pallier
504 57 Etienne Pallier
1) Faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents dans le dossier /home/vx/data/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
505 55 Etienne Pallier
Les fichiers LOGS produits sont placés automatiquement dans le dossier correspondant à leur jour /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
506 1 Etienne Pallier
(AAAA année en 4 chiffres, MM mois en deux chiffres et JJ jour du mois en deux chiffres)
507 39 Etienne Pallier
508 57 Etienne Pallier
2) Déplacer TOUS les fichiers de /home/vx/data/ dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
509 1 Etienne Pallier
510 57 Etienne Pallier
3) (Every 5 seconds) : pour les fichiers du jour J
511 57 Etienne Pallier
S'il existe au moins un fichier dans /home/vx/data/, faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents 
512 57 Etienne Pallier
LE FICHIER LOG produit (un seul pour le jour J) est placé automatiquement dans le dossier correspondant à son jour (J) /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
513 57 Etienne Pallier
Attention : on ne déplace pas les fichiers dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ ; cela sera fait au prochain démarrage du workflow) ; cela permet d'avoir un fichier LOG qui se complète au fur et à mesure de la journée
514 57 Etienne Pallier
Il faudrait quand meme les COPIER (cp) (mais pas les DEPLACER (mv))
515 48 Etienne Pallier
OPTIMISATION : Exécution SSI le nb de fichiers du repertoire DATA/ a changé (tenir à jour un fichier contenant le nb de files)
516 1 Etienne Pallier
517 51 Etienne Pallier
Fin du workflow à l'extinction du pc-EGSE