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Version 239 (Etienne Pallier, 03/09/2016 12:05 am)

1 1 Etienne Pallier
h1. Wiki
2 1 Etienne Pallier
3 209 Etienne Pallier
*Traitement batch (Python) faisant l'extraction des HK et les associant à leurs fichiers spectres respectifs dans un fichier résultat de log et en les contextualisant* 
4 209 Etienne Pallier
5 220 Etienne Pallier
HELP sur ce wiki : http://www.redmine.org/projects/redmine/wiki/User_Guide
6 1 Etienne Pallier
7 211 Etienne Pallier
8 8 Etienne Pallier
{{toc}}
9 3 Etienne Pallier
10 105 Etienne Pallier
11 1 Etienne Pallier
---
12 211 Etienne Pallier
13 217 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}STATUT ACTUEL DU LOGICIEL%
14 1 Etienne Pallier
15 218 Etienne Pallier
*Version 2.0 en cours...*
16 218 Etienne Pallier
17 223 Etienne Pallier
https://projects.irap.omp.eu/projects/cspechkanalyser/roadmap (puis aller sur la version 2.0) 
18 221 Etienne Pallier
19 215 Etienne Pallier
version:"Version 2.0" (lien direct vers la version 2.0)
20 215 Etienne Pallier
21 225 Etienne Pallier
Trié par sujet : https://projects.irap.omp.eu/projects/cspechkanalyser/issues?page=1&per_page=50&query_id=190
22 224 Etienne Pallier
23 215 Etienne Pallier
(ou bien cliquer sur l'onglet Roadmap)
24 215 Etienne Pallier
25 215 Etienne Pallier
26 215 Etienne Pallier
---
27 1 Etienne Pallier
28 231 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}PRESENTATION DU LOGICIEL%
29 231 Etienne Pallier
30 231 Etienne Pallier
31 231 Etienne Pallier
---
32 231 Etienne Pallier
33 233 Etienne Pallier
http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Presentation
34 232 Etienne Pallier
35 124 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}UTILISATION EFFECTIVE EN SALLE BLANCHE%
36 124 Etienne Pallier
37 234 Etienne Pallier
Ce logiciel est installé sur le Pc Chemcam, en salle blanche
38 124 Etienne Pallier
39 235 Etienne Pallier
http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Utilisation
40 231 Etienne Pallier
41 231 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}INSTALLATION%
42 231 Etienne Pallier
43 236 Etienne Pallier
http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Installation_15_16_2_16
44 105 Etienne Pallier
45 105 Etienne Pallier
---
46 123 Etienne Pallier
47 237 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}ALGORITHM%
48 237 Etienne Pallier
49 1 Etienne Pallier
50 238 Etienne Pallier
<pre>
51 238 Etienne Pallier
************* MAIN ALGO ***************************************************************************************
52 237 Etienne Pallier
# Process unprocessed data files, or context file changes since previous iteration
53 237 Etienne Pallier
# (continuously, every processing_duration+DELAY_BETWEEN_ITERATIONS seconds)
54 237 Etienne Pallier
iteration=1
55 237 Etienne Pallier
while(True):
56 237 Etienne Pallier
    # 1)
57 237 Etienne Pallier
    if exists contextsChanges since previous iteration:
58 237 Etienne Pallier
        processContextChanges(contextsChanges) # change time > last iteration time
59 237 Etienne Pallier
    # 2)
60 237 Etienne Pallier
    if exists unprocessedData:
61 1 Etienne Pallier
        processUnprocessedData(unprocessedData)
62 237 Etienne Pallier
    iteration++
63 237 Etienne Pallier
*******************************************************************************************************************************
64 237 Etienne Pallier
65 237 Etienne Pallier
        
66 238 Etienne Pallier
************* MAIN FUNCTIONS ******************************************************************************
67 237 Etienne Pallier
processContextChanges(contextsChanges):
68 237 Etienne Pallier
    # Process new CONTEXT changes and associate them with related (old) DATA
69 237 Etienne Pallier
    foreach contextChanges as cf:
70 237 Etienne Pallier
        if cf is DELETE: 
71 237 Etienne Pallier
            cf.deleteRelatedFolder()
72 237 Etienne Pallier
        else: 
73 237 Etienne Pallier
            ' create or update '
74 237 Etienne Pallier
            relatedDataFiles = cf.getRelatedData()
75 237 Etienne Pallier
            # (1)
76 237 Etienne Pallier
            dataFolder = cf.bindToRelatedData(relatedDataFiles)
77 237 Etienne Pallier
            HKLOG.createFileIn(dataFolder)
78 237 Etienne Pallier
79 237 Etienne Pallier
processUnprocessedData(unprocessedData):
80 237 Etienne Pallier
    # There will always be only 1 day to process, 
81 237 Etienne Pallier
    # except for the FIRST TIME the software is used
82 237 Etienne Pallier
    # or when reprocessing ALL data
83 237 Etienne Pallier
    # (lots of old data to process)
84 237 Etienne Pallier
    for each day in unprocessedData:
85 237 Etienne Pallier
        
86 237 Etienne Pallier
        dataForOneDay = getDataForDay(day)
87 237 Etienne Pallier
88 237 Etienne Pallier
        # a) archiveData(dataForOneDay):
89 237 Etienne Pallier
        # __updateFolderWithData(generalFolderForDay(day), dataForOneDay):
90 237 Etienne Pallier
        dataFolder = dataForOneDay.archive()
91 237 Etienne Pallier
        HKLOG.createFileIn(dataFolder)
92 237 Etienne Pallier
        
93 237 Etienne Pallier
        # b) __contextualizeData(dataForOneDay):
94 237 Etienne Pallier
        relatedContexts = dataForOneDay.getRelatedContexts()
95 237 Etienne Pallier
        foreach cf in relatedContexts:
96 237 Etienne Pallier
            # __updateFolderWithData(cf, dataForOneDay):
97 237 Etienne Pallier
            # NO DELETE, ONLY CREATE/UPDATE
98 237 Etienne Pallier
            relatedDataFiles = dataForOneDay.selectForContext(cf)
99 237 Etienne Pallier
            # (2)
100 237 Etienne Pallier
            dataFolder = cf.bindToRelatedData(relatedDataFiles)
101 237 Etienne Pallier
            HKLOG.createFileIn(dataFolder)
102 237 Etienne Pallier
            
103 237 Etienne Pallier
NB: (1) and (2) are exactly the same process
104 1 Etienne Pallier
*******************************************************************************************************************************
105 239 Etienne Pallier
</pre>
106 237 Etienne Pallier
107 237 Etienne Pallier
108 237 Etienne Pallier
---
109 237 Etienne Pallier
110 123 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}DEPOT SVN%
111 123 Etienne Pallier
112 35 Etienne Pallier
113 35 Etienne Pallier
(cliquer sur l'onglet Dépôt)
114 35 Etienne Pallier
115 35 Etienne Pallier
 * URL du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk/
116 35 Etienne Pallier
117 35 Etienne Pallier
 * Administration du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu
118 35 Etienne Pallier
119 35 Etienne Pallier
 * Administrateur : Etienne Pallier
120 35 Etienne Pallier
121 35 Etienne Pallier
 * Groupes :
122 76 Etienne Pallier
123 35 Etienne Pallier
   * grp-admin-chemcam : Admin du dépot CHEMCAM (RW sur racine).
124 35 Etienne Pallier
   * grp-chemcam : Les développeurs de CHEMCAM (RW sur branches).
125 35 Etienne Pallier
   * On peut également créer un groupe grp-readonly-chemcam (et mettre les droits en read-only sur tout le projet)
126 35 Etienne Pallier
127 35 Etienne Pallier
 * Ajout d'utilisateurs 
128 35 Etienne Pallier
129 11 Etienne Pallier
  * On peut ajouter des utilisateurs extérieurs via l'interface web, puis les ajouter dans les groupes (en tant que "Utilisateurs affectés").
130 42 Etienne Pallier
  * Dans le cas des utilisateurs IRAP, il faut qu'ils se connectent une première fois sur https://usvn-idems.irap.omp.eu avec leur login/mdp IRAP avant de pouvoir être affectés dans les groupes du repository.
131 41 Etienne Pallier
132 104 Etienne Pallier
 * Dashboard : le dashboard du projet est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu (=interface de gestion des utilisateurs, groupes et droits d'accès sur le repo, et également navigateur/explorateur du repo)
133 104 Etienne Pallier
134 104 Etienne Pallier
 * Accès : Le repo SVN est accessible depuis partout dans le monde (svn-over-https only), la racine du repo est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/chemcam/
135 104 Etienne Pallier
136 104 Etienne Pallier
 * TODO: passer sur SourceSup : https://sourcesup.renater.fr, https://sourcesup.cru.fr/
137 104 Etienne Pallier
138 104 Etienne Pallier
139 104 Etienne Pallier
140 104 Etienne Pallier
141 121 Etienne Pallier
142 11 Etienne Pallier
143 120 Etienne Pallier
---
144 120 Etienne Pallier
145 227 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}TRANSFORMATION EN VUE D'UNE COLLABORATION AVEC C-GDL (2015 Juin-Juillet)%
146 122 Etienne Pallier
147 134 Etienne Pallier
Suite aux réunions du 29/4/15 et du 22/5/15 avec OG, WR, AC, PM, et EP,
148 152 Etienne Pallier
un nouveau besoin a été exprimé qui pourrait être résolu en faisant collaborer 2 outils existants (C-SPEC-HK et [[cgdl:|C-GDL]]),
149 134 Etienne Pallier
et en leur apportant quelques adaptations.
150 134 Etienne Pallier
151 141 Etienne Pallier
*Actions* : 
152 150 Etienne Pallier
- OG et AC : réfléchir à une simplification éventuelle de l'outil CGDL (en un seul formulaire au lieu de plusieurs onglets)
153 141 Etienne Pallier
154 197 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}1. BESOIN%
155 1 Etienne Pallier
156 131 Etienne Pallier
Créer un *contexte* (ensemble d'informations de description) pour décrire chaque *observation* (série de tirs ChemCam) effectuée en salle blanche.
157 131 Etienne Pallier
A ce contexte, seront automatiquement associés tous les fichiers (spectres, HK, ...) générés à l'occasion des tirs ChemCam.
158 1 Etienne Pallier
Un nouveau contexte devra être créé à chaque fois qu'on change de roche, de distance de tir, ou bien de type d'atmosphère...
159 1 Etienne Pallier
160 198 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}2. SOLUTION TECHNIQUE (updated 3/7/15)%
161 129 Etienne Pallier
162 130 Etienne Pallier
Pour répondre à ce besoin, plutôt que de re-développer un nouvel outil, on doit pouvoir faire collaborer efficacement deux outils existants que sont C-GDL et C-SPEC-HK,
163 130 Etienne Pallier
et qui devront en outre subir quelques adaptations plus ou moins importantes.
164 126 Etienne Pallier
*C-GDL* est une IHM Java qui permet de créer manuellement un contexte 
165 126 Etienne Pallier
*C-SPEC-HK* est un script Python qui s'exécute en permanence en arrière-plan, et qui associe automatiquement les fichiers HK (SOH) aux fichiers spectres et crée un fichier LOG quotidien décrivant ces associations (pour la journée), au fur et à mesure des tirs ChemCam
166 126 Etienne Pallier
Il faut donc faire collaborer ces 2 outils pour qu'un contexte C-GDL soit automatiquement associé aux fichiers générés par les tirs ChemCam et qui sont regroupés par C-SPEC-HK (y-compris le fichier de LOG généré par C-SPEC-HK).
167 126 Etienne Pallier
168 198 Etienne Pallier
h4. 2.1 *Proposition de collaboration entre ces 2 outils*
169 145 Etienne Pallier
170 144 Etienne Pallier
{{thumbnail(Collaboration C-SPEC-HK et C-GDL.jpg, size=300, title=Dashboard_Controller)}}
171 143 Etienne Pallier
172 1 Etienne Pallier
_Document original (Open Office Presentation) : attachment:"Collaboration C-SPEC-HK et C-GDL.odg"_
173 194 Etienne Pallier
174 198 Etienne Pallier
h4. 2.2 *ALGORITHME GENERAL (en Python, mais lisible pour tout le monde)*
175 194 Etienne Pallier
176 205 Etienne Pallier
<pre><code class="python">
177 196 Etienne Pallier
    # delay between each iteration (seconds)
178 196 Etienne Pallier
    ITERATION_DELAY=60
179 194 Etienne Pallier
180 194 Etienne Pallier
    # get today date
181 194 Etienne Pallier
    today = getDate() # YYYYMMDD
182 1 Etienne Pallier
    
183 194 Etienne Pallier
    # process past data files if exist
184 194 Etienne Pallier
    processPastDataFiles(getPastDataFiles())
185 194 Etienne Pallier
    
186 195 Etienne Pallier
    # Every ITERATION_DELAY, process today data files and context files
187 194 Etienne Pallier
    while(True):
188 194 Etienne Pallier
        
189 194 Etienne Pallier
        # if exists new data files for today, re-process ALL today data files according to today context files
190 194 Etienne Pallier
        todayCurrentDataFiles = getTodayCurrentDataFiles()
191 194 Etienne Pallier
        if todayCurrentDataFiles:
192 194 Etienne Pallier
            # Move today current data files from data/ to EQM_DATA/<YYYYMMDD>/ALL/
193 194 Etienne Pallier
            archiveTodayCurrentDataFiles(todayCurrentDataFiles)     
194 194 Etienne Pallier
            # Create/Update <YYYYMMDD>_LOG.csv log file in EQM_DATA/<YYYYMMDD>/, from today current data files in EQM_DATA/<YYYYMMDD>/ALL/ 
195 194 Etienne Pallier
            updateTodayLogFile()               
196 194 Etienne Pallier
            
197 208 Etienne Pallier
        # (re-)Associate all related data files (from TODAY but also from the PAST) with their context files from cgdl/contexts/
198 194 Etienne Pallier
        # and put them into EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/<context name>/
199 208 Etienne Pallier
        bindDataFilesWithContextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday(getContextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday())                    
200 194 Etienne Pallier
             
201 194 Etienne Pallier
        # wait 60s
202 194 Etienne Pallier
        time.sleep(ITERATION_DELAY)
203 201 Etienne Pallier
204 201 Etienne Pallier
205 202 Etienne Pallier
206 202 Etienne Pallier
207 206 Etienne Pallier
#########################
208 206 Etienne Pallier
# FONCTIONS IMPORTANTES #
209 206 Etienne Pallier
#########################
210 201 Etienne Pallier
211 201 Etienne Pallier
def copyFilesIntoContextFolderForContextFile(cf):
212 201 Etienne Pallier
    copyContextFileIntoContextFolderForContextFile(cf)
213 201 Etienne Pallier
    copyLogFileIntoContextFolderForContextFile(cf)
214 201 Etienne Pallier
    copyRelatedDataFilesIntoContextFolderForContextFile(cf)
215 201 Etienne Pallier
216 201 Etienne Pallier
217 208 Etienne Pallier
def bindDataFilesWithContextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday(contextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday):
218 201 Etienne Pallier
    # Associate today ALL data files from EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/ with their context files from cgdl/contexts/ (and also the EQM_DATA/<YYYYMMDD>/>YYYYMMDD>_LOG.csv log file)
219 201 Etienne Pallier
    # and put them into EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/<context name>/
220 201 Etienne Pallier
    # Process each context file (from oldest to newest)
221 201 Etienne Pallier
    for cf in contextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday:
222 201 Etienne Pallier
        
223 201 Etienne Pallier
        # DELETED context file
224 201 Etienne Pallier
        if isDeletedContextFile(cf):
225 201 Etienne Pallier
            # This is not actual but only virtual "delete" 
226 201 Etienne Pallier
            deleteContextFolderForContextFile(cf)
227 201 Etienne Pallier
            continue
228 201 Etienne Pallier
        
229 201 Etienne Pallier
        # CREATED OR MODIFIED context file
230 201 Etienne Pallier
        #TODO: This should work even for 2 context files with different names but SAME date and time (both should get filled with the same content) 
231 201 Etienne Pallier
        # if context folder does not yet exist, create it (EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/<context name>/)
232 201 Etienne Pallier
        if not existsContextFolderForContextFile(cf): createContextFolderForContextFile(cf)
233 201 Etienne Pallier
        copyFilesIntoContextFolderForContextFile(cf)
234 201 Etienne Pallier
235 205 Etienne Pallier
</code></pre>
236 194 Etienne Pallier
237 200 Etienne Pallier
h4. 2.3. *Explications du déroulement d'une session d'observations ChemCam (selon le diagramme ci-dessus) (A METTRE A JOUR)* :
238 159 Etienne Pallier
239 185 Etienne Pallier
Cette solution technique a été mise à jour suite à la réunion du 5/6/15 (avec OG, AC, WR, et Richard Hitier).
240 171 Etienne Pallier
241 159 Etienne Pallier
Au démarrage du pc, les 2 logiciels C-SPEC-HK et C_GDL se lancent automatiquement.
242 159 Etienne Pallier
243 190 Etienne Pallier
Voici le workflow idéal :
244 190 Etienne Pallier
245 190 Etienne Pallier
On commence par créer un contexte avec C-GDL (mais on peut très bien le faire a posteriori, après les observations). Une fois enregistré (YYYYMMDD_HHMM-HHMM_context_<parametres>.xml), ce fichier se trouve dans cgdl/contexts/
246 162 Etienne Pallier
247 162 Etienne Pallier
On effectue des tirs ChemCam. Ces tirs génèrent des fichiers (SPEC, SOH...) qui sont automatiquement placés dans le dossier data/.
248 162 Etienne Pallier
Si jamais quelques tirs ont été effectués juste pour tester ChemCam avant de faire les vraies observations, on peut retarder la date début (Start time) du contexte pour que ces tirs ne soient pas pris en compte dans ce contexte.
249 1 Etienne Pallier
250 171 Etienne Pallier
C-SPEC-HK qui tourne en arrière plan effectue le traitement suivant toutes les minutes (ou delta secondes, délai à affiner en production) :
251 162 Etienne Pallier
252 1 Etienne Pallier
1) Il complète (ou crée, si c'est la première itération) le fichier de LOG (YYYYMMDD_LOG.csv) dans le dossier EQM_DATA/YYYYMMDD/
253 162 Etienne Pallier
à partir des fichiers qui sont dans data/
254 172 Etienne Pallier
C'est un fichier texte contenant des données tabulaires (CSV) qui font le lien entre les fichiers spectres et les fichiers HK (SOH et *+_TOUS_+* les autres) associés, en extrayant quelques paramètres essentiels dans les 2 types de fichiers
255 1 Etienne Pallier
256 163 Etienne Pallier
2) Il déplace (move) les fichiers concernés de data/ vers EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/, puisqu'ils ont été traités
257 1 Etienne Pallier
258 165 Etienne Pallier
3) Enfin, il associe les fichiers de données avec les contextes 
259 174 Etienne Pallier
260 185 Etienne Pallier
Pour cela, il suit cet algorithme :
261 165 Etienne Pallier
262 163 Etienne Pallier
* pour chaque fichier de contexte trouvé dans le dossier cgdl/contexts/ qui est à la date du jour :
263 177 Etienne Pallier
  
264 184 Etienne Pallier
 * si un dossier *du même nom* n'existe pas déjà dans EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/, il le crée 
265 184 Etienne Pallier
 * si un dossier *du même nom* existe (qu'il vienne d'être créé ou bien qu'il soit déjà là depuis longtemps), il y copie (copy) tous les fichiers manquants (par rapport à ceux qui devraient y être)
266 184 Etienne Pallier
les fichiers à copier sont :
267 1 Etienne Pallier
268 184 Etienne Pallier
  * le fichier de contexte 
269 184 Etienne Pallier
  * tous les fichiers du dossier EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/ dont la date est comprise entre le "start time" et le "stop time" du contexte
270 184 Etienne Pallier
  * la partie du fichier LOG concernée (on fera une sélection de "start time" à "stop time")
271 184 Etienne Pallier
272 192 Etienne Pallier
* s'il reste des dossiers qui n'ont pas de correspondance avec un contexte (parce qu'un contexte a été renommé ou supprimé), il leur ajoute le préfixe "_DELETED_"
273 1 Etienne Pallier
274 182 Etienne Pallier
_Par ce moyen, on peut créer un contexte qui se termine (bien) plus tard que l'heure actuelle (les nouveaux fichiers seront ainsi ajoutés au fur et à mesure de leur arrivée),
275 184 Etienne Pallier
et on s'assure d'avoir un dossier par contexte, contenant le fichier de contexte (+LOG) et tous les fichiers de données associés.
276 184 Etienne Pallier
Et ces dossiers devraient rester à jour même si le nom du contexte est modifié en cours de journée, voire même supprimé_.
277 179 Etienne Pallier
278 192 Etienne Pallier
NB : il faudra penser à supprimer manuellement de temps en temps les dossiers préfixés par "_DELETED_"
279 166 Etienne Pallier
280 166 Etienne Pallier
Les fichiers de données qui n'ont pas été associés à un contexte (soit par ce qu'aucun contexte n'a été créé dans la journée, soit parce qu'il n'y a pas de contexte créé pour cette période là)
281 166 Etienne Pallier
seront de toutes façons dans le dossier EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/
282 166 Etienne Pallier
283 168 Etienne Pallier
Une fois les sessions d'observations ChemCam terminées, on peut fermer le logiciel C-GDL,
284 168 Etienne Pallier
mais il n'est pas nécessaire de terminer le logiciel C-SPEC-HK car il s'arrêtera automatiquement lors de l'extinction du pc (brutalement, mais, sauf cas exceptionnel, sans dommage)
285 1 Etienne Pallier
286 168 Etienne Pallier
Il sera cependant préférable d'attendre quelques minutes avant d'éteindre le pc après la création, la modification, ou la suppression d'un contexte,
287 168 Etienne Pallier
le temps que C-SPEC-HK traite ce changement dans une nouvelle itération...
288 162 Etienne Pallier
289 161 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}ADAPTATIONS NÉCESSAIRES SUR LES 2 LOGICIELS%
290 133 Etienne Pallier
291 149 Etienne Pallier
*Adaptations de C-GDL* : voir [[cgdl:wiki#Collaboration-avec-loutil-C-SPEC-HK|C-GDL]]
292 1 Etienne Pallier
293 133 Etienne Pallier
*Adaptations de C-SPEC-HK* : 
294 1 Etienne Pallier
295 169 Etienne Pallier
(Le fichier de LOG est un tableau de synthèse qui sera utile pour la partie processing, sorte de masterlist)
296 138 Etienne Pallier
297 169 Etienne Pallier
Transférer TOUS les types de fichiers (TXT, RAW…)
298 1 Etienne Pallier
299 138 Etienne Pallier
Fichier SOH le plus près AVANT le transmit (génère le spectre)
300 138 Etienne Pallier
(ce fichier SOH a été fait après le tir, et avant le transmit)
301 138 Etienne Pallier
302 138 Etienne Pallier
Changer label Distance : dist(mm) => dist SEED (mm)
303 138 Etienne Pallier
304 169 Etienne Pallier
Convertir la colonne pm en distance réelle : (quelqu'un donnera la formule) « dist real (mm)»
305 138 Etienne Pallier
306 138 Etienne Pallier
C-Spec-HK est déjà installé sur le pc-EGSE. Il faudra y ajouter C-GDL.
307 138 Etienne Pallier
308 138 Etienne Pallier
Fichier LOG : Produire un CSV + un fichier HTML (ou fichier texte séparé par tabulations) pour qu'il soit lisible sans devoir passer par Open Office
309 138 Etienne Pallier
310 138 Etienne Pallier
DARK BEFORE/AFTER : priorité au DARK AFTER
311 138 Etienne Pallier
Le DARK BEFORE est très rare, il existerait seulement si il y a 2 DARK à la suite (le 2ème serait le DARK BEFORE du SPECTRE LIBS qui arrive ensuite)
312 138 Etienne Pallier
=> pour simplifier, on peut le supprimer (donc supprimer 2 colonnes dans le fichier LOG)
313 138 Etienne Pallier
314 169 Etienne Pallier
Objectif : passer le délai de la boucle du traitement quotidien à 10 secondes (au lieu de 60 actuellement)
315 138 Etienne Pallier
316 1 Etienne Pallier
Les 2 fichiers "LOG général" et "LOG du jour" doivent s’afficher automatiquement au démarrage
317 1 Etienne Pallier
318 1 Etienne Pallier
Le LOG général affiche l'état en cours d'exécution du script, pour savoir où on en est :
319 138 Etienne Pallier
- a) traitement global des fichiers, avec affichage des dossiers jours créés
320 1 Etienne Pallier
Ne pas afficher le contenu de /home/vx/EQM_DATA/
321 138 Etienne Pallier
(log files « created » in …)
322 138 Etienne Pallier
car ces dossiers ont été créés antérieurement
323 138 Etienne Pallier
N’afficher le contenu QUE du dossier qui vient d’être créé
324 138 Etienne Pallier
- b) traitement quotidien des fichiers du jour, avec affichage de : 
325 138 Etienne Pallier
  - numéro d'itération
326 138 Etienne Pallier
  - fichiers SPECTRE et SOH traités (+ leur nombre)
327 138 Etienne Pallier
328 138 Etienne Pallier
Le LOG quotidien affiche le contenu du fichier LOG du jour (qui se remplit au fur et à mesure)
329 138 Etienne Pallier
330 138 Etienne Pallier
Mettre les 4 champs de température laser
331 138 Etienne Pallier
332 138 Etienne Pallier
Supprimer nshots
333 138 Etienne Pallier
334 169 Etienne Pallier
Dans l'idéal, si on veut vraiment faire collaborer les 3 outils C-Spec-HK, C-GDL, et la prise de photos par la webcam du pc portable de la salle blanche (...), 
335 169 Etienne Pallier
la communication avec la webcam nécessiterait de mettre les 2 pc (PC-EGSE et le portable webcam) en réseau (soit sur le réseau global IRAP, soit sur un réseau privé salle blanche avec un hub ou switch ; sachant que pc-EGSE est déjà en réseau privé avec le BU-EGSE, il faudrait donc mettre ces 3 éléments sur un même réseau, pas simple...).
336 169 Etienne Pallier
En attendant, on pourrait se contenter d'un "mode dégradé", qui consisterait à copier manuellement (via clé ou disque usb) les photos de la webcam sur le pc-EGSE
337 138 Etienne Pallier
338 169 Etienne Pallier
(Changement Technique internes : Ne laisser que c-spec-hk-workflow à la racine du projet, le reste doit être dans un sous-dossier (contiendra c-spec-hk + tests))
339 138 Etienne Pallier
340 138 Etienne Pallier
341 138 Etienne Pallier
342 138 Etienne Pallier
343 138 Etienne Pallier
344 138 Etienne Pallier
345 138 Etienne Pallier
346 138 Etienne Pallier
347 138 Etienne Pallier
348 138 Etienne Pallier
349 138 Etienne Pallier
350 138 Etienne Pallier
351 138 Etienne Pallier
352 138 Etienne Pallier
353 138 Etienne Pallier
354 138 Etienne Pallier
355 138 Etienne Pallier
356 138 Etienne Pallier
357 138 Etienne Pallier
358 138 Etienne Pallier
359 138 Etienne Pallier
360 138 Etienne Pallier
361 138 Etienne Pallier
362 138 Etienne Pallier
363 138 Etienne Pallier
364 138 Etienne Pallier
365 138 Etienne Pallier
366 138 Etienne Pallier
---
367 126 Etienne Pallier
368 120 Etienne Pallier
369 120 Etienne Pallier
---
370 128 Etienne Pallier
371 128 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}SPECIFICATIONS%
372 128 Etienne Pallier
373 1 Etienne Pallier
374 11 Etienne Pallier
375 12 Etienne Pallier
h3. Schéma de connexion
376 11 Etienne Pallier
377 11 Etienne Pallier
PcEGSE <==RJ45==> EGSE <==serial==> ChemCam
378 11 Etienne Pallier
379 11 Etienne Pallier
ChemCam (garde tous les spectres en RAM) : serial==> BU (Body Unit) <== MU (Mast Unit)
380 11 Etienne Pallier
- MU : fait les tirs
381 11 Etienne Pallier
- BU : analyse les spectres
382 11 Etienne Pallier
383 11 Etienne Pallier
SOH (Spectra O? HK)
384 11 Etienne Pallier
385 30 Etienne Pallier
h3. Types d’observations
386 30 Etienne Pallier
387 30 Etienne Pallier
(sur la ligne DOLIBS modifier controlWord)
388 11 Etienne Pallier
389 11 Etienne Pallier
Bit # 	Bit Value	Fonction si activé
390 11 Etienne Pallier
-----	---------	------------------
391 11 Etienne Pallier
392 11 Etienne Pallier
0		1	 	Do focus : effectuer une focalisation (voir focusAlgorithm)
393 11 Etienne Pallier
394 11 Etienne Pallier
1		2	 	Pre dark spectra : acquisition d’un spectre dark AVANT les tirs
395 1 Etienne Pallier
396 11 Etienne Pallier
2		4 		Post dark spectra : acquisition d’un spectre dark APRES les tirs
397 11 Etienne Pallier
398 20 Etienne Pallier
*3		8 		Enable laser : effectuer un (des) tir(s) laser (voir Nshots) (sinon, c'est un DARK)*
399 11 Etienne Pallier
400 11 Etienne Pallier
4		16 		Collect spectra : acquisition de spectre pendant les tirs
401 11 Etienne Pallier
402 11 Etienne Pallier
5		32 		BS
403 11 Etienne Pallier
404 11 Etienne Pallier
405 14 Etienne Pallier
=> 25 = 1+8+16 = tir avec laser
406 14 Etienne Pallier
=> 17 = 1+0+16 = tir sans laser (DARK)
407 11 Etienne Pallier
408 11 Etienne Pallier
Bits 0 et 1 pas utilisés !!! :
409 11 Etienne Pallier
Le mode (Bit0 ET Bit1 activés) ne fait pas des darks after et before satisfaisant donc on le fait séparément en faisant un spectre sans enable laser,
410 1 Etienne Pallier
ce qui génère tous ces spectres avec un controlWord =17 dans la liste.
411 11 Etienne Pallier
412 31 Etienne Pallier
h3. Fichier spectre
413 11 Etienne Pallier
414 11 Etienne Pallier
Suite d'intensités pour chaque canal (dans l'ordre 0, 1, 2, 3, ... 6444)
415 11 Etienne Pallier
A représenter sur axe 
416 11 Etienne Pallier
- X : channel number, assimilable à longueur d'onde : 0 à 6444
417 11 Etienne Pallier
- Y : intensité
418 11 Etienne Pallier
419 11 Etienne Pallier
Si fichier DARK, alors intensités (à peu près) constantes (toutes égales) :
420 14 Etienne Pallier
=> donne le bruit de fond de l'instrument, puisque on a zero lumière
421 1 Etienne Pallier
422 32 Etienne Pallier
h3. Stratégie de développement
423 13 Etienne Pallier
424 11 Etienne Pallier
Prendre le last stack only
425 11 Etienne Pallier
426 11 Etienne Pallier
Lire fichier *_spect.TXT et *_SOH.TXT associé (celui qui est juste avant, < 5mn avant)
427 11 Etienne Pallier
428 11 Etienne Pallier
1 fich/jour
429 11 Etienne Pallier
430 11 Etienne Pallier
Methods to write :
431 11 Etienne Pallier
432 11 Etienne Pallier
findSOH(liste des *SOH.TXT du jour, spect.TXT)
433 16 Etienne Pallier
=> convertit les noms SOH en timestamps, trouve le SOH qui est juste avant le spect.TXT (< 5mn avant)
434 11 Etienne Pallier
435 11 Etienne Pallier
findDARK(liste des *spect.TXT (dark), le spect.TXT pour lequel on veut le dark)
436 16 Etienne Pallier
=> retourne le fichier dark qui est juste après (<5mn) (mais, peut être before...)
437 16 Etienne Pallier
=> regarde un peu autour (avant et après)
438 11 Etienne Pallier
439 11 Etienne Pallier
findAutofocus(...)
440 16 Etienne Pallier
=> *_afocus.TXT (juste prendre son nom, pas son contenu), qui est AVANT
441 11 Etienne Pallier
442 15 Etienne Pallier
h3. EXEMPLE DE FICHIER RESULTAT (LOG) A OBTENIR (1 par jour)
443 11 Etienne Pallier
444 11 Etienne Pallier
data_Feb25_2014_5 
445 11 Etienne Pallier
firstfile = Feb25_161115_2014_spect.TXT
446 11 Etienne Pallier
lastfile = Feb25_162059_2014_spect.TXT
447 1 Etienne Pallier
448 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, 
449 1 Etienne Pallier
450 11 Etienne Pallier
// from *_SOH.TXT file :
451 15 Etienne Pallier
nbStacks					// Nb de stacks (indiqué par le nb occurences de "mast SOH" qui indique le début d'un nouveau stack) - Prendre seulement les HK du LAST stack
452 1 Etienne Pallier
temp_laser_min(degC), temp_laser_max(degC),	// prendre min et max des 4 HK_Temp_Laser_1-4
453 15 Etienne Pallier
temp_spect(C), 					// Spectrometer_Temp
454 15 Etienne Pallier
pm(cnts), 					// Motor_Position
455 11 Etienne Pallier
456 11 Etienne Pallier
// from *_spect.TXT file :
457 15 Etienne Pallier
dist(mm),					// distance to target distToTarget
458 15 Etienne Pallier
nshots, 					// (Nshots) ajouter ici "nshots_real" car le laser fait parfois plus de shots que prévu (erreur) (lire 1ère ligne pour savoir le nb de col)
459 15 Etienne Pallier
controlWord, 					// 25 = tir avec laser,  17 = tir sans laser (DARK)
460 15 Etienne Pallier
data_mean,					// moyenne des data \ nbshots reels (= intensité moyenne ?) (à lire from >>>>>Begin Processed Spectral Data<<<<<)
461 15 Etienne Pallier
dark_file, 					// remplacer par dark_file_before, dark_file_after (file name)
462 15 Etienne Pallier
mean_spect_value - dark				// (= data_mean - ???)
463 11 Etienne Pallier
464 11 Etienne Pallier
465 11 Etienne Pallier
// Liste des fichiers *_spect.TXT associés avec leurs paramètres HK (trouvés dans *_SOH.TXT) :
466 11 Etienne Pallier
467 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, nbStacks, temp_laser_min, temp_laser_max, temp_spect, pm, dist(mm), nshots, controlWord, data_mean, dark_file_before, dark_file_after, mean_spect_value - dark
468 11 Etienne Pallier
469 11 Etienne Pallier
  1 Feb25_161115_2014_spect.TXT 161055 nbStacks 4.25 5.44 30.15 5499 3000 10  25   677.39 161142 dark_file_after 50.28 
470 15 Etienne Pallier
  2 (D)Feb25_161142_2014_spect.TXT 161132 4.29 5.48 30.15 5499 3000 10  17   627.11 -        627.11 
471 11 Etienne Pallier
  3 Feb25_161243_2014_spect.TXT 161210 4.29 5.33 30.15 5444 2951 10  25   649.07 161307    19.72 
472 11 Etienne Pallier
  4 Feb25_161307_2014_spect.TXT 161257 4.25 5.55 30.15 5444 3000 10  17   629.35 -        629.35 
473 11 Etienne Pallier
  5 Feb25_161339_2014_spect.TXT 161329 4.25 5.59 30.15 5454 2959 10  25   674.78 161404    43.76 
474 1 Etienne Pallier
  6 Feb25_161404_2014_spect.TXT 161353 4.29 5.52 30.15 5454 3000 10  17   631.02 -        631.02 
475 1 Etienne Pallier
  7 Feb25_161435_2014_spect.TXT 161425 4.21 5.55 30.15 5463 2967 10  25   693.77 161500    60.76 
476 11 Etienne Pallier
  8 Feb25_161500_2014_spect.TXT 161450 4.33 5.59 30.15 5463 3000 10  17   633.01 -        633.01 
477 11 Etienne Pallier
  9 Feb25_161532_2014_spect.TXT 161521 4.29 5.59 30.15 5473 2975 10  25   703.08 161556    68.71 
478 11 Etienne Pallier
 10 Feb25_161556_2014_spect.TXT 161546 4.36 5.52 30.15 5473 3000 10  17   634.36 -        634.36 
479 11 Etienne Pallier
 11 Feb25_161646_2014_spect.TXT 161636 4.33 5.63 30.15 5482 2983 10  25   702.22 161711    67.98 
480 11 Etienne Pallier
 12 Feb25_161711_2014_spect.TXT 161701 4.33 5.59 30.15 5482 3000 10  17   634.24 -        634.24 
481 11 Etienne Pallier
 13 Feb25_161743_2014_spect.TXT 161733 4.36 5.55 30.15 5493 2992 10  25   695.08 161808    58.88 
482 11 Etienne Pallier
 14 Feb25_161808_2014_spect.TXT 161757 4.36 5.55 30.15 5493 3000 10  17   636.20 -        636.20 
483 11 Etienne Pallier
 15 Feb25_161840_2014_spect.TXT 161829 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  25   683.94 161905    46.74 
484 11 Etienne Pallier
 16 Feb25_161905_2014_spect.TXT 161854 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  17   637.20 -        637.20 
485 11 Etienne Pallier
 17 Feb25_161937_2014_spect.TXT 161926 4.40 5.59 30.15 5513 3009 10  25   675.67 162002    37.24 
486 11 Etienne Pallier
 18 Feb25_162002_2014_spect.TXT 161951 4.44 5.59 30.15 5513 3000 10  17   638.43 -        638.43 
487 11 Etienne Pallier
 19 Feb25_162034_2014_spect.TXT 162023 4.36 5.63 30.15 5522 3017 10  25   663.56 162059    24.10 
488 15 Etienne Pallier
 20 (D) Feb25_162059_2014_spect.TXT 162048 4.40 5.63 30.15 5522 3000 10  17   639.46 -        639.46
489 15 Etienne Pallier
490 46 Etienne Pallier
h3. CAS EXCEPTIONNELS à traiter (Exceptions)
491 43 Etienne Pallier
492 43 Etienne Pallier
 * NoDataFileFoundException : pas de fichier (ni Spectre ni SOH) dans le dossier DATA/
493 43 Etienne Pallier
494 43 Etienne Pallier
 * MalformedFileException : fichier (Spectre ou SOH) avec format incorrect
495 43 Etienne Pallier
496 43 Etienne Pallier
 * UnknownCaseException : Cas inconnu ; par exemple, controlWord ni 17 (DARK) ni 25 (PAS DARK) !!!
497 43 Etienne Pallier
498 47 Etienne Pallier
 * noSOHFileFoundForSpectraFileException : pas de fichier SOH (HK) trouvé pour un fichier Spectra (data)
499 47 Etienne Pallier
500 136 Etienne Pallier
---
501 136 Etienne Pallier
502 83 Etienne Pallier
h2. RECUPERATION DU PROJET
503 91 Etienne Pallier
504 83 Etienne Pallier
505 83 Etienne Pallier
*a) Directement, depuis svn*
506 83 Etienne Pallier
507 83 Etienne Pallier
svn co https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
508 83 Etienne Pallier
509 83 Etienne Pallier
Si on ne veut pas rester synchronisé avec le repository (juste une copie du projet au temps t, sans les fichiers de versionning .svn) : 
510 1 Etienne Pallier
511 90 Etienne Pallier
svn export https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
512 90 Etienne Pallier
513 91 Etienne Pallier
514 58 Etienne Pallier
515 1 Etienne Pallier
*b) Par téléchargement (100 Mo à cause des données)*
516 1 Etienne Pallier
517 230 Etienne Pallier
(OLD VERSION) https://projects.irap.omp.eu/attachments/download/1237/c-spec-hk_1.1.tgz
518 86 Etienne Pallier
519 137 Etienne Pallier
---
520 137 Etienne Pallier
521 228 Etienne Pallier
h2. EXECUTION (out of date)
522 92 Etienne Pallier
523 92 Etienne Pallier
h3. 1) PRÉREQUIS : Python 2.7
524 92 Etienne Pallier
525 92 Etienne Pallier
h4. Sur Mac (Machine de développement)
526 92 Etienne Pallier
527 92 Etienne Pallier
Avec Macport, pour que la version 2.7 soit bien la version par défaut quand on tape "python" :
528 92 Etienne Pallier
529 92 Etienne Pallier
sudo port select --set python python27
530 92 Etienne Pallier
531 92 Etienne Pallier
$ which python
532 92 Etienne Pallier
/opt/local/bin/python
533 92 Etienne Pallier
534 92 Etienne Pallier
$ python --version
535 92 Etienne Pallier
Python 2.7.9
536 92 Etienne Pallier
537 92 Etienne Pallier
Mettre à jour MacPort :
538 92 Etienne Pallier
sudo port -v selfupdate
539 92 Etienne Pallier
sudo port upgrade outdated
540 92 Etienne Pallier
541 92 Etienne Pallier
542 92 Etienne Pallier
h4. Sur CentOS 6.5 (serveur de production)
543 92 Etienne Pallier
544 92 Etienne Pallier
(fait le 19/3/15 sur le pc-EGSE Chemcam ; cf fiche wiki du pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour)
545 92 Etienne Pallier
546 92 Etienne Pallier
Par défaut, Cent0S 6.5 propose Python 2.6
547 92 Etienne Pallier
548 94 Etienne Pallier
(Voir l'installation de Python 2.7 faite sur le pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Installation_de_Python_2_7)
549 86 Etienne Pallier
550 89 Etienne Pallier
h3. 2) EXECUTING TESTS
551 89 Etienne Pallier
552 86 Etienne Pallier
h4. Depuis Eclipse
553 86 Etienne Pallier
554 86 Etienne Pallier
Ouvrir la console adaptée : Window / Show View / PyUnit
555 86 Etienne Pallier
clic-droit sur test/c_spec_hk_TEST.py
556 86 Etienne Pallier
Run As / Python unit-test
557 89 Etienne Pallier
558 86 Etienne Pallier
559 89 Etienne Pallier
h4. En mode ligne de commande
560 86 Etienne Pallier
561 72 Etienne Pallier
h5. TESTS faits avec Python 2.7
562 72 Etienne Pallier
563 1 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
564 72 Etienne Pallier
565 73 Etienne Pallier
cd test/
566 1 Etienne Pallier
567 72 Etienne Pallier
$ py27 premiertest.py
568 1 Etienne Pallier
<pre>
569 72 Etienne Pallier
...
570 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
571 1 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
572 72 Etienne Pallier
573 72 Etienne Pallier
OK
574 73 Etienne Pallier
</pre>
575 72 Etienne Pallier
576 72 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk_TEST.py
577 72 Etienne Pallier
578 72 Etienne Pallier
<pre>
579 72 Etienne Pallier
...
580 1 Etienne Pallier
======================================================================
581 62 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
582 1 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 5.833s
583 1 Etienne Pallier
584 72 Etienne Pallier
OK
585 72 Etienne Pallier
</pre>
586 1 Etienne Pallier
587 62 Etienne Pallier
588 72 Etienne Pallier
589 72 Etienne Pallier
590 70 Etienne Pallier
*2) Tests de Performance (Benchmark)*
591 70 Etienne Pallier
592 62 Etienne Pallier
Depuis la racine du projet :
593 62 Etienne Pallier
594 62 Etienne Pallier
<pre>
595 62 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk.py -t
596 62 Etienne Pallier
...Executing main program...
597 62 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
598 62 Etienne Pallier
599 62 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
600 62 Etienne Pallier
601 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
602 62 Etienne Pallier
0.000790863037109
603 62 Etienne Pallier
604 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
605 62 Etienne Pallier
0.000117941689491
606 62 Etienne Pallier
607 62 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
608 62 Etienne Pallier
0.0429699897766
609 62 Etienne Pallier
610 62 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
611 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
612 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
613 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
614 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
615 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
616 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
617 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
618 62 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
619 62 Etienne Pallier
total 56
620 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20110223
621 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2011_0223_logs.csv
622 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20130223
623 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2013_0223_logs.csv
624 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140123
625 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0123_logs.csv
626 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140223
627 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0223_logs.csv
628 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140225
629 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  16:39 2014_0225_logs.csv
630 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140226
631 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  16:39 2014_0226_logs.csv
632 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20150223
633 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2015_0223_logs.csv
634 62 Etienne Pallier
635 62 Etienne Pallier
1.91459012032
636 1 Etienne Pallier
Average time per day : 0.273513
637 1 Etienne Pallier
638 1 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
639 62 Etienne Pallier
640 1 Etienne Pallier
</pre>
641 86 Etienne Pallier
642 89 Etienne Pallier
643 86 Etienne Pallier
644 72 Etienne Pallier
h5. TESTS faits avec Python 2.6
645 1 Etienne Pallier
646 72 Etienne Pallier
C'est encore possible de faire tourner le logiciel en Python 2.6 dans la version 1.1.x, mais ça ne sera plus garanti dans l'avenir (à partir de la version 1.2.x)
647 1 Etienne Pallier
648 72 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
649 1 Etienne Pallier
650 72 Etienne Pallier
cd test/
651 72 Etienne Pallier
652 72 Etienne Pallier
$ python premiertest.py
653 72 Etienne Pallier
<pre>
654 72 Etienne Pallier
...
655 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
656 72 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
657 72 Etienne Pallier
658 72 Etienne Pallier
OK
659 72 Etienne Pallier
</pre>
660 72 Etienne Pallier
661 72 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk_TEST.py
662 72 Etienne Pallier
663 72 Etienne Pallier
<pre>
664 72 Etienne Pallier
...
665 72 Etienne Pallier
======================================================================
666 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
667 72 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 6.742s
668 72 Etienne Pallier
669 72 Etienne Pallier
OK
670 72 Etienne Pallier
</pre>
671 72 Etienne Pallier
672 72 Etienne Pallier
---
673 72 Etienne Pallier
674 72 Etienne Pallier
675 72 Etienne Pallier
*2) Tests de Performance (Benchmark)*
676 72 Etienne Pallier
677 58 Etienne Pallier
Depuis la racine du projet 
678 58 Etienne Pallier
679 58 Etienne Pallier
$ ./c_spec_hk.py -t
680 58 Etienne Pallier
<pre>
681 58 Etienne Pallier
...Executing main program...
682 58 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
683 58 Etienne Pallier
684 58 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
685 58 Etienne Pallier
686 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
687 58 Etienne Pallier
0.00105306601524
688 58 Etienne Pallier
689 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
690 58 Etienne Pallier
0.000152537894249
691 58 Etienne Pallier
692 58 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
693 58 Etienne Pallier
0.0518409013748
694 58 Etienne Pallier
695 58 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
696 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
697 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
698 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
699 1 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
700 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
701 59 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
702 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
703 58 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
704 58 Etienne Pallier
total 56
705 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20110223
706 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2011_0223_logs.csv
707 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20130223
708 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2013_0223_logs.csv
709 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140123
710 1 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0123_logs.csv
711 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140223
712 80 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0223_logs.csv
713 21 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140225
714 25 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  14:01 2014_0225_logs.csv
715 1 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140226
716 22 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  14:01 2014_0226_logs.csv
717 22 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20150223
718 21 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2015_0223_logs.csv
719 21 Etienne Pallier
720 77 Etienne Pallier
2.33647012711
721 21 Etienne Pallier
Average time per day : 0.333781
722 21 Etienne Pallier
723 1 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
724 96 Etienne Pallier
</pre>
725 21 Etienne Pallier
726 97 Etienne Pallier
h3. 3) EXECUTING MAIN SCRIPT 
727 1 Etienne Pallier
728 88 Etienne Pallier
h4. Depuis Eclipse
729 88 Etienne Pallier
730 21 Etienne Pallier
clic-droit sur c_spec_hk.py
731 97 Etienne Pallier
Run As / Python Run
732 21 Etienne Pallier
733 21 Etienne Pallier
h4. In Command line mode
734 1 Etienne Pallier
735 80 Etienne Pallier
	a) Pour voir l'aide :
736 81 Etienne Pallier
737 80 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk.py -h
738 1 Etienne Pallier
739 80 Etienne Pallier
...Executing main program...
740 1 Etienne Pallier
741 81 Etienne Pallier
Usage:
742 1 Etienne Pallier
743 81 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py [-i <inputDataDir>] [-o <outputLogDir>]
744 1 Etienne Pallier
OR
745 81 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py [--inputDir=<inputDataDir>] [--outputDir=<outputLogDir>]
746 1 Etienne Pallier
747 80 Etienne Pallier
Ex: python27 c_spec_hk.py-i './DATA' -o './LOGS'
748 80 Etienne Pallier
749 80 Etienne Pallier
All options available are (none is mandatory) :
750 80 Etienne Pallier
-d : activate DEBUG mode
751 80 Etienne Pallier
-h : print this HELP message
752 80 Etienne Pallier
-n : do NOT create sub-directories (like YYYYMMDD) for each day
753 80 Etienne Pallier
-t : test execution TIME of several methods
754 1 Etienne Pallier
-v : print current VERSION number
755 21 Etienne Pallier
-i <inputDataDir> or --input=<inputDataDir> : set INPUT directory from where DATA files are READ (default is "DATA")
756 1 Etienne Pallier
-o <outputDataDir> or --output=<outputLogDir> : set OUTPUT directory where LOG files are WRITTEN to (default is "LOGS")
757 81 Etienne Pallier
758 80 Etienne Pallier
759 23 Etienne Pallier
760 81 Etienne Pallier
	b) Speed testing (benchmark)
761 21 Etienne Pallier
762 21 Etienne Pallier
cf https://projects.irap.omp.eu/projects/cspechkanalyser/wiki/Wiki#TESTS-faits-avec-Python-27 (section "Tests de performance")
763 21 Etienne Pallier
764 21 Etienne Pallier
765 82 Etienne Pallier
	c) Pour faire un test avec les données d'échantillon fournies :
766 1 Etienne Pallier
767 82 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py -i test/DATASET/UC0_NOMINAL/DATA -o /tmp/LOGS
768 82 Etienne Pallier
769 21 Etienne Pallier
(il faudra d'abord créer le dossier LOGS/ dans /tmp)
770 21 Etienne Pallier
771 82 Etienne Pallier
Exemple d'affichage attendu :
772 21 Etienne Pallier
773 82 Etienne Pallier
...Executing main program...
774 82 Etienne Pallier
775 21 Etienne Pallier
inputDataDir is "test/DATASET/UC0_NOMINAL/DATA"
776 82 Etienne Pallier
ouputLogDir is "/tmp/LOGS"
777 82 Etienne Pallier
778 21 Etienne Pallier
The DATA DIR (input) contains 126 files (total)
779 82 Etienne Pallier
The DATA DIR (input) contains 26 SPECTRA text files
780 82 Etienne Pallier
781 21 Etienne Pallier
Log files created in /tmp/LOGS/ :
782 21 Etienne Pallier
['20110223', '20130223', '20140123', '20140223', '20140225', '20140226', '20150223']
783 36 Etienne Pallier
784 54 Etienne Pallier
785 36 Etienne Pallier
---
786 52 Etienne Pallier
787 229 Etienne Pallier
h2. DAILY WORKFLOW (out of date)
788 52 Etienne Pallier
789 1 Etienne Pallier
h3. 1) Voici la structure de fichiers réalisée sur le pc-EGSE :
790 52 Etienne Pallier
791 52 Etienne Pallier
Les nouveaux fichiers de données produits lors des tirs de Chemcam sont automatiquement placés dans /home/vx/data/ (au fur et à mesure des tirs)
792 1 Etienne Pallier
793 1 Etienne Pallier
Ils sont ensuite déplacés dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ lorsqu'ils ont été traités
794 52 Etienne Pallier
795 37 Etienne Pallier
Les fichiers de LOG (relation spectre => HK) créés sont placés directment dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
796 53 Etienne Pallier
797 50 Etienne Pallier
<pre>
798 50 Etienne Pallier
799 50 Etienne Pallier
- /home/vx/data/ : données d'origine restant à traiter (spectres et HK), provenant directement de la manip
800 50 Etienne Pallier
801 36 Etienne Pallier
- /home/vx/EQM_DATA/ : données traitées (spectres, HK, et fichiers logs produits)
802 36 Etienne Pallier
    - AAAAMMJJ/ : un dossier par jour
803 142 Etienne Pallier
        - le fichier log produit (CSV)
804 40 Etienne Pallier
        - DATA/ : les données d'origine (spectres et HK)
805 48 Etienne Pallier
806 1 Etienne Pallier
</pre>
807 51 Etienne Pallier
808 48 Etienne Pallier
h3. 2) WORKFLOW
809 57 Etienne Pallier
810 55 Etienne Pallier
Ce workflow devrait normalement fonctionner dans tous les cas de figure (démarrage n'importe quand, en début de journée ou en cours de journée, ou même reprise après un crash brutal...)
811 1 Etienne Pallier
812 39 Etienne Pallier
Démarrage automatique du workflow à partir du Démarrage du pc-EGSE
813 57 Etienne Pallier
814 1 Etienne Pallier
1) Faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents dans le dossier /home/vx/data/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
815 57 Etienne Pallier
Les fichiers LOGS produits sont placés automatiquement dans le dossier correspondant à leur jour /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
816 57 Etienne Pallier
(AAAA année en 4 chiffres, MM mois en deux chiffres et JJ jour du mois en deux chiffres)
817 57 Etienne Pallier
818 57 Etienne Pallier
2) Déplacer TOUS les fichiers de /home/vx/data/ dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
819 57 Etienne Pallier
820 48 Etienne Pallier
3) (Every 5 seconds) : pour les fichiers du jour J
821 1 Etienne Pallier
S'il existe au moins un fichier dans /home/vx/data/, faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents 
822 51 Etienne Pallier
LE FICHIER LOG produit (un seul pour le jour J) est placé automatiquement dans le dossier correspondant à son jour (J) /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
823 1 Etienne Pallier
Attention : on ne déplace pas les fichiers dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ ; cela sera fait au prochain démarrage du workflow) ; cela permet d'avoir un fichier LOG qui se complète au fur et à mesure de la journée
824 1 Etienne Pallier
Il faudrait quand meme les COPIER (cp) (mais pas les DEPLACER (mv))
825 1 Etienne Pallier
OPTIMISATION : Exécution SSI le nb de fichiers du repertoire DATA/ a changé (tenir à jour un fichier contenant le nb de files)
826 1 Etienne Pallier
827 1 Etienne Pallier
Fin du workflow à l'extinction du pc-EGSE