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Version 226 (Etienne Pallier, 03/08/2016 11:42 pm)

1 1 Etienne Pallier
h1. Wiki
2 1 Etienne Pallier
3 209 Etienne Pallier
*Traitement batch (Python) faisant l'extraction des HK et les associant à leurs fichiers spectres respectifs dans un fichier résultat de log et en les contextualisant* 
4 209 Etienne Pallier
5 220 Etienne Pallier
HELP sur ce wiki : http://www.redmine.org/projects/redmine/wiki/User_Guide
6 1 Etienne Pallier
7 211 Etienne Pallier
8 8 Etienne Pallier
{{toc}}
9 3 Etienne Pallier
10 105 Etienne Pallier
11 1 Etienne Pallier
---
12 211 Etienne Pallier
13 217 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}STATUT ACTUEL DU LOGICIEL%
14 1 Etienne Pallier
15 218 Etienne Pallier
*Version 2.0 en cours...*
16 218 Etienne Pallier
17 223 Etienne Pallier
https://projects.irap.omp.eu/projects/cspechkanalyser/roadmap (puis aller sur la version 2.0) 
18 221 Etienne Pallier
19 215 Etienne Pallier
version:"Version 2.0" (lien direct vers la version 2.0)
20 215 Etienne Pallier
21 225 Etienne Pallier
Trié par sujet : https://projects.irap.omp.eu/projects/cspechkanalyser/issues?page=1&per_page=50&query_id=190
22 224 Etienne Pallier
23 215 Etienne Pallier
(ou bien cliquer sur l'onglet Roadmap)
24 215 Etienne Pallier
25 215 Etienne Pallier
26 215 Etienne Pallier
---
27 1 Etienne Pallier
28 124 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}UTILISATION EFFECTIVE EN SALLE BLANCHE%
29 124 Etienne Pallier
30 189 Etienne Pallier
Ce logiciel est installé sur le Pc Chemcam, en salle blanche : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour
31 124 Etienne Pallier
32 226 Etienne Pallier
http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Utilisation
33 105 Etienne Pallier
34 105 Etienne Pallier
---
35 123 Etienne Pallier
36 123 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}DEPOT SVN%
37 123 Etienne Pallier
38 35 Etienne Pallier
39 35 Etienne Pallier
(cliquer sur l'onglet Dépôt)
40 35 Etienne Pallier
41 35 Etienne Pallier
 * URL du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk/
42 35 Etienne Pallier
43 35 Etienne Pallier
 * Administration du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu
44 35 Etienne Pallier
45 35 Etienne Pallier
 * Administrateur : Etienne Pallier
46 35 Etienne Pallier
47 35 Etienne Pallier
 * Groupes :
48 76 Etienne Pallier
49 35 Etienne Pallier
   * grp-admin-chemcam : Admin du dépot CHEMCAM (RW sur racine).
50 35 Etienne Pallier
   * grp-chemcam : Les développeurs de CHEMCAM (RW sur branches).
51 35 Etienne Pallier
   * On peut également créer un groupe grp-readonly-chemcam (et mettre les droits en read-only sur tout le projet)
52 35 Etienne Pallier
53 35 Etienne Pallier
 * Ajout d'utilisateurs 
54 35 Etienne Pallier
55 11 Etienne Pallier
  * On peut ajouter des utilisateurs extérieurs via l'interface web, puis les ajouter dans les groupes (en tant que "Utilisateurs affectés").
56 42 Etienne Pallier
  * Dans le cas des utilisateurs IRAP, il faut qu'ils se connectent une première fois sur https://usvn-idems.irap.omp.eu avec leur login/mdp IRAP avant de pouvoir être affectés dans les groupes du repository.
57 41 Etienne Pallier
58 104 Etienne Pallier
 * Dashboard : le dashboard du projet est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu (=interface de gestion des utilisateurs, groupes et droits d'accès sur le repo, et également navigateur/explorateur du repo)
59 104 Etienne Pallier
60 104 Etienne Pallier
 * Accès : Le repo SVN est accessible depuis partout dans le monde (svn-over-https only), la racine du repo est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/chemcam/
61 104 Etienne Pallier
62 104 Etienne Pallier
 * TODO: passer sur SourceSup : https://sourcesup.renater.fr, https://sourcesup.cru.fr/
63 104 Etienne Pallier
64 104 Etienne Pallier
65 104 Etienne Pallier
66 104 Etienne Pallier
67 121 Etienne Pallier
68 11 Etienne Pallier
69 120 Etienne Pallier
---
70 120 Etienne Pallier
71 193 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}2015 Juin-Juillet - TRANSFORMATION (EN VUE D'UNE COLLABORATION AVEC C-GDL)%
72 122 Etienne Pallier
73 134 Etienne Pallier
Suite aux réunions du 29/4/15 et du 22/5/15 avec OG, WR, AC, PM, et EP,
74 152 Etienne Pallier
un nouveau besoin a été exprimé qui pourrait être résolu en faisant collaborer 2 outils existants (C-SPEC-HK et [[cgdl:|C-GDL]]),
75 134 Etienne Pallier
et en leur apportant quelques adaptations.
76 134 Etienne Pallier
77 141 Etienne Pallier
*Actions* : 
78 150 Etienne Pallier
- OG et AC : réfléchir à une simplification éventuelle de l'outil CGDL (en un seul formulaire au lieu de plusieurs onglets)
79 141 Etienne Pallier
80 197 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}1. BESOIN%
81 1 Etienne Pallier
82 131 Etienne Pallier
Créer un *contexte* (ensemble d'informations de description) pour décrire chaque *observation* (série de tirs ChemCam) effectuée en salle blanche.
83 131 Etienne Pallier
A ce contexte, seront automatiquement associés tous les fichiers (spectres, HK, ...) générés à l'occasion des tirs ChemCam.
84 1 Etienne Pallier
Un nouveau contexte devra être créé à chaque fois qu'on change de roche, de distance de tir, ou bien de type d'atmosphère...
85 1 Etienne Pallier
86 198 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}2. SOLUTION TECHNIQUE (updated 3/7/15)%
87 129 Etienne Pallier
88 130 Etienne Pallier
Pour répondre à ce besoin, plutôt que de re-développer un nouvel outil, on doit pouvoir faire collaborer efficacement deux outils existants que sont C-GDL et C-SPEC-HK,
89 130 Etienne Pallier
et qui devront en outre subir quelques adaptations plus ou moins importantes.
90 126 Etienne Pallier
*C-GDL* est une IHM Java qui permet de créer manuellement un contexte 
91 126 Etienne Pallier
*C-SPEC-HK* est un script Python qui s'exécute en permanence en arrière-plan, et qui associe automatiquement les fichiers HK (SOH) aux fichiers spectres et crée un fichier LOG quotidien décrivant ces associations (pour la journée), au fur et à mesure des tirs ChemCam
92 126 Etienne Pallier
Il faut donc faire collaborer ces 2 outils pour qu'un contexte C-GDL soit automatiquement associé aux fichiers générés par les tirs ChemCam et qui sont regroupés par C-SPEC-HK (y-compris le fichier de LOG généré par C-SPEC-HK).
93 126 Etienne Pallier
94 198 Etienne Pallier
h4. 2.1 *Proposition de collaboration entre ces 2 outils*
95 145 Etienne Pallier
96 144 Etienne Pallier
{{thumbnail(Collaboration C-SPEC-HK et C-GDL.jpg, size=300, title=Dashboard_Controller)}}
97 143 Etienne Pallier
98 1 Etienne Pallier
_Document original (Open Office Presentation) : attachment:"Collaboration C-SPEC-HK et C-GDL.odg"_
99 194 Etienne Pallier
100 198 Etienne Pallier
h4. 2.2 *ALGORITHME GENERAL (en Python, mais lisible pour tout le monde)*
101 194 Etienne Pallier
102 205 Etienne Pallier
<pre><code class="python">
103 196 Etienne Pallier
    # delay between each iteration (seconds)
104 196 Etienne Pallier
    ITERATION_DELAY=60
105 194 Etienne Pallier
106 194 Etienne Pallier
    # get today date
107 194 Etienne Pallier
    today = getDate() # YYYYMMDD
108 1 Etienne Pallier
    
109 194 Etienne Pallier
    # process past data files if exist
110 194 Etienne Pallier
    processPastDataFiles(getPastDataFiles())
111 194 Etienne Pallier
    
112 195 Etienne Pallier
    # Every ITERATION_DELAY, process today data files and context files
113 194 Etienne Pallier
    while(True):
114 194 Etienne Pallier
        
115 194 Etienne Pallier
        # if exists new data files for today, re-process ALL today data files according to today context files
116 194 Etienne Pallier
        todayCurrentDataFiles = getTodayCurrentDataFiles()
117 194 Etienne Pallier
        if todayCurrentDataFiles:
118 194 Etienne Pallier
            # Move today current data files from data/ to EQM_DATA/<YYYYMMDD>/ALL/
119 194 Etienne Pallier
            archiveTodayCurrentDataFiles(todayCurrentDataFiles)     
120 194 Etienne Pallier
            # Create/Update <YYYYMMDD>_LOG.csv log file in EQM_DATA/<YYYYMMDD>/, from today current data files in EQM_DATA/<YYYYMMDD>/ALL/ 
121 194 Etienne Pallier
            updateTodayLogFile()               
122 194 Etienne Pallier
            
123 208 Etienne Pallier
        # (re-)Associate all related data files (from TODAY but also from the PAST) with their context files from cgdl/contexts/
124 194 Etienne Pallier
        # and put them into EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/<context name>/
125 208 Etienne Pallier
        bindDataFilesWithContextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday(getContextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday())                    
126 194 Etienne Pallier
             
127 194 Etienne Pallier
        # wait 60s
128 194 Etienne Pallier
        time.sleep(ITERATION_DELAY)
129 201 Etienne Pallier
130 201 Etienne Pallier
131 202 Etienne Pallier
132 202 Etienne Pallier
133 206 Etienne Pallier
#########################
134 206 Etienne Pallier
# FONCTIONS IMPORTANTES #
135 206 Etienne Pallier
#########################
136 201 Etienne Pallier
137 201 Etienne Pallier
def copyFilesIntoContextFolderForContextFile(cf):
138 201 Etienne Pallier
    copyContextFileIntoContextFolderForContextFile(cf)
139 201 Etienne Pallier
    copyLogFileIntoContextFolderForContextFile(cf)
140 201 Etienne Pallier
    copyRelatedDataFilesIntoContextFolderForContextFile(cf)
141 201 Etienne Pallier
142 201 Etienne Pallier
143 208 Etienne Pallier
def bindDataFilesWithContextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday(contextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday):
144 201 Etienne Pallier
    # Associate today ALL data files from EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/ with their context files from cgdl/contexts/ (and also the EQM_DATA/<YYYYMMDD>/>YYYYMMDD>_LOG.csv log file)
145 201 Etienne Pallier
    # and put them into EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/<context name>/
146 201 Etienne Pallier
    # Process each context file (from oldest to newest)
147 201 Etienne Pallier
    for cf in contextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday:
148 201 Etienne Pallier
        
149 201 Etienne Pallier
        # DELETED context file
150 201 Etienne Pallier
        if isDeletedContextFile(cf):
151 201 Etienne Pallier
            # This is not actual but only virtual "delete" 
152 201 Etienne Pallier
            deleteContextFolderForContextFile(cf)
153 201 Etienne Pallier
            continue
154 201 Etienne Pallier
        
155 201 Etienne Pallier
        # CREATED OR MODIFIED context file
156 201 Etienne Pallier
        #TODO: This should work even for 2 context files with different names but SAME date and time (both should get filled with the same content) 
157 201 Etienne Pallier
        # if context folder does not yet exist, create it (EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/<context name>/)
158 201 Etienne Pallier
        if not existsContextFolderForContextFile(cf): createContextFolderForContextFile(cf)
159 201 Etienne Pallier
        copyFilesIntoContextFolderForContextFile(cf)
160 201 Etienne Pallier
161 205 Etienne Pallier
</code></pre>
162 194 Etienne Pallier
163 200 Etienne Pallier
h4. 2.3. *Explications du déroulement d'une session d'observations ChemCam (selon le diagramme ci-dessus) (A METTRE A JOUR)* :
164 159 Etienne Pallier
165 185 Etienne Pallier
Cette solution technique a été mise à jour suite à la réunion du 5/6/15 (avec OG, AC, WR, et Richard Hitier).
166 171 Etienne Pallier
167 159 Etienne Pallier
Au démarrage du pc, les 2 logiciels C-SPEC-HK et C_GDL se lancent automatiquement.
168 159 Etienne Pallier
169 190 Etienne Pallier
Voici le workflow idéal :
170 190 Etienne Pallier
171 190 Etienne Pallier
On commence par créer un contexte avec C-GDL (mais on peut très bien le faire a posteriori, après les observations). Une fois enregistré (YYYYMMDD_HHMM-HHMM_context_<parametres>.xml), ce fichier se trouve dans cgdl/contexts/
172 162 Etienne Pallier
173 162 Etienne Pallier
On effectue des tirs ChemCam. Ces tirs génèrent des fichiers (SPEC, SOH...) qui sont automatiquement placés dans le dossier data/.
174 162 Etienne Pallier
Si jamais quelques tirs ont été effectués juste pour tester ChemCam avant de faire les vraies observations, on peut retarder la date début (Start time) du contexte pour que ces tirs ne soient pas pris en compte dans ce contexte.
175 1 Etienne Pallier
176 171 Etienne Pallier
C-SPEC-HK qui tourne en arrière plan effectue le traitement suivant toutes les minutes (ou delta secondes, délai à affiner en production) :
177 162 Etienne Pallier
178 1 Etienne Pallier
1) Il complète (ou crée, si c'est la première itération) le fichier de LOG (YYYYMMDD_LOG.csv) dans le dossier EQM_DATA/YYYYMMDD/
179 162 Etienne Pallier
à partir des fichiers qui sont dans data/
180 172 Etienne Pallier
C'est un fichier texte contenant des données tabulaires (CSV) qui font le lien entre les fichiers spectres et les fichiers HK (SOH et *+_TOUS_+* les autres) associés, en extrayant quelques paramètres essentiels dans les 2 types de fichiers
181 1 Etienne Pallier
182 163 Etienne Pallier
2) Il déplace (move) les fichiers concernés de data/ vers EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/, puisqu'ils ont été traités
183 1 Etienne Pallier
184 165 Etienne Pallier
3) Enfin, il associe les fichiers de données avec les contextes 
185 174 Etienne Pallier
186 185 Etienne Pallier
Pour cela, il suit cet algorithme :
187 165 Etienne Pallier
188 163 Etienne Pallier
* pour chaque fichier de contexte trouvé dans le dossier cgdl/contexts/ qui est à la date du jour :
189 177 Etienne Pallier
  
190 184 Etienne Pallier
 * si un dossier *du même nom* n'existe pas déjà dans EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/, il le crée 
191 184 Etienne Pallier
 * si un dossier *du même nom* existe (qu'il vienne d'être créé ou bien qu'il soit déjà là depuis longtemps), il y copie (copy) tous les fichiers manquants (par rapport à ceux qui devraient y être)
192 184 Etienne Pallier
les fichiers à copier sont :
193 1 Etienne Pallier
194 184 Etienne Pallier
  * le fichier de contexte 
195 184 Etienne Pallier
  * tous les fichiers du dossier EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/ dont la date est comprise entre le "start time" et le "stop time" du contexte
196 184 Etienne Pallier
  * la partie du fichier LOG concernée (on fera une sélection de "start time" à "stop time")
197 184 Etienne Pallier
198 192 Etienne Pallier
* s'il reste des dossiers qui n'ont pas de correspondance avec un contexte (parce qu'un contexte a été renommé ou supprimé), il leur ajoute le préfixe "_DELETED_"
199 1 Etienne Pallier
200 182 Etienne Pallier
_Par ce moyen, on peut créer un contexte qui se termine (bien) plus tard que l'heure actuelle (les nouveaux fichiers seront ainsi ajoutés au fur et à mesure de leur arrivée),
201 184 Etienne Pallier
et on s'assure d'avoir un dossier par contexte, contenant le fichier de contexte (+LOG) et tous les fichiers de données associés.
202 184 Etienne Pallier
Et ces dossiers devraient rester à jour même si le nom du contexte est modifié en cours de journée, voire même supprimé_.
203 179 Etienne Pallier
204 192 Etienne Pallier
NB : il faudra penser à supprimer manuellement de temps en temps les dossiers préfixés par "_DELETED_"
205 166 Etienne Pallier
206 166 Etienne Pallier
Les fichiers de données qui n'ont pas été associés à un contexte (soit par ce qu'aucun contexte n'a été créé dans la journée, soit parce qu'il n'y a pas de contexte créé pour cette période là)
207 166 Etienne Pallier
seront de toutes façons dans le dossier EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/
208 166 Etienne Pallier
209 168 Etienne Pallier
Une fois les sessions d'observations ChemCam terminées, on peut fermer le logiciel C-GDL,
210 168 Etienne Pallier
mais il n'est pas nécessaire de terminer le logiciel C-SPEC-HK car il s'arrêtera automatiquement lors de l'extinction du pc (brutalement, mais, sauf cas exceptionnel, sans dommage)
211 1 Etienne Pallier
212 168 Etienne Pallier
Il sera cependant préférable d'attendre quelques minutes avant d'éteindre le pc après la création, la modification, ou la suppression d'un contexte,
213 168 Etienne Pallier
le temps que C-SPEC-HK traite ce changement dans une nouvelle itération...
214 162 Etienne Pallier
215 161 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}ADAPTATIONS NÉCESSAIRES SUR LES 2 LOGICIELS%
216 133 Etienne Pallier
217 149 Etienne Pallier
*Adaptations de C-GDL* : voir [[cgdl:wiki#Collaboration-avec-loutil-C-SPEC-HK|C-GDL]]
218 1 Etienne Pallier
219 133 Etienne Pallier
*Adaptations de C-SPEC-HK* : 
220 1 Etienne Pallier
221 169 Etienne Pallier
(Le fichier de LOG est un tableau de synthèse qui sera utile pour la partie processing, sorte de masterlist)
222 138 Etienne Pallier
223 169 Etienne Pallier
Transférer TOUS les types de fichiers (TXT, RAW…)
224 1 Etienne Pallier
225 138 Etienne Pallier
Fichier SOH le plus près AVANT le transmit (génère le spectre)
226 138 Etienne Pallier
(ce fichier SOH a été fait après le tir, et avant le transmit)
227 138 Etienne Pallier
228 138 Etienne Pallier
Changer label Distance : dist(mm) => dist SEED (mm)
229 138 Etienne Pallier
230 169 Etienne Pallier
Convertir la colonne pm en distance réelle : (quelqu'un donnera la formule) « dist real (mm)»
231 138 Etienne Pallier
232 138 Etienne Pallier
C-Spec-HK est déjà installé sur le pc-EGSE. Il faudra y ajouter C-GDL.
233 138 Etienne Pallier
234 138 Etienne Pallier
Fichier LOG : Produire un CSV + un fichier HTML (ou fichier texte séparé par tabulations) pour qu'il soit lisible sans devoir passer par Open Office
235 138 Etienne Pallier
236 138 Etienne Pallier
DARK BEFORE/AFTER : priorité au DARK AFTER
237 138 Etienne Pallier
Le DARK BEFORE est très rare, il existerait seulement si il y a 2 DARK à la suite (le 2ème serait le DARK BEFORE du SPECTRE LIBS qui arrive ensuite)
238 138 Etienne Pallier
=> pour simplifier, on peut le supprimer (donc supprimer 2 colonnes dans le fichier LOG)
239 138 Etienne Pallier
240 169 Etienne Pallier
Objectif : passer le délai de la boucle du traitement quotidien à 10 secondes (au lieu de 60 actuellement)
241 138 Etienne Pallier
242 1 Etienne Pallier
Les 2 fichiers "LOG général" et "LOG du jour" doivent s’afficher automatiquement au démarrage
243 1 Etienne Pallier
244 1 Etienne Pallier
Le LOG général affiche l'état en cours d'exécution du script, pour savoir où on en est :
245 138 Etienne Pallier
- a) traitement global des fichiers, avec affichage des dossiers jours créés
246 1 Etienne Pallier
Ne pas afficher le contenu de /home/vx/EQM_DATA/
247 138 Etienne Pallier
(log files « created » in …)
248 138 Etienne Pallier
car ces dossiers ont été créés antérieurement
249 138 Etienne Pallier
N’afficher le contenu QUE du dossier qui vient d’être créé
250 138 Etienne Pallier
- b) traitement quotidien des fichiers du jour, avec affichage de : 
251 138 Etienne Pallier
  - numéro d'itération
252 138 Etienne Pallier
  - fichiers SPECTRE et SOH traités (+ leur nombre)
253 138 Etienne Pallier
254 138 Etienne Pallier
Le LOG quotidien affiche le contenu du fichier LOG du jour (qui se remplit au fur et à mesure)
255 138 Etienne Pallier
256 138 Etienne Pallier
Mettre les 4 champs de température laser
257 138 Etienne Pallier
258 138 Etienne Pallier
Supprimer nshots
259 138 Etienne Pallier
260 169 Etienne Pallier
Dans l'idéal, si on veut vraiment faire collaborer les 3 outils C-Spec-HK, C-GDL, et la prise de photos par la webcam du pc portable de la salle blanche (...), 
261 169 Etienne Pallier
la communication avec la webcam nécessiterait de mettre les 2 pc (PC-EGSE et le portable webcam) en réseau (soit sur le réseau global IRAP, soit sur un réseau privé salle blanche avec un hub ou switch ; sachant que pc-EGSE est déjà en réseau privé avec le BU-EGSE, il faudrait donc mettre ces 3 éléments sur un même réseau, pas simple...).
262 169 Etienne Pallier
En attendant, on pourrait se contenter d'un "mode dégradé", qui consisterait à copier manuellement (via clé ou disque usb) les photos de la webcam sur le pc-EGSE
263 138 Etienne Pallier
264 169 Etienne Pallier
(Changement Technique internes : Ne laisser que c-spec-hk-workflow à la racine du projet, le reste doit être dans un sous-dossier (contiendra c-spec-hk + tests))
265 138 Etienne Pallier
266 138 Etienne Pallier
267 138 Etienne Pallier
268 138 Etienne Pallier
269 138 Etienne Pallier
270 138 Etienne Pallier
271 138 Etienne Pallier
272 138 Etienne Pallier
273 138 Etienne Pallier
274 138 Etienne Pallier
275 138 Etienne Pallier
276 138 Etienne Pallier
277 138 Etienne Pallier
278 138 Etienne Pallier
279 138 Etienne Pallier
280 138 Etienne Pallier
281 138 Etienne Pallier
282 138 Etienne Pallier
283 138 Etienne Pallier
284 138 Etienne Pallier
285 138 Etienne Pallier
286 138 Etienne Pallier
287 138 Etienne Pallier
288 138 Etienne Pallier
289 138 Etienne Pallier
290 138 Etienne Pallier
291 138 Etienne Pallier
292 138 Etienne Pallier
---
293 126 Etienne Pallier
294 120 Etienne Pallier
295 120 Etienne Pallier
---
296 128 Etienne Pallier
297 128 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}SPECIFICATIONS%
298 128 Etienne Pallier
299 1 Etienne Pallier
300 11 Etienne Pallier
301 12 Etienne Pallier
h3. Schéma de connexion
302 11 Etienne Pallier
303 11 Etienne Pallier
PcEGSE <==RJ45==> EGSE <==serial==> ChemCam
304 11 Etienne Pallier
305 11 Etienne Pallier
ChemCam (garde tous les spectres en RAM) : serial==> BU (Body Unit) <== MU (Mast Unit)
306 11 Etienne Pallier
- MU : fait les tirs
307 11 Etienne Pallier
- BU : analyse les spectres
308 11 Etienne Pallier
309 11 Etienne Pallier
SOH (Spectra O? HK)
310 11 Etienne Pallier
311 30 Etienne Pallier
h3. Types d’observations
312 30 Etienne Pallier
313 30 Etienne Pallier
(sur la ligne DOLIBS modifier controlWord)
314 11 Etienne Pallier
315 11 Etienne Pallier
Bit # 	Bit Value	Fonction si activé
316 11 Etienne Pallier
-----	---------	------------------
317 11 Etienne Pallier
318 11 Etienne Pallier
0		1	 	Do focus : effectuer une focalisation (voir focusAlgorithm)
319 11 Etienne Pallier
320 11 Etienne Pallier
1		2	 	Pre dark spectra : acquisition d’un spectre dark AVANT les tirs
321 1 Etienne Pallier
322 11 Etienne Pallier
2		4 		Post dark spectra : acquisition d’un spectre dark APRES les tirs
323 11 Etienne Pallier
324 20 Etienne Pallier
*3		8 		Enable laser : effectuer un (des) tir(s) laser (voir Nshots) (sinon, c'est un DARK)*
325 11 Etienne Pallier
326 11 Etienne Pallier
4		16 		Collect spectra : acquisition de spectre pendant les tirs
327 11 Etienne Pallier
328 11 Etienne Pallier
5		32 		BS
329 11 Etienne Pallier
330 11 Etienne Pallier
331 14 Etienne Pallier
=> 25 = 1+8+16 = tir avec laser
332 14 Etienne Pallier
=> 17 = 1+0+16 = tir sans laser (DARK)
333 11 Etienne Pallier
334 11 Etienne Pallier
Bits 0 et 1 pas utilisés !!! :
335 11 Etienne Pallier
Le mode (Bit0 ET Bit1 activés) ne fait pas des darks after et before satisfaisant donc on le fait séparément en faisant un spectre sans enable laser,
336 1 Etienne Pallier
ce qui génère tous ces spectres avec un controlWord =17 dans la liste.
337 11 Etienne Pallier
338 31 Etienne Pallier
h3. Fichier spectre
339 11 Etienne Pallier
340 11 Etienne Pallier
Suite d'intensités pour chaque canal (dans l'ordre 0, 1, 2, 3, ... 6444)
341 11 Etienne Pallier
A représenter sur axe 
342 11 Etienne Pallier
- X : channel number, assimilable à longueur d'onde : 0 à 6444
343 11 Etienne Pallier
- Y : intensité
344 11 Etienne Pallier
345 11 Etienne Pallier
Si fichier DARK, alors intensités (à peu près) constantes (toutes égales) :
346 14 Etienne Pallier
=> donne le bruit de fond de l'instrument, puisque on a zero lumière
347 1 Etienne Pallier
348 32 Etienne Pallier
h3. Stratégie de développement
349 13 Etienne Pallier
350 11 Etienne Pallier
Prendre le last stack only
351 11 Etienne Pallier
352 11 Etienne Pallier
Lire fichier *_spect.TXT et *_SOH.TXT associé (celui qui est juste avant, < 5mn avant)
353 11 Etienne Pallier
354 11 Etienne Pallier
1 fich/jour
355 11 Etienne Pallier
356 11 Etienne Pallier
Methods to write :
357 11 Etienne Pallier
358 11 Etienne Pallier
findSOH(liste des *SOH.TXT du jour, spect.TXT)
359 16 Etienne Pallier
=> convertit les noms SOH en timestamps, trouve le SOH qui est juste avant le spect.TXT (< 5mn avant)
360 11 Etienne Pallier
361 11 Etienne Pallier
findDARK(liste des *spect.TXT (dark), le spect.TXT pour lequel on veut le dark)
362 16 Etienne Pallier
=> retourne le fichier dark qui est juste après (<5mn) (mais, peut être before...)
363 16 Etienne Pallier
=> regarde un peu autour (avant et après)
364 11 Etienne Pallier
365 11 Etienne Pallier
findAutofocus(...)
366 16 Etienne Pallier
=> *_afocus.TXT (juste prendre son nom, pas son contenu), qui est AVANT
367 11 Etienne Pallier
368 15 Etienne Pallier
h3. EXEMPLE DE FICHIER RESULTAT (LOG) A OBTENIR (1 par jour)
369 11 Etienne Pallier
370 11 Etienne Pallier
data_Feb25_2014_5 
371 11 Etienne Pallier
firstfile = Feb25_161115_2014_spect.TXT
372 11 Etienne Pallier
lastfile = Feb25_162059_2014_spect.TXT
373 1 Etienne Pallier
374 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, 
375 1 Etienne Pallier
376 11 Etienne Pallier
// from *_SOH.TXT file :
377 15 Etienne Pallier
nbStacks					// Nb de stacks (indiqué par le nb occurences de "mast SOH" qui indique le début d'un nouveau stack) - Prendre seulement les HK du LAST stack
378 1 Etienne Pallier
temp_laser_min(degC), temp_laser_max(degC),	// prendre min et max des 4 HK_Temp_Laser_1-4
379 15 Etienne Pallier
temp_spect(C), 					// Spectrometer_Temp
380 15 Etienne Pallier
pm(cnts), 					// Motor_Position
381 11 Etienne Pallier
382 11 Etienne Pallier
// from *_spect.TXT file :
383 15 Etienne Pallier
dist(mm),					// distance to target distToTarget
384 15 Etienne Pallier
nshots, 					// (Nshots) ajouter ici "nshots_real" car le laser fait parfois plus de shots que prévu (erreur) (lire 1ère ligne pour savoir le nb de col)
385 15 Etienne Pallier
controlWord, 					// 25 = tir avec laser,  17 = tir sans laser (DARK)
386 15 Etienne Pallier
data_mean,					// moyenne des data \ nbshots reels (= intensité moyenne ?) (à lire from >>>>>Begin Processed Spectral Data<<<<<)
387 15 Etienne Pallier
dark_file, 					// remplacer par dark_file_before, dark_file_after (file name)
388 15 Etienne Pallier
mean_spect_value - dark				// (= data_mean - ???)
389 11 Etienne Pallier
390 11 Etienne Pallier
391 11 Etienne Pallier
// Liste des fichiers *_spect.TXT associés avec leurs paramètres HK (trouvés dans *_SOH.TXT) :
392 11 Etienne Pallier
393 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, nbStacks, temp_laser_min, temp_laser_max, temp_spect, pm, dist(mm), nshots, controlWord, data_mean, dark_file_before, dark_file_after, mean_spect_value - dark
394 11 Etienne Pallier
395 11 Etienne Pallier
  1 Feb25_161115_2014_spect.TXT 161055 nbStacks 4.25 5.44 30.15 5499 3000 10  25   677.39 161142 dark_file_after 50.28 
396 15 Etienne Pallier
  2 (D)Feb25_161142_2014_spect.TXT 161132 4.29 5.48 30.15 5499 3000 10  17   627.11 -        627.11 
397 11 Etienne Pallier
  3 Feb25_161243_2014_spect.TXT 161210 4.29 5.33 30.15 5444 2951 10  25   649.07 161307    19.72 
398 11 Etienne Pallier
  4 Feb25_161307_2014_spect.TXT 161257 4.25 5.55 30.15 5444 3000 10  17   629.35 -        629.35 
399 11 Etienne Pallier
  5 Feb25_161339_2014_spect.TXT 161329 4.25 5.59 30.15 5454 2959 10  25   674.78 161404    43.76 
400 1 Etienne Pallier
  6 Feb25_161404_2014_spect.TXT 161353 4.29 5.52 30.15 5454 3000 10  17   631.02 -        631.02 
401 1 Etienne Pallier
  7 Feb25_161435_2014_spect.TXT 161425 4.21 5.55 30.15 5463 2967 10  25   693.77 161500    60.76 
402 11 Etienne Pallier
  8 Feb25_161500_2014_spect.TXT 161450 4.33 5.59 30.15 5463 3000 10  17   633.01 -        633.01 
403 11 Etienne Pallier
  9 Feb25_161532_2014_spect.TXT 161521 4.29 5.59 30.15 5473 2975 10  25   703.08 161556    68.71 
404 11 Etienne Pallier
 10 Feb25_161556_2014_spect.TXT 161546 4.36 5.52 30.15 5473 3000 10  17   634.36 -        634.36 
405 11 Etienne Pallier
 11 Feb25_161646_2014_spect.TXT 161636 4.33 5.63 30.15 5482 2983 10  25   702.22 161711    67.98 
406 11 Etienne Pallier
 12 Feb25_161711_2014_spect.TXT 161701 4.33 5.59 30.15 5482 3000 10  17   634.24 -        634.24 
407 11 Etienne Pallier
 13 Feb25_161743_2014_spect.TXT 161733 4.36 5.55 30.15 5493 2992 10  25   695.08 161808    58.88 
408 11 Etienne Pallier
 14 Feb25_161808_2014_spect.TXT 161757 4.36 5.55 30.15 5493 3000 10  17   636.20 -        636.20 
409 11 Etienne Pallier
 15 Feb25_161840_2014_spect.TXT 161829 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  25   683.94 161905    46.74 
410 11 Etienne Pallier
 16 Feb25_161905_2014_spect.TXT 161854 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  17   637.20 -        637.20 
411 11 Etienne Pallier
 17 Feb25_161937_2014_spect.TXT 161926 4.40 5.59 30.15 5513 3009 10  25   675.67 162002    37.24 
412 11 Etienne Pallier
 18 Feb25_162002_2014_spect.TXT 161951 4.44 5.59 30.15 5513 3000 10  17   638.43 -        638.43 
413 11 Etienne Pallier
 19 Feb25_162034_2014_spect.TXT 162023 4.36 5.63 30.15 5522 3017 10  25   663.56 162059    24.10 
414 15 Etienne Pallier
 20 (D) Feb25_162059_2014_spect.TXT 162048 4.40 5.63 30.15 5522 3000 10  17   639.46 -        639.46
415 15 Etienne Pallier
416 46 Etienne Pallier
h3. CAS EXCEPTIONNELS à traiter (Exceptions)
417 43 Etienne Pallier
418 43 Etienne Pallier
 * NoDataFileFoundException : pas de fichier (ni Spectre ni SOH) dans le dossier DATA/
419 43 Etienne Pallier
420 43 Etienne Pallier
 * MalformedFileException : fichier (Spectre ou SOH) avec format incorrect
421 43 Etienne Pallier
422 43 Etienne Pallier
 * UnknownCaseException : Cas inconnu ; par exemple, controlWord ni 17 (DARK) ni 25 (PAS DARK) !!!
423 43 Etienne Pallier
424 47 Etienne Pallier
 * noSOHFileFoundForSpectraFileException : pas de fichier SOH (HK) trouvé pour un fichier Spectra (data)
425 47 Etienne Pallier
426 136 Etienne Pallier
---
427 136 Etienne Pallier
428 83 Etienne Pallier
h2. RECUPERATION DU PROJET
429 91 Etienne Pallier
430 83 Etienne Pallier
431 83 Etienne Pallier
*a) Directement, depuis svn*
432 83 Etienne Pallier
433 83 Etienne Pallier
svn co https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
434 83 Etienne Pallier
435 83 Etienne Pallier
Si on ne veut pas rester synchronisé avec le repository (juste une copie du projet au temps t, sans les fichiers de versionning .svn) : 
436 1 Etienne Pallier
437 90 Etienne Pallier
svn export https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
438 90 Etienne Pallier
439 91 Etienne Pallier
440 58 Etienne Pallier
441 1 Etienne Pallier
*b) Par téléchargement (100 Mo à cause des données)*
442 1 Etienne Pallier
443 1 Etienne Pallier
https://projects.irap.omp.eu/attachments/download/1237/c-spec-hk_1.1.tgz
444 86 Etienne Pallier
445 137 Etienne Pallier
---
446 137 Etienne Pallier
447 95 Etienne Pallier
h2. EXECUTION
448 92 Etienne Pallier
449 92 Etienne Pallier
h3. 1) PRÉREQUIS : Python 2.7
450 92 Etienne Pallier
451 92 Etienne Pallier
h4. Sur Mac (Machine de développement)
452 92 Etienne Pallier
453 92 Etienne Pallier
Avec Macport, pour que la version 2.7 soit bien la version par défaut quand on tape "python" :
454 92 Etienne Pallier
455 92 Etienne Pallier
sudo port select --set python python27
456 92 Etienne Pallier
457 92 Etienne Pallier
$ which python
458 92 Etienne Pallier
/opt/local/bin/python
459 92 Etienne Pallier
460 92 Etienne Pallier
$ python --version
461 92 Etienne Pallier
Python 2.7.9
462 92 Etienne Pallier
463 92 Etienne Pallier
Mettre à jour MacPort :
464 92 Etienne Pallier
sudo port -v selfupdate
465 92 Etienne Pallier
sudo port upgrade outdated
466 92 Etienne Pallier
467 92 Etienne Pallier
468 92 Etienne Pallier
h4. Sur CentOS 6.5 (serveur de production)
469 92 Etienne Pallier
470 92 Etienne Pallier
(fait le 19/3/15 sur le pc-EGSE Chemcam ; cf fiche wiki du pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour)
471 92 Etienne Pallier
472 92 Etienne Pallier
Par défaut, Cent0S 6.5 propose Python 2.6
473 92 Etienne Pallier
474 94 Etienne Pallier
(Voir l'installation de Python 2.7 faite sur le pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Installation_de_Python_2_7)
475 86 Etienne Pallier
476 89 Etienne Pallier
h3. 2) EXECUTING TESTS
477 89 Etienne Pallier
478 86 Etienne Pallier
h4. Depuis Eclipse
479 86 Etienne Pallier
480 86 Etienne Pallier
Ouvrir la console adaptée : Window / Show View / PyUnit
481 86 Etienne Pallier
clic-droit sur test/c_spec_hk_TEST.py
482 86 Etienne Pallier
Run As / Python unit-test
483 89 Etienne Pallier
484 86 Etienne Pallier
485 89 Etienne Pallier
h4. En mode ligne de commande
486 86 Etienne Pallier
487 72 Etienne Pallier
h5. TESTS faits avec Python 2.7
488 72 Etienne Pallier
489 1 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
490 72 Etienne Pallier
491 73 Etienne Pallier
cd test/
492 1 Etienne Pallier
493 72 Etienne Pallier
$ py27 premiertest.py
494 1 Etienne Pallier
<pre>
495 72 Etienne Pallier
...
496 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
497 1 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
498 72 Etienne Pallier
499 72 Etienne Pallier
OK
500 73 Etienne Pallier
</pre>
501 72 Etienne Pallier
502 72 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk_TEST.py
503 72 Etienne Pallier
504 72 Etienne Pallier
<pre>
505 72 Etienne Pallier
...
506 1 Etienne Pallier
======================================================================
507 62 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
508 1 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 5.833s
509 1 Etienne Pallier
510 72 Etienne Pallier
OK
511 72 Etienne Pallier
</pre>
512 1 Etienne Pallier
513 62 Etienne Pallier
514 72 Etienne Pallier
515 72 Etienne Pallier
516 70 Etienne Pallier
*2) Tests de Performance (Benchmark)*
517 70 Etienne Pallier
518 62 Etienne Pallier
Depuis la racine du projet :
519 62 Etienne Pallier
520 62 Etienne Pallier
<pre>
521 62 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk.py -t
522 62 Etienne Pallier
...Executing main program...
523 62 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
524 62 Etienne Pallier
525 62 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
526 62 Etienne Pallier
527 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
528 62 Etienne Pallier
0.000790863037109
529 62 Etienne Pallier
530 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
531 62 Etienne Pallier
0.000117941689491
532 62 Etienne Pallier
533 62 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
534 62 Etienne Pallier
0.0429699897766
535 62 Etienne Pallier
536 62 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
537 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
538 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
539 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
540 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
541 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
542 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
543 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
544 62 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
545 62 Etienne Pallier
total 56
546 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20110223
547 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2011_0223_logs.csv
548 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20130223
549 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2013_0223_logs.csv
550 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140123
551 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0123_logs.csv
552 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140223
553 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0223_logs.csv
554 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140225
555 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  16:39 2014_0225_logs.csv
556 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140226
557 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  16:39 2014_0226_logs.csv
558 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20150223
559 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2015_0223_logs.csv
560 62 Etienne Pallier
561 62 Etienne Pallier
1.91459012032
562 1 Etienne Pallier
Average time per day : 0.273513
563 1 Etienne Pallier
564 1 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
565 62 Etienne Pallier
566 1 Etienne Pallier
</pre>
567 86 Etienne Pallier
568 89 Etienne Pallier
569 86 Etienne Pallier
570 72 Etienne Pallier
h5. TESTS faits avec Python 2.6
571 1 Etienne Pallier
572 72 Etienne Pallier
C'est encore possible de faire tourner le logiciel en Python 2.6 dans la version 1.1.x, mais ça ne sera plus garanti dans l'avenir (à partir de la version 1.2.x)
573 1 Etienne Pallier
574 72 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
575 1 Etienne Pallier
576 72 Etienne Pallier
cd test/
577 72 Etienne Pallier
578 72 Etienne Pallier
$ python premiertest.py
579 72 Etienne Pallier
<pre>
580 72 Etienne Pallier
...
581 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
582 72 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
583 72 Etienne Pallier
584 72 Etienne Pallier
OK
585 72 Etienne Pallier
</pre>
586 72 Etienne Pallier
587 72 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk_TEST.py
588 72 Etienne Pallier
589 72 Etienne Pallier
<pre>
590 72 Etienne Pallier
...
591 72 Etienne Pallier
======================================================================
592 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
593 72 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 6.742s
594 72 Etienne Pallier
595 72 Etienne Pallier
OK
596 72 Etienne Pallier
</pre>
597 72 Etienne Pallier
598 72 Etienne Pallier
---
599 72 Etienne Pallier
600 72 Etienne Pallier
601 72 Etienne Pallier
*2) Tests de Performance (Benchmark)*
602 72 Etienne Pallier
603 58 Etienne Pallier
Depuis la racine du projet 
604 58 Etienne Pallier
605 58 Etienne Pallier
$ ./c_spec_hk.py -t
606 58 Etienne Pallier
<pre>
607 58 Etienne Pallier
...Executing main program...
608 58 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
609 58 Etienne Pallier
610 58 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
611 58 Etienne Pallier
612 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
613 58 Etienne Pallier
0.00105306601524
614 58 Etienne Pallier
615 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
616 58 Etienne Pallier
0.000152537894249
617 58 Etienne Pallier
618 58 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
619 58 Etienne Pallier
0.0518409013748
620 58 Etienne Pallier
621 58 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
622 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
623 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
624 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
625 1 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
626 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
627 59 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
628 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
629 58 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
630 58 Etienne Pallier
total 56
631 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20110223
632 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2011_0223_logs.csv
633 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20130223
634 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2013_0223_logs.csv
635 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140123
636 1 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0123_logs.csv
637 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140223
638 80 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0223_logs.csv
639 21 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140225
640 25 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  14:01 2014_0225_logs.csv
641 1 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140226
642 22 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  14:01 2014_0226_logs.csv
643 22 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20150223
644 21 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2015_0223_logs.csv
645 21 Etienne Pallier
646 77 Etienne Pallier
2.33647012711
647 21 Etienne Pallier
Average time per day : 0.333781
648 21 Etienne Pallier
649 1 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
650 96 Etienne Pallier
</pre>
651 21 Etienne Pallier
652 97 Etienne Pallier
h3. 3) EXECUTING MAIN SCRIPT 
653 1 Etienne Pallier
654 88 Etienne Pallier
h4. Depuis Eclipse
655 88 Etienne Pallier
656 21 Etienne Pallier
clic-droit sur c_spec_hk.py
657 97 Etienne Pallier
Run As / Python Run
658 21 Etienne Pallier
659 21 Etienne Pallier
h4. In Command line mode
660 1 Etienne Pallier
661 80 Etienne Pallier
	a) Pour voir l'aide :
662 81 Etienne Pallier
663 80 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk.py -h
664 1 Etienne Pallier
665 80 Etienne Pallier
...Executing main program...
666 1 Etienne Pallier
667 81 Etienne Pallier
Usage:
668 1 Etienne Pallier
669 81 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py [-i <inputDataDir>] [-o <outputLogDir>]
670 1 Etienne Pallier
OR
671 81 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py [--inputDir=<inputDataDir>] [--outputDir=<outputLogDir>]
672 1 Etienne Pallier
673 80 Etienne Pallier
Ex: python27 c_spec_hk.py-i './DATA' -o './LOGS'
674 80 Etienne Pallier
675 80 Etienne Pallier
All options available are (none is mandatory) :
676 80 Etienne Pallier
-d : activate DEBUG mode
677 80 Etienne Pallier
-h : print this HELP message
678 80 Etienne Pallier
-n : do NOT create sub-directories (like YYYYMMDD) for each day
679 80 Etienne Pallier
-t : test execution TIME of several methods
680 1 Etienne Pallier
-v : print current VERSION number
681 21 Etienne Pallier
-i <inputDataDir> or --input=<inputDataDir> : set INPUT directory from where DATA files are READ (default is "DATA")
682 1 Etienne Pallier
-o <outputDataDir> or --output=<outputLogDir> : set OUTPUT directory where LOG files are WRITTEN to (default is "LOGS")
683 81 Etienne Pallier
684 80 Etienne Pallier
685 23 Etienne Pallier
686 81 Etienne Pallier
	b) Speed testing (benchmark)
687 21 Etienne Pallier
688 21 Etienne Pallier
cf https://projects.irap.omp.eu/projects/cspechkanalyser/wiki/Wiki#TESTS-faits-avec-Python-27 (section "Tests de performance")
689 21 Etienne Pallier
690 21 Etienne Pallier
691 82 Etienne Pallier
	c) Pour faire un test avec les données d'échantillon fournies :
692 1 Etienne Pallier
693 82 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py -i test/DATASET/UC0_NOMINAL/DATA -o /tmp/LOGS
694 82 Etienne Pallier
695 21 Etienne Pallier
(il faudra d'abord créer le dossier LOGS/ dans /tmp)
696 21 Etienne Pallier
697 82 Etienne Pallier
Exemple d'affichage attendu :
698 21 Etienne Pallier
699 82 Etienne Pallier
...Executing main program...
700 82 Etienne Pallier
701 21 Etienne Pallier
inputDataDir is "test/DATASET/UC0_NOMINAL/DATA"
702 82 Etienne Pallier
ouputLogDir is "/tmp/LOGS"
703 82 Etienne Pallier
704 21 Etienne Pallier
The DATA DIR (input) contains 126 files (total)
705 82 Etienne Pallier
The DATA DIR (input) contains 26 SPECTRA text files
706 82 Etienne Pallier
707 21 Etienne Pallier
Log files created in /tmp/LOGS/ :
708 21 Etienne Pallier
['20110223', '20130223', '20140123', '20140223', '20140225', '20140226', '20150223']
709 36 Etienne Pallier
710 54 Etienne Pallier
711 36 Etienne Pallier
---
712 52 Etienne Pallier
713 50 Etienne Pallier
h2. DAILY WORKFLOW
714 52 Etienne Pallier
715 1 Etienne Pallier
h3. 1) Voici la structure de fichiers réalisée sur le pc-EGSE :
716 52 Etienne Pallier
717 52 Etienne Pallier
Les nouveaux fichiers de données produits lors des tirs de Chemcam sont automatiquement placés dans /home/vx/data/ (au fur et à mesure des tirs)
718 1 Etienne Pallier
719 1 Etienne Pallier
Ils sont ensuite déplacés dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ lorsqu'ils ont été traités
720 52 Etienne Pallier
721 37 Etienne Pallier
Les fichiers de LOG (relation spectre => HK) créés sont placés directment dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
722 53 Etienne Pallier
723 50 Etienne Pallier
<pre>
724 50 Etienne Pallier
725 50 Etienne Pallier
- /home/vx/data/ : données d'origine restant à traiter (spectres et HK), provenant directement de la manip
726 50 Etienne Pallier
727 36 Etienne Pallier
- /home/vx/EQM_DATA/ : données traitées (spectres, HK, et fichiers logs produits)
728 36 Etienne Pallier
    - AAAAMMJJ/ : un dossier par jour
729 142 Etienne Pallier
        - le fichier log produit (CSV)
730 40 Etienne Pallier
        - DATA/ : les données d'origine (spectres et HK)
731 48 Etienne Pallier
732 1 Etienne Pallier
</pre>
733 51 Etienne Pallier
734 48 Etienne Pallier
h3. 2) WORKFLOW
735 57 Etienne Pallier
736 55 Etienne Pallier
Ce workflow devrait normalement fonctionner dans tous les cas de figure (démarrage n'importe quand, en début de journée ou en cours de journée, ou même reprise après un crash brutal...)
737 1 Etienne Pallier
738 39 Etienne Pallier
Démarrage automatique du workflow à partir du Démarrage du pc-EGSE
739 57 Etienne Pallier
740 1 Etienne Pallier
1) Faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents dans le dossier /home/vx/data/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
741 57 Etienne Pallier
Les fichiers LOGS produits sont placés automatiquement dans le dossier correspondant à leur jour /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
742 57 Etienne Pallier
(AAAA année en 4 chiffres, MM mois en deux chiffres et JJ jour du mois en deux chiffres)
743 57 Etienne Pallier
744 57 Etienne Pallier
2) Déplacer TOUS les fichiers de /home/vx/data/ dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
745 57 Etienne Pallier
746 48 Etienne Pallier
3) (Every 5 seconds) : pour les fichiers du jour J
747 1 Etienne Pallier
S'il existe au moins un fichier dans /home/vx/data/, faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents 
748 51 Etienne Pallier
LE FICHIER LOG produit (un seul pour le jour J) est placé automatiquement dans le dossier correspondant à son jour (J) /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
749 1 Etienne Pallier
Attention : on ne déplace pas les fichiers dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ ; cela sera fait au prochain démarrage du workflow) ; cela permet d'avoir un fichier LOG qui se complète au fur et à mesure de la journée
750 1 Etienne Pallier
Il faudrait quand meme les COPIER (cp) (mais pas les DEPLACER (mv))
751 1 Etienne Pallier
OPTIMISATION : Exécution SSI le nb de fichiers du repertoire DATA/ a changé (tenir à jour un fichier contenant le nb de files)
752 1 Etienne Pallier
753 1 Etienne Pallier
Fin du workflow à l'extinction du pc-EGSE