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Version 220 (Etienne Pallier, 02/08/2016 04:03 pm)

1 1 Etienne Pallier
h1. Wiki
2 1 Etienne Pallier
3 209 Etienne Pallier
*Traitement batch (Python) faisant l'extraction des HK et les associant à leurs fichiers spectres respectifs dans un fichier résultat de log et en les contextualisant* 
4 209 Etienne Pallier
5 220 Etienne Pallier
HELP sur ce wiki : http://www.redmine.org/projects/redmine/wiki/User_Guide
6 1 Etienne Pallier
7 211 Etienne Pallier
8 8 Etienne Pallier
{{toc}}
9 3 Etienne Pallier
10 105 Etienne Pallier
11 1 Etienne Pallier
---
12 211 Etienne Pallier
13 217 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}STATUT ACTUEL DU LOGICIEL%
14 1 Etienne Pallier
15 218 Etienne Pallier
*Version 2.0 en cours...*
16 218 Etienne Pallier
17 219 Etienne Pallier
[[roadmap]] (puis aller sur la version 2.0) 
18 219 Etienne Pallier
19 215 Etienne Pallier
https://projects.irap.omp.eu/projects/cspechkanalyser/roadmap (puis aller sur la version 2.0) 
20 215 Etienne Pallier
21 215 Etienne Pallier
(ou bien cliquer sur l'onglet Roadmap)
22 215 Etienne Pallier
23 215 Etienne Pallier
24 215 Etienne Pallier
---
25 1 Etienne Pallier
26 124 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}UTILISATION EFFECTIVE EN SALLE BLANCHE%
27 124 Etienne Pallier
28 189 Etienne Pallier
Ce logiciel est installé sur le Pc Chemcam, en salle blanche : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour
29 124 Etienne Pallier
30 106 Etienne Pallier
http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Utilisation_du_logiciel_C_SPEC_H
31 105 Etienne Pallier
32 105 Etienne Pallier
33 105 Etienne Pallier
---
34 123 Etienne Pallier
35 123 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}DEPOT SVN%
36 123 Etienne Pallier
37 35 Etienne Pallier
38 35 Etienne Pallier
(cliquer sur l'onglet Dépôt)
39 35 Etienne Pallier
40 35 Etienne Pallier
 * URL du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk/
41 35 Etienne Pallier
42 35 Etienne Pallier
 * Administration du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu
43 35 Etienne Pallier
44 35 Etienne Pallier
 * Administrateur : Etienne Pallier
45 35 Etienne Pallier
46 35 Etienne Pallier
 * Groupes :
47 76 Etienne Pallier
48 35 Etienne Pallier
   * grp-admin-chemcam : Admin du dépot CHEMCAM (RW sur racine).
49 35 Etienne Pallier
   * grp-chemcam : Les développeurs de CHEMCAM (RW sur branches).
50 35 Etienne Pallier
   * On peut également créer un groupe grp-readonly-chemcam (et mettre les droits en read-only sur tout le projet)
51 35 Etienne Pallier
52 35 Etienne Pallier
 * Ajout d'utilisateurs 
53 35 Etienne Pallier
54 11 Etienne Pallier
  * On peut ajouter des utilisateurs extérieurs via l'interface web, puis les ajouter dans les groupes (en tant que "Utilisateurs affectés").
55 42 Etienne Pallier
  * Dans le cas des utilisateurs IRAP, il faut qu'ils se connectent une première fois sur https://usvn-idems.irap.omp.eu avec leur login/mdp IRAP avant de pouvoir être affectés dans les groupes du repository.
56 41 Etienne Pallier
57 104 Etienne Pallier
 * Dashboard : le dashboard du projet est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu (=interface de gestion des utilisateurs, groupes et droits d'accès sur le repo, et également navigateur/explorateur du repo)
58 104 Etienne Pallier
59 104 Etienne Pallier
 * Accès : Le repo SVN est accessible depuis partout dans le monde (svn-over-https only), la racine du repo est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/chemcam/
60 104 Etienne Pallier
61 104 Etienne Pallier
 * TODO: passer sur SourceSup : https://sourcesup.renater.fr, https://sourcesup.cru.fr/
62 104 Etienne Pallier
63 104 Etienne Pallier
64 104 Etienne Pallier
65 104 Etienne Pallier
66 121 Etienne Pallier
67 11 Etienne Pallier
68 120 Etienne Pallier
---
69 120 Etienne Pallier
70 193 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}2015 Juin-Juillet - TRANSFORMATION (EN VUE D'UNE COLLABORATION AVEC C-GDL)%
71 122 Etienne Pallier
72 134 Etienne Pallier
Suite aux réunions du 29/4/15 et du 22/5/15 avec OG, WR, AC, PM, et EP,
73 152 Etienne Pallier
un nouveau besoin a été exprimé qui pourrait être résolu en faisant collaborer 2 outils existants (C-SPEC-HK et [[cgdl:|C-GDL]]),
74 134 Etienne Pallier
et en leur apportant quelques adaptations.
75 134 Etienne Pallier
76 141 Etienne Pallier
*Actions* : 
77 150 Etienne Pallier
- OG et AC : réfléchir à une simplification éventuelle de l'outil CGDL (en un seul formulaire au lieu de plusieurs onglets)
78 141 Etienne Pallier
79 197 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}1. BESOIN%
80 1 Etienne Pallier
81 131 Etienne Pallier
Créer un *contexte* (ensemble d'informations de description) pour décrire chaque *observation* (série de tirs ChemCam) effectuée en salle blanche.
82 131 Etienne Pallier
A ce contexte, seront automatiquement associés tous les fichiers (spectres, HK, ...) générés à l'occasion des tirs ChemCam.
83 1 Etienne Pallier
Un nouveau contexte devra être créé à chaque fois qu'on change de roche, de distance de tir, ou bien de type d'atmosphère...
84 1 Etienne Pallier
85 198 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}2. SOLUTION TECHNIQUE (updated 3/7/15)%
86 129 Etienne Pallier
87 130 Etienne Pallier
Pour répondre à ce besoin, plutôt que de re-développer un nouvel outil, on doit pouvoir faire collaborer efficacement deux outils existants que sont C-GDL et C-SPEC-HK,
88 130 Etienne Pallier
et qui devront en outre subir quelques adaptations plus ou moins importantes.
89 126 Etienne Pallier
*C-GDL* est une IHM Java qui permet de créer manuellement un contexte 
90 126 Etienne Pallier
*C-SPEC-HK* est un script Python qui s'exécute en permanence en arrière-plan, et qui associe automatiquement les fichiers HK (SOH) aux fichiers spectres et crée un fichier LOG quotidien décrivant ces associations (pour la journée), au fur et à mesure des tirs ChemCam
91 126 Etienne Pallier
Il faut donc faire collaborer ces 2 outils pour qu'un contexte C-GDL soit automatiquement associé aux fichiers générés par les tirs ChemCam et qui sont regroupés par C-SPEC-HK (y-compris le fichier de LOG généré par C-SPEC-HK).
92 126 Etienne Pallier
93 198 Etienne Pallier
h4. 2.1 *Proposition de collaboration entre ces 2 outils*
94 145 Etienne Pallier
95 144 Etienne Pallier
{{thumbnail(Collaboration C-SPEC-HK et C-GDL.jpg, size=300, title=Dashboard_Controller)}}
96 143 Etienne Pallier
97 1 Etienne Pallier
_Document original (Open Office Presentation) : attachment:"Collaboration C-SPEC-HK et C-GDL.odg"_
98 194 Etienne Pallier
99 198 Etienne Pallier
h4. 2.2 *ALGORITHME GENERAL (en Python, mais lisible pour tout le monde)*
100 194 Etienne Pallier
101 205 Etienne Pallier
<pre><code class="python">
102 196 Etienne Pallier
    # delay between each iteration (seconds)
103 196 Etienne Pallier
    ITERATION_DELAY=60
104 194 Etienne Pallier
105 194 Etienne Pallier
    # get today date
106 194 Etienne Pallier
    today = getDate() # YYYYMMDD
107 1 Etienne Pallier
    
108 194 Etienne Pallier
    # process past data files if exist
109 194 Etienne Pallier
    processPastDataFiles(getPastDataFiles())
110 194 Etienne Pallier
    
111 195 Etienne Pallier
    # Every ITERATION_DELAY, process today data files and context files
112 194 Etienne Pallier
    while(True):
113 194 Etienne Pallier
        
114 194 Etienne Pallier
        # if exists new data files for today, re-process ALL today data files according to today context files
115 194 Etienne Pallier
        todayCurrentDataFiles = getTodayCurrentDataFiles()
116 194 Etienne Pallier
        if todayCurrentDataFiles:
117 194 Etienne Pallier
            # Move today current data files from data/ to EQM_DATA/<YYYYMMDD>/ALL/
118 194 Etienne Pallier
            archiveTodayCurrentDataFiles(todayCurrentDataFiles)     
119 194 Etienne Pallier
            # Create/Update <YYYYMMDD>_LOG.csv log file in EQM_DATA/<YYYYMMDD>/, from today current data files in EQM_DATA/<YYYYMMDD>/ALL/ 
120 194 Etienne Pallier
            updateTodayLogFile()               
121 194 Etienne Pallier
            
122 208 Etienne Pallier
        # (re-)Associate all related data files (from TODAY but also from the PAST) with their context files from cgdl/contexts/
123 194 Etienne Pallier
        # and put them into EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/<context name>/
124 208 Etienne Pallier
        bindDataFilesWithContextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday(getContextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday())                    
125 194 Etienne Pallier
             
126 194 Etienne Pallier
        # wait 60s
127 194 Etienne Pallier
        time.sleep(ITERATION_DELAY)
128 201 Etienne Pallier
129 201 Etienne Pallier
130 202 Etienne Pallier
131 202 Etienne Pallier
132 206 Etienne Pallier
#########################
133 206 Etienne Pallier
# FONCTIONS IMPORTANTES #
134 206 Etienne Pallier
#########################
135 201 Etienne Pallier
136 201 Etienne Pallier
def copyFilesIntoContextFolderForContextFile(cf):
137 201 Etienne Pallier
    copyContextFileIntoContextFolderForContextFile(cf)
138 201 Etienne Pallier
    copyLogFileIntoContextFolderForContextFile(cf)
139 201 Etienne Pallier
    copyRelatedDataFilesIntoContextFolderForContextFile(cf)
140 201 Etienne Pallier
141 201 Etienne Pallier
142 208 Etienne Pallier
def bindDataFilesWithContextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday(contextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday):
143 201 Etienne Pallier
    # Associate today ALL data files from EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/ with their context files from cgdl/contexts/ (and also the EQM_DATA/<YYYYMMDD>/>YYYYMMDD>_LOG.csv log file)
144 201 Etienne Pallier
    # and put them into EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/<context name>/
145 201 Etienne Pallier
    # Process each context file (from oldest to newest)
146 201 Etienne Pallier
    for cf in contextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday:
147 201 Etienne Pallier
        
148 201 Etienne Pallier
        # DELETED context file
149 201 Etienne Pallier
        if isDeletedContextFile(cf):
150 201 Etienne Pallier
            # This is not actual but only virtual "delete" 
151 201 Etienne Pallier
            deleteContextFolderForContextFile(cf)
152 201 Etienne Pallier
            continue
153 201 Etienne Pallier
        
154 201 Etienne Pallier
        # CREATED OR MODIFIED context file
155 201 Etienne Pallier
        #TODO: This should work even for 2 context files with different names but SAME date and time (both should get filled with the same content) 
156 201 Etienne Pallier
        # if context folder does not yet exist, create it (EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/<context name>/)
157 201 Etienne Pallier
        if not existsContextFolderForContextFile(cf): createContextFolderForContextFile(cf)
158 201 Etienne Pallier
        copyFilesIntoContextFolderForContextFile(cf)
159 201 Etienne Pallier
160 205 Etienne Pallier
</code></pre>
161 194 Etienne Pallier
162 200 Etienne Pallier
h4. 2.3. *Explications du déroulement d'une session d'observations ChemCam (selon le diagramme ci-dessus) (A METTRE A JOUR)* :
163 159 Etienne Pallier
164 185 Etienne Pallier
Cette solution technique a été mise à jour suite à la réunion du 5/6/15 (avec OG, AC, WR, et Richard Hitier).
165 171 Etienne Pallier
166 159 Etienne Pallier
Au démarrage du pc, les 2 logiciels C-SPEC-HK et C_GDL se lancent automatiquement.
167 159 Etienne Pallier
168 190 Etienne Pallier
Voici le workflow idéal :
169 190 Etienne Pallier
170 190 Etienne Pallier
On commence par créer un contexte avec C-GDL (mais on peut très bien le faire a posteriori, après les observations). Une fois enregistré (YYYYMMDD_HHMM-HHMM_context_<parametres>.xml), ce fichier se trouve dans cgdl/contexts/
171 162 Etienne Pallier
172 162 Etienne Pallier
On effectue des tirs ChemCam. Ces tirs génèrent des fichiers (SPEC, SOH...) qui sont automatiquement placés dans le dossier data/.
173 162 Etienne Pallier
Si jamais quelques tirs ont été effectués juste pour tester ChemCam avant de faire les vraies observations, on peut retarder la date début (Start time) du contexte pour que ces tirs ne soient pas pris en compte dans ce contexte.
174 1 Etienne Pallier
175 171 Etienne Pallier
C-SPEC-HK qui tourne en arrière plan effectue le traitement suivant toutes les minutes (ou delta secondes, délai à affiner en production) :
176 162 Etienne Pallier
177 1 Etienne Pallier
1) Il complète (ou crée, si c'est la première itération) le fichier de LOG (YYYYMMDD_LOG.csv) dans le dossier EQM_DATA/YYYYMMDD/
178 162 Etienne Pallier
à partir des fichiers qui sont dans data/
179 172 Etienne Pallier
C'est un fichier texte contenant des données tabulaires (CSV) qui font le lien entre les fichiers spectres et les fichiers HK (SOH et *+_TOUS_+* les autres) associés, en extrayant quelques paramètres essentiels dans les 2 types de fichiers
180 1 Etienne Pallier
181 163 Etienne Pallier
2) Il déplace (move) les fichiers concernés de data/ vers EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/, puisqu'ils ont été traités
182 1 Etienne Pallier
183 165 Etienne Pallier
3) Enfin, il associe les fichiers de données avec les contextes 
184 174 Etienne Pallier
185 185 Etienne Pallier
Pour cela, il suit cet algorithme :
186 165 Etienne Pallier
187 163 Etienne Pallier
* pour chaque fichier de contexte trouvé dans le dossier cgdl/contexts/ qui est à la date du jour :
188 177 Etienne Pallier
  
189 184 Etienne Pallier
 * si un dossier *du même nom* n'existe pas déjà dans EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/, il le crée 
190 184 Etienne Pallier
 * si un dossier *du même nom* existe (qu'il vienne d'être créé ou bien qu'il soit déjà là depuis longtemps), il y copie (copy) tous les fichiers manquants (par rapport à ceux qui devraient y être)
191 184 Etienne Pallier
les fichiers à copier sont :
192 1 Etienne Pallier
193 184 Etienne Pallier
  * le fichier de contexte 
194 184 Etienne Pallier
  * tous les fichiers du dossier EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/ dont la date est comprise entre le "start time" et le "stop time" du contexte
195 184 Etienne Pallier
  * la partie du fichier LOG concernée (on fera une sélection de "start time" à "stop time")
196 184 Etienne Pallier
197 192 Etienne Pallier
* s'il reste des dossiers qui n'ont pas de correspondance avec un contexte (parce qu'un contexte a été renommé ou supprimé), il leur ajoute le préfixe "_DELETED_"
198 1 Etienne Pallier
199 182 Etienne Pallier
_Par ce moyen, on peut créer un contexte qui se termine (bien) plus tard que l'heure actuelle (les nouveaux fichiers seront ainsi ajoutés au fur et à mesure de leur arrivée),
200 184 Etienne Pallier
et on s'assure d'avoir un dossier par contexte, contenant le fichier de contexte (+LOG) et tous les fichiers de données associés.
201 184 Etienne Pallier
Et ces dossiers devraient rester à jour même si le nom du contexte est modifié en cours de journée, voire même supprimé_.
202 179 Etienne Pallier
203 192 Etienne Pallier
NB : il faudra penser à supprimer manuellement de temps en temps les dossiers préfixés par "_DELETED_"
204 166 Etienne Pallier
205 166 Etienne Pallier
Les fichiers de données qui n'ont pas été associés à un contexte (soit par ce qu'aucun contexte n'a été créé dans la journée, soit parce qu'il n'y a pas de contexte créé pour cette période là)
206 166 Etienne Pallier
seront de toutes façons dans le dossier EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/
207 166 Etienne Pallier
208 168 Etienne Pallier
Une fois les sessions d'observations ChemCam terminées, on peut fermer le logiciel C-GDL,
209 168 Etienne Pallier
mais il n'est pas nécessaire de terminer le logiciel C-SPEC-HK car il s'arrêtera automatiquement lors de l'extinction du pc (brutalement, mais, sauf cas exceptionnel, sans dommage)
210 1 Etienne Pallier
211 168 Etienne Pallier
Il sera cependant préférable d'attendre quelques minutes avant d'éteindre le pc après la création, la modification, ou la suppression d'un contexte,
212 168 Etienne Pallier
le temps que C-SPEC-HK traite ce changement dans une nouvelle itération...
213 162 Etienne Pallier
214 161 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}ADAPTATIONS NÉCESSAIRES SUR LES 2 LOGICIELS%
215 133 Etienne Pallier
216 149 Etienne Pallier
*Adaptations de C-GDL* : voir [[cgdl:wiki#Collaboration-avec-loutil-C-SPEC-HK|C-GDL]]
217 1 Etienne Pallier
218 133 Etienne Pallier
*Adaptations de C-SPEC-HK* : 
219 1 Etienne Pallier
220 169 Etienne Pallier
(Le fichier de LOG est un tableau de synthèse qui sera utile pour la partie processing, sorte de masterlist)
221 138 Etienne Pallier
222 169 Etienne Pallier
Transférer TOUS les types de fichiers (TXT, RAW…)
223 1 Etienne Pallier
224 138 Etienne Pallier
Fichier SOH le plus près AVANT le transmit (génère le spectre)
225 138 Etienne Pallier
(ce fichier SOH a été fait après le tir, et avant le transmit)
226 138 Etienne Pallier
227 138 Etienne Pallier
Changer label Distance : dist(mm) => dist SEED (mm)
228 138 Etienne Pallier
229 169 Etienne Pallier
Convertir la colonne pm en distance réelle : (quelqu'un donnera la formule) « dist real (mm)»
230 138 Etienne Pallier
231 138 Etienne Pallier
C-Spec-HK est déjà installé sur le pc-EGSE. Il faudra y ajouter C-GDL.
232 138 Etienne Pallier
233 138 Etienne Pallier
Fichier LOG : Produire un CSV + un fichier HTML (ou fichier texte séparé par tabulations) pour qu'il soit lisible sans devoir passer par Open Office
234 138 Etienne Pallier
235 138 Etienne Pallier
DARK BEFORE/AFTER : priorité au DARK AFTER
236 138 Etienne Pallier
Le DARK BEFORE est très rare, il existerait seulement si il y a 2 DARK à la suite (le 2ème serait le DARK BEFORE du SPECTRE LIBS qui arrive ensuite)
237 138 Etienne Pallier
=> pour simplifier, on peut le supprimer (donc supprimer 2 colonnes dans le fichier LOG)
238 138 Etienne Pallier
239 169 Etienne Pallier
Objectif : passer le délai de la boucle du traitement quotidien à 10 secondes (au lieu de 60 actuellement)
240 138 Etienne Pallier
241 1 Etienne Pallier
Les 2 fichiers "LOG général" et "LOG du jour" doivent s’afficher automatiquement au démarrage
242 1 Etienne Pallier
243 1 Etienne Pallier
Le LOG général affiche l'état en cours d'exécution du script, pour savoir où on en est :
244 138 Etienne Pallier
- a) traitement global des fichiers, avec affichage des dossiers jours créés
245 1 Etienne Pallier
Ne pas afficher le contenu de /home/vx/EQM_DATA/
246 138 Etienne Pallier
(log files « created » in …)
247 138 Etienne Pallier
car ces dossiers ont été créés antérieurement
248 138 Etienne Pallier
N’afficher le contenu QUE du dossier qui vient d’être créé
249 138 Etienne Pallier
- b) traitement quotidien des fichiers du jour, avec affichage de : 
250 138 Etienne Pallier
  - numéro d'itération
251 138 Etienne Pallier
  - fichiers SPECTRE et SOH traités (+ leur nombre)
252 138 Etienne Pallier
253 138 Etienne Pallier
Le LOG quotidien affiche le contenu du fichier LOG du jour (qui se remplit au fur et à mesure)
254 138 Etienne Pallier
255 138 Etienne Pallier
Mettre les 4 champs de température laser
256 138 Etienne Pallier
257 138 Etienne Pallier
Supprimer nshots
258 138 Etienne Pallier
259 169 Etienne Pallier
Dans l'idéal, si on veut vraiment faire collaborer les 3 outils C-Spec-HK, C-GDL, et la prise de photos par la webcam du pc portable de la salle blanche (...), 
260 169 Etienne Pallier
la communication avec la webcam nécessiterait de mettre les 2 pc (PC-EGSE et le portable webcam) en réseau (soit sur le réseau global IRAP, soit sur un réseau privé salle blanche avec un hub ou switch ; sachant que pc-EGSE est déjà en réseau privé avec le BU-EGSE, il faudrait donc mettre ces 3 éléments sur un même réseau, pas simple...).
261 169 Etienne Pallier
En attendant, on pourrait se contenter d'un "mode dégradé", qui consisterait à copier manuellement (via clé ou disque usb) les photos de la webcam sur le pc-EGSE
262 138 Etienne Pallier
263 169 Etienne Pallier
(Changement Technique internes : Ne laisser que c-spec-hk-workflow à la racine du projet, le reste doit être dans un sous-dossier (contiendra c-spec-hk + tests))
264 138 Etienne Pallier
265 138 Etienne Pallier
266 138 Etienne Pallier
267 138 Etienne Pallier
268 138 Etienne Pallier
269 138 Etienne Pallier
270 138 Etienne Pallier
271 138 Etienne Pallier
272 138 Etienne Pallier
273 138 Etienne Pallier
274 138 Etienne Pallier
275 138 Etienne Pallier
276 138 Etienne Pallier
277 138 Etienne Pallier
278 138 Etienne Pallier
279 138 Etienne Pallier
280 138 Etienne Pallier
281 138 Etienne Pallier
282 138 Etienne Pallier
283 138 Etienne Pallier
284 138 Etienne Pallier
285 138 Etienne Pallier
286 138 Etienne Pallier
287 138 Etienne Pallier
288 138 Etienne Pallier
289 138 Etienne Pallier
290 138 Etienne Pallier
291 138 Etienne Pallier
---
292 126 Etienne Pallier
293 120 Etienne Pallier
294 120 Etienne Pallier
---
295 128 Etienne Pallier
296 128 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}SPECIFICATIONS%
297 128 Etienne Pallier
298 1 Etienne Pallier
299 11 Etienne Pallier
300 12 Etienne Pallier
h3. Schéma de connexion
301 11 Etienne Pallier
302 11 Etienne Pallier
PcEGSE <==RJ45==> EGSE <==serial==> ChemCam
303 11 Etienne Pallier
304 11 Etienne Pallier
ChemCam (garde tous les spectres en RAM) : serial==> BU (Body Unit) <== MU (Mast Unit)
305 11 Etienne Pallier
- MU : fait les tirs
306 11 Etienne Pallier
- BU : analyse les spectres
307 11 Etienne Pallier
308 11 Etienne Pallier
SOH (Spectra O? HK)
309 11 Etienne Pallier
310 30 Etienne Pallier
h3. Types d’observations
311 30 Etienne Pallier
312 30 Etienne Pallier
(sur la ligne DOLIBS modifier controlWord)
313 11 Etienne Pallier
314 11 Etienne Pallier
Bit # 	Bit Value	Fonction si activé
315 11 Etienne Pallier
-----	---------	------------------
316 11 Etienne Pallier
317 11 Etienne Pallier
0		1	 	Do focus : effectuer une focalisation (voir focusAlgorithm)
318 11 Etienne Pallier
319 11 Etienne Pallier
1		2	 	Pre dark spectra : acquisition d’un spectre dark AVANT les tirs
320 1 Etienne Pallier
321 11 Etienne Pallier
2		4 		Post dark spectra : acquisition d’un spectre dark APRES les tirs
322 11 Etienne Pallier
323 20 Etienne Pallier
*3		8 		Enable laser : effectuer un (des) tir(s) laser (voir Nshots) (sinon, c'est un DARK)*
324 11 Etienne Pallier
325 11 Etienne Pallier
4		16 		Collect spectra : acquisition de spectre pendant les tirs
326 11 Etienne Pallier
327 11 Etienne Pallier
5		32 		BS
328 11 Etienne Pallier
329 11 Etienne Pallier
330 14 Etienne Pallier
=> 25 = 1+8+16 = tir avec laser
331 14 Etienne Pallier
=> 17 = 1+0+16 = tir sans laser (DARK)
332 11 Etienne Pallier
333 11 Etienne Pallier
Bits 0 et 1 pas utilisés !!! :
334 11 Etienne Pallier
Le mode (Bit0 ET Bit1 activés) ne fait pas des darks after et before satisfaisant donc on le fait séparément en faisant un spectre sans enable laser,
335 1 Etienne Pallier
ce qui génère tous ces spectres avec un controlWord =17 dans la liste.
336 11 Etienne Pallier
337 31 Etienne Pallier
h3. Fichier spectre
338 11 Etienne Pallier
339 11 Etienne Pallier
Suite d'intensités pour chaque canal (dans l'ordre 0, 1, 2, 3, ... 6444)
340 11 Etienne Pallier
A représenter sur axe 
341 11 Etienne Pallier
- X : channel number, assimilable à longueur d'onde : 0 à 6444
342 11 Etienne Pallier
- Y : intensité
343 11 Etienne Pallier
344 11 Etienne Pallier
Si fichier DARK, alors intensités (à peu près) constantes (toutes égales) :
345 14 Etienne Pallier
=> donne le bruit de fond de l'instrument, puisque on a zero lumière
346 1 Etienne Pallier
347 32 Etienne Pallier
h3. Stratégie de développement
348 13 Etienne Pallier
349 11 Etienne Pallier
Prendre le last stack only
350 11 Etienne Pallier
351 11 Etienne Pallier
Lire fichier *_spect.TXT et *_SOH.TXT associé (celui qui est juste avant, < 5mn avant)
352 11 Etienne Pallier
353 11 Etienne Pallier
1 fich/jour
354 11 Etienne Pallier
355 11 Etienne Pallier
Methods to write :
356 11 Etienne Pallier
357 11 Etienne Pallier
findSOH(liste des *SOH.TXT du jour, spect.TXT)
358 16 Etienne Pallier
=> convertit les noms SOH en timestamps, trouve le SOH qui est juste avant le spect.TXT (< 5mn avant)
359 11 Etienne Pallier
360 11 Etienne Pallier
findDARK(liste des *spect.TXT (dark), le spect.TXT pour lequel on veut le dark)
361 16 Etienne Pallier
=> retourne le fichier dark qui est juste après (<5mn) (mais, peut être before...)
362 16 Etienne Pallier
=> regarde un peu autour (avant et après)
363 11 Etienne Pallier
364 11 Etienne Pallier
findAutofocus(...)
365 16 Etienne Pallier
=> *_afocus.TXT (juste prendre son nom, pas son contenu), qui est AVANT
366 11 Etienne Pallier
367 15 Etienne Pallier
h3. EXEMPLE DE FICHIER RESULTAT (LOG) A OBTENIR (1 par jour)
368 11 Etienne Pallier
369 11 Etienne Pallier
data_Feb25_2014_5 
370 11 Etienne Pallier
firstfile = Feb25_161115_2014_spect.TXT
371 11 Etienne Pallier
lastfile = Feb25_162059_2014_spect.TXT
372 1 Etienne Pallier
373 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, 
374 1 Etienne Pallier
375 11 Etienne Pallier
// from *_SOH.TXT file :
376 15 Etienne Pallier
nbStacks					// Nb de stacks (indiqué par le nb occurences de "mast SOH" qui indique le début d'un nouveau stack) - Prendre seulement les HK du LAST stack
377 1 Etienne Pallier
temp_laser_min(degC), temp_laser_max(degC),	// prendre min et max des 4 HK_Temp_Laser_1-4
378 15 Etienne Pallier
temp_spect(C), 					// Spectrometer_Temp
379 15 Etienne Pallier
pm(cnts), 					// Motor_Position
380 11 Etienne Pallier
381 11 Etienne Pallier
// from *_spect.TXT file :
382 15 Etienne Pallier
dist(mm),					// distance to target distToTarget
383 15 Etienne Pallier
nshots, 					// (Nshots) ajouter ici "nshots_real" car le laser fait parfois plus de shots que prévu (erreur) (lire 1ère ligne pour savoir le nb de col)
384 15 Etienne Pallier
controlWord, 					// 25 = tir avec laser,  17 = tir sans laser (DARK)
385 15 Etienne Pallier
data_mean,					// moyenne des data \ nbshots reels (= intensité moyenne ?) (à lire from >>>>>Begin Processed Spectral Data<<<<<)
386 15 Etienne Pallier
dark_file, 					// remplacer par dark_file_before, dark_file_after (file name)
387 15 Etienne Pallier
mean_spect_value - dark				// (= data_mean - ???)
388 11 Etienne Pallier
389 11 Etienne Pallier
390 11 Etienne Pallier
// Liste des fichiers *_spect.TXT associés avec leurs paramètres HK (trouvés dans *_SOH.TXT) :
391 11 Etienne Pallier
392 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, nbStacks, temp_laser_min, temp_laser_max, temp_spect, pm, dist(mm), nshots, controlWord, data_mean, dark_file_before, dark_file_after, mean_spect_value - dark
393 11 Etienne Pallier
394 11 Etienne Pallier
  1 Feb25_161115_2014_spect.TXT 161055 nbStacks 4.25 5.44 30.15 5499 3000 10  25   677.39 161142 dark_file_after 50.28 
395 15 Etienne Pallier
  2 (D)Feb25_161142_2014_spect.TXT 161132 4.29 5.48 30.15 5499 3000 10  17   627.11 -        627.11 
396 11 Etienne Pallier
  3 Feb25_161243_2014_spect.TXT 161210 4.29 5.33 30.15 5444 2951 10  25   649.07 161307    19.72 
397 11 Etienne Pallier
  4 Feb25_161307_2014_spect.TXT 161257 4.25 5.55 30.15 5444 3000 10  17   629.35 -        629.35 
398 11 Etienne Pallier
  5 Feb25_161339_2014_spect.TXT 161329 4.25 5.59 30.15 5454 2959 10  25   674.78 161404    43.76 
399 1 Etienne Pallier
  6 Feb25_161404_2014_spect.TXT 161353 4.29 5.52 30.15 5454 3000 10  17   631.02 -        631.02 
400 1 Etienne Pallier
  7 Feb25_161435_2014_spect.TXT 161425 4.21 5.55 30.15 5463 2967 10  25   693.77 161500    60.76 
401 11 Etienne Pallier
  8 Feb25_161500_2014_spect.TXT 161450 4.33 5.59 30.15 5463 3000 10  17   633.01 -        633.01 
402 11 Etienne Pallier
  9 Feb25_161532_2014_spect.TXT 161521 4.29 5.59 30.15 5473 2975 10  25   703.08 161556    68.71 
403 11 Etienne Pallier
 10 Feb25_161556_2014_spect.TXT 161546 4.36 5.52 30.15 5473 3000 10  17   634.36 -        634.36 
404 11 Etienne Pallier
 11 Feb25_161646_2014_spect.TXT 161636 4.33 5.63 30.15 5482 2983 10  25   702.22 161711    67.98 
405 11 Etienne Pallier
 12 Feb25_161711_2014_spect.TXT 161701 4.33 5.59 30.15 5482 3000 10  17   634.24 -        634.24 
406 11 Etienne Pallier
 13 Feb25_161743_2014_spect.TXT 161733 4.36 5.55 30.15 5493 2992 10  25   695.08 161808    58.88 
407 11 Etienne Pallier
 14 Feb25_161808_2014_spect.TXT 161757 4.36 5.55 30.15 5493 3000 10  17   636.20 -        636.20 
408 11 Etienne Pallier
 15 Feb25_161840_2014_spect.TXT 161829 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  25   683.94 161905    46.74 
409 11 Etienne Pallier
 16 Feb25_161905_2014_spect.TXT 161854 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  17   637.20 -        637.20 
410 11 Etienne Pallier
 17 Feb25_161937_2014_spect.TXT 161926 4.40 5.59 30.15 5513 3009 10  25   675.67 162002    37.24 
411 11 Etienne Pallier
 18 Feb25_162002_2014_spect.TXT 161951 4.44 5.59 30.15 5513 3000 10  17   638.43 -        638.43 
412 11 Etienne Pallier
 19 Feb25_162034_2014_spect.TXT 162023 4.36 5.63 30.15 5522 3017 10  25   663.56 162059    24.10 
413 15 Etienne Pallier
 20 (D) Feb25_162059_2014_spect.TXT 162048 4.40 5.63 30.15 5522 3000 10  17   639.46 -        639.46
414 15 Etienne Pallier
415 46 Etienne Pallier
h3. CAS EXCEPTIONNELS à traiter (Exceptions)
416 43 Etienne Pallier
417 43 Etienne Pallier
 * NoDataFileFoundException : pas de fichier (ni Spectre ni SOH) dans le dossier DATA/
418 43 Etienne Pallier
419 43 Etienne Pallier
 * MalformedFileException : fichier (Spectre ou SOH) avec format incorrect
420 43 Etienne Pallier
421 43 Etienne Pallier
 * UnknownCaseException : Cas inconnu ; par exemple, controlWord ni 17 (DARK) ni 25 (PAS DARK) !!!
422 43 Etienne Pallier
423 47 Etienne Pallier
 * noSOHFileFoundForSpectraFileException : pas de fichier SOH (HK) trouvé pour un fichier Spectra (data)
424 47 Etienne Pallier
425 136 Etienne Pallier
---
426 136 Etienne Pallier
427 83 Etienne Pallier
h2. RECUPERATION DU PROJET
428 91 Etienne Pallier
429 83 Etienne Pallier
430 83 Etienne Pallier
*a) Directement, depuis svn*
431 83 Etienne Pallier
432 83 Etienne Pallier
svn co https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
433 83 Etienne Pallier
434 83 Etienne Pallier
Si on ne veut pas rester synchronisé avec le repository (juste une copie du projet au temps t, sans les fichiers de versionning .svn) : 
435 1 Etienne Pallier
436 90 Etienne Pallier
svn export https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
437 90 Etienne Pallier
438 91 Etienne Pallier
439 58 Etienne Pallier
440 1 Etienne Pallier
*b) Par téléchargement (100 Mo à cause des données)*
441 1 Etienne Pallier
442 1 Etienne Pallier
https://projects.irap.omp.eu/attachments/download/1237/c-spec-hk_1.1.tgz
443 86 Etienne Pallier
444 137 Etienne Pallier
---
445 137 Etienne Pallier
446 95 Etienne Pallier
h2. EXECUTION
447 92 Etienne Pallier
448 92 Etienne Pallier
h3. 1) PRÉREQUIS : Python 2.7
449 92 Etienne Pallier
450 92 Etienne Pallier
h4. Sur Mac (Machine de développement)
451 92 Etienne Pallier
452 92 Etienne Pallier
Avec Macport, pour que la version 2.7 soit bien la version par défaut quand on tape "python" :
453 92 Etienne Pallier
454 92 Etienne Pallier
sudo port select --set python python27
455 92 Etienne Pallier
456 92 Etienne Pallier
$ which python
457 92 Etienne Pallier
/opt/local/bin/python
458 92 Etienne Pallier
459 92 Etienne Pallier
$ python --version
460 92 Etienne Pallier
Python 2.7.9
461 92 Etienne Pallier
462 92 Etienne Pallier
Mettre à jour MacPort :
463 92 Etienne Pallier
sudo port -v selfupdate
464 92 Etienne Pallier
sudo port upgrade outdated
465 92 Etienne Pallier
466 92 Etienne Pallier
467 92 Etienne Pallier
h4. Sur CentOS 6.5 (serveur de production)
468 92 Etienne Pallier
469 92 Etienne Pallier
(fait le 19/3/15 sur le pc-EGSE Chemcam ; cf fiche wiki du pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour)
470 92 Etienne Pallier
471 92 Etienne Pallier
Par défaut, Cent0S 6.5 propose Python 2.6
472 92 Etienne Pallier
473 94 Etienne Pallier
(Voir l'installation de Python 2.7 faite sur le pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Installation_de_Python_2_7)
474 86 Etienne Pallier
475 89 Etienne Pallier
h3. 2) EXECUTING TESTS
476 89 Etienne Pallier
477 86 Etienne Pallier
h4. Depuis Eclipse
478 86 Etienne Pallier
479 86 Etienne Pallier
Ouvrir la console adaptée : Window / Show View / PyUnit
480 86 Etienne Pallier
clic-droit sur test/c_spec_hk_TEST.py
481 86 Etienne Pallier
Run As / Python unit-test
482 89 Etienne Pallier
483 86 Etienne Pallier
484 89 Etienne Pallier
h4. En mode ligne de commande
485 86 Etienne Pallier
486 72 Etienne Pallier
h5. TESTS faits avec Python 2.7
487 72 Etienne Pallier
488 1 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
489 72 Etienne Pallier
490 73 Etienne Pallier
cd test/
491 1 Etienne Pallier
492 72 Etienne Pallier
$ py27 premiertest.py
493 1 Etienne Pallier
<pre>
494 72 Etienne Pallier
...
495 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
496 1 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
497 72 Etienne Pallier
498 72 Etienne Pallier
OK
499 73 Etienne Pallier
</pre>
500 72 Etienne Pallier
501 72 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk_TEST.py
502 72 Etienne Pallier
503 72 Etienne Pallier
<pre>
504 72 Etienne Pallier
...
505 1 Etienne Pallier
======================================================================
506 62 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
507 1 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 5.833s
508 1 Etienne Pallier
509 72 Etienne Pallier
OK
510 72 Etienne Pallier
</pre>
511 1 Etienne Pallier
512 62 Etienne Pallier
513 72 Etienne Pallier
514 72 Etienne Pallier
515 70 Etienne Pallier
*2) Tests de Performance (Benchmark)*
516 70 Etienne Pallier
517 62 Etienne Pallier
Depuis la racine du projet :
518 62 Etienne Pallier
519 62 Etienne Pallier
<pre>
520 62 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk.py -t
521 62 Etienne Pallier
...Executing main program...
522 62 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
523 62 Etienne Pallier
524 62 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
525 62 Etienne Pallier
526 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
527 62 Etienne Pallier
0.000790863037109
528 62 Etienne Pallier
529 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
530 62 Etienne Pallier
0.000117941689491
531 62 Etienne Pallier
532 62 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
533 62 Etienne Pallier
0.0429699897766
534 62 Etienne Pallier
535 62 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
536 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
537 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
538 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
539 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
540 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
541 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
542 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
543 62 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
544 62 Etienne Pallier
total 56
545 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20110223
546 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2011_0223_logs.csv
547 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20130223
548 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2013_0223_logs.csv
549 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140123
550 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0123_logs.csv
551 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140223
552 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0223_logs.csv
553 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140225
554 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  16:39 2014_0225_logs.csv
555 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140226
556 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  16:39 2014_0226_logs.csv
557 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20150223
558 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2015_0223_logs.csv
559 62 Etienne Pallier
560 62 Etienne Pallier
1.91459012032
561 1 Etienne Pallier
Average time per day : 0.273513
562 1 Etienne Pallier
563 1 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
564 62 Etienne Pallier
565 1 Etienne Pallier
</pre>
566 86 Etienne Pallier
567 89 Etienne Pallier
568 86 Etienne Pallier
569 72 Etienne Pallier
h5. TESTS faits avec Python 2.6
570 1 Etienne Pallier
571 72 Etienne Pallier
C'est encore possible de faire tourner le logiciel en Python 2.6 dans la version 1.1.x, mais ça ne sera plus garanti dans l'avenir (à partir de la version 1.2.x)
572 1 Etienne Pallier
573 72 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
574 1 Etienne Pallier
575 72 Etienne Pallier
cd test/
576 72 Etienne Pallier
577 72 Etienne Pallier
$ python premiertest.py
578 72 Etienne Pallier
<pre>
579 72 Etienne Pallier
...
580 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
581 72 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
582 72 Etienne Pallier
583 72 Etienne Pallier
OK
584 72 Etienne Pallier
</pre>
585 72 Etienne Pallier
586 72 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk_TEST.py
587 72 Etienne Pallier
588 72 Etienne Pallier
<pre>
589 72 Etienne Pallier
...
590 72 Etienne Pallier
======================================================================
591 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
592 72 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 6.742s
593 72 Etienne Pallier
594 72 Etienne Pallier
OK
595 72 Etienne Pallier
</pre>
596 72 Etienne Pallier
597 72 Etienne Pallier
---
598 72 Etienne Pallier
599 72 Etienne Pallier
600 72 Etienne Pallier
*2) Tests de Performance (Benchmark)*
601 72 Etienne Pallier
602 58 Etienne Pallier
Depuis la racine du projet 
603 58 Etienne Pallier
604 58 Etienne Pallier
$ ./c_spec_hk.py -t
605 58 Etienne Pallier
<pre>
606 58 Etienne Pallier
...Executing main program...
607 58 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
608 58 Etienne Pallier
609 58 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
610 58 Etienne Pallier
611 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
612 58 Etienne Pallier
0.00105306601524
613 58 Etienne Pallier
614 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
615 58 Etienne Pallier
0.000152537894249
616 58 Etienne Pallier
617 58 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
618 58 Etienne Pallier
0.0518409013748
619 58 Etienne Pallier
620 58 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
621 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
622 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
623 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
624 1 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
625 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
626 59 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
627 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
628 58 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
629 58 Etienne Pallier
total 56
630 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20110223
631 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2011_0223_logs.csv
632 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20130223
633 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2013_0223_logs.csv
634 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140123
635 1 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0123_logs.csv
636 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140223
637 80 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0223_logs.csv
638 21 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140225
639 25 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  14:01 2014_0225_logs.csv
640 1 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140226
641 22 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  14:01 2014_0226_logs.csv
642 22 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20150223
643 21 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2015_0223_logs.csv
644 21 Etienne Pallier
645 77 Etienne Pallier
2.33647012711
646 21 Etienne Pallier
Average time per day : 0.333781
647 21 Etienne Pallier
648 1 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
649 96 Etienne Pallier
</pre>
650 21 Etienne Pallier
651 97 Etienne Pallier
h3. 3) EXECUTING MAIN SCRIPT 
652 1 Etienne Pallier
653 88 Etienne Pallier
h4. Depuis Eclipse
654 88 Etienne Pallier
655 21 Etienne Pallier
clic-droit sur c_spec_hk.py
656 97 Etienne Pallier
Run As / Python Run
657 21 Etienne Pallier
658 21 Etienne Pallier
h4. In Command line mode
659 1 Etienne Pallier
660 80 Etienne Pallier
	a) Pour voir l'aide :
661 81 Etienne Pallier
662 80 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk.py -h
663 1 Etienne Pallier
664 80 Etienne Pallier
...Executing main program...
665 1 Etienne Pallier
666 81 Etienne Pallier
Usage:
667 1 Etienne Pallier
668 81 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py [-i <inputDataDir>] [-o <outputLogDir>]
669 1 Etienne Pallier
OR
670 81 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py [--inputDir=<inputDataDir>] [--outputDir=<outputLogDir>]
671 1 Etienne Pallier
672 80 Etienne Pallier
Ex: python27 c_spec_hk.py-i './DATA' -o './LOGS'
673 80 Etienne Pallier
674 80 Etienne Pallier
All options available are (none is mandatory) :
675 80 Etienne Pallier
-d : activate DEBUG mode
676 80 Etienne Pallier
-h : print this HELP message
677 80 Etienne Pallier
-n : do NOT create sub-directories (like YYYYMMDD) for each day
678 80 Etienne Pallier
-t : test execution TIME of several methods
679 1 Etienne Pallier
-v : print current VERSION number
680 21 Etienne Pallier
-i <inputDataDir> or --input=<inputDataDir> : set INPUT directory from where DATA files are READ (default is "DATA")
681 1 Etienne Pallier
-o <outputDataDir> or --output=<outputLogDir> : set OUTPUT directory where LOG files are WRITTEN to (default is "LOGS")
682 81 Etienne Pallier
683 80 Etienne Pallier
684 23 Etienne Pallier
685 81 Etienne Pallier
	b) Speed testing (benchmark)
686 21 Etienne Pallier
687 21 Etienne Pallier
cf https://projects.irap.omp.eu/projects/cspechkanalyser/wiki/Wiki#TESTS-faits-avec-Python-27 (section "Tests de performance")
688 21 Etienne Pallier
689 21 Etienne Pallier
690 82 Etienne Pallier
	c) Pour faire un test avec les données d'échantillon fournies :
691 1 Etienne Pallier
692 82 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py -i test/DATASET/UC0_NOMINAL/DATA -o /tmp/LOGS
693 82 Etienne Pallier
694 21 Etienne Pallier
(il faudra d'abord créer le dossier LOGS/ dans /tmp)
695 21 Etienne Pallier
696 82 Etienne Pallier
Exemple d'affichage attendu :
697 21 Etienne Pallier
698 82 Etienne Pallier
...Executing main program...
699 82 Etienne Pallier
700 21 Etienne Pallier
inputDataDir is "test/DATASET/UC0_NOMINAL/DATA"
701 82 Etienne Pallier
ouputLogDir is "/tmp/LOGS"
702 82 Etienne Pallier
703 21 Etienne Pallier
The DATA DIR (input) contains 126 files (total)
704 82 Etienne Pallier
The DATA DIR (input) contains 26 SPECTRA text files
705 82 Etienne Pallier
706 21 Etienne Pallier
Log files created in /tmp/LOGS/ :
707 21 Etienne Pallier
['20110223', '20130223', '20140123', '20140223', '20140225', '20140226', '20150223']
708 36 Etienne Pallier
709 54 Etienne Pallier
710 36 Etienne Pallier
---
711 52 Etienne Pallier
712 50 Etienne Pallier
h2. DAILY WORKFLOW
713 52 Etienne Pallier
714 1 Etienne Pallier
h3. 1) Voici la structure de fichiers réalisée sur le pc-EGSE :
715 52 Etienne Pallier
716 52 Etienne Pallier
Les nouveaux fichiers de données produits lors des tirs de Chemcam sont automatiquement placés dans /home/vx/data/ (au fur et à mesure des tirs)
717 1 Etienne Pallier
718 1 Etienne Pallier
Ils sont ensuite déplacés dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ lorsqu'ils ont été traités
719 52 Etienne Pallier
720 37 Etienne Pallier
Les fichiers de LOG (relation spectre => HK) créés sont placés directment dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
721 53 Etienne Pallier
722 50 Etienne Pallier
<pre>
723 50 Etienne Pallier
724 50 Etienne Pallier
- /home/vx/data/ : données d'origine restant à traiter (spectres et HK), provenant directement de la manip
725 50 Etienne Pallier
726 36 Etienne Pallier
- /home/vx/EQM_DATA/ : données traitées (spectres, HK, et fichiers logs produits)
727 36 Etienne Pallier
    - AAAAMMJJ/ : un dossier par jour
728 142 Etienne Pallier
        - le fichier log produit (CSV)
729 40 Etienne Pallier
        - DATA/ : les données d'origine (spectres et HK)
730 48 Etienne Pallier
731 1 Etienne Pallier
</pre>
732 51 Etienne Pallier
733 48 Etienne Pallier
h3. 2) WORKFLOW
734 57 Etienne Pallier
735 55 Etienne Pallier
Ce workflow devrait normalement fonctionner dans tous les cas de figure (démarrage n'importe quand, en début de journée ou en cours de journée, ou même reprise après un crash brutal...)
736 1 Etienne Pallier
737 39 Etienne Pallier
Démarrage automatique du workflow à partir du Démarrage du pc-EGSE
738 57 Etienne Pallier
739 1 Etienne Pallier
1) Faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents dans le dossier /home/vx/data/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
740 57 Etienne Pallier
Les fichiers LOGS produits sont placés automatiquement dans le dossier correspondant à leur jour /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
741 57 Etienne Pallier
(AAAA année en 4 chiffres, MM mois en deux chiffres et JJ jour du mois en deux chiffres)
742 57 Etienne Pallier
743 57 Etienne Pallier
2) Déplacer TOUS les fichiers de /home/vx/data/ dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
744 57 Etienne Pallier
745 48 Etienne Pallier
3) (Every 5 seconds) : pour les fichiers du jour J
746 1 Etienne Pallier
S'il existe au moins un fichier dans /home/vx/data/, faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents 
747 51 Etienne Pallier
LE FICHIER LOG produit (un seul pour le jour J) est placé automatiquement dans le dossier correspondant à son jour (J) /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
748 1 Etienne Pallier
Attention : on ne déplace pas les fichiers dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ ; cela sera fait au prochain démarrage du workflow) ; cela permet d'avoir un fichier LOG qui se complète au fur et à mesure de la journée
749 1 Etienne Pallier
Il faudrait quand meme les COPIER (cp) (mais pas les DEPLACER (mv))
750 1 Etienne Pallier
OPTIMISATION : Exécution SSI le nb de fichiers du repertoire DATA/ a changé (tenir à jour un fichier contenant le nb de files)
751 1 Etienne Pallier
752 1 Etienne Pallier
Fin du workflow à l'extinction du pc-EGSE