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Version 216 (Etienne Pallier, 02/08/2016 03:59 pm)

1 1 Etienne Pallier
h1. Wiki
2 1 Etienne Pallier
3 209 Etienne Pallier
*Traitement batch (Python) faisant l'extraction des HK et les associant à leurs fichiers spectres respectifs dans un fichier résultat de log et en les contextualisant* 
4 209 Etienne Pallier
5 209 Etienne Pallier
6 1 Etienne Pallier
7 211 Etienne Pallier
8 8 Etienne Pallier
{{toc}}
9 3 Etienne Pallier
10 105 Etienne Pallier
11 1 Etienne Pallier
---
12 211 Etienne Pallier
13 216 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}STATUT ACTUEL DU LOGICIEL
14 1 Etienne Pallier
15 215 Etienne Pallier
https://projects.irap.omp.eu/projects/cspechkanalyser/roadmap (puis aller sur la version 2.0) 
16 215 Etienne Pallier
17 215 Etienne Pallier
(ou bien cliquer sur l'onglet Roadmap)
18 215 Etienne Pallier
19 215 Etienne Pallier
20 215 Etienne Pallier
---
21 1 Etienne Pallier
22 124 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}UTILISATION EFFECTIVE EN SALLE BLANCHE%
23 124 Etienne Pallier
24 189 Etienne Pallier
Ce logiciel est installé sur le Pc Chemcam, en salle blanche : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour
25 124 Etienne Pallier
26 106 Etienne Pallier
http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Utilisation_du_logiciel_C_SPEC_H
27 105 Etienne Pallier
28 105 Etienne Pallier
29 105 Etienne Pallier
---
30 123 Etienne Pallier
31 123 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}DEPOT SVN%
32 123 Etienne Pallier
33 35 Etienne Pallier
34 35 Etienne Pallier
(cliquer sur l'onglet Dépôt)
35 35 Etienne Pallier
36 35 Etienne Pallier
 * URL du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk/
37 35 Etienne Pallier
38 35 Etienne Pallier
 * Administration du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu
39 35 Etienne Pallier
40 35 Etienne Pallier
 * Administrateur : Etienne Pallier
41 35 Etienne Pallier
42 35 Etienne Pallier
 * Groupes :
43 76 Etienne Pallier
44 35 Etienne Pallier
   * grp-admin-chemcam : Admin du dépot CHEMCAM (RW sur racine).
45 35 Etienne Pallier
   * grp-chemcam : Les développeurs de CHEMCAM (RW sur branches).
46 35 Etienne Pallier
   * On peut également créer un groupe grp-readonly-chemcam (et mettre les droits en read-only sur tout le projet)
47 35 Etienne Pallier
48 35 Etienne Pallier
 * Ajout d'utilisateurs 
49 35 Etienne Pallier
50 11 Etienne Pallier
  * On peut ajouter des utilisateurs extérieurs via l'interface web, puis les ajouter dans les groupes (en tant que "Utilisateurs affectés").
51 42 Etienne Pallier
  * Dans le cas des utilisateurs IRAP, il faut qu'ils se connectent une première fois sur https://usvn-idems.irap.omp.eu avec leur login/mdp IRAP avant de pouvoir être affectés dans les groupes du repository.
52 41 Etienne Pallier
53 104 Etienne Pallier
 * Dashboard : le dashboard du projet est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu (=interface de gestion des utilisateurs, groupes et droits d'accès sur le repo, et également navigateur/explorateur du repo)
54 104 Etienne Pallier
55 104 Etienne Pallier
 * Accès : Le repo SVN est accessible depuis partout dans le monde (svn-over-https only), la racine du repo est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/chemcam/
56 104 Etienne Pallier
57 104 Etienne Pallier
 * TODO: passer sur SourceSup : https://sourcesup.renater.fr, https://sourcesup.cru.fr/
58 104 Etienne Pallier
59 104 Etienne Pallier
60 104 Etienne Pallier
61 104 Etienne Pallier
62 121 Etienne Pallier
63 11 Etienne Pallier
64 120 Etienne Pallier
---
65 120 Etienne Pallier
66 193 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}2015 Juin-Juillet - TRANSFORMATION (EN VUE D'UNE COLLABORATION AVEC C-GDL)%
67 122 Etienne Pallier
68 134 Etienne Pallier
Suite aux réunions du 29/4/15 et du 22/5/15 avec OG, WR, AC, PM, et EP,
69 152 Etienne Pallier
un nouveau besoin a été exprimé qui pourrait être résolu en faisant collaborer 2 outils existants (C-SPEC-HK et [[cgdl:|C-GDL]]),
70 134 Etienne Pallier
et en leur apportant quelques adaptations.
71 134 Etienne Pallier
72 141 Etienne Pallier
*Actions* : 
73 150 Etienne Pallier
- OG et AC : réfléchir à une simplification éventuelle de l'outil CGDL (en un seul formulaire au lieu de plusieurs onglets)
74 141 Etienne Pallier
75 197 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}1. BESOIN%
76 1 Etienne Pallier
77 131 Etienne Pallier
Créer un *contexte* (ensemble d'informations de description) pour décrire chaque *observation* (série de tirs ChemCam) effectuée en salle blanche.
78 131 Etienne Pallier
A ce contexte, seront automatiquement associés tous les fichiers (spectres, HK, ...) générés à l'occasion des tirs ChemCam.
79 1 Etienne Pallier
Un nouveau contexte devra être créé à chaque fois qu'on change de roche, de distance de tir, ou bien de type d'atmosphère...
80 1 Etienne Pallier
81 198 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}2. SOLUTION TECHNIQUE (updated 3/7/15)%
82 129 Etienne Pallier
83 130 Etienne Pallier
Pour répondre à ce besoin, plutôt que de re-développer un nouvel outil, on doit pouvoir faire collaborer efficacement deux outils existants que sont C-GDL et C-SPEC-HK,
84 130 Etienne Pallier
et qui devront en outre subir quelques adaptations plus ou moins importantes.
85 126 Etienne Pallier
*C-GDL* est une IHM Java qui permet de créer manuellement un contexte 
86 126 Etienne Pallier
*C-SPEC-HK* est un script Python qui s'exécute en permanence en arrière-plan, et qui associe automatiquement les fichiers HK (SOH) aux fichiers spectres et crée un fichier LOG quotidien décrivant ces associations (pour la journée), au fur et à mesure des tirs ChemCam
87 126 Etienne Pallier
Il faut donc faire collaborer ces 2 outils pour qu'un contexte C-GDL soit automatiquement associé aux fichiers générés par les tirs ChemCam et qui sont regroupés par C-SPEC-HK (y-compris le fichier de LOG généré par C-SPEC-HK).
88 126 Etienne Pallier
89 198 Etienne Pallier
h4. 2.1 *Proposition de collaboration entre ces 2 outils*
90 145 Etienne Pallier
91 144 Etienne Pallier
{{thumbnail(Collaboration C-SPEC-HK et C-GDL.jpg, size=300, title=Dashboard_Controller)}}
92 143 Etienne Pallier
93 1 Etienne Pallier
_Document original (Open Office Presentation) : attachment:"Collaboration C-SPEC-HK et C-GDL.odg"_
94 194 Etienne Pallier
95 198 Etienne Pallier
h4. 2.2 *ALGORITHME GENERAL (en Python, mais lisible pour tout le monde)*
96 194 Etienne Pallier
97 205 Etienne Pallier
<pre><code class="python">
98 196 Etienne Pallier
    # delay between each iteration (seconds)
99 196 Etienne Pallier
    ITERATION_DELAY=60
100 194 Etienne Pallier
101 194 Etienne Pallier
    # get today date
102 194 Etienne Pallier
    today = getDate() # YYYYMMDD
103 1 Etienne Pallier
    
104 194 Etienne Pallier
    # process past data files if exist
105 194 Etienne Pallier
    processPastDataFiles(getPastDataFiles())
106 194 Etienne Pallier
    
107 195 Etienne Pallier
    # Every ITERATION_DELAY, process today data files and context files
108 194 Etienne Pallier
    while(True):
109 194 Etienne Pallier
        
110 194 Etienne Pallier
        # if exists new data files for today, re-process ALL today data files according to today context files
111 194 Etienne Pallier
        todayCurrentDataFiles = getTodayCurrentDataFiles()
112 194 Etienne Pallier
        if todayCurrentDataFiles:
113 194 Etienne Pallier
            # Move today current data files from data/ to EQM_DATA/<YYYYMMDD>/ALL/
114 194 Etienne Pallier
            archiveTodayCurrentDataFiles(todayCurrentDataFiles)     
115 194 Etienne Pallier
            # Create/Update <YYYYMMDD>_LOG.csv log file in EQM_DATA/<YYYYMMDD>/, from today current data files in EQM_DATA/<YYYYMMDD>/ALL/ 
116 194 Etienne Pallier
            updateTodayLogFile()               
117 194 Etienne Pallier
            
118 208 Etienne Pallier
        # (re-)Associate all related data files (from TODAY but also from the PAST) with their context files from cgdl/contexts/
119 194 Etienne Pallier
        # and put them into EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/<context name>/
120 208 Etienne Pallier
        bindDataFilesWithContextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday(getContextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday())                    
121 194 Etienne Pallier
             
122 194 Etienne Pallier
        # wait 60s
123 194 Etienne Pallier
        time.sleep(ITERATION_DELAY)
124 201 Etienne Pallier
125 201 Etienne Pallier
126 202 Etienne Pallier
127 202 Etienne Pallier
128 206 Etienne Pallier
#########################
129 206 Etienne Pallier
# FONCTIONS IMPORTANTES #
130 206 Etienne Pallier
#########################
131 201 Etienne Pallier
132 201 Etienne Pallier
def copyFilesIntoContextFolderForContextFile(cf):
133 201 Etienne Pallier
    copyContextFileIntoContextFolderForContextFile(cf)
134 201 Etienne Pallier
    copyLogFileIntoContextFolderForContextFile(cf)
135 201 Etienne Pallier
    copyRelatedDataFilesIntoContextFolderForContextFile(cf)
136 201 Etienne Pallier
137 201 Etienne Pallier
138 208 Etienne Pallier
def bindDataFilesWithContextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday(contextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday):
139 201 Etienne Pallier
    # Associate today ALL data files from EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/ with their context files from cgdl/contexts/ (and also the EQM_DATA/<YYYYMMDD>/>YYYYMMDD>_LOG.csv log file)
140 201 Etienne Pallier
    # and put them into EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/<context name>/
141 201 Etienne Pallier
    # Process each context file (from oldest to newest)
142 201 Etienne Pallier
    for cf in contextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday:
143 201 Etienne Pallier
        
144 201 Etienne Pallier
        # DELETED context file
145 201 Etienne Pallier
        if isDeletedContextFile(cf):
146 201 Etienne Pallier
            # This is not actual but only virtual "delete" 
147 201 Etienne Pallier
            deleteContextFolderForContextFile(cf)
148 201 Etienne Pallier
            continue
149 201 Etienne Pallier
        
150 201 Etienne Pallier
        # CREATED OR MODIFIED context file
151 201 Etienne Pallier
        #TODO: This should work even for 2 context files with different names but SAME date and time (both should get filled with the same content) 
152 201 Etienne Pallier
        # if context folder does not yet exist, create it (EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/<context name>/)
153 201 Etienne Pallier
        if not existsContextFolderForContextFile(cf): createContextFolderForContextFile(cf)
154 201 Etienne Pallier
        copyFilesIntoContextFolderForContextFile(cf)
155 201 Etienne Pallier
156 205 Etienne Pallier
</code></pre>
157 194 Etienne Pallier
158 200 Etienne Pallier
h4. 2.3. *Explications du déroulement d'une session d'observations ChemCam (selon le diagramme ci-dessus) (A METTRE A JOUR)* :
159 159 Etienne Pallier
160 185 Etienne Pallier
Cette solution technique a été mise à jour suite à la réunion du 5/6/15 (avec OG, AC, WR, et Richard Hitier).
161 171 Etienne Pallier
162 159 Etienne Pallier
Au démarrage du pc, les 2 logiciels C-SPEC-HK et C_GDL se lancent automatiquement.
163 159 Etienne Pallier
164 190 Etienne Pallier
Voici le workflow idéal :
165 190 Etienne Pallier
166 190 Etienne Pallier
On commence par créer un contexte avec C-GDL (mais on peut très bien le faire a posteriori, après les observations). Une fois enregistré (YYYYMMDD_HHMM-HHMM_context_<parametres>.xml), ce fichier se trouve dans cgdl/contexts/
167 162 Etienne Pallier
168 162 Etienne Pallier
On effectue des tirs ChemCam. Ces tirs génèrent des fichiers (SPEC, SOH...) qui sont automatiquement placés dans le dossier data/.
169 162 Etienne Pallier
Si jamais quelques tirs ont été effectués juste pour tester ChemCam avant de faire les vraies observations, on peut retarder la date début (Start time) du contexte pour que ces tirs ne soient pas pris en compte dans ce contexte.
170 1 Etienne Pallier
171 171 Etienne Pallier
C-SPEC-HK qui tourne en arrière plan effectue le traitement suivant toutes les minutes (ou delta secondes, délai à affiner en production) :
172 162 Etienne Pallier
173 1 Etienne Pallier
1) Il complète (ou crée, si c'est la première itération) le fichier de LOG (YYYYMMDD_LOG.csv) dans le dossier EQM_DATA/YYYYMMDD/
174 162 Etienne Pallier
à partir des fichiers qui sont dans data/
175 172 Etienne Pallier
C'est un fichier texte contenant des données tabulaires (CSV) qui font le lien entre les fichiers spectres et les fichiers HK (SOH et *+_TOUS_+* les autres) associés, en extrayant quelques paramètres essentiels dans les 2 types de fichiers
176 1 Etienne Pallier
177 163 Etienne Pallier
2) Il déplace (move) les fichiers concernés de data/ vers EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/, puisqu'ils ont été traités
178 1 Etienne Pallier
179 165 Etienne Pallier
3) Enfin, il associe les fichiers de données avec les contextes 
180 174 Etienne Pallier
181 185 Etienne Pallier
Pour cela, il suit cet algorithme :
182 165 Etienne Pallier
183 163 Etienne Pallier
* pour chaque fichier de contexte trouvé dans le dossier cgdl/contexts/ qui est à la date du jour :
184 177 Etienne Pallier
  
185 184 Etienne Pallier
 * si un dossier *du même nom* n'existe pas déjà dans EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/, il le crée 
186 184 Etienne Pallier
 * si un dossier *du même nom* existe (qu'il vienne d'être créé ou bien qu'il soit déjà là depuis longtemps), il y copie (copy) tous les fichiers manquants (par rapport à ceux qui devraient y être)
187 184 Etienne Pallier
les fichiers à copier sont :
188 1 Etienne Pallier
189 184 Etienne Pallier
  * le fichier de contexte 
190 184 Etienne Pallier
  * tous les fichiers du dossier EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/ dont la date est comprise entre le "start time" et le "stop time" du contexte
191 184 Etienne Pallier
  * la partie du fichier LOG concernée (on fera une sélection de "start time" à "stop time")
192 184 Etienne Pallier
193 192 Etienne Pallier
* s'il reste des dossiers qui n'ont pas de correspondance avec un contexte (parce qu'un contexte a été renommé ou supprimé), il leur ajoute le préfixe "_DELETED_"
194 1 Etienne Pallier
195 182 Etienne Pallier
_Par ce moyen, on peut créer un contexte qui se termine (bien) plus tard que l'heure actuelle (les nouveaux fichiers seront ainsi ajoutés au fur et à mesure de leur arrivée),
196 184 Etienne Pallier
et on s'assure d'avoir un dossier par contexte, contenant le fichier de contexte (+LOG) et tous les fichiers de données associés.
197 184 Etienne Pallier
Et ces dossiers devraient rester à jour même si le nom du contexte est modifié en cours de journée, voire même supprimé_.
198 179 Etienne Pallier
199 192 Etienne Pallier
NB : il faudra penser à supprimer manuellement de temps en temps les dossiers préfixés par "_DELETED_"
200 166 Etienne Pallier
201 166 Etienne Pallier
Les fichiers de données qui n'ont pas été associés à un contexte (soit par ce qu'aucun contexte n'a été créé dans la journée, soit parce qu'il n'y a pas de contexte créé pour cette période là)
202 166 Etienne Pallier
seront de toutes façons dans le dossier EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/
203 166 Etienne Pallier
204 168 Etienne Pallier
Une fois les sessions d'observations ChemCam terminées, on peut fermer le logiciel C-GDL,
205 168 Etienne Pallier
mais il n'est pas nécessaire de terminer le logiciel C-SPEC-HK car il s'arrêtera automatiquement lors de l'extinction du pc (brutalement, mais, sauf cas exceptionnel, sans dommage)
206 1 Etienne Pallier
207 168 Etienne Pallier
Il sera cependant préférable d'attendre quelques minutes avant d'éteindre le pc après la création, la modification, ou la suppression d'un contexte,
208 168 Etienne Pallier
le temps que C-SPEC-HK traite ce changement dans une nouvelle itération...
209 162 Etienne Pallier
210 161 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}ADAPTATIONS NÉCESSAIRES SUR LES 2 LOGICIELS%
211 133 Etienne Pallier
212 149 Etienne Pallier
*Adaptations de C-GDL* : voir [[cgdl:wiki#Collaboration-avec-loutil-C-SPEC-HK|C-GDL]]
213 1 Etienne Pallier
214 133 Etienne Pallier
*Adaptations de C-SPEC-HK* : 
215 1 Etienne Pallier
216 169 Etienne Pallier
(Le fichier de LOG est un tableau de synthèse qui sera utile pour la partie processing, sorte de masterlist)
217 138 Etienne Pallier
218 169 Etienne Pallier
Transférer TOUS les types de fichiers (TXT, RAW…)
219 1 Etienne Pallier
220 138 Etienne Pallier
Fichier SOH le plus près AVANT le transmit (génère le spectre)
221 138 Etienne Pallier
(ce fichier SOH a été fait après le tir, et avant le transmit)
222 138 Etienne Pallier
223 138 Etienne Pallier
Changer label Distance : dist(mm) => dist SEED (mm)
224 138 Etienne Pallier
225 169 Etienne Pallier
Convertir la colonne pm en distance réelle : (quelqu'un donnera la formule) « dist real (mm)»
226 138 Etienne Pallier
227 138 Etienne Pallier
C-Spec-HK est déjà installé sur le pc-EGSE. Il faudra y ajouter C-GDL.
228 138 Etienne Pallier
229 138 Etienne Pallier
Fichier LOG : Produire un CSV + un fichier HTML (ou fichier texte séparé par tabulations) pour qu'il soit lisible sans devoir passer par Open Office
230 138 Etienne Pallier
231 138 Etienne Pallier
DARK BEFORE/AFTER : priorité au DARK AFTER
232 138 Etienne Pallier
Le DARK BEFORE est très rare, il existerait seulement si il y a 2 DARK à la suite (le 2ème serait le DARK BEFORE du SPECTRE LIBS qui arrive ensuite)
233 138 Etienne Pallier
=> pour simplifier, on peut le supprimer (donc supprimer 2 colonnes dans le fichier LOG)
234 138 Etienne Pallier
235 169 Etienne Pallier
Objectif : passer le délai de la boucle du traitement quotidien à 10 secondes (au lieu de 60 actuellement)
236 138 Etienne Pallier
237 1 Etienne Pallier
Les 2 fichiers "LOG général" et "LOG du jour" doivent s’afficher automatiquement au démarrage
238 1 Etienne Pallier
239 1 Etienne Pallier
Le LOG général affiche l'état en cours d'exécution du script, pour savoir où on en est :
240 138 Etienne Pallier
- a) traitement global des fichiers, avec affichage des dossiers jours créés
241 1 Etienne Pallier
Ne pas afficher le contenu de /home/vx/EQM_DATA/
242 138 Etienne Pallier
(log files « created » in …)
243 138 Etienne Pallier
car ces dossiers ont été créés antérieurement
244 138 Etienne Pallier
N’afficher le contenu QUE du dossier qui vient d’être créé
245 138 Etienne Pallier
- b) traitement quotidien des fichiers du jour, avec affichage de : 
246 138 Etienne Pallier
  - numéro d'itération
247 138 Etienne Pallier
  - fichiers SPECTRE et SOH traités (+ leur nombre)
248 138 Etienne Pallier
249 138 Etienne Pallier
Le LOG quotidien affiche le contenu du fichier LOG du jour (qui se remplit au fur et à mesure)
250 138 Etienne Pallier
251 138 Etienne Pallier
Mettre les 4 champs de température laser
252 138 Etienne Pallier
253 138 Etienne Pallier
Supprimer nshots
254 138 Etienne Pallier
255 169 Etienne Pallier
Dans l'idéal, si on veut vraiment faire collaborer les 3 outils C-Spec-HK, C-GDL, et la prise de photos par la webcam du pc portable de la salle blanche (...), 
256 169 Etienne Pallier
la communication avec la webcam nécessiterait de mettre les 2 pc (PC-EGSE et le portable webcam) en réseau (soit sur le réseau global IRAP, soit sur un réseau privé salle blanche avec un hub ou switch ; sachant que pc-EGSE est déjà en réseau privé avec le BU-EGSE, il faudrait donc mettre ces 3 éléments sur un même réseau, pas simple...).
257 169 Etienne Pallier
En attendant, on pourrait se contenter d'un "mode dégradé", qui consisterait à copier manuellement (via clé ou disque usb) les photos de la webcam sur le pc-EGSE
258 138 Etienne Pallier
259 169 Etienne Pallier
(Changement Technique internes : Ne laisser que c-spec-hk-workflow à la racine du projet, le reste doit être dans un sous-dossier (contiendra c-spec-hk + tests))
260 138 Etienne Pallier
261 138 Etienne Pallier
262 138 Etienne Pallier
263 138 Etienne Pallier
264 138 Etienne Pallier
265 138 Etienne Pallier
266 138 Etienne Pallier
267 138 Etienne Pallier
268 138 Etienne Pallier
269 138 Etienne Pallier
270 138 Etienne Pallier
271 138 Etienne Pallier
272 138 Etienne Pallier
273 138 Etienne Pallier
274 138 Etienne Pallier
275 138 Etienne Pallier
276 138 Etienne Pallier
277 138 Etienne Pallier
278 138 Etienne Pallier
279 138 Etienne Pallier
280 138 Etienne Pallier
281 138 Etienne Pallier
282 138 Etienne Pallier
283 138 Etienne Pallier
284 138 Etienne Pallier
285 138 Etienne Pallier
286 138 Etienne Pallier
287 138 Etienne Pallier
---
288 126 Etienne Pallier
289 120 Etienne Pallier
290 120 Etienne Pallier
---
291 128 Etienne Pallier
292 128 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}SPECIFICATIONS%
293 128 Etienne Pallier
294 1 Etienne Pallier
295 11 Etienne Pallier
296 12 Etienne Pallier
h3. Schéma de connexion
297 11 Etienne Pallier
298 11 Etienne Pallier
PcEGSE <==RJ45==> EGSE <==serial==> ChemCam
299 11 Etienne Pallier
300 11 Etienne Pallier
ChemCam (garde tous les spectres en RAM) : serial==> BU (Body Unit) <== MU (Mast Unit)
301 11 Etienne Pallier
- MU : fait les tirs
302 11 Etienne Pallier
- BU : analyse les spectres
303 11 Etienne Pallier
304 11 Etienne Pallier
SOH (Spectra O? HK)
305 11 Etienne Pallier
306 30 Etienne Pallier
h3. Types d’observations
307 30 Etienne Pallier
308 30 Etienne Pallier
(sur la ligne DOLIBS modifier controlWord)
309 11 Etienne Pallier
310 11 Etienne Pallier
Bit # 	Bit Value	Fonction si activé
311 11 Etienne Pallier
-----	---------	------------------
312 11 Etienne Pallier
313 11 Etienne Pallier
0		1	 	Do focus : effectuer une focalisation (voir focusAlgorithm)
314 11 Etienne Pallier
315 11 Etienne Pallier
1		2	 	Pre dark spectra : acquisition d’un spectre dark AVANT les tirs
316 1 Etienne Pallier
317 11 Etienne Pallier
2		4 		Post dark spectra : acquisition d’un spectre dark APRES les tirs
318 11 Etienne Pallier
319 20 Etienne Pallier
*3		8 		Enable laser : effectuer un (des) tir(s) laser (voir Nshots) (sinon, c'est un DARK)*
320 11 Etienne Pallier
321 11 Etienne Pallier
4		16 		Collect spectra : acquisition de spectre pendant les tirs
322 11 Etienne Pallier
323 11 Etienne Pallier
5		32 		BS
324 11 Etienne Pallier
325 11 Etienne Pallier
326 14 Etienne Pallier
=> 25 = 1+8+16 = tir avec laser
327 14 Etienne Pallier
=> 17 = 1+0+16 = tir sans laser (DARK)
328 11 Etienne Pallier
329 11 Etienne Pallier
Bits 0 et 1 pas utilisés !!! :
330 11 Etienne Pallier
Le mode (Bit0 ET Bit1 activés) ne fait pas des darks after et before satisfaisant donc on le fait séparément en faisant un spectre sans enable laser,
331 1 Etienne Pallier
ce qui génère tous ces spectres avec un controlWord =17 dans la liste.
332 11 Etienne Pallier
333 31 Etienne Pallier
h3. Fichier spectre
334 11 Etienne Pallier
335 11 Etienne Pallier
Suite d'intensités pour chaque canal (dans l'ordre 0, 1, 2, 3, ... 6444)
336 11 Etienne Pallier
A représenter sur axe 
337 11 Etienne Pallier
- X : channel number, assimilable à longueur d'onde : 0 à 6444
338 11 Etienne Pallier
- Y : intensité
339 11 Etienne Pallier
340 11 Etienne Pallier
Si fichier DARK, alors intensités (à peu près) constantes (toutes égales) :
341 14 Etienne Pallier
=> donne le bruit de fond de l'instrument, puisque on a zero lumière
342 1 Etienne Pallier
343 32 Etienne Pallier
h3. Stratégie de développement
344 13 Etienne Pallier
345 11 Etienne Pallier
Prendre le last stack only
346 11 Etienne Pallier
347 11 Etienne Pallier
Lire fichier *_spect.TXT et *_SOH.TXT associé (celui qui est juste avant, < 5mn avant)
348 11 Etienne Pallier
349 11 Etienne Pallier
1 fich/jour
350 11 Etienne Pallier
351 11 Etienne Pallier
Methods to write :
352 11 Etienne Pallier
353 11 Etienne Pallier
findSOH(liste des *SOH.TXT du jour, spect.TXT)
354 16 Etienne Pallier
=> convertit les noms SOH en timestamps, trouve le SOH qui est juste avant le spect.TXT (< 5mn avant)
355 11 Etienne Pallier
356 11 Etienne Pallier
findDARK(liste des *spect.TXT (dark), le spect.TXT pour lequel on veut le dark)
357 16 Etienne Pallier
=> retourne le fichier dark qui est juste après (<5mn) (mais, peut être before...)
358 16 Etienne Pallier
=> regarde un peu autour (avant et après)
359 11 Etienne Pallier
360 11 Etienne Pallier
findAutofocus(...)
361 16 Etienne Pallier
=> *_afocus.TXT (juste prendre son nom, pas son contenu), qui est AVANT
362 11 Etienne Pallier
363 15 Etienne Pallier
h3. EXEMPLE DE FICHIER RESULTAT (LOG) A OBTENIR (1 par jour)
364 11 Etienne Pallier
365 11 Etienne Pallier
data_Feb25_2014_5 
366 11 Etienne Pallier
firstfile = Feb25_161115_2014_spect.TXT
367 11 Etienne Pallier
lastfile = Feb25_162059_2014_spect.TXT
368 1 Etienne Pallier
369 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, 
370 1 Etienne Pallier
371 11 Etienne Pallier
// from *_SOH.TXT file :
372 15 Etienne Pallier
nbStacks					// Nb de stacks (indiqué par le nb occurences de "mast SOH" qui indique le début d'un nouveau stack) - Prendre seulement les HK du LAST stack
373 1 Etienne Pallier
temp_laser_min(degC), temp_laser_max(degC),	// prendre min et max des 4 HK_Temp_Laser_1-4
374 15 Etienne Pallier
temp_spect(C), 					// Spectrometer_Temp
375 15 Etienne Pallier
pm(cnts), 					// Motor_Position
376 11 Etienne Pallier
377 11 Etienne Pallier
// from *_spect.TXT file :
378 15 Etienne Pallier
dist(mm),					// distance to target distToTarget
379 15 Etienne Pallier
nshots, 					// (Nshots) ajouter ici "nshots_real" car le laser fait parfois plus de shots que prévu (erreur) (lire 1ère ligne pour savoir le nb de col)
380 15 Etienne Pallier
controlWord, 					// 25 = tir avec laser,  17 = tir sans laser (DARK)
381 15 Etienne Pallier
data_mean,					// moyenne des data \ nbshots reels (= intensité moyenne ?) (à lire from >>>>>Begin Processed Spectral Data<<<<<)
382 15 Etienne Pallier
dark_file, 					// remplacer par dark_file_before, dark_file_after (file name)
383 15 Etienne Pallier
mean_spect_value - dark				// (= data_mean - ???)
384 11 Etienne Pallier
385 11 Etienne Pallier
386 11 Etienne Pallier
// Liste des fichiers *_spect.TXT associés avec leurs paramètres HK (trouvés dans *_SOH.TXT) :
387 11 Etienne Pallier
388 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, nbStacks, temp_laser_min, temp_laser_max, temp_spect, pm, dist(mm), nshots, controlWord, data_mean, dark_file_before, dark_file_after, mean_spect_value - dark
389 11 Etienne Pallier
390 11 Etienne Pallier
  1 Feb25_161115_2014_spect.TXT 161055 nbStacks 4.25 5.44 30.15 5499 3000 10  25   677.39 161142 dark_file_after 50.28 
391 15 Etienne Pallier
  2 (D)Feb25_161142_2014_spect.TXT 161132 4.29 5.48 30.15 5499 3000 10  17   627.11 -        627.11 
392 11 Etienne Pallier
  3 Feb25_161243_2014_spect.TXT 161210 4.29 5.33 30.15 5444 2951 10  25   649.07 161307    19.72 
393 11 Etienne Pallier
  4 Feb25_161307_2014_spect.TXT 161257 4.25 5.55 30.15 5444 3000 10  17   629.35 -        629.35 
394 11 Etienne Pallier
  5 Feb25_161339_2014_spect.TXT 161329 4.25 5.59 30.15 5454 2959 10  25   674.78 161404    43.76 
395 1 Etienne Pallier
  6 Feb25_161404_2014_spect.TXT 161353 4.29 5.52 30.15 5454 3000 10  17   631.02 -        631.02 
396 1 Etienne Pallier
  7 Feb25_161435_2014_spect.TXT 161425 4.21 5.55 30.15 5463 2967 10  25   693.77 161500    60.76 
397 11 Etienne Pallier
  8 Feb25_161500_2014_spect.TXT 161450 4.33 5.59 30.15 5463 3000 10  17   633.01 -        633.01 
398 11 Etienne Pallier
  9 Feb25_161532_2014_spect.TXT 161521 4.29 5.59 30.15 5473 2975 10  25   703.08 161556    68.71 
399 11 Etienne Pallier
 10 Feb25_161556_2014_spect.TXT 161546 4.36 5.52 30.15 5473 3000 10  17   634.36 -        634.36 
400 11 Etienne Pallier
 11 Feb25_161646_2014_spect.TXT 161636 4.33 5.63 30.15 5482 2983 10  25   702.22 161711    67.98 
401 11 Etienne Pallier
 12 Feb25_161711_2014_spect.TXT 161701 4.33 5.59 30.15 5482 3000 10  17   634.24 -        634.24 
402 11 Etienne Pallier
 13 Feb25_161743_2014_spect.TXT 161733 4.36 5.55 30.15 5493 2992 10  25   695.08 161808    58.88 
403 11 Etienne Pallier
 14 Feb25_161808_2014_spect.TXT 161757 4.36 5.55 30.15 5493 3000 10  17   636.20 -        636.20 
404 11 Etienne Pallier
 15 Feb25_161840_2014_spect.TXT 161829 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  25   683.94 161905    46.74 
405 11 Etienne Pallier
 16 Feb25_161905_2014_spect.TXT 161854 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  17   637.20 -        637.20 
406 11 Etienne Pallier
 17 Feb25_161937_2014_spect.TXT 161926 4.40 5.59 30.15 5513 3009 10  25   675.67 162002    37.24 
407 11 Etienne Pallier
 18 Feb25_162002_2014_spect.TXT 161951 4.44 5.59 30.15 5513 3000 10  17   638.43 -        638.43 
408 11 Etienne Pallier
 19 Feb25_162034_2014_spect.TXT 162023 4.36 5.63 30.15 5522 3017 10  25   663.56 162059    24.10 
409 15 Etienne Pallier
 20 (D) Feb25_162059_2014_spect.TXT 162048 4.40 5.63 30.15 5522 3000 10  17   639.46 -        639.46
410 15 Etienne Pallier
411 46 Etienne Pallier
h3. CAS EXCEPTIONNELS à traiter (Exceptions)
412 43 Etienne Pallier
413 43 Etienne Pallier
 * NoDataFileFoundException : pas de fichier (ni Spectre ni SOH) dans le dossier DATA/
414 43 Etienne Pallier
415 43 Etienne Pallier
 * MalformedFileException : fichier (Spectre ou SOH) avec format incorrect
416 43 Etienne Pallier
417 43 Etienne Pallier
 * UnknownCaseException : Cas inconnu ; par exemple, controlWord ni 17 (DARK) ni 25 (PAS DARK) !!!
418 43 Etienne Pallier
419 47 Etienne Pallier
 * noSOHFileFoundForSpectraFileException : pas de fichier SOH (HK) trouvé pour un fichier Spectra (data)
420 47 Etienne Pallier
421 136 Etienne Pallier
---
422 136 Etienne Pallier
423 83 Etienne Pallier
h2. RECUPERATION DU PROJET
424 91 Etienne Pallier
425 83 Etienne Pallier
426 83 Etienne Pallier
*a) Directement, depuis svn*
427 83 Etienne Pallier
428 83 Etienne Pallier
svn co https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
429 83 Etienne Pallier
430 83 Etienne Pallier
Si on ne veut pas rester synchronisé avec le repository (juste une copie du projet au temps t, sans les fichiers de versionning .svn) : 
431 1 Etienne Pallier
432 90 Etienne Pallier
svn export https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
433 90 Etienne Pallier
434 91 Etienne Pallier
435 58 Etienne Pallier
436 1 Etienne Pallier
*b) Par téléchargement (100 Mo à cause des données)*
437 1 Etienne Pallier
438 1 Etienne Pallier
https://projects.irap.omp.eu/attachments/download/1237/c-spec-hk_1.1.tgz
439 86 Etienne Pallier
440 137 Etienne Pallier
---
441 137 Etienne Pallier
442 95 Etienne Pallier
h2. EXECUTION
443 92 Etienne Pallier
444 92 Etienne Pallier
h3. 1) PRÉREQUIS : Python 2.7
445 92 Etienne Pallier
446 92 Etienne Pallier
h4. Sur Mac (Machine de développement)
447 92 Etienne Pallier
448 92 Etienne Pallier
Avec Macport, pour que la version 2.7 soit bien la version par défaut quand on tape "python" :
449 92 Etienne Pallier
450 92 Etienne Pallier
sudo port select --set python python27
451 92 Etienne Pallier
452 92 Etienne Pallier
$ which python
453 92 Etienne Pallier
/opt/local/bin/python
454 92 Etienne Pallier
455 92 Etienne Pallier
$ python --version
456 92 Etienne Pallier
Python 2.7.9
457 92 Etienne Pallier
458 92 Etienne Pallier
Mettre à jour MacPort :
459 92 Etienne Pallier
sudo port -v selfupdate
460 92 Etienne Pallier
sudo port upgrade outdated
461 92 Etienne Pallier
462 92 Etienne Pallier
463 92 Etienne Pallier
h4. Sur CentOS 6.5 (serveur de production)
464 92 Etienne Pallier
465 92 Etienne Pallier
(fait le 19/3/15 sur le pc-EGSE Chemcam ; cf fiche wiki du pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour)
466 92 Etienne Pallier
467 92 Etienne Pallier
Par défaut, Cent0S 6.5 propose Python 2.6
468 92 Etienne Pallier
469 94 Etienne Pallier
(Voir l'installation de Python 2.7 faite sur le pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Installation_de_Python_2_7)
470 86 Etienne Pallier
471 89 Etienne Pallier
h3. 2) EXECUTING TESTS
472 89 Etienne Pallier
473 86 Etienne Pallier
h4. Depuis Eclipse
474 86 Etienne Pallier
475 86 Etienne Pallier
Ouvrir la console adaptée : Window / Show View / PyUnit
476 86 Etienne Pallier
clic-droit sur test/c_spec_hk_TEST.py
477 86 Etienne Pallier
Run As / Python unit-test
478 89 Etienne Pallier
479 86 Etienne Pallier
480 89 Etienne Pallier
h4. En mode ligne de commande
481 86 Etienne Pallier
482 72 Etienne Pallier
h5. TESTS faits avec Python 2.7
483 72 Etienne Pallier
484 1 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
485 72 Etienne Pallier
486 73 Etienne Pallier
cd test/
487 1 Etienne Pallier
488 72 Etienne Pallier
$ py27 premiertest.py
489 1 Etienne Pallier
<pre>
490 72 Etienne Pallier
...
491 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
492 1 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
493 72 Etienne Pallier
494 72 Etienne Pallier
OK
495 73 Etienne Pallier
</pre>
496 72 Etienne Pallier
497 72 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk_TEST.py
498 72 Etienne Pallier
499 72 Etienne Pallier
<pre>
500 72 Etienne Pallier
...
501 1 Etienne Pallier
======================================================================
502 62 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
503 1 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 5.833s
504 1 Etienne Pallier
505 72 Etienne Pallier
OK
506 72 Etienne Pallier
</pre>
507 1 Etienne Pallier
508 62 Etienne Pallier
509 72 Etienne Pallier
510 72 Etienne Pallier
511 70 Etienne Pallier
*2) Tests de Performance (Benchmark)*
512 70 Etienne Pallier
513 62 Etienne Pallier
Depuis la racine du projet :
514 62 Etienne Pallier
515 62 Etienne Pallier
<pre>
516 62 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk.py -t
517 62 Etienne Pallier
...Executing main program...
518 62 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
519 62 Etienne Pallier
520 62 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
521 62 Etienne Pallier
522 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
523 62 Etienne Pallier
0.000790863037109
524 62 Etienne Pallier
525 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
526 62 Etienne Pallier
0.000117941689491
527 62 Etienne Pallier
528 62 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
529 62 Etienne Pallier
0.0429699897766
530 62 Etienne Pallier
531 62 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
532 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
533 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
534 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
535 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
536 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
537 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
538 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
539 62 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
540 62 Etienne Pallier
total 56
541 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20110223
542 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2011_0223_logs.csv
543 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20130223
544 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2013_0223_logs.csv
545 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140123
546 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0123_logs.csv
547 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140223
548 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0223_logs.csv
549 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140225
550 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  16:39 2014_0225_logs.csv
551 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140226
552 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  16:39 2014_0226_logs.csv
553 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20150223
554 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2015_0223_logs.csv
555 62 Etienne Pallier
556 62 Etienne Pallier
1.91459012032
557 1 Etienne Pallier
Average time per day : 0.273513
558 1 Etienne Pallier
559 1 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
560 62 Etienne Pallier
561 1 Etienne Pallier
</pre>
562 86 Etienne Pallier
563 89 Etienne Pallier
564 86 Etienne Pallier
565 72 Etienne Pallier
h5. TESTS faits avec Python 2.6
566 1 Etienne Pallier
567 72 Etienne Pallier
C'est encore possible de faire tourner le logiciel en Python 2.6 dans la version 1.1.x, mais ça ne sera plus garanti dans l'avenir (à partir de la version 1.2.x)
568 1 Etienne Pallier
569 72 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
570 1 Etienne Pallier
571 72 Etienne Pallier
cd test/
572 72 Etienne Pallier
573 72 Etienne Pallier
$ python premiertest.py
574 72 Etienne Pallier
<pre>
575 72 Etienne Pallier
...
576 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
577 72 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
578 72 Etienne Pallier
579 72 Etienne Pallier
OK
580 72 Etienne Pallier
</pre>
581 72 Etienne Pallier
582 72 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk_TEST.py
583 72 Etienne Pallier
584 72 Etienne Pallier
<pre>
585 72 Etienne Pallier
...
586 72 Etienne Pallier
======================================================================
587 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
588 72 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 6.742s
589 72 Etienne Pallier
590 72 Etienne Pallier
OK
591 72 Etienne Pallier
</pre>
592 72 Etienne Pallier
593 72 Etienne Pallier
---
594 72 Etienne Pallier
595 72 Etienne Pallier
596 72 Etienne Pallier
*2) Tests de Performance (Benchmark)*
597 72 Etienne Pallier
598 58 Etienne Pallier
Depuis la racine du projet 
599 58 Etienne Pallier
600 58 Etienne Pallier
$ ./c_spec_hk.py -t
601 58 Etienne Pallier
<pre>
602 58 Etienne Pallier
...Executing main program...
603 58 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
604 58 Etienne Pallier
605 58 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
606 58 Etienne Pallier
607 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
608 58 Etienne Pallier
0.00105306601524
609 58 Etienne Pallier
610 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
611 58 Etienne Pallier
0.000152537894249
612 58 Etienne Pallier
613 58 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
614 58 Etienne Pallier
0.0518409013748
615 58 Etienne Pallier
616 58 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
617 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
618 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
619 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
620 1 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
621 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
622 59 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
623 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
624 58 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
625 58 Etienne Pallier
total 56
626 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20110223
627 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2011_0223_logs.csv
628 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20130223
629 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2013_0223_logs.csv
630 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140123
631 1 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0123_logs.csv
632 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140223
633 80 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0223_logs.csv
634 21 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140225
635 25 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  14:01 2014_0225_logs.csv
636 1 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140226
637 22 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  14:01 2014_0226_logs.csv
638 22 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20150223
639 21 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2015_0223_logs.csv
640 21 Etienne Pallier
641 77 Etienne Pallier
2.33647012711
642 21 Etienne Pallier
Average time per day : 0.333781
643 21 Etienne Pallier
644 1 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
645 96 Etienne Pallier
</pre>
646 21 Etienne Pallier
647 97 Etienne Pallier
h3. 3) EXECUTING MAIN SCRIPT 
648 1 Etienne Pallier
649 88 Etienne Pallier
h4. Depuis Eclipse
650 88 Etienne Pallier
651 21 Etienne Pallier
clic-droit sur c_spec_hk.py
652 97 Etienne Pallier
Run As / Python Run
653 21 Etienne Pallier
654 21 Etienne Pallier
h4. In Command line mode
655 1 Etienne Pallier
656 80 Etienne Pallier
	a) Pour voir l'aide :
657 81 Etienne Pallier
658 80 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk.py -h
659 1 Etienne Pallier
660 80 Etienne Pallier
...Executing main program...
661 1 Etienne Pallier
662 81 Etienne Pallier
Usage:
663 1 Etienne Pallier
664 81 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py [-i <inputDataDir>] [-o <outputLogDir>]
665 1 Etienne Pallier
OR
666 81 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py [--inputDir=<inputDataDir>] [--outputDir=<outputLogDir>]
667 1 Etienne Pallier
668 80 Etienne Pallier
Ex: python27 c_spec_hk.py-i './DATA' -o './LOGS'
669 80 Etienne Pallier
670 80 Etienne Pallier
All options available are (none is mandatory) :
671 80 Etienne Pallier
-d : activate DEBUG mode
672 80 Etienne Pallier
-h : print this HELP message
673 80 Etienne Pallier
-n : do NOT create sub-directories (like YYYYMMDD) for each day
674 80 Etienne Pallier
-t : test execution TIME of several methods
675 1 Etienne Pallier
-v : print current VERSION number
676 21 Etienne Pallier
-i <inputDataDir> or --input=<inputDataDir> : set INPUT directory from where DATA files are READ (default is "DATA")
677 1 Etienne Pallier
-o <outputDataDir> or --output=<outputLogDir> : set OUTPUT directory where LOG files are WRITTEN to (default is "LOGS")
678 81 Etienne Pallier
679 80 Etienne Pallier
680 23 Etienne Pallier
681 81 Etienne Pallier
	b) Speed testing (benchmark)
682 21 Etienne Pallier
683 21 Etienne Pallier
cf https://projects.irap.omp.eu/projects/cspechkanalyser/wiki/Wiki#TESTS-faits-avec-Python-27 (section "Tests de performance")
684 21 Etienne Pallier
685 21 Etienne Pallier
686 82 Etienne Pallier
	c) Pour faire un test avec les données d'échantillon fournies :
687 1 Etienne Pallier
688 82 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py -i test/DATASET/UC0_NOMINAL/DATA -o /tmp/LOGS
689 82 Etienne Pallier
690 21 Etienne Pallier
(il faudra d'abord créer le dossier LOGS/ dans /tmp)
691 21 Etienne Pallier
692 82 Etienne Pallier
Exemple d'affichage attendu :
693 21 Etienne Pallier
694 82 Etienne Pallier
...Executing main program...
695 82 Etienne Pallier
696 21 Etienne Pallier
inputDataDir is "test/DATASET/UC0_NOMINAL/DATA"
697 82 Etienne Pallier
ouputLogDir is "/tmp/LOGS"
698 82 Etienne Pallier
699 21 Etienne Pallier
The DATA DIR (input) contains 126 files (total)
700 82 Etienne Pallier
The DATA DIR (input) contains 26 SPECTRA text files
701 82 Etienne Pallier
702 21 Etienne Pallier
Log files created in /tmp/LOGS/ :
703 21 Etienne Pallier
['20110223', '20130223', '20140123', '20140223', '20140225', '20140226', '20150223']
704 36 Etienne Pallier
705 54 Etienne Pallier
706 36 Etienne Pallier
---
707 52 Etienne Pallier
708 50 Etienne Pallier
h2. DAILY WORKFLOW
709 52 Etienne Pallier
710 1 Etienne Pallier
h3. 1) Voici la structure de fichiers réalisée sur le pc-EGSE :
711 52 Etienne Pallier
712 52 Etienne Pallier
Les nouveaux fichiers de données produits lors des tirs de Chemcam sont automatiquement placés dans /home/vx/data/ (au fur et à mesure des tirs)
713 1 Etienne Pallier
714 1 Etienne Pallier
Ils sont ensuite déplacés dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ lorsqu'ils ont été traités
715 52 Etienne Pallier
716 37 Etienne Pallier
Les fichiers de LOG (relation spectre => HK) créés sont placés directment dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
717 53 Etienne Pallier
718 50 Etienne Pallier
<pre>
719 50 Etienne Pallier
720 50 Etienne Pallier
- /home/vx/data/ : données d'origine restant à traiter (spectres et HK), provenant directement de la manip
721 50 Etienne Pallier
722 36 Etienne Pallier
- /home/vx/EQM_DATA/ : données traitées (spectres, HK, et fichiers logs produits)
723 36 Etienne Pallier
    - AAAAMMJJ/ : un dossier par jour
724 142 Etienne Pallier
        - le fichier log produit (CSV)
725 40 Etienne Pallier
        - DATA/ : les données d'origine (spectres et HK)
726 48 Etienne Pallier
727 1 Etienne Pallier
</pre>
728 51 Etienne Pallier
729 48 Etienne Pallier
h3. 2) WORKFLOW
730 57 Etienne Pallier
731 55 Etienne Pallier
Ce workflow devrait normalement fonctionner dans tous les cas de figure (démarrage n'importe quand, en début de journée ou en cours de journée, ou même reprise après un crash brutal...)
732 1 Etienne Pallier
733 39 Etienne Pallier
Démarrage automatique du workflow à partir du Démarrage du pc-EGSE
734 57 Etienne Pallier
735 1 Etienne Pallier
1) Faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents dans le dossier /home/vx/data/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
736 57 Etienne Pallier
Les fichiers LOGS produits sont placés automatiquement dans le dossier correspondant à leur jour /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
737 57 Etienne Pallier
(AAAA année en 4 chiffres, MM mois en deux chiffres et JJ jour du mois en deux chiffres)
738 57 Etienne Pallier
739 57 Etienne Pallier
2) Déplacer TOUS les fichiers de /home/vx/data/ dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
740 57 Etienne Pallier
741 48 Etienne Pallier
3) (Every 5 seconds) : pour les fichiers du jour J
742 1 Etienne Pallier
S'il existe au moins un fichier dans /home/vx/data/, faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents 
743 51 Etienne Pallier
LE FICHIER LOG produit (un seul pour le jour J) est placé automatiquement dans le dossier correspondant à son jour (J) /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
744 1 Etienne Pallier
Attention : on ne déplace pas les fichiers dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ ; cela sera fait au prochain démarrage du workflow) ; cela permet d'avoir un fichier LOG qui se complète au fur et à mesure de la journée
745 1 Etienne Pallier
Il faudrait quand meme les COPIER (cp) (mais pas les DEPLACER (mv))
746 1 Etienne Pallier
OPTIMISATION : Exécution SSI le nb de fichiers du repertoire DATA/ a changé (tenir à jour un fichier contenant le nb de files)
747 1 Etienne Pallier
748 1 Etienne Pallier
Fin du workflow à l'extinction du pc-EGSE