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Version 211 (Etienne Pallier, 02/04/2016 03:43 pm)

1 1 Etienne Pallier
h1. Wiki
2 1 Etienne Pallier
3 209 Etienne Pallier
*Traitement batch (Python) faisant l'extraction des HK et les associant à leurs fichiers spectres respectifs dans un fichier résultat de log et en les contextualisant* 
4 209 Etienne Pallier
5 209 Etienne Pallier
6 1 Etienne Pallier
7 211 Etienne Pallier
8 8 Etienne Pallier
{{toc}}
9 3 Etienne Pallier
10 105 Etienne Pallier
11 1 Etienne Pallier
---
12 211 Etienne Pallier
13 211 Etienne Pallier
STATUT ACTUEL DU LOGICIEL ==> cliquer sur l'onglet *Roadmap*
14 35 Etienne Pallier
15 1 Etienne Pallier
16 124 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}UTILISATION EFFECTIVE EN SALLE BLANCHE%
17 124 Etienne Pallier
18 189 Etienne Pallier
Ce logiciel est installé sur le Pc Chemcam, en salle blanche : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour
19 124 Etienne Pallier
20 106 Etienne Pallier
http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Utilisation_du_logiciel_C_SPEC_H
21 105 Etienne Pallier
22 105 Etienne Pallier
23 105 Etienne Pallier
---
24 123 Etienne Pallier
25 123 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}DEPOT SVN%
26 123 Etienne Pallier
27 35 Etienne Pallier
28 35 Etienne Pallier
(cliquer sur l'onglet Dépôt)
29 35 Etienne Pallier
30 35 Etienne Pallier
 * URL du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk/
31 35 Etienne Pallier
32 35 Etienne Pallier
 * Administration du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu
33 35 Etienne Pallier
34 35 Etienne Pallier
 * Administrateur : Etienne Pallier
35 35 Etienne Pallier
36 35 Etienne Pallier
 * Groupes :
37 76 Etienne Pallier
38 35 Etienne Pallier
   * grp-admin-chemcam : Admin du dépot CHEMCAM (RW sur racine).
39 35 Etienne Pallier
   * grp-chemcam : Les développeurs de CHEMCAM (RW sur branches).
40 35 Etienne Pallier
   * On peut également créer un groupe grp-readonly-chemcam (et mettre les droits en read-only sur tout le projet)
41 35 Etienne Pallier
42 35 Etienne Pallier
 * Ajout d'utilisateurs 
43 35 Etienne Pallier
44 11 Etienne Pallier
  * On peut ajouter des utilisateurs extérieurs via l'interface web, puis les ajouter dans les groupes (en tant que "Utilisateurs affectés").
45 42 Etienne Pallier
  * Dans le cas des utilisateurs IRAP, il faut qu'ils se connectent une première fois sur https://usvn-idems.irap.omp.eu avec leur login/mdp IRAP avant de pouvoir être affectés dans les groupes du repository.
46 41 Etienne Pallier
47 104 Etienne Pallier
 * Dashboard : le dashboard du projet est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu (=interface de gestion des utilisateurs, groupes et droits d'accès sur le repo, et également navigateur/explorateur du repo)
48 104 Etienne Pallier
49 104 Etienne Pallier
 * Accès : Le repo SVN est accessible depuis partout dans le monde (svn-over-https only), la racine du repo est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/chemcam/
50 104 Etienne Pallier
51 104 Etienne Pallier
 * TODO: passer sur SourceSup : https://sourcesup.renater.fr, https://sourcesup.cru.fr/
52 104 Etienne Pallier
53 104 Etienne Pallier
54 104 Etienne Pallier
55 104 Etienne Pallier
56 121 Etienne Pallier
57 11 Etienne Pallier
58 120 Etienne Pallier
---
59 120 Etienne Pallier
60 193 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}2015 Juin-Juillet - TRANSFORMATION (EN VUE D'UNE COLLABORATION AVEC C-GDL)%
61 122 Etienne Pallier
62 134 Etienne Pallier
Suite aux réunions du 29/4/15 et du 22/5/15 avec OG, WR, AC, PM, et EP,
63 152 Etienne Pallier
un nouveau besoin a été exprimé qui pourrait être résolu en faisant collaborer 2 outils existants (C-SPEC-HK et [[cgdl:|C-GDL]]),
64 134 Etienne Pallier
et en leur apportant quelques adaptations.
65 134 Etienne Pallier
66 141 Etienne Pallier
*Actions* : 
67 150 Etienne Pallier
- OG et AC : réfléchir à une simplification éventuelle de l'outil CGDL (en un seul formulaire au lieu de plusieurs onglets)
68 141 Etienne Pallier
69 197 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}1. BESOIN%
70 1 Etienne Pallier
71 131 Etienne Pallier
Créer un *contexte* (ensemble d'informations de description) pour décrire chaque *observation* (série de tirs ChemCam) effectuée en salle blanche.
72 131 Etienne Pallier
A ce contexte, seront automatiquement associés tous les fichiers (spectres, HK, ...) générés à l'occasion des tirs ChemCam.
73 1 Etienne Pallier
Un nouveau contexte devra être créé à chaque fois qu'on change de roche, de distance de tir, ou bien de type d'atmosphère...
74 1 Etienne Pallier
75 198 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}2. SOLUTION TECHNIQUE (updated 3/7/15)%
76 129 Etienne Pallier
77 130 Etienne Pallier
Pour répondre à ce besoin, plutôt que de re-développer un nouvel outil, on doit pouvoir faire collaborer efficacement deux outils existants que sont C-GDL et C-SPEC-HK,
78 130 Etienne Pallier
et qui devront en outre subir quelques adaptations plus ou moins importantes.
79 126 Etienne Pallier
*C-GDL* est une IHM Java qui permet de créer manuellement un contexte 
80 126 Etienne Pallier
*C-SPEC-HK* est un script Python qui s'exécute en permanence en arrière-plan, et qui associe automatiquement les fichiers HK (SOH) aux fichiers spectres et crée un fichier LOG quotidien décrivant ces associations (pour la journée), au fur et à mesure des tirs ChemCam
81 126 Etienne Pallier
Il faut donc faire collaborer ces 2 outils pour qu'un contexte C-GDL soit automatiquement associé aux fichiers générés par les tirs ChemCam et qui sont regroupés par C-SPEC-HK (y-compris le fichier de LOG généré par C-SPEC-HK).
82 126 Etienne Pallier
83 198 Etienne Pallier
h4. 2.1 *Proposition de collaboration entre ces 2 outils*
84 145 Etienne Pallier
85 144 Etienne Pallier
{{thumbnail(Collaboration C-SPEC-HK et C-GDL.jpg, size=300, title=Dashboard_Controller)}}
86 143 Etienne Pallier
87 1 Etienne Pallier
_Document original (Open Office Presentation) : attachment:"Collaboration C-SPEC-HK et C-GDL.odg"_
88 194 Etienne Pallier
89 198 Etienne Pallier
h4. 2.2 *ALGORITHME GENERAL (en Python, mais lisible pour tout le monde)*
90 194 Etienne Pallier
91 205 Etienne Pallier
<pre><code class="python">
92 196 Etienne Pallier
    # delay between each iteration (seconds)
93 196 Etienne Pallier
    ITERATION_DELAY=60
94 194 Etienne Pallier
95 194 Etienne Pallier
    # get today date
96 194 Etienne Pallier
    today = getDate() # YYYYMMDD
97 1 Etienne Pallier
    
98 194 Etienne Pallier
    # process past data files if exist
99 194 Etienne Pallier
    processPastDataFiles(getPastDataFiles())
100 194 Etienne Pallier
    
101 195 Etienne Pallier
    # Every ITERATION_DELAY, process today data files and context files
102 194 Etienne Pallier
    while(True):
103 194 Etienne Pallier
        
104 194 Etienne Pallier
        # if exists new data files for today, re-process ALL today data files according to today context files
105 194 Etienne Pallier
        todayCurrentDataFiles = getTodayCurrentDataFiles()
106 194 Etienne Pallier
        if todayCurrentDataFiles:
107 194 Etienne Pallier
            # Move today current data files from data/ to EQM_DATA/<YYYYMMDD>/ALL/
108 194 Etienne Pallier
            archiveTodayCurrentDataFiles(todayCurrentDataFiles)     
109 194 Etienne Pallier
            # Create/Update <YYYYMMDD>_LOG.csv log file in EQM_DATA/<YYYYMMDD>/, from today current data files in EQM_DATA/<YYYYMMDD>/ALL/ 
110 194 Etienne Pallier
            updateTodayLogFile()               
111 194 Etienne Pallier
            
112 208 Etienne Pallier
        # (re-)Associate all related data files (from TODAY but also from the PAST) with their context files from cgdl/contexts/
113 194 Etienne Pallier
        # and put them into EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/<context name>/
114 208 Etienne Pallier
        bindDataFilesWithContextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday(getContextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday())                    
115 194 Etienne Pallier
             
116 194 Etienne Pallier
        # wait 60s
117 194 Etienne Pallier
        time.sleep(ITERATION_DELAY)
118 201 Etienne Pallier
119 201 Etienne Pallier
120 202 Etienne Pallier
121 202 Etienne Pallier
122 206 Etienne Pallier
#########################
123 206 Etienne Pallier
# FONCTIONS IMPORTANTES #
124 206 Etienne Pallier
#########################
125 201 Etienne Pallier
126 201 Etienne Pallier
def copyFilesIntoContextFolderForContextFile(cf):
127 201 Etienne Pallier
    copyContextFileIntoContextFolderForContextFile(cf)
128 201 Etienne Pallier
    copyLogFileIntoContextFolderForContextFile(cf)
129 201 Etienne Pallier
    copyRelatedDataFilesIntoContextFolderForContextFile(cf)
130 201 Etienne Pallier
131 201 Etienne Pallier
132 208 Etienne Pallier
def bindDataFilesWithContextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday(contextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday):
133 201 Etienne Pallier
    # Associate today ALL data files from EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/ with their context files from cgdl/contexts/ (and also the EQM_DATA/<YYYYMMDD>/>YYYYMMDD>_LOG.csv log file)
134 201 Etienne Pallier
    # and put them into EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/<context name>/
135 201 Etienne Pallier
    # Process each context file (from oldest to newest)
136 201 Etienne Pallier
    for cf in contextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday:
137 201 Etienne Pallier
        
138 201 Etienne Pallier
        # DELETED context file
139 201 Etienne Pallier
        if isDeletedContextFile(cf):
140 201 Etienne Pallier
            # This is not actual but only virtual "delete" 
141 201 Etienne Pallier
            deleteContextFolderForContextFile(cf)
142 201 Etienne Pallier
            continue
143 201 Etienne Pallier
        
144 201 Etienne Pallier
        # CREATED OR MODIFIED context file
145 201 Etienne Pallier
        #TODO: This should work even for 2 context files with different names but SAME date and time (both should get filled with the same content) 
146 201 Etienne Pallier
        # if context folder does not yet exist, create it (EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/<context name>/)
147 201 Etienne Pallier
        if not existsContextFolderForContextFile(cf): createContextFolderForContextFile(cf)
148 201 Etienne Pallier
        copyFilesIntoContextFolderForContextFile(cf)
149 201 Etienne Pallier
150 205 Etienne Pallier
</code></pre>
151 194 Etienne Pallier
152 200 Etienne Pallier
h4. 2.3. *Explications du déroulement d'une session d'observations ChemCam (selon le diagramme ci-dessus) (A METTRE A JOUR)* :
153 159 Etienne Pallier
154 185 Etienne Pallier
Cette solution technique a été mise à jour suite à la réunion du 5/6/15 (avec OG, AC, WR, et Richard Hitier).
155 171 Etienne Pallier
156 159 Etienne Pallier
Au démarrage du pc, les 2 logiciels C-SPEC-HK et C_GDL se lancent automatiquement.
157 159 Etienne Pallier
158 190 Etienne Pallier
Voici le workflow idéal :
159 190 Etienne Pallier
160 190 Etienne Pallier
On commence par créer un contexte avec C-GDL (mais on peut très bien le faire a posteriori, après les observations). Une fois enregistré (YYYYMMDD_HHMM-HHMM_context_<parametres>.xml), ce fichier se trouve dans cgdl/contexts/
161 162 Etienne Pallier
162 162 Etienne Pallier
On effectue des tirs ChemCam. Ces tirs génèrent des fichiers (SPEC, SOH...) qui sont automatiquement placés dans le dossier data/.
163 162 Etienne Pallier
Si jamais quelques tirs ont été effectués juste pour tester ChemCam avant de faire les vraies observations, on peut retarder la date début (Start time) du contexte pour que ces tirs ne soient pas pris en compte dans ce contexte.
164 1 Etienne Pallier
165 171 Etienne Pallier
C-SPEC-HK qui tourne en arrière plan effectue le traitement suivant toutes les minutes (ou delta secondes, délai à affiner en production) :
166 162 Etienne Pallier
167 1 Etienne Pallier
1) Il complète (ou crée, si c'est la première itération) le fichier de LOG (YYYYMMDD_LOG.csv) dans le dossier EQM_DATA/YYYYMMDD/
168 162 Etienne Pallier
à partir des fichiers qui sont dans data/
169 172 Etienne Pallier
C'est un fichier texte contenant des données tabulaires (CSV) qui font le lien entre les fichiers spectres et les fichiers HK (SOH et *+_TOUS_+* les autres) associés, en extrayant quelques paramètres essentiels dans les 2 types de fichiers
170 1 Etienne Pallier
171 163 Etienne Pallier
2) Il déplace (move) les fichiers concernés de data/ vers EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/, puisqu'ils ont été traités
172 1 Etienne Pallier
173 165 Etienne Pallier
3) Enfin, il associe les fichiers de données avec les contextes 
174 174 Etienne Pallier
175 185 Etienne Pallier
Pour cela, il suit cet algorithme :
176 165 Etienne Pallier
177 163 Etienne Pallier
* pour chaque fichier de contexte trouvé dans le dossier cgdl/contexts/ qui est à la date du jour :
178 177 Etienne Pallier
  
179 184 Etienne Pallier
 * si un dossier *du même nom* n'existe pas déjà dans EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/, il le crée 
180 184 Etienne Pallier
 * si un dossier *du même nom* existe (qu'il vienne d'être créé ou bien qu'il soit déjà là depuis longtemps), il y copie (copy) tous les fichiers manquants (par rapport à ceux qui devraient y être)
181 184 Etienne Pallier
les fichiers à copier sont :
182 1 Etienne Pallier
183 184 Etienne Pallier
  * le fichier de contexte 
184 184 Etienne Pallier
  * tous les fichiers du dossier EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/ dont la date est comprise entre le "start time" et le "stop time" du contexte
185 184 Etienne Pallier
  * la partie du fichier LOG concernée (on fera une sélection de "start time" à "stop time")
186 184 Etienne Pallier
187 192 Etienne Pallier
* s'il reste des dossiers qui n'ont pas de correspondance avec un contexte (parce qu'un contexte a été renommé ou supprimé), il leur ajoute le préfixe "_DELETED_"
188 1 Etienne Pallier
189 182 Etienne Pallier
_Par ce moyen, on peut créer un contexte qui se termine (bien) plus tard que l'heure actuelle (les nouveaux fichiers seront ainsi ajoutés au fur et à mesure de leur arrivée),
190 184 Etienne Pallier
et on s'assure d'avoir un dossier par contexte, contenant le fichier de contexte (+LOG) et tous les fichiers de données associés.
191 184 Etienne Pallier
Et ces dossiers devraient rester à jour même si le nom du contexte est modifié en cours de journée, voire même supprimé_.
192 179 Etienne Pallier
193 192 Etienne Pallier
NB : il faudra penser à supprimer manuellement de temps en temps les dossiers préfixés par "_DELETED_"
194 166 Etienne Pallier
195 166 Etienne Pallier
Les fichiers de données qui n'ont pas été associés à un contexte (soit par ce qu'aucun contexte n'a été créé dans la journée, soit parce qu'il n'y a pas de contexte créé pour cette période là)
196 166 Etienne Pallier
seront de toutes façons dans le dossier EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/
197 166 Etienne Pallier
198 168 Etienne Pallier
Une fois les sessions d'observations ChemCam terminées, on peut fermer le logiciel C-GDL,
199 168 Etienne Pallier
mais il n'est pas nécessaire de terminer le logiciel C-SPEC-HK car il s'arrêtera automatiquement lors de l'extinction du pc (brutalement, mais, sauf cas exceptionnel, sans dommage)
200 1 Etienne Pallier
201 168 Etienne Pallier
Il sera cependant préférable d'attendre quelques minutes avant d'éteindre le pc après la création, la modification, ou la suppression d'un contexte,
202 168 Etienne Pallier
le temps que C-SPEC-HK traite ce changement dans une nouvelle itération...
203 162 Etienne Pallier
204 161 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}ADAPTATIONS NÉCESSAIRES SUR LES 2 LOGICIELS%
205 133 Etienne Pallier
206 149 Etienne Pallier
*Adaptations de C-GDL* : voir [[cgdl:wiki#Collaboration-avec-loutil-C-SPEC-HK|C-GDL]]
207 1 Etienne Pallier
208 133 Etienne Pallier
*Adaptations de C-SPEC-HK* : 
209 1 Etienne Pallier
210 169 Etienne Pallier
(Le fichier de LOG est un tableau de synthèse qui sera utile pour la partie processing, sorte de masterlist)
211 138 Etienne Pallier
212 169 Etienne Pallier
Transférer TOUS les types de fichiers (TXT, RAW…)
213 1 Etienne Pallier
214 138 Etienne Pallier
Fichier SOH le plus près AVANT le transmit (génère le spectre)
215 138 Etienne Pallier
(ce fichier SOH a été fait après le tir, et avant le transmit)
216 138 Etienne Pallier
217 138 Etienne Pallier
Changer label Distance : dist(mm) => dist SEED (mm)
218 138 Etienne Pallier
219 169 Etienne Pallier
Convertir la colonne pm en distance réelle : (quelqu'un donnera la formule) « dist real (mm)»
220 138 Etienne Pallier
221 138 Etienne Pallier
C-Spec-HK est déjà installé sur le pc-EGSE. Il faudra y ajouter C-GDL.
222 138 Etienne Pallier
223 138 Etienne Pallier
Fichier LOG : Produire un CSV + un fichier HTML (ou fichier texte séparé par tabulations) pour qu'il soit lisible sans devoir passer par Open Office
224 138 Etienne Pallier
225 138 Etienne Pallier
DARK BEFORE/AFTER : priorité au DARK AFTER
226 138 Etienne Pallier
Le DARK BEFORE est très rare, il existerait seulement si il y a 2 DARK à la suite (le 2ème serait le DARK BEFORE du SPECTRE LIBS qui arrive ensuite)
227 138 Etienne Pallier
=> pour simplifier, on peut le supprimer (donc supprimer 2 colonnes dans le fichier LOG)
228 138 Etienne Pallier
229 169 Etienne Pallier
Objectif : passer le délai de la boucle du traitement quotidien à 10 secondes (au lieu de 60 actuellement)
230 138 Etienne Pallier
231 1 Etienne Pallier
Les 2 fichiers "LOG général" et "LOG du jour" doivent s’afficher automatiquement au démarrage
232 1 Etienne Pallier
233 1 Etienne Pallier
Le LOG général affiche l'état en cours d'exécution du script, pour savoir où on en est :
234 138 Etienne Pallier
- a) traitement global des fichiers, avec affichage des dossiers jours créés
235 1 Etienne Pallier
Ne pas afficher le contenu de /home/vx/EQM_DATA/
236 138 Etienne Pallier
(log files « created » in …)
237 138 Etienne Pallier
car ces dossiers ont été créés antérieurement
238 138 Etienne Pallier
N’afficher le contenu QUE du dossier qui vient d’être créé
239 138 Etienne Pallier
- b) traitement quotidien des fichiers du jour, avec affichage de : 
240 138 Etienne Pallier
  - numéro d'itération
241 138 Etienne Pallier
  - fichiers SPECTRE et SOH traités (+ leur nombre)
242 138 Etienne Pallier
243 138 Etienne Pallier
Le LOG quotidien affiche le contenu du fichier LOG du jour (qui se remplit au fur et à mesure)
244 138 Etienne Pallier
245 138 Etienne Pallier
Mettre les 4 champs de température laser
246 138 Etienne Pallier
247 138 Etienne Pallier
Supprimer nshots
248 138 Etienne Pallier
249 169 Etienne Pallier
Dans l'idéal, si on veut vraiment faire collaborer les 3 outils C-Spec-HK, C-GDL, et la prise de photos par la webcam du pc portable de la salle blanche (...), 
250 169 Etienne Pallier
la communication avec la webcam nécessiterait de mettre les 2 pc (PC-EGSE et le portable webcam) en réseau (soit sur le réseau global IRAP, soit sur un réseau privé salle blanche avec un hub ou switch ; sachant que pc-EGSE est déjà en réseau privé avec le BU-EGSE, il faudrait donc mettre ces 3 éléments sur un même réseau, pas simple...).
251 169 Etienne Pallier
En attendant, on pourrait se contenter d'un "mode dégradé", qui consisterait à copier manuellement (via clé ou disque usb) les photos de la webcam sur le pc-EGSE
252 138 Etienne Pallier
253 169 Etienne Pallier
(Changement Technique internes : Ne laisser que c-spec-hk-workflow à la racine du projet, le reste doit être dans un sous-dossier (contiendra c-spec-hk + tests))
254 138 Etienne Pallier
255 138 Etienne Pallier
256 138 Etienne Pallier
257 138 Etienne Pallier
258 138 Etienne Pallier
259 138 Etienne Pallier
260 138 Etienne Pallier
261 138 Etienne Pallier
262 138 Etienne Pallier
263 138 Etienne Pallier
264 138 Etienne Pallier
265 138 Etienne Pallier
266 138 Etienne Pallier
267 138 Etienne Pallier
268 138 Etienne Pallier
269 138 Etienne Pallier
270 138 Etienne Pallier
271 138 Etienne Pallier
272 138 Etienne Pallier
273 138 Etienne Pallier
274 138 Etienne Pallier
275 138 Etienne Pallier
276 138 Etienne Pallier
277 138 Etienne Pallier
278 138 Etienne Pallier
279 138 Etienne Pallier
280 138 Etienne Pallier
281 138 Etienne Pallier
---
282 126 Etienne Pallier
283 120 Etienne Pallier
284 120 Etienne Pallier
---
285 128 Etienne Pallier
286 128 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}SPECIFICATIONS%
287 128 Etienne Pallier
288 1 Etienne Pallier
289 11 Etienne Pallier
290 12 Etienne Pallier
h3. Schéma de connexion
291 11 Etienne Pallier
292 11 Etienne Pallier
PcEGSE <==RJ45==> EGSE <==serial==> ChemCam
293 11 Etienne Pallier
294 11 Etienne Pallier
ChemCam (garde tous les spectres en RAM) : serial==> BU (Body Unit) <== MU (Mast Unit)
295 11 Etienne Pallier
- MU : fait les tirs
296 11 Etienne Pallier
- BU : analyse les spectres
297 11 Etienne Pallier
298 11 Etienne Pallier
SOH (Spectra O? HK)
299 11 Etienne Pallier
300 30 Etienne Pallier
h3. Types d’observations
301 30 Etienne Pallier
302 30 Etienne Pallier
(sur la ligne DOLIBS modifier controlWord)
303 11 Etienne Pallier
304 11 Etienne Pallier
Bit # 	Bit Value	Fonction si activé
305 11 Etienne Pallier
-----	---------	------------------
306 11 Etienne Pallier
307 11 Etienne Pallier
0		1	 	Do focus : effectuer une focalisation (voir focusAlgorithm)
308 11 Etienne Pallier
309 11 Etienne Pallier
1		2	 	Pre dark spectra : acquisition d’un spectre dark AVANT les tirs
310 1 Etienne Pallier
311 11 Etienne Pallier
2		4 		Post dark spectra : acquisition d’un spectre dark APRES les tirs
312 11 Etienne Pallier
313 20 Etienne Pallier
*3		8 		Enable laser : effectuer un (des) tir(s) laser (voir Nshots) (sinon, c'est un DARK)*
314 11 Etienne Pallier
315 11 Etienne Pallier
4		16 		Collect spectra : acquisition de spectre pendant les tirs
316 11 Etienne Pallier
317 11 Etienne Pallier
5		32 		BS
318 11 Etienne Pallier
319 11 Etienne Pallier
320 14 Etienne Pallier
=> 25 = 1+8+16 = tir avec laser
321 14 Etienne Pallier
=> 17 = 1+0+16 = tir sans laser (DARK)
322 11 Etienne Pallier
323 11 Etienne Pallier
Bits 0 et 1 pas utilisés !!! :
324 11 Etienne Pallier
Le mode (Bit0 ET Bit1 activés) ne fait pas des darks after et before satisfaisant donc on le fait séparément en faisant un spectre sans enable laser,
325 1 Etienne Pallier
ce qui génère tous ces spectres avec un controlWord =17 dans la liste.
326 11 Etienne Pallier
327 31 Etienne Pallier
h3. Fichier spectre
328 11 Etienne Pallier
329 11 Etienne Pallier
Suite d'intensités pour chaque canal (dans l'ordre 0, 1, 2, 3, ... 6444)
330 11 Etienne Pallier
A représenter sur axe 
331 11 Etienne Pallier
- X : channel number, assimilable à longueur d'onde : 0 à 6444
332 11 Etienne Pallier
- Y : intensité
333 11 Etienne Pallier
334 11 Etienne Pallier
Si fichier DARK, alors intensités (à peu près) constantes (toutes égales) :
335 14 Etienne Pallier
=> donne le bruit de fond de l'instrument, puisque on a zero lumière
336 1 Etienne Pallier
337 32 Etienne Pallier
h3. Stratégie de développement
338 13 Etienne Pallier
339 11 Etienne Pallier
Prendre le last stack only
340 11 Etienne Pallier
341 11 Etienne Pallier
Lire fichier *_spect.TXT et *_SOH.TXT associé (celui qui est juste avant, < 5mn avant)
342 11 Etienne Pallier
343 11 Etienne Pallier
1 fich/jour
344 11 Etienne Pallier
345 11 Etienne Pallier
Methods to write :
346 11 Etienne Pallier
347 11 Etienne Pallier
findSOH(liste des *SOH.TXT du jour, spect.TXT)
348 16 Etienne Pallier
=> convertit les noms SOH en timestamps, trouve le SOH qui est juste avant le spect.TXT (< 5mn avant)
349 11 Etienne Pallier
350 11 Etienne Pallier
findDARK(liste des *spect.TXT (dark), le spect.TXT pour lequel on veut le dark)
351 16 Etienne Pallier
=> retourne le fichier dark qui est juste après (<5mn) (mais, peut être before...)
352 16 Etienne Pallier
=> regarde un peu autour (avant et après)
353 11 Etienne Pallier
354 11 Etienne Pallier
findAutofocus(...)
355 16 Etienne Pallier
=> *_afocus.TXT (juste prendre son nom, pas son contenu), qui est AVANT
356 11 Etienne Pallier
357 15 Etienne Pallier
h3. EXEMPLE DE FICHIER RESULTAT (LOG) A OBTENIR (1 par jour)
358 11 Etienne Pallier
359 11 Etienne Pallier
data_Feb25_2014_5 
360 11 Etienne Pallier
firstfile = Feb25_161115_2014_spect.TXT
361 11 Etienne Pallier
lastfile = Feb25_162059_2014_spect.TXT
362 1 Etienne Pallier
363 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, 
364 1 Etienne Pallier
365 11 Etienne Pallier
// from *_SOH.TXT file :
366 15 Etienne Pallier
nbStacks					// Nb de stacks (indiqué par le nb occurences de "mast SOH" qui indique le début d'un nouveau stack) - Prendre seulement les HK du LAST stack
367 1 Etienne Pallier
temp_laser_min(degC), temp_laser_max(degC),	// prendre min et max des 4 HK_Temp_Laser_1-4
368 15 Etienne Pallier
temp_spect(C), 					// Spectrometer_Temp
369 15 Etienne Pallier
pm(cnts), 					// Motor_Position
370 11 Etienne Pallier
371 11 Etienne Pallier
// from *_spect.TXT file :
372 15 Etienne Pallier
dist(mm),					// distance to target distToTarget
373 15 Etienne Pallier
nshots, 					// (Nshots) ajouter ici "nshots_real" car le laser fait parfois plus de shots que prévu (erreur) (lire 1ère ligne pour savoir le nb de col)
374 15 Etienne Pallier
controlWord, 					// 25 = tir avec laser,  17 = tir sans laser (DARK)
375 15 Etienne Pallier
data_mean,					// moyenne des data \ nbshots reels (= intensité moyenne ?) (à lire from >>>>>Begin Processed Spectral Data<<<<<)
376 15 Etienne Pallier
dark_file, 					// remplacer par dark_file_before, dark_file_after (file name)
377 15 Etienne Pallier
mean_spect_value - dark				// (= data_mean - ???)
378 11 Etienne Pallier
379 11 Etienne Pallier
380 11 Etienne Pallier
// Liste des fichiers *_spect.TXT associés avec leurs paramètres HK (trouvés dans *_SOH.TXT) :
381 11 Etienne Pallier
382 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, nbStacks, temp_laser_min, temp_laser_max, temp_spect, pm, dist(mm), nshots, controlWord, data_mean, dark_file_before, dark_file_after, mean_spect_value - dark
383 11 Etienne Pallier
384 11 Etienne Pallier
  1 Feb25_161115_2014_spect.TXT 161055 nbStacks 4.25 5.44 30.15 5499 3000 10  25   677.39 161142 dark_file_after 50.28 
385 15 Etienne Pallier
  2 (D)Feb25_161142_2014_spect.TXT 161132 4.29 5.48 30.15 5499 3000 10  17   627.11 -        627.11 
386 11 Etienne Pallier
  3 Feb25_161243_2014_spect.TXT 161210 4.29 5.33 30.15 5444 2951 10  25   649.07 161307    19.72 
387 11 Etienne Pallier
  4 Feb25_161307_2014_spect.TXT 161257 4.25 5.55 30.15 5444 3000 10  17   629.35 -        629.35 
388 11 Etienne Pallier
  5 Feb25_161339_2014_spect.TXT 161329 4.25 5.59 30.15 5454 2959 10  25   674.78 161404    43.76 
389 1 Etienne Pallier
  6 Feb25_161404_2014_spect.TXT 161353 4.29 5.52 30.15 5454 3000 10  17   631.02 -        631.02 
390 1 Etienne Pallier
  7 Feb25_161435_2014_spect.TXT 161425 4.21 5.55 30.15 5463 2967 10  25   693.77 161500    60.76 
391 11 Etienne Pallier
  8 Feb25_161500_2014_spect.TXT 161450 4.33 5.59 30.15 5463 3000 10  17   633.01 -        633.01 
392 11 Etienne Pallier
  9 Feb25_161532_2014_spect.TXT 161521 4.29 5.59 30.15 5473 2975 10  25   703.08 161556    68.71 
393 11 Etienne Pallier
 10 Feb25_161556_2014_spect.TXT 161546 4.36 5.52 30.15 5473 3000 10  17   634.36 -        634.36 
394 11 Etienne Pallier
 11 Feb25_161646_2014_spect.TXT 161636 4.33 5.63 30.15 5482 2983 10  25   702.22 161711    67.98 
395 11 Etienne Pallier
 12 Feb25_161711_2014_spect.TXT 161701 4.33 5.59 30.15 5482 3000 10  17   634.24 -        634.24 
396 11 Etienne Pallier
 13 Feb25_161743_2014_spect.TXT 161733 4.36 5.55 30.15 5493 2992 10  25   695.08 161808    58.88 
397 11 Etienne Pallier
 14 Feb25_161808_2014_spect.TXT 161757 4.36 5.55 30.15 5493 3000 10  17   636.20 -        636.20 
398 11 Etienne Pallier
 15 Feb25_161840_2014_spect.TXT 161829 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  25   683.94 161905    46.74 
399 11 Etienne Pallier
 16 Feb25_161905_2014_spect.TXT 161854 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  17   637.20 -        637.20 
400 11 Etienne Pallier
 17 Feb25_161937_2014_spect.TXT 161926 4.40 5.59 30.15 5513 3009 10  25   675.67 162002    37.24 
401 11 Etienne Pallier
 18 Feb25_162002_2014_spect.TXT 161951 4.44 5.59 30.15 5513 3000 10  17   638.43 -        638.43 
402 11 Etienne Pallier
 19 Feb25_162034_2014_spect.TXT 162023 4.36 5.63 30.15 5522 3017 10  25   663.56 162059    24.10 
403 15 Etienne Pallier
 20 (D) Feb25_162059_2014_spect.TXT 162048 4.40 5.63 30.15 5522 3000 10  17   639.46 -        639.46
404 15 Etienne Pallier
405 46 Etienne Pallier
h3. CAS EXCEPTIONNELS à traiter (Exceptions)
406 43 Etienne Pallier
407 43 Etienne Pallier
 * NoDataFileFoundException : pas de fichier (ni Spectre ni SOH) dans le dossier DATA/
408 43 Etienne Pallier
409 43 Etienne Pallier
 * MalformedFileException : fichier (Spectre ou SOH) avec format incorrect
410 43 Etienne Pallier
411 43 Etienne Pallier
 * UnknownCaseException : Cas inconnu ; par exemple, controlWord ni 17 (DARK) ni 25 (PAS DARK) !!!
412 43 Etienne Pallier
413 47 Etienne Pallier
 * noSOHFileFoundForSpectraFileException : pas de fichier SOH (HK) trouvé pour un fichier Spectra (data)
414 47 Etienne Pallier
415 136 Etienne Pallier
---
416 136 Etienne Pallier
417 83 Etienne Pallier
h2. RECUPERATION DU PROJET
418 91 Etienne Pallier
419 83 Etienne Pallier
420 83 Etienne Pallier
*a) Directement, depuis svn*
421 83 Etienne Pallier
422 83 Etienne Pallier
svn co https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
423 83 Etienne Pallier
424 83 Etienne Pallier
Si on ne veut pas rester synchronisé avec le repository (juste une copie du projet au temps t, sans les fichiers de versionning .svn) : 
425 1 Etienne Pallier
426 90 Etienne Pallier
svn export https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
427 90 Etienne Pallier
428 91 Etienne Pallier
429 58 Etienne Pallier
430 1 Etienne Pallier
*b) Par téléchargement (100 Mo à cause des données)*
431 1 Etienne Pallier
432 1 Etienne Pallier
https://projects.irap.omp.eu/attachments/download/1237/c-spec-hk_1.1.tgz
433 86 Etienne Pallier
434 137 Etienne Pallier
---
435 137 Etienne Pallier
436 95 Etienne Pallier
h2. EXECUTION
437 92 Etienne Pallier
438 92 Etienne Pallier
h3. 1) PRÉREQUIS : Python 2.7
439 92 Etienne Pallier
440 92 Etienne Pallier
h4. Sur Mac (Machine de développement)
441 92 Etienne Pallier
442 92 Etienne Pallier
Avec Macport, pour que la version 2.7 soit bien la version par défaut quand on tape "python" :
443 92 Etienne Pallier
444 92 Etienne Pallier
sudo port select --set python python27
445 92 Etienne Pallier
446 92 Etienne Pallier
$ which python
447 92 Etienne Pallier
/opt/local/bin/python
448 92 Etienne Pallier
449 92 Etienne Pallier
$ python --version
450 92 Etienne Pallier
Python 2.7.9
451 92 Etienne Pallier
452 92 Etienne Pallier
Mettre à jour MacPort :
453 92 Etienne Pallier
sudo port -v selfupdate
454 92 Etienne Pallier
sudo port upgrade outdated
455 92 Etienne Pallier
456 92 Etienne Pallier
457 92 Etienne Pallier
h4. Sur CentOS 6.5 (serveur de production)
458 92 Etienne Pallier
459 92 Etienne Pallier
(fait le 19/3/15 sur le pc-EGSE Chemcam ; cf fiche wiki du pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour)
460 92 Etienne Pallier
461 92 Etienne Pallier
Par défaut, Cent0S 6.5 propose Python 2.6
462 92 Etienne Pallier
463 94 Etienne Pallier
(Voir l'installation de Python 2.7 faite sur le pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Installation_de_Python_2_7)
464 86 Etienne Pallier
465 89 Etienne Pallier
h3. 2) EXECUTING TESTS
466 89 Etienne Pallier
467 86 Etienne Pallier
h4. Depuis Eclipse
468 86 Etienne Pallier
469 86 Etienne Pallier
Ouvrir la console adaptée : Window / Show View / PyUnit
470 86 Etienne Pallier
clic-droit sur test/c_spec_hk_TEST.py
471 86 Etienne Pallier
Run As / Python unit-test
472 89 Etienne Pallier
473 86 Etienne Pallier
474 89 Etienne Pallier
h4. En mode ligne de commande
475 86 Etienne Pallier
476 72 Etienne Pallier
h5. TESTS faits avec Python 2.7
477 72 Etienne Pallier
478 1 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
479 72 Etienne Pallier
480 73 Etienne Pallier
cd test/
481 1 Etienne Pallier
482 72 Etienne Pallier
$ py27 premiertest.py
483 1 Etienne Pallier
<pre>
484 72 Etienne Pallier
...
485 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
486 1 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
487 72 Etienne Pallier
488 72 Etienne Pallier
OK
489 73 Etienne Pallier
</pre>
490 72 Etienne Pallier
491 72 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk_TEST.py
492 72 Etienne Pallier
493 72 Etienne Pallier
<pre>
494 72 Etienne Pallier
...
495 1 Etienne Pallier
======================================================================
496 62 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
497 1 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 5.833s
498 1 Etienne Pallier
499 72 Etienne Pallier
OK
500 72 Etienne Pallier
</pre>
501 1 Etienne Pallier
502 62 Etienne Pallier
503 72 Etienne Pallier
504 72 Etienne Pallier
505 70 Etienne Pallier
*2) Tests de Performance (Benchmark)*
506 70 Etienne Pallier
507 62 Etienne Pallier
Depuis la racine du projet :
508 62 Etienne Pallier
509 62 Etienne Pallier
<pre>
510 62 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk.py -t
511 62 Etienne Pallier
...Executing main program...
512 62 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
513 62 Etienne Pallier
514 62 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
515 62 Etienne Pallier
516 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
517 62 Etienne Pallier
0.000790863037109
518 62 Etienne Pallier
519 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
520 62 Etienne Pallier
0.000117941689491
521 62 Etienne Pallier
522 62 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
523 62 Etienne Pallier
0.0429699897766
524 62 Etienne Pallier
525 62 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
526 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
527 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
528 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
529 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
530 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
531 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
532 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
533 62 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
534 62 Etienne Pallier
total 56
535 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20110223
536 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2011_0223_logs.csv
537 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20130223
538 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2013_0223_logs.csv
539 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140123
540 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0123_logs.csv
541 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140223
542 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0223_logs.csv
543 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140225
544 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  16:39 2014_0225_logs.csv
545 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140226
546 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  16:39 2014_0226_logs.csv
547 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20150223
548 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2015_0223_logs.csv
549 62 Etienne Pallier
550 62 Etienne Pallier
1.91459012032
551 1 Etienne Pallier
Average time per day : 0.273513
552 1 Etienne Pallier
553 1 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
554 62 Etienne Pallier
555 1 Etienne Pallier
</pre>
556 86 Etienne Pallier
557 89 Etienne Pallier
558 86 Etienne Pallier
559 72 Etienne Pallier
h5. TESTS faits avec Python 2.6
560 1 Etienne Pallier
561 72 Etienne Pallier
C'est encore possible de faire tourner le logiciel en Python 2.6 dans la version 1.1.x, mais ça ne sera plus garanti dans l'avenir (à partir de la version 1.2.x)
562 1 Etienne Pallier
563 72 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
564 1 Etienne Pallier
565 72 Etienne Pallier
cd test/
566 72 Etienne Pallier
567 72 Etienne Pallier
$ python premiertest.py
568 72 Etienne Pallier
<pre>
569 72 Etienne Pallier
...
570 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
571 72 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
572 72 Etienne Pallier
573 72 Etienne Pallier
OK
574 72 Etienne Pallier
</pre>
575 72 Etienne Pallier
576 72 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk_TEST.py
577 72 Etienne Pallier
578 72 Etienne Pallier
<pre>
579 72 Etienne Pallier
...
580 72 Etienne Pallier
======================================================================
581 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
582 72 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 6.742s
583 72 Etienne Pallier
584 72 Etienne Pallier
OK
585 72 Etienne Pallier
</pre>
586 72 Etienne Pallier
587 72 Etienne Pallier
---
588 72 Etienne Pallier
589 72 Etienne Pallier
590 72 Etienne Pallier
*2) Tests de Performance (Benchmark)*
591 72 Etienne Pallier
592 58 Etienne Pallier
Depuis la racine du projet 
593 58 Etienne Pallier
594 58 Etienne Pallier
$ ./c_spec_hk.py -t
595 58 Etienne Pallier
<pre>
596 58 Etienne Pallier
...Executing main program...
597 58 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
598 58 Etienne Pallier
599 58 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
600 58 Etienne Pallier
601 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
602 58 Etienne Pallier
0.00105306601524
603 58 Etienne Pallier
604 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
605 58 Etienne Pallier
0.000152537894249
606 58 Etienne Pallier
607 58 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
608 58 Etienne Pallier
0.0518409013748
609 58 Etienne Pallier
610 58 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
611 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
612 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
613 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
614 1 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
615 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
616 59 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
617 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
618 58 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
619 58 Etienne Pallier
total 56
620 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20110223
621 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2011_0223_logs.csv
622 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20130223
623 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2013_0223_logs.csv
624 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140123
625 1 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0123_logs.csv
626 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140223
627 80 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0223_logs.csv
628 21 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140225
629 25 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  14:01 2014_0225_logs.csv
630 1 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140226
631 22 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  14:01 2014_0226_logs.csv
632 22 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20150223
633 21 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2015_0223_logs.csv
634 21 Etienne Pallier
635 77 Etienne Pallier
2.33647012711
636 21 Etienne Pallier
Average time per day : 0.333781
637 21 Etienne Pallier
638 1 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
639 96 Etienne Pallier
</pre>
640 21 Etienne Pallier
641 97 Etienne Pallier
h3. 3) EXECUTING MAIN SCRIPT 
642 1 Etienne Pallier
643 88 Etienne Pallier
h4. Depuis Eclipse
644 88 Etienne Pallier
645 21 Etienne Pallier
clic-droit sur c_spec_hk.py
646 97 Etienne Pallier
Run As / Python Run
647 21 Etienne Pallier
648 21 Etienne Pallier
h4. In Command line mode
649 1 Etienne Pallier
650 80 Etienne Pallier
	a) Pour voir l'aide :
651 81 Etienne Pallier
652 80 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk.py -h
653 1 Etienne Pallier
654 80 Etienne Pallier
...Executing main program...
655 1 Etienne Pallier
656 81 Etienne Pallier
Usage:
657 1 Etienne Pallier
658 81 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py [-i <inputDataDir>] [-o <outputLogDir>]
659 1 Etienne Pallier
OR
660 81 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py [--inputDir=<inputDataDir>] [--outputDir=<outputLogDir>]
661 1 Etienne Pallier
662 80 Etienne Pallier
Ex: python27 c_spec_hk.py-i './DATA' -o './LOGS'
663 80 Etienne Pallier
664 80 Etienne Pallier
All options available are (none is mandatory) :
665 80 Etienne Pallier
-d : activate DEBUG mode
666 80 Etienne Pallier
-h : print this HELP message
667 80 Etienne Pallier
-n : do NOT create sub-directories (like YYYYMMDD) for each day
668 80 Etienne Pallier
-t : test execution TIME of several methods
669 1 Etienne Pallier
-v : print current VERSION number
670 21 Etienne Pallier
-i <inputDataDir> or --input=<inputDataDir> : set INPUT directory from where DATA files are READ (default is "DATA")
671 1 Etienne Pallier
-o <outputDataDir> or --output=<outputLogDir> : set OUTPUT directory where LOG files are WRITTEN to (default is "LOGS")
672 81 Etienne Pallier
673 80 Etienne Pallier
674 23 Etienne Pallier
675 81 Etienne Pallier
	b) Speed testing (benchmark)
676 21 Etienne Pallier
677 21 Etienne Pallier
cf https://projects.irap.omp.eu/projects/cspechkanalyser/wiki/Wiki#TESTS-faits-avec-Python-27 (section "Tests de performance")
678 21 Etienne Pallier
679 21 Etienne Pallier
680 82 Etienne Pallier
	c) Pour faire un test avec les données d'échantillon fournies :
681 1 Etienne Pallier
682 82 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py -i test/DATASET/UC0_NOMINAL/DATA -o /tmp/LOGS
683 82 Etienne Pallier
684 21 Etienne Pallier
(il faudra d'abord créer le dossier LOGS/ dans /tmp)
685 21 Etienne Pallier
686 82 Etienne Pallier
Exemple d'affichage attendu :
687 21 Etienne Pallier
688 82 Etienne Pallier
...Executing main program...
689 82 Etienne Pallier
690 21 Etienne Pallier
inputDataDir is "test/DATASET/UC0_NOMINAL/DATA"
691 82 Etienne Pallier
ouputLogDir is "/tmp/LOGS"
692 82 Etienne Pallier
693 21 Etienne Pallier
The DATA DIR (input) contains 126 files (total)
694 82 Etienne Pallier
The DATA DIR (input) contains 26 SPECTRA text files
695 82 Etienne Pallier
696 21 Etienne Pallier
Log files created in /tmp/LOGS/ :
697 21 Etienne Pallier
['20110223', '20130223', '20140123', '20140223', '20140225', '20140226', '20150223']
698 36 Etienne Pallier
699 54 Etienne Pallier
700 36 Etienne Pallier
---
701 52 Etienne Pallier
702 50 Etienne Pallier
h2. DAILY WORKFLOW
703 52 Etienne Pallier
704 1 Etienne Pallier
h3. 1) Voici la structure de fichiers réalisée sur le pc-EGSE :
705 52 Etienne Pallier
706 52 Etienne Pallier
Les nouveaux fichiers de données produits lors des tirs de Chemcam sont automatiquement placés dans /home/vx/data/ (au fur et à mesure des tirs)
707 1 Etienne Pallier
708 1 Etienne Pallier
Ils sont ensuite déplacés dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ lorsqu'ils ont été traités
709 52 Etienne Pallier
710 37 Etienne Pallier
Les fichiers de LOG (relation spectre => HK) créés sont placés directment dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
711 53 Etienne Pallier
712 50 Etienne Pallier
<pre>
713 50 Etienne Pallier
714 50 Etienne Pallier
- /home/vx/data/ : données d'origine restant à traiter (spectres et HK), provenant directement de la manip
715 50 Etienne Pallier
716 36 Etienne Pallier
- /home/vx/EQM_DATA/ : données traitées (spectres, HK, et fichiers logs produits)
717 36 Etienne Pallier
    - AAAAMMJJ/ : un dossier par jour
718 142 Etienne Pallier
        - le fichier log produit (CSV)
719 40 Etienne Pallier
        - DATA/ : les données d'origine (spectres et HK)
720 48 Etienne Pallier
721 1 Etienne Pallier
</pre>
722 51 Etienne Pallier
723 48 Etienne Pallier
h3. 2) WORKFLOW
724 57 Etienne Pallier
725 55 Etienne Pallier
Ce workflow devrait normalement fonctionner dans tous les cas de figure (démarrage n'importe quand, en début de journée ou en cours de journée, ou même reprise après un crash brutal...)
726 1 Etienne Pallier
727 39 Etienne Pallier
Démarrage automatique du workflow à partir du Démarrage du pc-EGSE
728 57 Etienne Pallier
729 1 Etienne Pallier
1) Faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents dans le dossier /home/vx/data/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
730 57 Etienne Pallier
Les fichiers LOGS produits sont placés automatiquement dans le dossier correspondant à leur jour /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
731 57 Etienne Pallier
(AAAA année en 4 chiffres, MM mois en deux chiffres et JJ jour du mois en deux chiffres)
732 57 Etienne Pallier
733 57 Etienne Pallier
2) Déplacer TOUS les fichiers de /home/vx/data/ dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
734 57 Etienne Pallier
735 48 Etienne Pallier
3) (Every 5 seconds) : pour les fichiers du jour J
736 1 Etienne Pallier
S'il existe au moins un fichier dans /home/vx/data/, faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents 
737 51 Etienne Pallier
LE FICHIER LOG produit (un seul pour le jour J) est placé automatiquement dans le dossier correspondant à son jour (J) /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
738 1 Etienne Pallier
Attention : on ne déplace pas les fichiers dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ ; cela sera fait au prochain démarrage du workflow) ; cela permet d'avoir un fichier LOG qui se complète au fur et à mesure de la journée
739 1 Etienne Pallier
Il faudrait quand meme les COPIER (cp) (mais pas les DEPLACER (mv))
740 1 Etienne Pallier
OPTIMISATION : Exécution SSI le nb de fichiers du repertoire DATA/ a changé (tenir à jour un fichier contenant le nb de files)
741 1 Etienne Pallier
742 1 Etienne Pallier
Fin du workflow à l'extinction du pc-EGSE