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Version 202 (Etienne Pallier, 07/03/2015 03:18 pm)

1 1 Etienne Pallier
h1. Wiki
2 1 Etienne Pallier
3 188 Etienne Pallier
*Traitement batch (Python) faisant l'extraction des HK et les associant à leurs fichiers spectres respectifs dans un fichier résultat de log*
4 186 Etienne Pallier
5 8 Etienne Pallier
{{toc}}
6 3 Etienne Pallier
7 105 Etienne Pallier
8 35 Etienne Pallier
---
9 35 Etienne Pallier
10 1 Etienne Pallier
11 124 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}UTILISATION EFFECTIVE EN SALLE BLANCHE%
12 124 Etienne Pallier
13 189 Etienne Pallier
Ce logiciel est installé sur le Pc Chemcam, en salle blanche : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour
14 124 Etienne Pallier
15 106 Etienne Pallier
http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Utilisation_du_logiciel_C_SPEC_H
16 105 Etienne Pallier
17 105 Etienne Pallier
18 105 Etienne Pallier
---
19 123 Etienne Pallier
20 123 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}DEPOT SVN%
21 123 Etienne Pallier
22 35 Etienne Pallier
23 35 Etienne Pallier
(cliquer sur l'onglet Dépôt)
24 35 Etienne Pallier
25 35 Etienne Pallier
 * URL du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk/
26 35 Etienne Pallier
27 35 Etienne Pallier
 * Administration du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu
28 35 Etienne Pallier
29 35 Etienne Pallier
 * Administrateur : Etienne Pallier
30 35 Etienne Pallier
31 35 Etienne Pallier
 * Groupes :
32 76 Etienne Pallier
33 35 Etienne Pallier
   * grp-admin-chemcam : Admin du dépot CHEMCAM (RW sur racine).
34 35 Etienne Pallier
   * grp-chemcam : Les développeurs de CHEMCAM (RW sur branches).
35 35 Etienne Pallier
   * On peut également créer un groupe grp-readonly-chemcam (et mettre les droits en read-only sur tout le projet)
36 35 Etienne Pallier
37 35 Etienne Pallier
 * Ajout d'utilisateurs 
38 35 Etienne Pallier
39 11 Etienne Pallier
  * On peut ajouter des utilisateurs extérieurs via l'interface web, puis les ajouter dans les groupes (en tant que "Utilisateurs affectés").
40 42 Etienne Pallier
  * Dans le cas des utilisateurs IRAP, il faut qu'ils se connectent une première fois sur https://usvn-idems.irap.omp.eu avec leur login/mdp IRAP avant de pouvoir être affectés dans les groupes du repository.
41 41 Etienne Pallier
42 104 Etienne Pallier
 * Dashboard : le dashboard du projet est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu (=interface de gestion des utilisateurs, groupes et droits d'accès sur le repo, et également navigateur/explorateur du repo)
43 104 Etienne Pallier
44 104 Etienne Pallier
 * Accès : Le repo SVN est accessible depuis partout dans le monde (svn-over-https only), la racine du repo est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/chemcam/
45 104 Etienne Pallier
46 104 Etienne Pallier
 * TODO: passer sur SourceSup : https://sourcesup.renater.fr, https://sourcesup.cru.fr/
47 104 Etienne Pallier
48 104 Etienne Pallier
49 104 Etienne Pallier
50 104 Etienne Pallier
51 121 Etienne Pallier
52 11 Etienne Pallier
53 120 Etienne Pallier
---
54 120 Etienne Pallier
55 193 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}2015 Juin-Juillet - TRANSFORMATION (EN VUE D'UNE COLLABORATION AVEC C-GDL)%
56 122 Etienne Pallier
57 134 Etienne Pallier
Suite aux réunions du 29/4/15 et du 22/5/15 avec OG, WR, AC, PM, et EP,
58 152 Etienne Pallier
un nouveau besoin a été exprimé qui pourrait être résolu en faisant collaborer 2 outils existants (C-SPEC-HK et [[cgdl:|C-GDL]]),
59 134 Etienne Pallier
et en leur apportant quelques adaptations.
60 134 Etienne Pallier
61 141 Etienne Pallier
*Actions* : 
62 150 Etienne Pallier
- OG et AC : réfléchir à une simplification éventuelle de l'outil CGDL (en un seul formulaire au lieu de plusieurs onglets)
63 141 Etienne Pallier
64 197 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}1. BESOIN%
65 1 Etienne Pallier
66 131 Etienne Pallier
Créer un *contexte* (ensemble d'informations de description) pour décrire chaque *observation* (série de tirs ChemCam) effectuée en salle blanche.
67 131 Etienne Pallier
A ce contexte, seront automatiquement associés tous les fichiers (spectres, HK, ...) générés à l'occasion des tirs ChemCam.
68 1 Etienne Pallier
Un nouveau contexte devra être créé à chaque fois qu'on change de roche, de distance de tir, ou bien de type d'atmosphère...
69 1 Etienne Pallier
70 198 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}2. SOLUTION TECHNIQUE (updated 3/7/15)%
71 129 Etienne Pallier
72 130 Etienne Pallier
Pour répondre à ce besoin, plutôt que de re-développer un nouvel outil, on doit pouvoir faire collaborer efficacement deux outils existants que sont C-GDL et C-SPEC-HK,
73 130 Etienne Pallier
et qui devront en outre subir quelques adaptations plus ou moins importantes.
74 126 Etienne Pallier
*C-GDL* est une IHM Java qui permet de créer manuellement un contexte 
75 126 Etienne Pallier
*C-SPEC-HK* est un script Python qui s'exécute en permanence en arrière-plan, et qui associe automatiquement les fichiers HK (SOH) aux fichiers spectres et crée un fichier LOG quotidien décrivant ces associations (pour la journée), au fur et à mesure des tirs ChemCam
76 126 Etienne Pallier
Il faut donc faire collaborer ces 2 outils pour qu'un contexte C-GDL soit automatiquement associé aux fichiers générés par les tirs ChemCam et qui sont regroupés par C-SPEC-HK (y-compris le fichier de LOG généré par C-SPEC-HK).
77 126 Etienne Pallier
78 198 Etienne Pallier
h4. 2.1 *Proposition de collaboration entre ces 2 outils*
79 145 Etienne Pallier
80 144 Etienne Pallier
{{thumbnail(Collaboration C-SPEC-HK et C-GDL.jpg, size=300, title=Dashboard_Controller)}}
81 143 Etienne Pallier
82 1 Etienne Pallier
_Document original (Open Office Presentation) : attachment:"Collaboration C-SPEC-HK et C-GDL.odg"_
83 194 Etienne Pallier
84 198 Etienne Pallier
h4. 2.2 *ALGORITHME GENERAL (en Python, mais lisible pour tout le monde)*
85 194 Etienne Pallier
86 1 Etienne Pallier
<pre>
87 196 Etienne Pallier
    # delay between each iteration (seconds)
88 196 Etienne Pallier
    ITERATION_DELAY=60
89 194 Etienne Pallier
90 194 Etienne Pallier
    # get today date
91 194 Etienne Pallier
    today = getDate() # YYYYMMDD
92 1 Etienne Pallier
    
93 194 Etienne Pallier
    # process past data files if exist
94 194 Etienne Pallier
    processPastDataFiles(getPastDataFiles())
95 194 Etienne Pallier
    
96 195 Etienne Pallier
    # Every ITERATION_DELAY, process today data files and context files
97 194 Etienne Pallier
    while(True):
98 194 Etienne Pallier
        
99 194 Etienne Pallier
        # if exists new data files for today, re-process ALL today data files according to today context files
100 194 Etienne Pallier
        todayCurrentDataFiles = getTodayCurrentDataFiles()
101 194 Etienne Pallier
        if todayCurrentDataFiles:
102 194 Etienne Pallier
            # Move today current data files from data/ to EQM_DATA/<YYYYMMDD>/ALL/
103 194 Etienne Pallier
            archiveTodayCurrentDataFiles(todayCurrentDataFiles)     
104 194 Etienne Pallier
            # Create/Update <YYYYMMDD>_LOG.csv log file in EQM_DATA/<YYYYMMDD>/, from today current data files in EQM_DATA/<YYYYMMDD>/ALL/ 
105 194 Etienne Pallier
            updateTodayLogFile()               
106 194 Etienne Pallier
            
107 194 Etienne Pallier
        # Re-associate all related data files (from TODAY but also from the PAST) with their context files from cgdl/contexts/
108 194 Etienne Pallier
        # and put them into EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/<context name>/
109 194 Etienne Pallier
        contextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday = getContextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday()
110 1 Etienne Pallier
        if contextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday: 
111 194 Etienne Pallier
            rebindDataFilesWithContextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday(contextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday)                    
112 194 Etienne Pallier
             
113 194 Etienne Pallier
        # wait 60s
114 194 Etienne Pallier
        time.sleep(ITERATION_DELAY)
115 201 Etienne Pallier
116 201 Etienne Pallier
117 202 Etienne Pallier
118 202 Etienne Pallier
119 202 Etienne Pallier
120 201 Etienne Pallier
# FONCTIONS IMPORTANTES
121 201 Etienne Pallier
122 201 Etienne Pallier
def copyFilesIntoContextFolderForContextFile(cf):
123 201 Etienne Pallier
    copyContextFileIntoContextFolderForContextFile(cf)
124 201 Etienne Pallier
    copyLogFileIntoContextFolderForContextFile(cf)
125 201 Etienne Pallier
    copyRelatedDataFilesIntoContextFolderForContextFile(cf)
126 201 Etienne Pallier
127 201 Etienne Pallier
128 201 Etienne Pallier
def rebindDataFilesWithContextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday(contextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday):
129 201 Etienne Pallier
    # Associate today ALL data files from EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/ with their context files from cgdl/contexts/ (and also the EQM_DATA/<YYYYMMDD>/>YYYYMMDD>_LOG.csv log file)
130 201 Etienne Pallier
    # and put them into EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/<context name>/
131 201 Etienne Pallier
    # Process each context file (from oldest to newest)
132 201 Etienne Pallier
    for cf in contextFilesCreatedOrModifiedOrDeletedToday:
133 201 Etienne Pallier
        
134 201 Etienne Pallier
        # DELETED context file
135 201 Etienne Pallier
        if isDeletedContextFile(cf):
136 201 Etienne Pallier
            # This is not actual but only virtual "delete" 
137 201 Etienne Pallier
            deleteContextFolderForContextFile(cf)
138 201 Etienne Pallier
            continue
139 201 Etienne Pallier
        
140 201 Etienne Pallier
        # CREATED OR MODIFIED context file
141 201 Etienne Pallier
        #TODO: This should work even for 2 context files with different names but SAME date and time (both should get filled with the same content) 
142 201 Etienne Pallier
        # if context folder does not yet exist, create it (EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/<context name>/)
143 201 Etienne Pallier
        if not existsContextFolderForContextFile(cf): createContextFolderForContextFile(cf)
144 201 Etienne Pallier
        copyFilesIntoContextFolderForContextFile(cf)
145 201 Etienne Pallier
146 195 Etienne Pallier
</pre>
147 194 Etienne Pallier
148 200 Etienne Pallier
h4. 2.3. *Explications du déroulement d'une session d'observations ChemCam (selon le diagramme ci-dessus) (A METTRE A JOUR)* :
149 159 Etienne Pallier
150 185 Etienne Pallier
Cette solution technique a été mise à jour suite à la réunion du 5/6/15 (avec OG, AC, WR, et Richard Hitier).
151 171 Etienne Pallier
152 159 Etienne Pallier
Au démarrage du pc, les 2 logiciels C-SPEC-HK et C_GDL se lancent automatiquement.
153 159 Etienne Pallier
154 190 Etienne Pallier
Voici le workflow idéal :
155 190 Etienne Pallier
156 190 Etienne Pallier
On commence par créer un contexte avec C-GDL (mais on peut très bien le faire a posteriori, après les observations). Une fois enregistré (YYYYMMDD_HHMM-HHMM_context_<parametres>.xml), ce fichier se trouve dans cgdl/contexts/
157 162 Etienne Pallier
158 162 Etienne Pallier
On effectue des tirs ChemCam. Ces tirs génèrent des fichiers (SPEC, SOH...) qui sont automatiquement placés dans le dossier data/.
159 162 Etienne Pallier
Si jamais quelques tirs ont été effectués juste pour tester ChemCam avant de faire les vraies observations, on peut retarder la date début (Start time) du contexte pour que ces tirs ne soient pas pris en compte dans ce contexte.
160 1 Etienne Pallier
161 171 Etienne Pallier
C-SPEC-HK qui tourne en arrière plan effectue le traitement suivant toutes les minutes (ou delta secondes, délai à affiner en production) :
162 162 Etienne Pallier
163 1 Etienne Pallier
1) Il complète (ou crée, si c'est la première itération) le fichier de LOG (YYYYMMDD_LOG.csv) dans le dossier EQM_DATA/YYYYMMDD/
164 162 Etienne Pallier
à partir des fichiers qui sont dans data/
165 172 Etienne Pallier
C'est un fichier texte contenant des données tabulaires (CSV) qui font le lien entre les fichiers spectres et les fichiers HK (SOH et *+_TOUS_+* les autres) associés, en extrayant quelques paramètres essentiels dans les 2 types de fichiers
166 1 Etienne Pallier
167 163 Etienne Pallier
2) Il déplace (move) les fichiers concernés de data/ vers EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/, puisqu'ils ont été traités
168 1 Etienne Pallier
169 165 Etienne Pallier
3) Enfin, il associe les fichiers de données avec les contextes 
170 174 Etienne Pallier
171 185 Etienne Pallier
Pour cela, il suit cet algorithme :
172 165 Etienne Pallier
173 163 Etienne Pallier
* pour chaque fichier de contexte trouvé dans le dossier cgdl/contexts/ qui est à la date du jour :
174 177 Etienne Pallier
  
175 184 Etienne Pallier
 * si un dossier *du même nom* n'existe pas déjà dans EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/, il le crée 
176 184 Etienne Pallier
 * si un dossier *du même nom* existe (qu'il vienne d'être créé ou bien qu'il soit déjà là depuis longtemps), il y copie (copy) tous les fichiers manquants (par rapport à ceux qui devraient y être)
177 184 Etienne Pallier
les fichiers à copier sont :
178 1 Etienne Pallier
179 184 Etienne Pallier
  * le fichier de contexte 
180 184 Etienne Pallier
  * tous les fichiers du dossier EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/ dont la date est comprise entre le "start time" et le "stop time" du contexte
181 184 Etienne Pallier
  * la partie du fichier LOG concernée (on fera une sélection de "start time" à "stop time")
182 184 Etienne Pallier
183 192 Etienne Pallier
* s'il reste des dossiers qui n'ont pas de correspondance avec un contexte (parce qu'un contexte a été renommé ou supprimé), il leur ajoute le préfixe "_DELETED_"
184 1 Etienne Pallier
185 182 Etienne Pallier
_Par ce moyen, on peut créer un contexte qui se termine (bien) plus tard que l'heure actuelle (les nouveaux fichiers seront ainsi ajoutés au fur et à mesure de leur arrivée),
186 184 Etienne Pallier
et on s'assure d'avoir un dossier par contexte, contenant le fichier de contexte (+LOG) et tous les fichiers de données associés.
187 184 Etienne Pallier
Et ces dossiers devraient rester à jour même si le nom du contexte est modifié en cours de journée, voire même supprimé_.
188 179 Etienne Pallier
189 192 Etienne Pallier
NB : il faudra penser à supprimer manuellement de temps en temps les dossiers préfixés par "_DELETED_"
190 166 Etienne Pallier
191 166 Etienne Pallier
Les fichiers de données qui n'ont pas été associés à un contexte (soit par ce qu'aucun contexte n'a été créé dans la journée, soit parce qu'il n'y a pas de contexte créé pour cette période là)
192 166 Etienne Pallier
seront de toutes façons dans le dossier EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/
193 166 Etienne Pallier
194 168 Etienne Pallier
Une fois les sessions d'observations ChemCam terminées, on peut fermer le logiciel C-GDL,
195 168 Etienne Pallier
mais il n'est pas nécessaire de terminer le logiciel C-SPEC-HK car il s'arrêtera automatiquement lors de l'extinction du pc (brutalement, mais, sauf cas exceptionnel, sans dommage)
196 1 Etienne Pallier
197 168 Etienne Pallier
Il sera cependant préférable d'attendre quelques minutes avant d'éteindre le pc après la création, la modification, ou la suppression d'un contexte,
198 168 Etienne Pallier
le temps que C-SPEC-HK traite ce changement dans une nouvelle itération...
199 162 Etienne Pallier
200 161 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}ADAPTATIONS NÉCESSAIRES SUR LES 2 LOGICIELS%
201 133 Etienne Pallier
202 149 Etienne Pallier
*Adaptations de C-GDL* : voir [[cgdl:wiki#Collaboration-avec-loutil-C-SPEC-HK|C-GDL]]
203 1 Etienne Pallier
204 133 Etienne Pallier
*Adaptations de C-SPEC-HK* : 
205 1 Etienne Pallier
206 169 Etienne Pallier
(Le fichier de LOG est un tableau de synthèse qui sera utile pour la partie processing, sorte de masterlist)
207 138 Etienne Pallier
208 169 Etienne Pallier
Transférer TOUS les types de fichiers (TXT, RAW…)
209 1 Etienne Pallier
210 138 Etienne Pallier
Fichier SOH le plus près AVANT le transmit (génère le spectre)
211 138 Etienne Pallier
(ce fichier SOH a été fait après le tir, et avant le transmit)
212 138 Etienne Pallier
213 138 Etienne Pallier
Changer label Distance : dist(mm) => dist SEED (mm)
214 138 Etienne Pallier
215 169 Etienne Pallier
Convertir la colonne pm en distance réelle : (quelqu'un donnera la formule) « dist real (mm)»
216 138 Etienne Pallier
217 138 Etienne Pallier
C-Spec-HK est déjà installé sur le pc-EGSE. Il faudra y ajouter C-GDL.
218 138 Etienne Pallier
219 138 Etienne Pallier
Fichier LOG : Produire un CSV + un fichier HTML (ou fichier texte séparé par tabulations) pour qu'il soit lisible sans devoir passer par Open Office
220 138 Etienne Pallier
221 138 Etienne Pallier
DARK BEFORE/AFTER : priorité au DARK AFTER
222 138 Etienne Pallier
Le DARK BEFORE est très rare, il existerait seulement si il y a 2 DARK à la suite (le 2ème serait le DARK BEFORE du SPECTRE LIBS qui arrive ensuite)
223 138 Etienne Pallier
=> pour simplifier, on peut le supprimer (donc supprimer 2 colonnes dans le fichier LOG)
224 138 Etienne Pallier
225 169 Etienne Pallier
Objectif : passer le délai de la boucle du traitement quotidien à 10 secondes (au lieu de 60 actuellement)
226 138 Etienne Pallier
227 1 Etienne Pallier
Les 2 fichiers "LOG général" et "LOG du jour" doivent s’afficher automatiquement au démarrage
228 1 Etienne Pallier
229 1 Etienne Pallier
Le LOG général affiche l'état en cours d'exécution du script, pour savoir où on en est :
230 138 Etienne Pallier
- a) traitement global des fichiers, avec affichage des dossiers jours créés
231 1 Etienne Pallier
Ne pas afficher le contenu de /home/vx/EQM_DATA/
232 138 Etienne Pallier
(log files « created » in …)
233 138 Etienne Pallier
car ces dossiers ont été créés antérieurement
234 138 Etienne Pallier
N’afficher le contenu QUE du dossier qui vient d’être créé
235 138 Etienne Pallier
- b) traitement quotidien des fichiers du jour, avec affichage de : 
236 138 Etienne Pallier
  - numéro d'itération
237 138 Etienne Pallier
  - fichiers SPECTRE et SOH traités (+ leur nombre)
238 138 Etienne Pallier
239 138 Etienne Pallier
Le LOG quotidien affiche le contenu du fichier LOG du jour (qui se remplit au fur et à mesure)
240 138 Etienne Pallier
241 138 Etienne Pallier
Mettre les 4 champs de température laser
242 138 Etienne Pallier
243 138 Etienne Pallier
Supprimer nshots
244 138 Etienne Pallier
245 169 Etienne Pallier
Dans l'idéal, si on veut vraiment faire collaborer les 3 outils C-Spec-HK, C-GDL, et la prise de photos par la webcam du pc portable de la salle blanche (...), 
246 169 Etienne Pallier
la communication avec la webcam nécessiterait de mettre les 2 pc (PC-EGSE et le portable webcam) en réseau (soit sur le réseau global IRAP, soit sur un réseau privé salle blanche avec un hub ou switch ; sachant que pc-EGSE est déjà en réseau privé avec le BU-EGSE, il faudrait donc mettre ces 3 éléments sur un même réseau, pas simple...).
247 169 Etienne Pallier
En attendant, on pourrait se contenter d'un "mode dégradé", qui consisterait à copier manuellement (via clé ou disque usb) les photos de la webcam sur le pc-EGSE
248 138 Etienne Pallier
249 169 Etienne Pallier
(Changement Technique internes : Ne laisser que c-spec-hk-workflow à la racine du projet, le reste doit être dans un sous-dossier (contiendra c-spec-hk + tests))
250 138 Etienne Pallier
251 138 Etienne Pallier
252 138 Etienne Pallier
253 138 Etienne Pallier
254 138 Etienne Pallier
255 138 Etienne Pallier
256 138 Etienne Pallier
257 138 Etienne Pallier
258 138 Etienne Pallier
259 138 Etienne Pallier
260 138 Etienne Pallier
261 138 Etienne Pallier
262 138 Etienne Pallier
263 138 Etienne Pallier
264 138 Etienne Pallier
265 138 Etienne Pallier
266 138 Etienne Pallier
267 138 Etienne Pallier
268 138 Etienne Pallier
269 138 Etienne Pallier
270 138 Etienne Pallier
271 138 Etienne Pallier
272 138 Etienne Pallier
273 138 Etienne Pallier
274 138 Etienne Pallier
275 138 Etienne Pallier
276 138 Etienne Pallier
277 138 Etienne Pallier
---
278 126 Etienne Pallier
279 120 Etienne Pallier
280 120 Etienne Pallier
---
281 128 Etienne Pallier
282 128 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}SPECIFICATIONS%
283 128 Etienne Pallier
284 1 Etienne Pallier
285 11 Etienne Pallier
286 12 Etienne Pallier
h3. Schéma de connexion
287 11 Etienne Pallier
288 11 Etienne Pallier
PcEGSE <==RJ45==> EGSE <==serial==> ChemCam
289 11 Etienne Pallier
290 11 Etienne Pallier
ChemCam (garde tous les spectres en RAM) : serial==> BU (Body Unit) <== MU (Mast Unit)
291 11 Etienne Pallier
- MU : fait les tirs
292 11 Etienne Pallier
- BU : analyse les spectres
293 11 Etienne Pallier
294 11 Etienne Pallier
SOH (Spectra O? HK)
295 11 Etienne Pallier
296 30 Etienne Pallier
h3. Types d’observations
297 30 Etienne Pallier
298 30 Etienne Pallier
(sur la ligne DOLIBS modifier controlWord)
299 11 Etienne Pallier
300 11 Etienne Pallier
Bit # 	Bit Value	Fonction si activé
301 11 Etienne Pallier
-----	---------	------------------
302 11 Etienne Pallier
303 11 Etienne Pallier
0		1	 	Do focus : effectuer une focalisation (voir focusAlgorithm)
304 11 Etienne Pallier
305 11 Etienne Pallier
1		2	 	Pre dark spectra : acquisition d’un spectre dark AVANT les tirs
306 1 Etienne Pallier
307 11 Etienne Pallier
2		4 		Post dark spectra : acquisition d’un spectre dark APRES les tirs
308 11 Etienne Pallier
309 20 Etienne Pallier
*3		8 		Enable laser : effectuer un (des) tir(s) laser (voir Nshots) (sinon, c'est un DARK)*
310 11 Etienne Pallier
311 11 Etienne Pallier
4		16 		Collect spectra : acquisition de spectre pendant les tirs
312 11 Etienne Pallier
313 11 Etienne Pallier
5		32 		BS
314 11 Etienne Pallier
315 11 Etienne Pallier
316 14 Etienne Pallier
=> 25 = 1+8+16 = tir avec laser
317 14 Etienne Pallier
=> 17 = 1+0+16 = tir sans laser (DARK)
318 11 Etienne Pallier
319 11 Etienne Pallier
Bits 0 et 1 pas utilisés !!! :
320 11 Etienne Pallier
Le mode (Bit0 ET Bit1 activés) ne fait pas des darks after et before satisfaisant donc on le fait séparément en faisant un spectre sans enable laser,
321 1 Etienne Pallier
ce qui génère tous ces spectres avec un controlWord =17 dans la liste.
322 11 Etienne Pallier
323 31 Etienne Pallier
h3. Fichier spectre
324 11 Etienne Pallier
325 11 Etienne Pallier
Suite d'intensités pour chaque canal (dans l'ordre 0, 1, 2, 3, ... 6444)
326 11 Etienne Pallier
A représenter sur axe 
327 11 Etienne Pallier
- X : channel number, assimilable à longueur d'onde : 0 à 6444
328 11 Etienne Pallier
- Y : intensité
329 11 Etienne Pallier
330 11 Etienne Pallier
Si fichier DARK, alors intensités (à peu près) constantes (toutes égales) :
331 14 Etienne Pallier
=> donne le bruit de fond de l'instrument, puisque on a zero lumière
332 1 Etienne Pallier
333 32 Etienne Pallier
h3. Stratégie de développement
334 13 Etienne Pallier
335 11 Etienne Pallier
Prendre le last stack only
336 11 Etienne Pallier
337 11 Etienne Pallier
Lire fichier *_spect.TXT et *_SOH.TXT associé (celui qui est juste avant, < 5mn avant)
338 11 Etienne Pallier
339 11 Etienne Pallier
1 fich/jour
340 11 Etienne Pallier
341 11 Etienne Pallier
Methods to write :
342 11 Etienne Pallier
343 11 Etienne Pallier
findSOH(liste des *SOH.TXT du jour, spect.TXT)
344 16 Etienne Pallier
=> convertit les noms SOH en timestamps, trouve le SOH qui est juste avant le spect.TXT (< 5mn avant)
345 11 Etienne Pallier
346 11 Etienne Pallier
findDARK(liste des *spect.TXT (dark), le spect.TXT pour lequel on veut le dark)
347 16 Etienne Pallier
=> retourne le fichier dark qui est juste après (<5mn) (mais, peut être before...)
348 16 Etienne Pallier
=> regarde un peu autour (avant et après)
349 11 Etienne Pallier
350 11 Etienne Pallier
findAutofocus(...)
351 16 Etienne Pallier
=> *_afocus.TXT (juste prendre son nom, pas son contenu), qui est AVANT
352 11 Etienne Pallier
353 15 Etienne Pallier
h3. EXEMPLE DE FICHIER RESULTAT (LOG) A OBTENIR (1 par jour)
354 11 Etienne Pallier
355 11 Etienne Pallier
data_Feb25_2014_5 
356 11 Etienne Pallier
firstfile = Feb25_161115_2014_spect.TXT
357 11 Etienne Pallier
lastfile = Feb25_162059_2014_spect.TXT
358 1 Etienne Pallier
359 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, 
360 1 Etienne Pallier
361 11 Etienne Pallier
// from *_SOH.TXT file :
362 15 Etienne Pallier
nbStacks					// Nb de stacks (indiqué par le nb occurences de "mast SOH" qui indique le début d'un nouveau stack) - Prendre seulement les HK du LAST stack
363 1 Etienne Pallier
temp_laser_min(degC), temp_laser_max(degC),	// prendre min et max des 4 HK_Temp_Laser_1-4
364 15 Etienne Pallier
temp_spect(C), 					// Spectrometer_Temp
365 15 Etienne Pallier
pm(cnts), 					// Motor_Position
366 11 Etienne Pallier
367 11 Etienne Pallier
// from *_spect.TXT file :
368 15 Etienne Pallier
dist(mm),					// distance to target distToTarget
369 15 Etienne Pallier
nshots, 					// (Nshots) ajouter ici "nshots_real" car le laser fait parfois plus de shots que prévu (erreur) (lire 1ère ligne pour savoir le nb de col)
370 15 Etienne Pallier
controlWord, 					// 25 = tir avec laser,  17 = tir sans laser (DARK)
371 15 Etienne Pallier
data_mean,					// moyenne des data \ nbshots reels (= intensité moyenne ?) (à lire from >>>>>Begin Processed Spectral Data<<<<<)
372 15 Etienne Pallier
dark_file, 					// remplacer par dark_file_before, dark_file_after (file name)
373 15 Etienne Pallier
mean_spect_value - dark				// (= data_mean - ???)
374 11 Etienne Pallier
375 11 Etienne Pallier
376 11 Etienne Pallier
// Liste des fichiers *_spect.TXT associés avec leurs paramètres HK (trouvés dans *_SOH.TXT) :
377 11 Etienne Pallier
378 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, nbStacks, temp_laser_min, temp_laser_max, temp_spect, pm, dist(mm), nshots, controlWord, data_mean, dark_file_before, dark_file_after, mean_spect_value - dark
379 11 Etienne Pallier
380 11 Etienne Pallier
  1 Feb25_161115_2014_spect.TXT 161055 nbStacks 4.25 5.44 30.15 5499 3000 10  25   677.39 161142 dark_file_after 50.28 
381 15 Etienne Pallier
  2 (D)Feb25_161142_2014_spect.TXT 161132 4.29 5.48 30.15 5499 3000 10  17   627.11 -        627.11 
382 11 Etienne Pallier
  3 Feb25_161243_2014_spect.TXT 161210 4.29 5.33 30.15 5444 2951 10  25   649.07 161307    19.72 
383 11 Etienne Pallier
  4 Feb25_161307_2014_spect.TXT 161257 4.25 5.55 30.15 5444 3000 10  17   629.35 -        629.35 
384 11 Etienne Pallier
  5 Feb25_161339_2014_spect.TXT 161329 4.25 5.59 30.15 5454 2959 10  25   674.78 161404    43.76 
385 1 Etienne Pallier
  6 Feb25_161404_2014_spect.TXT 161353 4.29 5.52 30.15 5454 3000 10  17   631.02 -        631.02 
386 1 Etienne Pallier
  7 Feb25_161435_2014_spect.TXT 161425 4.21 5.55 30.15 5463 2967 10  25   693.77 161500    60.76 
387 11 Etienne Pallier
  8 Feb25_161500_2014_spect.TXT 161450 4.33 5.59 30.15 5463 3000 10  17   633.01 -        633.01 
388 11 Etienne Pallier
  9 Feb25_161532_2014_spect.TXT 161521 4.29 5.59 30.15 5473 2975 10  25   703.08 161556    68.71 
389 11 Etienne Pallier
 10 Feb25_161556_2014_spect.TXT 161546 4.36 5.52 30.15 5473 3000 10  17   634.36 -        634.36 
390 11 Etienne Pallier
 11 Feb25_161646_2014_spect.TXT 161636 4.33 5.63 30.15 5482 2983 10  25   702.22 161711    67.98 
391 11 Etienne Pallier
 12 Feb25_161711_2014_spect.TXT 161701 4.33 5.59 30.15 5482 3000 10  17   634.24 -        634.24 
392 11 Etienne Pallier
 13 Feb25_161743_2014_spect.TXT 161733 4.36 5.55 30.15 5493 2992 10  25   695.08 161808    58.88 
393 11 Etienne Pallier
 14 Feb25_161808_2014_spect.TXT 161757 4.36 5.55 30.15 5493 3000 10  17   636.20 -        636.20 
394 11 Etienne Pallier
 15 Feb25_161840_2014_spect.TXT 161829 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  25   683.94 161905    46.74 
395 11 Etienne Pallier
 16 Feb25_161905_2014_spect.TXT 161854 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  17   637.20 -        637.20 
396 11 Etienne Pallier
 17 Feb25_161937_2014_spect.TXT 161926 4.40 5.59 30.15 5513 3009 10  25   675.67 162002    37.24 
397 11 Etienne Pallier
 18 Feb25_162002_2014_spect.TXT 161951 4.44 5.59 30.15 5513 3000 10  17   638.43 -        638.43 
398 11 Etienne Pallier
 19 Feb25_162034_2014_spect.TXT 162023 4.36 5.63 30.15 5522 3017 10  25   663.56 162059    24.10 
399 15 Etienne Pallier
 20 (D) Feb25_162059_2014_spect.TXT 162048 4.40 5.63 30.15 5522 3000 10  17   639.46 -        639.46
400 15 Etienne Pallier
401 46 Etienne Pallier
h3. CAS EXCEPTIONNELS à traiter (Exceptions)
402 43 Etienne Pallier
403 43 Etienne Pallier
 * NoDataFileFoundException : pas de fichier (ni Spectre ni SOH) dans le dossier DATA/
404 43 Etienne Pallier
405 43 Etienne Pallier
 * MalformedFileException : fichier (Spectre ou SOH) avec format incorrect
406 43 Etienne Pallier
407 43 Etienne Pallier
 * UnknownCaseException : Cas inconnu ; par exemple, controlWord ni 17 (DARK) ni 25 (PAS DARK) !!!
408 43 Etienne Pallier
409 47 Etienne Pallier
 * noSOHFileFoundForSpectraFileException : pas de fichier SOH (HK) trouvé pour un fichier Spectra (data)
410 47 Etienne Pallier
411 136 Etienne Pallier
---
412 136 Etienne Pallier
413 83 Etienne Pallier
h2. RECUPERATION DU PROJET
414 91 Etienne Pallier
415 83 Etienne Pallier
416 83 Etienne Pallier
*a) Directement, depuis svn*
417 83 Etienne Pallier
418 83 Etienne Pallier
svn co https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
419 83 Etienne Pallier
420 83 Etienne Pallier
Si on ne veut pas rester synchronisé avec le repository (juste une copie du projet au temps t, sans les fichiers de versionning .svn) : 
421 1 Etienne Pallier
422 90 Etienne Pallier
svn export https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
423 90 Etienne Pallier
424 91 Etienne Pallier
425 58 Etienne Pallier
426 1 Etienne Pallier
*b) Par téléchargement (100 Mo à cause des données)*
427 1 Etienne Pallier
428 1 Etienne Pallier
https://projects.irap.omp.eu/attachments/download/1237/c-spec-hk_1.1.tgz
429 86 Etienne Pallier
430 137 Etienne Pallier
---
431 137 Etienne Pallier
432 95 Etienne Pallier
h2. EXECUTION
433 92 Etienne Pallier
434 92 Etienne Pallier
h3. 1) PRÉREQUIS : Python 2.7
435 92 Etienne Pallier
436 92 Etienne Pallier
h4. Sur Mac (Machine de développement)
437 92 Etienne Pallier
438 92 Etienne Pallier
Avec Macport, pour que la version 2.7 soit bien la version par défaut quand on tape "python" :
439 92 Etienne Pallier
440 92 Etienne Pallier
sudo port select --set python python27
441 92 Etienne Pallier
442 92 Etienne Pallier
$ which python
443 92 Etienne Pallier
/opt/local/bin/python
444 92 Etienne Pallier
445 92 Etienne Pallier
$ python --version
446 92 Etienne Pallier
Python 2.7.9
447 92 Etienne Pallier
448 92 Etienne Pallier
Mettre à jour MacPort :
449 92 Etienne Pallier
sudo port -v selfupdate
450 92 Etienne Pallier
sudo port upgrade outdated
451 92 Etienne Pallier
452 92 Etienne Pallier
453 92 Etienne Pallier
h4. Sur CentOS 6.5 (serveur de production)
454 92 Etienne Pallier
455 92 Etienne Pallier
(fait le 19/3/15 sur le pc-EGSE Chemcam ; cf fiche wiki du pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour)
456 92 Etienne Pallier
457 92 Etienne Pallier
Par défaut, Cent0S 6.5 propose Python 2.6
458 92 Etienne Pallier
459 94 Etienne Pallier
(Voir l'installation de Python 2.7 faite sur le pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Installation_de_Python_2_7)
460 86 Etienne Pallier
461 89 Etienne Pallier
h3. 2) EXECUTING TESTS
462 89 Etienne Pallier
463 86 Etienne Pallier
h4. Depuis Eclipse
464 86 Etienne Pallier
465 86 Etienne Pallier
Ouvrir la console adaptée : Window / Show View / PyUnit
466 86 Etienne Pallier
clic-droit sur test/c_spec_hk_TEST.py
467 86 Etienne Pallier
Run As / Python unit-test
468 89 Etienne Pallier
469 86 Etienne Pallier
470 89 Etienne Pallier
h4. En mode ligne de commande
471 86 Etienne Pallier
472 72 Etienne Pallier
h5. TESTS faits avec Python 2.7
473 72 Etienne Pallier
474 1 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
475 72 Etienne Pallier
476 73 Etienne Pallier
cd test/
477 1 Etienne Pallier
478 72 Etienne Pallier
$ py27 premiertest.py
479 1 Etienne Pallier
<pre>
480 72 Etienne Pallier
...
481 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
482 1 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
483 72 Etienne Pallier
484 72 Etienne Pallier
OK
485 73 Etienne Pallier
</pre>
486 72 Etienne Pallier
487 72 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk_TEST.py
488 72 Etienne Pallier
489 72 Etienne Pallier
<pre>
490 72 Etienne Pallier
...
491 1 Etienne Pallier
======================================================================
492 62 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
493 1 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 5.833s
494 1 Etienne Pallier
495 72 Etienne Pallier
OK
496 72 Etienne Pallier
</pre>
497 1 Etienne Pallier
498 62 Etienne Pallier
499 72 Etienne Pallier
500 72 Etienne Pallier
501 70 Etienne Pallier
*2) Tests de Performance (Benchmark)*
502 70 Etienne Pallier
503 62 Etienne Pallier
Depuis la racine du projet :
504 62 Etienne Pallier
505 62 Etienne Pallier
<pre>
506 62 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk.py -t
507 62 Etienne Pallier
...Executing main program...
508 62 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
509 62 Etienne Pallier
510 62 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
511 62 Etienne Pallier
512 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
513 62 Etienne Pallier
0.000790863037109
514 62 Etienne Pallier
515 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
516 62 Etienne Pallier
0.000117941689491
517 62 Etienne Pallier
518 62 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
519 62 Etienne Pallier
0.0429699897766
520 62 Etienne Pallier
521 62 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
522 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
523 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
524 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
525 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
526 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
527 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
528 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
529 62 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
530 62 Etienne Pallier
total 56
531 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20110223
532 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2011_0223_logs.csv
533 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20130223
534 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2013_0223_logs.csv
535 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140123
536 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0123_logs.csv
537 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140223
538 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0223_logs.csv
539 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140225
540 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  16:39 2014_0225_logs.csv
541 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140226
542 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  16:39 2014_0226_logs.csv
543 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20150223
544 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2015_0223_logs.csv
545 62 Etienne Pallier
546 62 Etienne Pallier
1.91459012032
547 1 Etienne Pallier
Average time per day : 0.273513
548 1 Etienne Pallier
549 1 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
550 62 Etienne Pallier
551 1 Etienne Pallier
</pre>
552 86 Etienne Pallier
553 89 Etienne Pallier
554 86 Etienne Pallier
555 72 Etienne Pallier
h5. TESTS faits avec Python 2.6
556 1 Etienne Pallier
557 72 Etienne Pallier
C'est encore possible de faire tourner le logiciel en Python 2.6 dans la version 1.1.x, mais ça ne sera plus garanti dans l'avenir (à partir de la version 1.2.x)
558 1 Etienne Pallier
559 72 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
560 1 Etienne Pallier
561 72 Etienne Pallier
cd test/
562 72 Etienne Pallier
563 72 Etienne Pallier
$ python premiertest.py
564 72 Etienne Pallier
<pre>
565 72 Etienne Pallier
...
566 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
567 72 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
568 72 Etienne Pallier
569 72 Etienne Pallier
OK
570 72 Etienne Pallier
</pre>
571 72 Etienne Pallier
572 72 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk_TEST.py
573 72 Etienne Pallier
574 72 Etienne Pallier
<pre>
575 72 Etienne Pallier
...
576 72 Etienne Pallier
======================================================================
577 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
578 72 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 6.742s
579 72 Etienne Pallier
580 72 Etienne Pallier
OK
581 72 Etienne Pallier
</pre>
582 72 Etienne Pallier
583 72 Etienne Pallier
---
584 72 Etienne Pallier
585 72 Etienne Pallier
586 72 Etienne Pallier
*2) Tests de Performance (Benchmark)*
587 72 Etienne Pallier
588 58 Etienne Pallier
Depuis la racine du projet 
589 58 Etienne Pallier
590 58 Etienne Pallier
$ ./c_spec_hk.py -t
591 58 Etienne Pallier
<pre>
592 58 Etienne Pallier
...Executing main program...
593 58 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
594 58 Etienne Pallier
595 58 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
596 58 Etienne Pallier
597 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
598 58 Etienne Pallier
0.00105306601524
599 58 Etienne Pallier
600 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
601 58 Etienne Pallier
0.000152537894249
602 58 Etienne Pallier
603 58 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
604 58 Etienne Pallier
0.0518409013748
605 58 Etienne Pallier
606 58 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
607 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
608 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
609 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
610 1 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
611 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
612 59 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
613 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
614 58 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
615 58 Etienne Pallier
total 56
616 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20110223
617 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2011_0223_logs.csv
618 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20130223
619 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2013_0223_logs.csv
620 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140123
621 1 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0123_logs.csv
622 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140223
623 80 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0223_logs.csv
624 21 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140225
625 25 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  14:01 2014_0225_logs.csv
626 1 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140226
627 22 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  14:01 2014_0226_logs.csv
628 22 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20150223
629 21 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2015_0223_logs.csv
630 21 Etienne Pallier
631 77 Etienne Pallier
2.33647012711
632 21 Etienne Pallier
Average time per day : 0.333781
633 21 Etienne Pallier
634 1 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
635 96 Etienne Pallier
</pre>
636 21 Etienne Pallier
637 97 Etienne Pallier
h3. 3) EXECUTING MAIN SCRIPT 
638 1 Etienne Pallier
639 88 Etienne Pallier
h4. Depuis Eclipse
640 88 Etienne Pallier
641 21 Etienne Pallier
clic-droit sur c_spec_hk.py
642 97 Etienne Pallier
Run As / Python Run
643 21 Etienne Pallier
644 21 Etienne Pallier
h4. In Command line mode
645 1 Etienne Pallier
646 80 Etienne Pallier
	a) Pour voir l'aide :
647 81 Etienne Pallier
648 80 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk.py -h
649 1 Etienne Pallier
650 80 Etienne Pallier
...Executing main program...
651 1 Etienne Pallier
652 81 Etienne Pallier
Usage:
653 1 Etienne Pallier
654 81 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py [-i <inputDataDir>] [-o <outputLogDir>]
655 1 Etienne Pallier
OR
656 81 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py [--inputDir=<inputDataDir>] [--outputDir=<outputLogDir>]
657 1 Etienne Pallier
658 80 Etienne Pallier
Ex: python27 c_spec_hk.py-i './DATA' -o './LOGS'
659 80 Etienne Pallier
660 80 Etienne Pallier
All options available are (none is mandatory) :
661 80 Etienne Pallier
-d : activate DEBUG mode
662 80 Etienne Pallier
-h : print this HELP message
663 80 Etienne Pallier
-n : do NOT create sub-directories (like YYYYMMDD) for each day
664 80 Etienne Pallier
-t : test execution TIME of several methods
665 1 Etienne Pallier
-v : print current VERSION number
666 21 Etienne Pallier
-i <inputDataDir> or --input=<inputDataDir> : set INPUT directory from where DATA files are READ (default is "DATA")
667 1 Etienne Pallier
-o <outputDataDir> or --output=<outputLogDir> : set OUTPUT directory where LOG files are WRITTEN to (default is "LOGS")
668 81 Etienne Pallier
669 80 Etienne Pallier
670 23 Etienne Pallier
671 81 Etienne Pallier
	b) Speed testing (benchmark)
672 21 Etienne Pallier
673 21 Etienne Pallier
cf https://projects.irap.omp.eu/projects/cspechkanalyser/wiki/Wiki#TESTS-faits-avec-Python-27 (section "Tests de performance")
674 21 Etienne Pallier
675 21 Etienne Pallier
676 82 Etienne Pallier
	c) Pour faire un test avec les données d'échantillon fournies :
677 1 Etienne Pallier
678 82 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py -i test/DATASET/UC0_NOMINAL/DATA -o /tmp/LOGS
679 82 Etienne Pallier
680 21 Etienne Pallier
(il faudra d'abord créer le dossier LOGS/ dans /tmp)
681 21 Etienne Pallier
682 82 Etienne Pallier
Exemple d'affichage attendu :
683 21 Etienne Pallier
684 82 Etienne Pallier
...Executing main program...
685 82 Etienne Pallier
686 21 Etienne Pallier
inputDataDir is "test/DATASET/UC0_NOMINAL/DATA"
687 82 Etienne Pallier
ouputLogDir is "/tmp/LOGS"
688 82 Etienne Pallier
689 21 Etienne Pallier
The DATA DIR (input) contains 126 files (total)
690 82 Etienne Pallier
The DATA DIR (input) contains 26 SPECTRA text files
691 82 Etienne Pallier
692 21 Etienne Pallier
Log files created in /tmp/LOGS/ :
693 21 Etienne Pallier
['20110223', '20130223', '20140123', '20140223', '20140225', '20140226', '20150223']
694 36 Etienne Pallier
695 54 Etienne Pallier
696 36 Etienne Pallier
---
697 52 Etienne Pallier
698 50 Etienne Pallier
h2. DAILY WORKFLOW
699 52 Etienne Pallier
700 1 Etienne Pallier
h3. 1) Voici la structure de fichiers réalisée sur le pc-EGSE :
701 52 Etienne Pallier
702 52 Etienne Pallier
Les nouveaux fichiers de données produits lors des tirs de Chemcam sont automatiquement placés dans /home/vx/data/ (au fur et à mesure des tirs)
703 1 Etienne Pallier
704 1 Etienne Pallier
Ils sont ensuite déplacés dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ lorsqu'ils ont été traités
705 52 Etienne Pallier
706 37 Etienne Pallier
Les fichiers de LOG (relation spectre => HK) créés sont placés directment dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
707 53 Etienne Pallier
708 50 Etienne Pallier
<pre>
709 50 Etienne Pallier
710 50 Etienne Pallier
- /home/vx/data/ : données d'origine restant à traiter (spectres et HK), provenant directement de la manip
711 50 Etienne Pallier
712 36 Etienne Pallier
- /home/vx/EQM_DATA/ : données traitées (spectres, HK, et fichiers logs produits)
713 36 Etienne Pallier
    - AAAAMMJJ/ : un dossier par jour
714 142 Etienne Pallier
        - le fichier log produit (CSV)
715 40 Etienne Pallier
        - DATA/ : les données d'origine (spectres et HK)
716 48 Etienne Pallier
717 1 Etienne Pallier
</pre>
718 51 Etienne Pallier
719 48 Etienne Pallier
h3. 2) WORKFLOW
720 57 Etienne Pallier
721 55 Etienne Pallier
Ce workflow devrait normalement fonctionner dans tous les cas de figure (démarrage n'importe quand, en début de journée ou en cours de journée, ou même reprise après un crash brutal...)
722 1 Etienne Pallier
723 39 Etienne Pallier
Démarrage automatique du workflow à partir du Démarrage du pc-EGSE
724 57 Etienne Pallier
725 1 Etienne Pallier
1) Faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents dans le dossier /home/vx/data/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
726 57 Etienne Pallier
Les fichiers LOGS produits sont placés automatiquement dans le dossier correspondant à leur jour /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
727 57 Etienne Pallier
(AAAA année en 4 chiffres, MM mois en deux chiffres et JJ jour du mois en deux chiffres)
728 57 Etienne Pallier
729 57 Etienne Pallier
2) Déplacer TOUS les fichiers de /home/vx/data/ dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
730 57 Etienne Pallier
731 48 Etienne Pallier
3) (Every 5 seconds) : pour les fichiers du jour J
732 1 Etienne Pallier
S'il existe au moins un fichier dans /home/vx/data/, faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents 
733 51 Etienne Pallier
LE FICHIER LOG produit (un seul pour le jour J) est placé automatiquement dans le dossier correspondant à son jour (J) /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
734 1 Etienne Pallier
Attention : on ne déplace pas les fichiers dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ ; cela sera fait au prochain démarrage du workflow) ; cela permet d'avoir un fichier LOG qui se complète au fur et à mesure de la journée
735 1 Etienne Pallier
Il faudrait quand meme les COPIER (cp) (mais pas les DEPLACER (mv))
736 1 Etienne Pallier
OPTIMISATION : Exécution SSI le nb de fichiers du repertoire DATA/ a changé (tenir à jour un fichier contenant le nb de files)
737 1 Etienne Pallier
738 1 Etienne Pallier
Fin du workflow à l'extinction du pc-EGSE