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Version 190 (Etienne Pallier, 06/25/2015 02:30 pm)

1 1 Etienne Pallier
h1. Wiki
2 1 Etienne Pallier
3 188 Etienne Pallier
*Traitement batch (Python) faisant l'extraction des HK et les associant à leurs fichiers spectres respectifs dans un fichier résultat de log*
4 186 Etienne Pallier
5 8 Etienne Pallier
{{toc}}
6 3 Etienne Pallier
7 105 Etienne Pallier
8 35 Etienne Pallier
---
9 35 Etienne Pallier
10 1 Etienne Pallier
11 124 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}UTILISATION EFFECTIVE EN SALLE BLANCHE%
12 124 Etienne Pallier
13 189 Etienne Pallier
Ce logiciel est installé sur le Pc Chemcam, en salle blanche : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour
14 124 Etienne Pallier
15 106 Etienne Pallier
http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Utilisation_du_logiciel_C_SPEC_H
16 105 Etienne Pallier
17 105 Etienne Pallier
18 105 Etienne Pallier
---
19 123 Etienne Pallier
20 123 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}DEPOT SVN%
21 123 Etienne Pallier
22 35 Etienne Pallier
23 35 Etienne Pallier
(cliquer sur l'onglet Dépôt)
24 35 Etienne Pallier
25 35 Etienne Pallier
 * URL du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk/
26 35 Etienne Pallier
27 35 Etienne Pallier
 * Administration du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu
28 35 Etienne Pallier
29 35 Etienne Pallier
 * Administrateur : Etienne Pallier
30 35 Etienne Pallier
31 35 Etienne Pallier
 * Groupes :
32 76 Etienne Pallier
33 35 Etienne Pallier
   * grp-admin-chemcam : Admin du dépot CHEMCAM (RW sur racine).
34 35 Etienne Pallier
   * grp-chemcam : Les développeurs de CHEMCAM (RW sur branches).
35 35 Etienne Pallier
   * On peut également créer un groupe grp-readonly-chemcam (et mettre les droits en read-only sur tout le projet)
36 35 Etienne Pallier
37 35 Etienne Pallier
 * Ajout d'utilisateurs 
38 35 Etienne Pallier
39 11 Etienne Pallier
  * On peut ajouter des utilisateurs extérieurs via l'interface web, puis les ajouter dans les groupes (en tant que "Utilisateurs affectés").
40 42 Etienne Pallier
  * Dans le cas des utilisateurs IRAP, il faut qu'ils se connectent une première fois sur https://usvn-idems.irap.omp.eu avec leur login/mdp IRAP avant de pouvoir être affectés dans les groupes du repository.
41 41 Etienne Pallier
42 104 Etienne Pallier
 * Dashboard : le dashboard du projet est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu (=interface de gestion des utilisateurs, groupes et droits d'accès sur le repo, et également navigateur/explorateur du repo)
43 104 Etienne Pallier
44 104 Etienne Pallier
 * Accès : Le repo SVN est accessible depuis partout dans le monde (svn-over-https only), la racine du repo est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/chemcam/
45 104 Etienne Pallier
46 104 Etienne Pallier
 * TODO: passer sur SourceSup : https://sourcesup.renater.fr, https://sourcesup.cru.fr/
47 104 Etienne Pallier
48 104 Etienne Pallier
49 104 Etienne Pallier
50 104 Etienne Pallier
51 121 Etienne Pallier
52 11 Etienne Pallier
53 120 Etienne Pallier
---
54 120 Etienne Pallier
55 122 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}COLLABORATION DE CET OUTIL AVEC C-GDL%
56 122 Etienne Pallier
57 134 Etienne Pallier
Suite aux réunions du 29/4/15 et du 22/5/15 avec OG, WR, AC, PM, et EP,
58 152 Etienne Pallier
un nouveau besoin a été exprimé qui pourrait être résolu en faisant collaborer 2 outils existants (C-SPEC-HK et [[cgdl:|C-GDL]]),
59 134 Etienne Pallier
et en leur apportant quelques adaptations.
60 134 Etienne Pallier
61 141 Etienne Pallier
*Actions* : 
62 150 Etienne Pallier
- OG et AC : réfléchir à une simplification éventuelle de l'outil CGDL (en un seul formulaire au lieu de plusieurs onglets)
63 141 Etienne Pallier
64 1 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}BESOIN%
65 1 Etienne Pallier
66 131 Etienne Pallier
Créer un *contexte* (ensemble d'informations de description) pour décrire chaque *observation* (série de tirs ChemCam) effectuée en salle blanche.
67 131 Etienne Pallier
A ce contexte, seront automatiquement associés tous les fichiers (spectres, HK, ...) générés à l'occasion des tirs ChemCam.
68 1 Etienne Pallier
Un nouveau contexte devra être créé à chaque fois qu'on change de roche, de distance de tir, ou bien de type d'atmosphère...
69 1 Etienne Pallier
70 185 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}SOLUTION TECHNIQUE (updated 5/6/15)%
71 129 Etienne Pallier
72 130 Etienne Pallier
Pour répondre à ce besoin, plutôt que de re-développer un nouvel outil, on doit pouvoir faire collaborer efficacement deux outils existants que sont C-GDL et C-SPEC-HK,
73 130 Etienne Pallier
et qui devront en outre subir quelques adaptations plus ou moins importantes.
74 126 Etienne Pallier
*C-GDL* est une IHM Java qui permet de créer manuellement un contexte 
75 126 Etienne Pallier
*C-SPEC-HK* est un script Python qui s'exécute en permanence en arrière-plan, et qui associe automatiquement les fichiers HK (SOH) aux fichiers spectres et crée un fichier LOG quotidien décrivant ces associations (pour la journée), au fur et à mesure des tirs ChemCam
76 126 Etienne Pallier
Il faut donc faire collaborer ces 2 outils pour qu'un contexte C-GDL soit automatiquement associé aux fichiers générés par les tirs ChemCam et qui sont regroupés par C-SPEC-HK (y-compris le fichier de LOG généré par C-SPEC-HK).
77 126 Etienne Pallier
78 145 Etienne Pallier
Voici une proposition de collaboration entre ces 2 outils :
79 145 Etienne Pallier
80 144 Etienne Pallier
{{thumbnail(Collaboration C-SPEC-HK et C-GDL.jpg, size=300, title=Dashboard_Controller)}}
81 143 Etienne Pallier
82 158 Etienne Pallier
_Document original (Open Office Presentation) : attachment:"Collaboration C-SPEC-HK et C-GDL.odg"_
83 154 Etienne Pallier
84 160 Etienne Pallier
*Explications du déroulement d'une session d'observations ChemCam (selon le diagramme ci-dessus)* :
85 159 Etienne Pallier
86 185 Etienne Pallier
Cette solution technique a été mise à jour suite à la réunion du 5/6/15 (avec OG, AC, WR, et Richard Hitier).
87 171 Etienne Pallier
88 159 Etienne Pallier
Au démarrage du pc, les 2 logiciels C-SPEC-HK et C_GDL se lancent automatiquement.
89 159 Etienne Pallier
90 190 Etienne Pallier
Voici le workflow idéal :
91 190 Etienne Pallier
92 190 Etienne Pallier
On commence par créer un contexte avec C-GDL (mais on peut très bien le faire a posteriori, après les observations). Une fois enregistré (YYYYMMDD_HHMM-HHMM_context_<parametres>.xml), ce fichier se trouve dans cgdl/contexts/
93 162 Etienne Pallier
94 162 Etienne Pallier
On effectue des tirs ChemCam. Ces tirs génèrent des fichiers (SPEC, SOH...) qui sont automatiquement placés dans le dossier data/.
95 162 Etienne Pallier
Si jamais quelques tirs ont été effectués juste pour tester ChemCam avant de faire les vraies observations, on peut retarder la date début (Start time) du contexte pour que ces tirs ne soient pas pris en compte dans ce contexte.
96 1 Etienne Pallier
97 171 Etienne Pallier
C-SPEC-HK qui tourne en arrière plan effectue le traitement suivant toutes les minutes (ou delta secondes, délai à affiner en production) :
98 162 Etienne Pallier
99 1 Etienne Pallier
1) Il complète (ou crée, si c'est la première itération) le fichier de LOG (YYYYMMDD_LOG.csv) dans le dossier EQM_DATA/YYYYMMDD/
100 162 Etienne Pallier
à partir des fichiers qui sont dans data/
101 172 Etienne Pallier
C'est un fichier texte contenant des données tabulaires (CSV) qui font le lien entre les fichiers spectres et les fichiers HK (SOH et *+_TOUS_+* les autres) associés, en extrayant quelques paramètres essentiels dans les 2 types de fichiers
102 1 Etienne Pallier
103 163 Etienne Pallier
2) Il déplace (move) les fichiers concernés de data/ vers EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/, puisqu'ils ont été traités
104 1 Etienne Pallier
105 165 Etienne Pallier
3) Enfin, il associe les fichiers de données avec les contextes 
106 174 Etienne Pallier
107 185 Etienne Pallier
Pour cela, il suit cet algorithme :
108 165 Etienne Pallier
109 163 Etienne Pallier
* pour chaque fichier de contexte trouvé dans le dossier cgdl/contexts/ qui est à la date du jour :
110 177 Etienne Pallier
  
111 184 Etienne Pallier
 * si un dossier *du même nom* n'existe pas déjà dans EQM_DATA/YYYYMMDD/BY_CONTEXT/, il le crée 
112 184 Etienne Pallier
 * si un dossier *du même nom* existe (qu'il vienne d'être créé ou bien qu'il soit déjà là depuis longtemps), il y copie (copy) tous les fichiers manquants (par rapport à ceux qui devraient y être)
113 184 Etienne Pallier
les fichiers à copier sont :
114 1 Etienne Pallier
115 184 Etienne Pallier
  * le fichier de contexte 
116 184 Etienne Pallier
  * tous les fichiers du dossier EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/ dont la date est comprise entre le "start time" et le "stop time" du contexte
117 184 Etienne Pallier
  * la partie du fichier LOG concernée (on fera une sélection de "start time" à "stop time")
118 184 Etienne Pallier
119 1 Etienne Pallier
* s'il reste des dossiers qui n'ont pas de correspondance avec un contexte (parce qu'un contexte a été renommé ou supprimé), il leur ajoute le préfixe "_TO-BE-DELETED_"
120 1 Etienne Pallier
121 182 Etienne Pallier
_Par ce moyen, on peut créer un contexte qui se termine (bien) plus tard que l'heure actuelle (les nouveaux fichiers seront ainsi ajoutés au fur et à mesure de leur arrivée),
122 184 Etienne Pallier
et on s'assure d'avoir un dossier par contexte, contenant le fichier de contexte (+LOG) et tous les fichiers de données associés.
123 184 Etienne Pallier
Et ces dossiers devraient rester à jour même si le nom du contexte est modifié en cours de journée, voire même supprimé_.
124 179 Etienne Pallier
125 185 Etienne Pallier
NB : il faudra penser à supprimer manuellement de temps en temps les dossiers préfixés par "_TO-BE-DELETED_"
126 166 Etienne Pallier
127 166 Etienne Pallier
Les fichiers de données qui n'ont pas été associés à un contexte (soit par ce qu'aucun contexte n'a été créé dans la journée, soit parce qu'il n'y a pas de contexte créé pour cette période là)
128 166 Etienne Pallier
seront de toutes façons dans le dossier EQM_DATA/YYYYMMDD/ALL/
129 166 Etienne Pallier
130 168 Etienne Pallier
Une fois les sessions d'observations ChemCam terminées, on peut fermer le logiciel C-GDL,
131 168 Etienne Pallier
mais il n'est pas nécessaire de terminer le logiciel C-SPEC-HK car il s'arrêtera automatiquement lors de l'extinction du pc (brutalement, mais, sauf cas exceptionnel, sans dommage)
132 1 Etienne Pallier
133 168 Etienne Pallier
Il sera cependant préférable d'attendre quelques minutes avant d'éteindre le pc après la création, la modification, ou la suppression d'un contexte,
134 168 Etienne Pallier
le temps que C-SPEC-HK traite ce changement dans une nouvelle itération...
135 162 Etienne Pallier
136 161 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}ADAPTATIONS NÉCESSAIRES SUR LES 2 LOGICIELS%
137 133 Etienne Pallier
138 149 Etienne Pallier
*Adaptations de C-GDL* : voir [[cgdl:wiki#Collaboration-avec-loutil-C-SPEC-HK|C-GDL]]
139 1 Etienne Pallier
140 133 Etienne Pallier
*Adaptations de C-SPEC-HK* : 
141 1 Etienne Pallier
142 169 Etienne Pallier
(Le fichier de LOG est un tableau de synthèse qui sera utile pour la partie processing, sorte de masterlist)
143 138 Etienne Pallier
144 169 Etienne Pallier
Transférer TOUS les types de fichiers (TXT, RAW…)
145 1 Etienne Pallier
146 138 Etienne Pallier
Fichier SOH le plus près AVANT le transmit (génère le spectre)
147 138 Etienne Pallier
(ce fichier SOH a été fait après le tir, et avant le transmit)
148 138 Etienne Pallier
149 138 Etienne Pallier
Changer label Distance : dist(mm) => dist SEED (mm)
150 138 Etienne Pallier
151 169 Etienne Pallier
Convertir la colonne pm en distance réelle : (quelqu'un donnera la formule) « dist real (mm)»
152 138 Etienne Pallier
153 138 Etienne Pallier
C-Spec-HK est déjà installé sur le pc-EGSE. Il faudra y ajouter C-GDL.
154 138 Etienne Pallier
155 138 Etienne Pallier
Fichier LOG : Produire un CSV + un fichier HTML (ou fichier texte séparé par tabulations) pour qu'il soit lisible sans devoir passer par Open Office
156 138 Etienne Pallier
157 138 Etienne Pallier
DARK BEFORE/AFTER : priorité au DARK AFTER
158 138 Etienne Pallier
Le DARK BEFORE est très rare, il existerait seulement si il y a 2 DARK à la suite (le 2ème serait le DARK BEFORE du SPECTRE LIBS qui arrive ensuite)
159 138 Etienne Pallier
=> pour simplifier, on peut le supprimer (donc supprimer 2 colonnes dans le fichier LOG)
160 138 Etienne Pallier
161 169 Etienne Pallier
Objectif : passer le délai de la boucle du traitement quotidien à 10 secondes (au lieu de 60 actuellement)
162 138 Etienne Pallier
163 1 Etienne Pallier
Les 2 fichiers "LOG général" et "LOG du jour" doivent s’afficher automatiquement au démarrage
164 1 Etienne Pallier
165 1 Etienne Pallier
Le LOG général affiche l'état en cours d'exécution du script, pour savoir où on en est :
166 138 Etienne Pallier
- a) traitement global des fichiers, avec affichage des dossiers jours créés
167 1 Etienne Pallier
Ne pas afficher le contenu de /home/vx/EQM_DATA/
168 138 Etienne Pallier
(log files « created » in …)
169 138 Etienne Pallier
car ces dossiers ont été créés antérieurement
170 138 Etienne Pallier
N’afficher le contenu QUE du dossier qui vient d’être créé
171 138 Etienne Pallier
- b) traitement quotidien des fichiers du jour, avec affichage de : 
172 138 Etienne Pallier
  - numéro d'itération
173 138 Etienne Pallier
  - fichiers SPECTRE et SOH traités (+ leur nombre)
174 138 Etienne Pallier
175 138 Etienne Pallier
Le LOG quotidien affiche le contenu du fichier LOG du jour (qui se remplit au fur et à mesure)
176 138 Etienne Pallier
177 138 Etienne Pallier
Mettre les 4 champs de température laser
178 138 Etienne Pallier
179 138 Etienne Pallier
Supprimer nshots
180 138 Etienne Pallier
181 169 Etienne Pallier
Dans l'idéal, si on veut vraiment faire collaborer les 3 outils C-Spec-HK, C-GDL, et la prise de photos par la webcam du pc portable de la salle blanche (...), 
182 169 Etienne Pallier
la communication avec la webcam nécessiterait de mettre les 2 pc (PC-EGSE et le portable webcam) en réseau (soit sur le réseau global IRAP, soit sur un réseau privé salle blanche avec un hub ou switch ; sachant que pc-EGSE est déjà en réseau privé avec le BU-EGSE, il faudrait donc mettre ces 3 éléments sur un même réseau, pas simple...).
183 169 Etienne Pallier
En attendant, on pourrait se contenter d'un "mode dégradé", qui consisterait à copier manuellement (via clé ou disque usb) les photos de la webcam sur le pc-EGSE
184 138 Etienne Pallier
185 169 Etienne Pallier
(Changement Technique internes : Ne laisser que c-spec-hk-workflow à la racine du projet, le reste doit être dans un sous-dossier (contiendra c-spec-hk + tests))
186 138 Etienne Pallier
187 138 Etienne Pallier
188 138 Etienne Pallier
189 138 Etienne Pallier
190 138 Etienne Pallier
191 138 Etienne Pallier
192 138 Etienne Pallier
193 138 Etienne Pallier
194 138 Etienne Pallier
195 138 Etienne Pallier
196 138 Etienne Pallier
197 138 Etienne Pallier
198 138 Etienne Pallier
199 138 Etienne Pallier
200 138 Etienne Pallier
201 138 Etienne Pallier
202 138 Etienne Pallier
203 138 Etienne Pallier
204 138 Etienne Pallier
205 138 Etienne Pallier
206 138 Etienne Pallier
207 138 Etienne Pallier
208 138 Etienne Pallier
209 138 Etienne Pallier
210 138 Etienne Pallier
211 138 Etienne Pallier
212 138 Etienne Pallier
213 138 Etienne Pallier
---
214 126 Etienne Pallier
215 120 Etienne Pallier
216 120 Etienne Pallier
---
217 128 Etienne Pallier
218 128 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}SPECIFICATIONS%
219 128 Etienne Pallier
220 1 Etienne Pallier
221 11 Etienne Pallier
222 12 Etienne Pallier
h3. Schéma de connexion
223 11 Etienne Pallier
224 11 Etienne Pallier
PcEGSE <==RJ45==> EGSE <==serial==> ChemCam
225 11 Etienne Pallier
226 11 Etienne Pallier
ChemCam (garde tous les spectres en RAM) : serial==> BU (Body Unit) <== MU (Mast Unit)
227 11 Etienne Pallier
- MU : fait les tirs
228 11 Etienne Pallier
- BU : analyse les spectres
229 11 Etienne Pallier
230 11 Etienne Pallier
SOH (Spectra O? HK)
231 11 Etienne Pallier
232 30 Etienne Pallier
h3. Types d’observations
233 30 Etienne Pallier
234 30 Etienne Pallier
(sur la ligne DOLIBS modifier controlWord)
235 11 Etienne Pallier
236 11 Etienne Pallier
Bit # 	Bit Value	Fonction si activé
237 11 Etienne Pallier
-----	---------	------------------
238 11 Etienne Pallier
239 11 Etienne Pallier
0		1	 	Do focus : effectuer une focalisation (voir focusAlgorithm)
240 11 Etienne Pallier
241 11 Etienne Pallier
1		2	 	Pre dark spectra : acquisition d’un spectre dark AVANT les tirs
242 1 Etienne Pallier
243 11 Etienne Pallier
2		4 		Post dark spectra : acquisition d’un spectre dark APRES les tirs
244 11 Etienne Pallier
245 20 Etienne Pallier
*3		8 		Enable laser : effectuer un (des) tir(s) laser (voir Nshots) (sinon, c'est un DARK)*
246 11 Etienne Pallier
247 11 Etienne Pallier
4		16 		Collect spectra : acquisition de spectre pendant les tirs
248 11 Etienne Pallier
249 11 Etienne Pallier
5		32 		BS
250 11 Etienne Pallier
251 11 Etienne Pallier
252 14 Etienne Pallier
=> 25 = 1+8+16 = tir avec laser
253 14 Etienne Pallier
=> 17 = 1+0+16 = tir sans laser (DARK)
254 11 Etienne Pallier
255 11 Etienne Pallier
Bits 0 et 1 pas utilisés !!! :
256 11 Etienne Pallier
Le mode (Bit0 ET Bit1 activés) ne fait pas des darks after et before satisfaisant donc on le fait séparément en faisant un spectre sans enable laser,
257 1 Etienne Pallier
ce qui génère tous ces spectres avec un controlWord =17 dans la liste.
258 11 Etienne Pallier
259 31 Etienne Pallier
h3. Fichier spectre
260 11 Etienne Pallier
261 11 Etienne Pallier
Suite d'intensités pour chaque canal (dans l'ordre 0, 1, 2, 3, ... 6444)
262 11 Etienne Pallier
A représenter sur axe 
263 11 Etienne Pallier
- X : channel number, assimilable à longueur d'onde : 0 à 6444
264 11 Etienne Pallier
- Y : intensité
265 11 Etienne Pallier
266 11 Etienne Pallier
Si fichier DARK, alors intensités (à peu près) constantes (toutes égales) :
267 14 Etienne Pallier
=> donne le bruit de fond de l'instrument, puisque on a zero lumière
268 1 Etienne Pallier
269 32 Etienne Pallier
h3. Stratégie de développement
270 13 Etienne Pallier
271 11 Etienne Pallier
Prendre le last stack only
272 11 Etienne Pallier
273 11 Etienne Pallier
Lire fichier *_spect.TXT et *_SOH.TXT associé (celui qui est juste avant, < 5mn avant)
274 11 Etienne Pallier
275 11 Etienne Pallier
1 fich/jour
276 11 Etienne Pallier
277 11 Etienne Pallier
Methods to write :
278 11 Etienne Pallier
279 11 Etienne Pallier
findSOH(liste des *SOH.TXT du jour, spect.TXT)
280 16 Etienne Pallier
=> convertit les noms SOH en timestamps, trouve le SOH qui est juste avant le spect.TXT (< 5mn avant)
281 11 Etienne Pallier
282 11 Etienne Pallier
findDARK(liste des *spect.TXT (dark), le spect.TXT pour lequel on veut le dark)
283 16 Etienne Pallier
=> retourne le fichier dark qui est juste après (<5mn) (mais, peut être before...)
284 16 Etienne Pallier
=> regarde un peu autour (avant et après)
285 11 Etienne Pallier
286 11 Etienne Pallier
findAutofocus(...)
287 16 Etienne Pallier
=> *_afocus.TXT (juste prendre son nom, pas son contenu), qui est AVANT
288 11 Etienne Pallier
289 15 Etienne Pallier
h3. EXEMPLE DE FICHIER RESULTAT (LOG) A OBTENIR (1 par jour)
290 11 Etienne Pallier
291 11 Etienne Pallier
data_Feb25_2014_5 
292 11 Etienne Pallier
firstfile = Feb25_161115_2014_spect.TXT
293 11 Etienne Pallier
lastfile = Feb25_162059_2014_spect.TXT
294 1 Etienne Pallier
295 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, 
296 1 Etienne Pallier
297 11 Etienne Pallier
// from *_SOH.TXT file :
298 15 Etienne Pallier
nbStacks					// Nb de stacks (indiqué par le nb occurences de "mast SOH" qui indique le début d'un nouveau stack) - Prendre seulement les HK du LAST stack
299 1 Etienne Pallier
temp_laser_min(degC), temp_laser_max(degC),	// prendre min et max des 4 HK_Temp_Laser_1-4
300 15 Etienne Pallier
temp_spect(C), 					// Spectrometer_Temp
301 15 Etienne Pallier
pm(cnts), 					// Motor_Position
302 11 Etienne Pallier
303 11 Etienne Pallier
// from *_spect.TXT file :
304 15 Etienne Pallier
dist(mm),					// distance to target distToTarget
305 15 Etienne Pallier
nshots, 					// (Nshots) ajouter ici "nshots_real" car le laser fait parfois plus de shots que prévu (erreur) (lire 1ère ligne pour savoir le nb de col)
306 15 Etienne Pallier
controlWord, 					// 25 = tir avec laser,  17 = tir sans laser (DARK)
307 15 Etienne Pallier
data_mean,					// moyenne des data \ nbshots reels (= intensité moyenne ?) (à lire from >>>>>Begin Processed Spectral Data<<<<<)
308 15 Etienne Pallier
dark_file, 					// remplacer par dark_file_before, dark_file_after (file name)
309 15 Etienne Pallier
mean_spect_value - dark				// (= data_mean - ???)
310 11 Etienne Pallier
311 11 Etienne Pallier
312 11 Etienne Pallier
// Liste des fichiers *_spect.TXT associés avec leurs paramètres HK (trouvés dans *_SOH.TXT) :
313 11 Etienne Pallier
314 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, nbStacks, temp_laser_min, temp_laser_max, temp_spect, pm, dist(mm), nshots, controlWord, data_mean, dark_file_before, dark_file_after, mean_spect_value - dark
315 11 Etienne Pallier
316 11 Etienne Pallier
  1 Feb25_161115_2014_spect.TXT 161055 nbStacks 4.25 5.44 30.15 5499 3000 10  25   677.39 161142 dark_file_after 50.28 
317 15 Etienne Pallier
  2 (D)Feb25_161142_2014_spect.TXT 161132 4.29 5.48 30.15 5499 3000 10  17   627.11 -        627.11 
318 11 Etienne Pallier
  3 Feb25_161243_2014_spect.TXT 161210 4.29 5.33 30.15 5444 2951 10  25   649.07 161307    19.72 
319 11 Etienne Pallier
  4 Feb25_161307_2014_spect.TXT 161257 4.25 5.55 30.15 5444 3000 10  17   629.35 -        629.35 
320 11 Etienne Pallier
  5 Feb25_161339_2014_spect.TXT 161329 4.25 5.59 30.15 5454 2959 10  25   674.78 161404    43.76 
321 1 Etienne Pallier
  6 Feb25_161404_2014_spect.TXT 161353 4.29 5.52 30.15 5454 3000 10  17   631.02 -        631.02 
322 1 Etienne Pallier
  7 Feb25_161435_2014_spect.TXT 161425 4.21 5.55 30.15 5463 2967 10  25   693.77 161500    60.76 
323 11 Etienne Pallier
  8 Feb25_161500_2014_spect.TXT 161450 4.33 5.59 30.15 5463 3000 10  17   633.01 -        633.01 
324 11 Etienne Pallier
  9 Feb25_161532_2014_spect.TXT 161521 4.29 5.59 30.15 5473 2975 10  25   703.08 161556    68.71 
325 11 Etienne Pallier
 10 Feb25_161556_2014_spect.TXT 161546 4.36 5.52 30.15 5473 3000 10  17   634.36 -        634.36 
326 11 Etienne Pallier
 11 Feb25_161646_2014_spect.TXT 161636 4.33 5.63 30.15 5482 2983 10  25   702.22 161711    67.98 
327 11 Etienne Pallier
 12 Feb25_161711_2014_spect.TXT 161701 4.33 5.59 30.15 5482 3000 10  17   634.24 -        634.24 
328 11 Etienne Pallier
 13 Feb25_161743_2014_spect.TXT 161733 4.36 5.55 30.15 5493 2992 10  25   695.08 161808    58.88 
329 11 Etienne Pallier
 14 Feb25_161808_2014_spect.TXT 161757 4.36 5.55 30.15 5493 3000 10  17   636.20 -        636.20 
330 11 Etienne Pallier
 15 Feb25_161840_2014_spect.TXT 161829 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  25   683.94 161905    46.74 
331 11 Etienne Pallier
 16 Feb25_161905_2014_spect.TXT 161854 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  17   637.20 -        637.20 
332 11 Etienne Pallier
 17 Feb25_161937_2014_spect.TXT 161926 4.40 5.59 30.15 5513 3009 10  25   675.67 162002    37.24 
333 11 Etienne Pallier
 18 Feb25_162002_2014_spect.TXT 161951 4.44 5.59 30.15 5513 3000 10  17   638.43 -        638.43 
334 11 Etienne Pallier
 19 Feb25_162034_2014_spect.TXT 162023 4.36 5.63 30.15 5522 3017 10  25   663.56 162059    24.10 
335 15 Etienne Pallier
 20 (D) Feb25_162059_2014_spect.TXT 162048 4.40 5.63 30.15 5522 3000 10  17   639.46 -        639.46
336 15 Etienne Pallier
337 46 Etienne Pallier
h3. CAS EXCEPTIONNELS à traiter (Exceptions)
338 43 Etienne Pallier
339 43 Etienne Pallier
 * NoDataFileFoundException : pas de fichier (ni Spectre ni SOH) dans le dossier DATA/
340 43 Etienne Pallier
341 43 Etienne Pallier
 * MalformedFileException : fichier (Spectre ou SOH) avec format incorrect
342 43 Etienne Pallier
343 43 Etienne Pallier
 * UnknownCaseException : Cas inconnu ; par exemple, controlWord ni 17 (DARK) ni 25 (PAS DARK) !!!
344 43 Etienne Pallier
345 47 Etienne Pallier
 * noSOHFileFoundForSpectraFileException : pas de fichier SOH (HK) trouvé pour un fichier Spectra (data)
346 47 Etienne Pallier
347 136 Etienne Pallier
---
348 136 Etienne Pallier
349 83 Etienne Pallier
h2. RECUPERATION DU PROJET
350 91 Etienne Pallier
351 83 Etienne Pallier
352 83 Etienne Pallier
*a) Directement, depuis svn*
353 83 Etienne Pallier
354 83 Etienne Pallier
svn co https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
355 83 Etienne Pallier
356 83 Etienne Pallier
Si on ne veut pas rester synchronisé avec le repository (juste une copie du projet au temps t, sans les fichiers de versionning .svn) : 
357 1 Etienne Pallier
358 90 Etienne Pallier
svn export https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
359 90 Etienne Pallier
360 91 Etienne Pallier
361 58 Etienne Pallier
362 1 Etienne Pallier
*b) Par téléchargement (100 Mo à cause des données)*
363 1 Etienne Pallier
364 1 Etienne Pallier
https://projects.irap.omp.eu/attachments/download/1237/c-spec-hk_1.1.tgz
365 86 Etienne Pallier
366 137 Etienne Pallier
---
367 137 Etienne Pallier
368 95 Etienne Pallier
h2. EXECUTION
369 92 Etienne Pallier
370 92 Etienne Pallier
h3. 1) PRÉREQUIS : Python 2.7
371 92 Etienne Pallier
372 92 Etienne Pallier
h4. Sur Mac (Machine de développement)
373 92 Etienne Pallier
374 92 Etienne Pallier
Avec Macport, pour que la version 2.7 soit bien la version par défaut quand on tape "python" :
375 92 Etienne Pallier
376 92 Etienne Pallier
sudo port select --set python python27
377 92 Etienne Pallier
378 92 Etienne Pallier
$ which python
379 92 Etienne Pallier
/opt/local/bin/python
380 92 Etienne Pallier
381 92 Etienne Pallier
$ python --version
382 92 Etienne Pallier
Python 2.7.9
383 92 Etienne Pallier
384 92 Etienne Pallier
Mettre à jour MacPort :
385 92 Etienne Pallier
sudo port -v selfupdate
386 92 Etienne Pallier
sudo port upgrade outdated
387 92 Etienne Pallier
388 92 Etienne Pallier
389 92 Etienne Pallier
h4. Sur CentOS 6.5 (serveur de production)
390 92 Etienne Pallier
391 92 Etienne Pallier
(fait le 19/3/15 sur le pc-EGSE Chemcam ; cf fiche wiki du pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour)
392 92 Etienne Pallier
393 92 Etienne Pallier
Par défaut, Cent0S 6.5 propose Python 2.6
394 92 Etienne Pallier
395 94 Etienne Pallier
(Voir l'installation de Python 2.7 faite sur le pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Installation_de_Python_2_7)
396 86 Etienne Pallier
397 89 Etienne Pallier
h3. 2) EXECUTING TESTS
398 89 Etienne Pallier
399 86 Etienne Pallier
h4. Depuis Eclipse
400 86 Etienne Pallier
401 86 Etienne Pallier
Ouvrir la console adaptée : Window / Show View / PyUnit
402 86 Etienne Pallier
clic-droit sur test/c_spec_hk_TEST.py
403 86 Etienne Pallier
Run As / Python unit-test
404 89 Etienne Pallier
405 86 Etienne Pallier
406 89 Etienne Pallier
h4. En mode ligne de commande
407 86 Etienne Pallier
408 72 Etienne Pallier
h5. TESTS faits avec Python 2.7
409 72 Etienne Pallier
410 1 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
411 72 Etienne Pallier
412 73 Etienne Pallier
cd test/
413 1 Etienne Pallier
414 72 Etienne Pallier
$ py27 premiertest.py
415 1 Etienne Pallier
<pre>
416 72 Etienne Pallier
...
417 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
418 1 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
419 72 Etienne Pallier
420 72 Etienne Pallier
OK
421 73 Etienne Pallier
</pre>
422 72 Etienne Pallier
423 72 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk_TEST.py
424 72 Etienne Pallier
425 72 Etienne Pallier
<pre>
426 72 Etienne Pallier
...
427 1 Etienne Pallier
======================================================================
428 62 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
429 1 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 5.833s
430 1 Etienne Pallier
431 72 Etienne Pallier
OK
432 72 Etienne Pallier
</pre>
433 1 Etienne Pallier
434 62 Etienne Pallier
435 72 Etienne Pallier
436 72 Etienne Pallier
437 70 Etienne Pallier
*2) Tests de Performance (Benchmark)*
438 70 Etienne Pallier
439 62 Etienne Pallier
Depuis la racine du projet :
440 62 Etienne Pallier
441 62 Etienne Pallier
<pre>
442 62 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk.py -t
443 62 Etienne Pallier
...Executing main program...
444 62 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
445 62 Etienne Pallier
446 62 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
447 62 Etienne Pallier
448 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
449 62 Etienne Pallier
0.000790863037109
450 62 Etienne Pallier
451 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
452 62 Etienne Pallier
0.000117941689491
453 62 Etienne Pallier
454 62 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
455 62 Etienne Pallier
0.0429699897766
456 62 Etienne Pallier
457 62 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
458 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
459 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
460 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
461 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
462 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
463 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
464 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
465 62 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
466 62 Etienne Pallier
total 56
467 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20110223
468 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2011_0223_logs.csv
469 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20130223
470 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2013_0223_logs.csv
471 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140123
472 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0123_logs.csv
473 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140223
474 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0223_logs.csv
475 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140225
476 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  16:39 2014_0225_logs.csv
477 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140226
478 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  16:39 2014_0226_logs.csv
479 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20150223
480 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2015_0223_logs.csv
481 62 Etienne Pallier
482 62 Etienne Pallier
1.91459012032
483 1 Etienne Pallier
Average time per day : 0.273513
484 1 Etienne Pallier
485 1 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
486 62 Etienne Pallier
487 1 Etienne Pallier
</pre>
488 86 Etienne Pallier
489 89 Etienne Pallier
490 86 Etienne Pallier
491 72 Etienne Pallier
h5. TESTS faits avec Python 2.6
492 1 Etienne Pallier
493 72 Etienne Pallier
C'est encore possible de faire tourner le logiciel en Python 2.6 dans la version 1.1.x, mais ça ne sera plus garanti dans l'avenir (à partir de la version 1.2.x)
494 1 Etienne Pallier
495 72 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
496 1 Etienne Pallier
497 72 Etienne Pallier
cd test/
498 72 Etienne Pallier
499 72 Etienne Pallier
$ python premiertest.py
500 72 Etienne Pallier
<pre>
501 72 Etienne Pallier
...
502 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
503 72 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
504 72 Etienne Pallier
505 72 Etienne Pallier
OK
506 72 Etienne Pallier
</pre>
507 72 Etienne Pallier
508 72 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk_TEST.py
509 72 Etienne Pallier
510 72 Etienne Pallier
<pre>
511 72 Etienne Pallier
...
512 72 Etienne Pallier
======================================================================
513 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
514 72 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 6.742s
515 72 Etienne Pallier
516 72 Etienne Pallier
OK
517 72 Etienne Pallier
</pre>
518 72 Etienne Pallier
519 72 Etienne Pallier
---
520 72 Etienne Pallier
521 72 Etienne Pallier
522 72 Etienne Pallier
*2) Tests de Performance (Benchmark)*
523 72 Etienne Pallier
524 58 Etienne Pallier
Depuis la racine du projet 
525 58 Etienne Pallier
526 58 Etienne Pallier
$ ./c_spec_hk.py -t
527 58 Etienne Pallier
<pre>
528 58 Etienne Pallier
...Executing main program...
529 58 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
530 58 Etienne Pallier
531 58 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
532 58 Etienne Pallier
533 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
534 58 Etienne Pallier
0.00105306601524
535 58 Etienne Pallier
536 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
537 58 Etienne Pallier
0.000152537894249
538 58 Etienne Pallier
539 58 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
540 58 Etienne Pallier
0.0518409013748
541 58 Etienne Pallier
542 58 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
543 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
544 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
545 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
546 1 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
547 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
548 59 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
549 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
550 58 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
551 58 Etienne Pallier
total 56
552 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20110223
553 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2011_0223_logs.csv
554 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20130223
555 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2013_0223_logs.csv
556 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140123
557 1 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0123_logs.csv
558 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140223
559 80 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0223_logs.csv
560 21 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140225
561 25 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  14:01 2014_0225_logs.csv
562 1 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140226
563 22 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  14:01 2014_0226_logs.csv
564 22 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20150223
565 21 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2015_0223_logs.csv
566 21 Etienne Pallier
567 77 Etienne Pallier
2.33647012711
568 21 Etienne Pallier
Average time per day : 0.333781
569 21 Etienne Pallier
570 1 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
571 96 Etienne Pallier
</pre>
572 21 Etienne Pallier
573 97 Etienne Pallier
h3. 3) EXECUTING MAIN SCRIPT 
574 1 Etienne Pallier
575 88 Etienne Pallier
h4. Depuis Eclipse
576 88 Etienne Pallier
577 21 Etienne Pallier
clic-droit sur c_spec_hk.py
578 97 Etienne Pallier
Run As / Python Run
579 21 Etienne Pallier
580 21 Etienne Pallier
h4. In Command line mode
581 1 Etienne Pallier
582 80 Etienne Pallier
	a) Pour voir l'aide :
583 81 Etienne Pallier
584 80 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk.py -h
585 1 Etienne Pallier
586 80 Etienne Pallier
...Executing main program...
587 1 Etienne Pallier
588 81 Etienne Pallier
Usage:
589 1 Etienne Pallier
590 81 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py [-i <inputDataDir>] [-o <outputLogDir>]
591 1 Etienne Pallier
OR
592 81 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py [--inputDir=<inputDataDir>] [--outputDir=<outputLogDir>]
593 1 Etienne Pallier
594 80 Etienne Pallier
Ex: python27 c_spec_hk.py-i './DATA' -o './LOGS'
595 80 Etienne Pallier
596 80 Etienne Pallier
All options available are (none is mandatory) :
597 80 Etienne Pallier
-d : activate DEBUG mode
598 80 Etienne Pallier
-h : print this HELP message
599 80 Etienne Pallier
-n : do NOT create sub-directories (like YYYYMMDD) for each day
600 80 Etienne Pallier
-t : test execution TIME of several methods
601 1 Etienne Pallier
-v : print current VERSION number
602 21 Etienne Pallier
-i <inputDataDir> or --input=<inputDataDir> : set INPUT directory from where DATA files are READ (default is "DATA")
603 1 Etienne Pallier
-o <outputDataDir> or --output=<outputLogDir> : set OUTPUT directory where LOG files are WRITTEN to (default is "LOGS")
604 81 Etienne Pallier
605 80 Etienne Pallier
606 23 Etienne Pallier
607 81 Etienne Pallier
	b) Speed testing (benchmark)
608 21 Etienne Pallier
609 21 Etienne Pallier
cf https://projects.irap.omp.eu/projects/cspechkanalyser/wiki/Wiki#TESTS-faits-avec-Python-27 (section "Tests de performance")
610 21 Etienne Pallier
611 21 Etienne Pallier
612 82 Etienne Pallier
	c) Pour faire un test avec les données d'échantillon fournies :
613 1 Etienne Pallier
614 82 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py -i test/DATASET/UC0_NOMINAL/DATA -o /tmp/LOGS
615 82 Etienne Pallier
616 21 Etienne Pallier
(il faudra d'abord créer le dossier LOGS/ dans /tmp)
617 21 Etienne Pallier
618 82 Etienne Pallier
Exemple d'affichage attendu :
619 21 Etienne Pallier
620 82 Etienne Pallier
...Executing main program...
621 82 Etienne Pallier
622 21 Etienne Pallier
inputDataDir is "test/DATASET/UC0_NOMINAL/DATA"
623 82 Etienne Pallier
ouputLogDir is "/tmp/LOGS"
624 82 Etienne Pallier
625 21 Etienne Pallier
The DATA DIR (input) contains 126 files (total)
626 82 Etienne Pallier
The DATA DIR (input) contains 26 SPECTRA text files
627 82 Etienne Pallier
628 21 Etienne Pallier
Log files created in /tmp/LOGS/ :
629 21 Etienne Pallier
['20110223', '20130223', '20140123', '20140223', '20140225', '20140226', '20150223']
630 36 Etienne Pallier
631 54 Etienne Pallier
632 36 Etienne Pallier
---
633 52 Etienne Pallier
634 50 Etienne Pallier
h2. DAILY WORKFLOW
635 52 Etienne Pallier
636 1 Etienne Pallier
h3. 1) Voici la structure de fichiers réalisée sur le pc-EGSE :
637 52 Etienne Pallier
638 52 Etienne Pallier
Les nouveaux fichiers de données produits lors des tirs de Chemcam sont automatiquement placés dans /home/vx/data/ (au fur et à mesure des tirs)
639 1 Etienne Pallier
640 1 Etienne Pallier
Ils sont ensuite déplacés dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ lorsqu'ils ont été traités
641 52 Etienne Pallier
642 37 Etienne Pallier
Les fichiers de LOG (relation spectre => HK) créés sont placés directment dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
643 53 Etienne Pallier
644 50 Etienne Pallier
<pre>
645 50 Etienne Pallier
646 50 Etienne Pallier
- /home/vx/data/ : données d'origine restant à traiter (spectres et HK), provenant directement de la manip
647 50 Etienne Pallier
648 36 Etienne Pallier
- /home/vx/EQM_DATA/ : données traitées (spectres, HK, et fichiers logs produits)
649 36 Etienne Pallier
    - AAAAMMJJ/ : un dossier par jour
650 142 Etienne Pallier
        - le fichier log produit (CSV)
651 40 Etienne Pallier
        - DATA/ : les données d'origine (spectres et HK)
652 48 Etienne Pallier
653 1 Etienne Pallier
</pre>
654 51 Etienne Pallier
655 48 Etienne Pallier
h3. 2) WORKFLOW
656 57 Etienne Pallier
657 55 Etienne Pallier
Ce workflow devrait normalement fonctionner dans tous les cas de figure (démarrage n'importe quand, en début de journée ou en cours de journée, ou même reprise après un crash brutal...)
658 1 Etienne Pallier
659 39 Etienne Pallier
Démarrage automatique du workflow à partir du Démarrage du pc-EGSE
660 57 Etienne Pallier
661 1 Etienne Pallier
1) Faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents dans le dossier /home/vx/data/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
662 57 Etienne Pallier
Les fichiers LOGS produits sont placés automatiquement dans le dossier correspondant à leur jour /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
663 57 Etienne Pallier
(AAAA année en 4 chiffres, MM mois en deux chiffres et JJ jour du mois en deux chiffres)
664 57 Etienne Pallier
665 57 Etienne Pallier
2) Déplacer TOUS les fichiers de /home/vx/data/ dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
666 57 Etienne Pallier
667 48 Etienne Pallier
3) (Every 5 seconds) : pour les fichiers du jour J
668 1 Etienne Pallier
S'il existe au moins un fichier dans /home/vx/data/, faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents 
669 51 Etienne Pallier
LE FICHIER LOG produit (un seul pour le jour J) est placé automatiquement dans le dossier correspondant à son jour (J) /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
670 1 Etienne Pallier
Attention : on ne déplace pas les fichiers dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ ; cela sera fait au prochain démarrage du workflow) ; cela permet d'avoir un fichier LOG qui se complète au fur et à mesure de la journée
671 1 Etienne Pallier
Il faudrait quand meme les COPIER (cp) (mais pas les DEPLACER (mv))
672 1 Etienne Pallier
OPTIMISATION : Exécution SSI le nb de fichiers du repertoire DATA/ a changé (tenir à jour un fichier contenant le nb de files)
673 1 Etienne Pallier
674 1 Etienne Pallier
Fin du workflow à l'extinction du pc-EGSE