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Version 156 (Etienne Pallier, 05/29/2015 10:20 am)

1 1 Etienne Pallier
h1. Wiki
2 1 Etienne Pallier
3 8 Etienne Pallier
{{toc}}
4 3 Etienne Pallier
5 105 Etienne Pallier
6 35 Etienne Pallier
---
7 35 Etienne Pallier
8 1 Etienne Pallier
9 124 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}UTILISATION EFFECTIVE EN SALLE BLANCHE%
10 124 Etienne Pallier
11 124 Etienne Pallier
12 106 Etienne Pallier
http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Utilisation_du_logiciel_C_SPEC_H
13 105 Etienne Pallier
14 105 Etienne Pallier
15 105 Etienne Pallier
---
16 123 Etienne Pallier
17 123 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}DEPOT SVN%
18 123 Etienne Pallier
19 35 Etienne Pallier
20 35 Etienne Pallier
(cliquer sur l'onglet Dépôt)
21 35 Etienne Pallier
22 35 Etienne Pallier
 * URL du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk/
23 35 Etienne Pallier
24 35 Etienne Pallier
 * Administration du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu
25 35 Etienne Pallier
26 35 Etienne Pallier
 * Administrateur : Etienne Pallier
27 35 Etienne Pallier
28 35 Etienne Pallier
 * Groupes :
29 76 Etienne Pallier
30 35 Etienne Pallier
   * grp-admin-chemcam : Admin du dépot CHEMCAM (RW sur racine).
31 35 Etienne Pallier
   * grp-chemcam : Les développeurs de CHEMCAM (RW sur branches).
32 35 Etienne Pallier
   * On peut également créer un groupe grp-readonly-chemcam (et mettre les droits en read-only sur tout le projet)
33 35 Etienne Pallier
34 35 Etienne Pallier
 * Ajout d'utilisateurs 
35 35 Etienne Pallier
36 11 Etienne Pallier
  * On peut ajouter des utilisateurs extérieurs via l'interface web, puis les ajouter dans les groupes (en tant que "Utilisateurs affectés").
37 42 Etienne Pallier
  * Dans le cas des utilisateurs IRAP, il faut qu'ils se connectent une première fois sur https://usvn-idems.irap.omp.eu avec leur login/mdp IRAP avant de pouvoir être affectés dans les groupes du repository.
38 41 Etienne Pallier
39 104 Etienne Pallier
 * Dashboard : le dashboard du projet est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu (=interface de gestion des utilisateurs, groupes et droits d'accès sur le repo, et également navigateur/explorateur du repo)
40 104 Etienne Pallier
41 104 Etienne Pallier
 * Accès : Le repo SVN est accessible depuis partout dans le monde (svn-over-https only), la racine du repo est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/chemcam/
42 104 Etienne Pallier
43 104 Etienne Pallier
 * TODO: passer sur SourceSup : https://sourcesup.renater.fr, https://sourcesup.cru.fr/
44 104 Etienne Pallier
45 104 Etienne Pallier
46 104 Etienne Pallier
47 104 Etienne Pallier
48 121 Etienne Pallier
49 11 Etienne Pallier
50 120 Etienne Pallier
---
51 120 Etienne Pallier
52 122 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}COLLABORATION DE CET OUTIL AVEC C-GDL%
53 122 Etienne Pallier
54 134 Etienne Pallier
Suite aux réunions du 29/4/15 et du 22/5/15 avec OG, WR, AC, PM, et EP,
55 152 Etienne Pallier
un nouveau besoin a été exprimé qui pourrait être résolu en faisant collaborer 2 outils existants (C-SPEC-HK et [[cgdl:|C-GDL]]),
56 134 Etienne Pallier
et en leur apportant quelques adaptations.
57 134 Etienne Pallier
58 141 Etienne Pallier
*Actions* : 
59 150 Etienne Pallier
- OG et AC : réfléchir à une simplification éventuelle de l'outil CGDL (en un seul formulaire au lieu de plusieurs onglets)
60 141 Etienne Pallier
- EP : proposer une solution technique répondant au besoin
61 141 Etienne Pallier
62 141 Etienne Pallier
63 1 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}BESOIN%
64 1 Etienne Pallier
65 131 Etienne Pallier
Créer un *contexte* (ensemble d'informations de description) pour décrire chaque *observation* (série de tirs ChemCam) effectuée en salle blanche.
66 131 Etienne Pallier
A ce contexte, seront automatiquement associés tous les fichiers (spectres, HK, ...) générés à l'occasion des tirs ChemCam.
67 1 Etienne Pallier
Un nouveau contexte devra être créé à chaque fois qu'on change de roche, de distance de tir, ou bien de type d'atmosphère...
68 1 Etienne Pallier
69 129 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}SOLUTION TECHNIQUE%
70 129 Etienne Pallier
71 130 Etienne Pallier
Pour répondre à ce besoin, plutôt que de re-développer un nouvel outil, on doit pouvoir faire collaborer efficacement deux outils existants que sont C-GDL et C-SPEC-HK,
72 130 Etienne Pallier
et qui devront en outre subir quelques adaptations plus ou moins importantes.
73 126 Etienne Pallier
*C-GDL* est une IHM Java qui permet de créer manuellement un contexte 
74 126 Etienne Pallier
*C-SPEC-HK* est un script Python qui s'exécute en permanence en arrière-plan, et qui associe automatiquement les fichiers HK (SOH) aux fichiers spectres et crée un fichier LOG quotidien décrivant ces associations (pour la journée), au fur et à mesure des tirs ChemCam
75 126 Etienne Pallier
Il faut donc faire collaborer ces 2 outils pour qu'un contexte C-GDL soit automatiquement associé aux fichiers générés par les tirs ChemCam et qui sont regroupés par C-SPEC-HK (y-compris le fichier de LOG généré par C-SPEC-HK).
76 126 Etienne Pallier
77 145 Etienne Pallier
Voici une proposition de collaboration entre ces 2 outils :
78 145 Etienne Pallier
79 144 Etienne Pallier
{{thumbnail(Collaboration C-SPEC-HK et C-GDL.jpg, size=300, title=Dashboard_Controller)}}
80 143 Etienne Pallier
81 156 Etienne Pallier
attachment:"Collaboration C-SPEC-HK et C-GDL.odg"
82 153 Etienne Pallier
83 156 Etienne Pallier
document:"Collaboration C-SPEC-HK et C-GDL.odg"
84 154 Etienne Pallier
85 133 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}Adaptations nécessaires sur les 2 logiciels%
86 133 Etienne Pallier
87 149 Etienne Pallier
*Adaptations de C-GDL* : voir [[cgdl:wiki#Collaboration-avec-loutil-C-SPEC-HK|C-GDL]]
88 133 Etienne Pallier
89 139 Etienne Pallier
*Adaptations de C-SPEC-HK* : 
90 138 Etienne Pallier
91 138 Etienne Pallier
NOUVELLES NOTES A TRIER
92 138 Etienne Pallier
93 138 Etienne Pallier
Transférer tous les types de fichiers (TXT, RAW…)
94 138 Etienne Pallier
95 138 Etienne Pallier
Fichier SOH le plus près AVANT le transmit (génère le spectre)
96 138 Etienne Pallier
97 138 Etienne Pallier
(ce fichier SOH a été fait après le tir, et avant le transmit)
98 138 Etienne Pallier
99 138 Etienne Pallier
Changer label Distance : dist(mm) => dist SEED (mm)
100 138 Etienne Pallier
101 138 Etienne Pallier
Tableau utile pour la partie processing, sorte de masterlist
102 138 Etienne Pallier
103 138 Etienne Pallier
Convertir la colonne pm en distance réelle : (donner formule) « dist real (mm)»
104 138 Etienne Pallier
105 138 Etienne Pallier
******************
106 138 Etienne Pallier
107 138 Etienne Pallier
Anciennes notes à trier :
108 138 Etienne Pallier
109 138 Etienne Pallier
*Objectif final* : Faire collaborer les 3 outils C-Spec-HK, C-GDL, et la prise de photos par la webcam du pc portable de la salle blanche
110 138 Etienne Pallier
111 138 Etienne Pallier
C-Spec-HK est déjà installé sur le pc-EGSE. Il faudra y ajouter C-GDL.
112 138 Etienne Pallier
Dans l'idéal, la communication avec la webcam nécessitera de mettre les 2 pc (PC-EGSE et le portable webcam) en réseau (soit sur le réseau global IRAP, soit sur un réseau privé salle blanche avec un hub ou switch ; sachant que pc-EGSE est déjà en réseau privé avec le BU-EGSE, il faudrait donc mettre ces 3 éléments sur un même réseau).
113 138 Etienne Pallier
En attendant, on pourrait se contenter d'un "mode dégradé", qui consisterait à copier manuellement (via clé ou disque usb) les photos de la webcam sur le pc-EGSE
114 138 Etienne Pallier
115 138 Etienne Pallier
Fichier LOG : Produire un CSV + un fichier HTML (ou fichier texte séparé par tabulations) pour qu'il soit lisible sans devoir passer par Open Office
116 138 Etienne Pallier
117 138 Etienne Pallier
DARK BEFORE/AFTER : priorité au DARK AFTER
118 138 Etienne Pallier
Le DARK BEFORE est très rare, il existerait seulement si il y a 2 DARK à la suite (le 2ème serait le DARK BEFORE du SPECTRE LIBS qui arrive ensuite)
119 138 Etienne Pallier
=> pour simplifier, on peut le supprimer (donc supprimer 2 colonnes dans le fichier LOG)
120 138 Etienne Pallier
121 138 Etienne Pallier
Passer le délai de la boucle du traitement quotidien à 2 secondes (au lieu de 60 actuellement)
122 138 Etienne Pallier
123 138 Etienne Pallier
Les 2 fichiers "LOG général" et "LOG du jour" doivent s’afficher automatiquement au démarrage
124 138 Etienne Pallier
125 138 Etienne Pallier
Le LOG général affiche l'état en cours d'exécution du script, pour savoir où on en est :
126 138 Etienne Pallier
- a) traitement global des fichiers, avec affichage des dossiers jours créés
127 138 Etienne Pallier
Ne pas afficher le contenu de /home/vx/EQM_DATA/
128 138 Etienne Pallier
(log files « created » in …)
129 138 Etienne Pallier
car ces dossiers ont été créés antérieurement
130 138 Etienne Pallier
N’afficher le contenu QUE du dossier qui vient d’être créé
131 138 Etienne Pallier
- b) traitement quotidien des fichiers du jour, avec affichage de : 
132 138 Etienne Pallier
  - numéro d'itération
133 138 Etienne Pallier
  - fichiers SPECTRE et SOH traités (+ leur nombre)
134 138 Etienne Pallier
135 138 Etienne Pallier
Le LOG quotidien affiche le contenu du fichier LOG du jour (qui se remplit au fur et à mesure)
136 138 Etienne Pallier
137 138 Etienne Pallier
Mettre les 4 champs de température laser
138 138 Etienne Pallier
139 138 Etienne Pallier
Formule pour distance à partir de pm (quelqu'un doit me la donner)
140 138 Etienne Pallier
(supprimer dist(mm))
141 138 Etienne Pallier
142 138 Etienne Pallier
Supprimer nshots
143 138 Etienne Pallier
144 138 Etienne Pallier
Créer un dossier avec pour nom datedujour+contexte-name/
145 138 Etienne Pallier
Si pas de contexte avec la date du jour (au démarrage), créer un dossier datedujour+NO-CONTEXT/
146 138 Etienne Pallier
Quand le contexte change (un nouveau fichier contexte a été créé via C-GDL), alors un nouveau dossier est créé
147 138 Etienne Pallier
*Problème : que va-t-il se passer si le contexte est créé A POSTERIORI, après avoir fait tous les tirs ???*
148 138 Etienne Pallier
149 138 Etienne Pallier
(Technique interne : Ne laisser que c-spec-hk-workflow à la racine du projet, le reste doit être dans un sous-dossier (contiendra c-spec-hk + tests))
150 138 Etienne Pallier
151 138 Etienne Pallier
152 138 Etienne Pallier
153 138 Etienne Pallier
154 138 Etienne Pallier
155 138 Etienne Pallier
156 138 Etienne Pallier
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158 138 Etienne Pallier
159 138 Etienne Pallier
160 138 Etienne Pallier
161 138 Etienne Pallier
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164 138 Etienne Pallier
165 138 Etienne Pallier
166 138 Etienne Pallier
167 138 Etienne Pallier
168 138 Etienne Pallier
169 138 Etienne Pallier
170 138 Etienne Pallier
171 138 Etienne Pallier
172 138 Etienne Pallier
173 138 Etienne Pallier
174 138 Etienne Pallier
175 138 Etienne Pallier
176 138 Etienne Pallier
177 138 Etienne Pallier
178 138 Etienne Pallier
179 138 Etienne Pallier
---
180 126 Etienne Pallier
181 120 Etienne Pallier
182 120 Etienne Pallier
---
183 128 Etienne Pallier
184 128 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}SPECIFICATIONS%
185 128 Etienne Pallier
186 1 Etienne Pallier
187 11 Etienne Pallier
188 12 Etienne Pallier
h3. Schéma de connexion
189 11 Etienne Pallier
190 11 Etienne Pallier
PcEGSE <==RJ45==> EGSE <==serial==> ChemCam
191 11 Etienne Pallier
192 11 Etienne Pallier
ChemCam (garde tous les spectres en RAM) : serial==> BU (Body Unit) <== MU (Mast Unit)
193 11 Etienne Pallier
- MU : fait les tirs
194 11 Etienne Pallier
- BU : analyse les spectres
195 11 Etienne Pallier
196 11 Etienne Pallier
SOH (Spectra O? HK)
197 11 Etienne Pallier
198 30 Etienne Pallier
h3. Types d’observations
199 30 Etienne Pallier
200 30 Etienne Pallier
(sur la ligne DOLIBS modifier controlWord)
201 11 Etienne Pallier
202 11 Etienne Pallier
Bit # 	Bit Value	Fonction si activé
203 11 Etienne Pallier
-----	---------	------------------
204 11 Etienne Pallier
205 11 Etienne Pallier
0		1	 	Do focus : effectuer une focalisation (voir focusAlgorithm)
206 11 Etienne Pallier
207 11 Etienne Pallier
1		2	 	Pre dark spectra : acquisition d’un spectre dark AVANT les tirs
208 1 Etienne Pallier
209 11 Etienne Pallier
2		4 		Post dark spectra : acquisition d’un spectre dark APRES les tirs
210 11 Etienne Pallier
211 20 Etienne Pallier
*3		8 		Enable laser : effectuer un (des) tir(s) laser (voir Nshots) (sinon, c'est un DARK)*
212 11 Etienne Pallier
213 11 Etienne Pallier
4		16 		Collect spectra : acquisition de spectre pendant les tirs
214 11 Etienne Pallier
215 11 Etienne Pallier
5		32 		BS
216 11 Etienne Pallier
217 11 Etienne Pallier
218 14 Etienne Pallier
=> 25 = 1+8+16 = tir avec laser
219 14 Etienne Pallier
=> 17 = 1+0+16 = tir sans laser (DARK)
220 11 Etienne Pallier
221 11 Etienne Pallier
Bits 0 et 1 pas utilisés !!! :
222 11 Etienne Pallier
Le mode (Bit0 ET Bit1 activés) ne fait pas des darks after et before satisfaisant donc on le fait séparément en faisant un spectre sans enable laser,
223 1 Etienne Pallier
ce qui génère tous ces spectres avec un controlWord =17 dans la liste.
224 11 Etienne Pallier
225 31 Etienne Pallier
h3. Fichier spectre
226 11 Etienne Pallier
227 11 Etienne Pallier
Suite d'intensités pour chaque canal (dans l'ordre 0, 1, 2, 3, ... 6444)
228 11 Etienne Pallier
A représenter sur axe 
229 11 Etienne Pallier
- X : channel number, assimilable à longueur d'onde : 0 à 6444
230 11 Etienne Pallier
- Y : intensité
231 11 Etienne Pallier
232 11 Etienne Pallier
Si fichier DARK, alors intensités (à peu près) constantes (toutes égales) :
233 14 Etienne Pallier
=> donne le bruit de fond de l'instrument, puisque on a zero lumière
234 1 Etienne Pallier
235 32 Etienne Pallier
h3. Stratégie de développement
236 13 Etienne Pallier
237 11 Etienne Pallier
Prendre le last stack only
238 11 Etienne Pallier
239 11 Etienne Pallier
Lire fichier *_spect.TXT et *_SOH.TXT associé (celui qui est juste avant, < 5mn avant)
240 11 Etienne Pallier
241 11 Etienne Pallier
1 fich/jour
242 11 Etienne Pallier
243 11 Etienne Pallier
Methods to write :
244 11 Etienne Pallier
245 11 Etienne Pallier
findSOH(liste des *SOH.TXT du jour, spect.TXT)
246 16 Etienne Pallier
=> convertit les noms SOH en timestamps, trouve le SOH qui est juste avant le spect.TXT (< 5mn avant)
247 11 Etienne Pallier
248 11 Etienne Pallier
findDARK(liste des *spect.TXT (dark), le spect.TXT pour lequel on veut le dark)
249 16 Etienne Pallier
=> retourne le fichier dark qui est juste après (<5mn) (mais, peut être before...)
250 16 Etienne Pallier
=> regarde un peu autour (avant et après)
251 11 Etienne Pallier
252 11 Etienne Pallier
findAutofocus(...)
253 16 Etienne Pallier
=> *_afocus.TXT (juste prendre son nom, pas son contenu), qui est AVANT
254 11 Etienne Pallier
255 15 Etienne Pallier
h3. EXEMPLE DE FICHIER RESULTAT (LOG) A OBTENIR (1 par jour)
256 11 Etienne Pallier
257 11 Etienne Pallier
data_Feb25_2014_5 
258 11 Etienne Pallier
firstfile = Feb25_161115_2014_spect.TXT
259 11 Etienne Pallier
lastfile = Feb25_162059_2014_spect.TXT
260 1 Etienne Pallier
261 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, 
262 1 Etienne Pallier
263 11 Etienne Pallier
// from *_SOH.TXT file :
264 15 Etienne Pallier
nbStacks					// Nb de stacks (indiqué par le nb occurences de "mast SOH" qui indique le début d'un nouveau stack) - Prendre seulement les HK du LAST stack
265 1 Etienne Pallier
temp_laser_min(degC), temp_laser_max(degC),	// prendre min et max des 4 HK_Temp_Laser_1-4
266 15 Etienne Pallier
temp_spect(C), 					// Spectrometer_Temp
267 15 Etienne Pallier
pm(cnts), 					// Motor_Position
268 11 Etienne Pallier
269 11 Etienne Pallier
// from *_spect.TXT file :
270 15 Etienne Pallier
dist(mm),					// distance to target distToTarget
271 15 Etienne Pallier
nshots, 					// (Nshots) ajouter ici "nshots_real" car le laser fait parfois plus de shots que prévu (erreur) (lire 1ère ligne pour savoir le nb de col)
272 15 Etienne Pallier
controlWord, 					// 25 = tir avec laser,  17 = tir sans laser (DARK)
273 15 Etienne Pallier
data_mean,					// moyenne des data \ nbshots reels (= intensité moyenne ?) (à lire from >>>>>Begin Processed Spectral Data<<<<<)
274 15 Etienne Pallier
dark_file, 					// remplacer par dark_file_before, dark_file_after (file name)
275 15 Etienne Pallier
mean_spect_value - dark				// (= data_mean - ???)
276 11 Etienne Pallier
277 11 Etienne Pallier
278 11 Etienne Pallier
// Liste des fichiers *_spect.TXT associés avec leurs paramètres HK (trouvés dans *_SOH.TXT) :
279 11 Etienne Pallier
280 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, nbStacks, temp_laser_min, temp_laser_max, temp_spect, pm, dist(mm), nshots, controlWord, data_mean, dark_file_before, dark_file_after, mean_spect_value - dark
281 11 Etienne Pallier
282 11 Etienne Pallier
  1 Feb25_161115_2014_spect.TXT 161055 nbStacks 4.25 5.44 30.15 5499 3000 10  25   677.39 161142 dark_file_after 50.28 
283 15 Etienne Pallier
  2 (D)Feb25_161142_2014_spect.TXT 161132 4.29 5.48 30.15 5499 3000 10  17   627.11 -        627.11 
284 11 Etienne Pallier
  3 Feb25_161243_2014_spect.TXT 161210 4.29 5.33 30.15 5444 2951 10  25   649.07 161307    19.72 
285 11 Etienne Pallier
  4 Feb25_161307_2014_spect.TXT 161257 4.25 5.55 30.15 5444 3000 10  17   629.35 -        629.35 
286 11 Etienne Pallier
  5 Feb25_161339_2014_spect.TXT 161329 4.25 5.59 30.15 5454 2959 10  25   674.78 161404    43.76 
287 1 Etienne Pallier
  6 Feb25_161404_2014_spect.TXT 161353 4.29 5.52 30.15 5454 3000 10  17   631.02 -        631.02 
288 1 Etienne Pallier
  7 Feb25_161435_2014_spect.TXT 161425 4.21 5.55 30.15 5463 2967 10  25   693.77 161500    60.76 
289 11 Etienne Pallier
  8 Feb25_161500_2014_spect.TXT 161450 4.33 5.59 30.15 5463 3000 10  17   633.01 -        633.01 
290 11 Etienne Pallier
  9 Feb25_161532_2014_spect.TXT 161521 4.29 5.59 30.15 5473 2975 10  25   703.08 161556    68.71 
291 11 Etienne Pallier
 10 Feb25_161556_2014_spect.TXT 161546 4.36 5.52 30.15 5473 3000 10  17   634.36 -        634.36 
292 11 Etienne Pallier
 11 Feb25_161646_2014_spect.TXT 161636 4.33 5.63 30.15 5482 2983 10  25   702.22 161711    67.98 
293 11 Etienne Pallier
 12 Feb25_161711_2014_spect.TXT 161701 4.33 5.59 30.15 5482 3000 10  17   634.24 -        634.24 
294 11 Etienne Pallier
 13 Feb25_161743_2014_spect.TXT 161733 4.36 5.55 30.15 5493 2992 10  25   695.08 161808    58.88 
295 11 Etienne Pallier
 14 Feb25_161808_2014_spect.TXT 161757 4.36 5.55 30.15 5493 3000 10  17   636.20 -        636.20 
296 11 Etienne Pallier
 15 Feb25_161840_2014_spect.TXT 161829 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  25   683.94 161905    46.74 
297 11 Etienne Pallier
 16 Feb25_161905_2014_spect.TXT 161854 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  17   637.20 -        637.20 
298 11 Etienne Pallier
 17 Feb25_161937_2014_spect.TXT 161926 4.40 5.59 30.15 5513 3009 10  25   675.67 162002    37.24 
299 11 Etienne Pallier
 18 Feb25_162002_2014_spect.TXT 161951 4.44 5.59 30.15 5513 3000 10  17   638.43 -        638.43 
300 11 Etienne Pallier
 19 Feb25_162034_2014_spect.TXT 162023 4.36 5.63 30.15 5522 3017 10  25   663.56 162059    24.10 
301 15 Etienne Pallier
 20 (D) Feb25_162059_2014_spect.TXT 162048 4.40 5.63 30.15 5522 3000 10  17   639.46 -        639.46
302 15 Etienne Pallier
303 46 Etienne Pallier
h3. CAS EXCEPTIONNELS à traiter (Exceptions)
304 43 Etienne Pallier
305 43 Etienne Pallier
 * NoDataFileFoundException : pas de fichier (ni Spectre ni SOH) dans le dossier DATA/
306 43 Etienne Pallier
307 43 Etienne Pallier
 * MalformedFileException : fichier (Spectre ou SOH) avec format incorrect
308 43 Etienne Pallier
309 43 Etienne Pallier
 * UnknownCaseException : Cas inconnu ; par exemple, controlWord ni 17 (DARK) ni 25 (PAS DARK) !!!
310 43 Etienne Pallier
311 47 Etienne Pallier
 * noSOHFileFoundForSpectraFileException : pas de fichier SOH (HK) trouvé pour un fichier Spectra (data)
312 47 Etienne Pallier
313 136 Etienne Pallier
---
314 136 Etienne Pallier
315 83 Etienne Pallier
h2. RECUPERATION DU PROJET
316 91 Etienne Pallier
317 83 Etienne Pallier
318 83 Etienne Pallier
*a) Directement, depuis svn*
319 83 Etienne Pallier
320 83 Etienne Pallier
svn co https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
321 83 Etienne Pallier
322 83 Etienne Pallier
Si on ne veut pas rester synchronisé avec le repository (juste une copie du projet au temps t, sans les fichiers de versionning .svn) : 
323 1 Etienne Pallier
324 90 Etienne Pallier
svn export https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
325 90 Etienne Pallier
326 91 Etienne Pallier
327 58 Etienne Pallier
328 1 Etienne Pallier
*b) Par téléchargement (100 Mo à cause des données)*
329 1 Etienne Pallier
330 1 Etienne Pallier
https://projects.irap.omp.eu/attachments/download/1237/c-spec-hk_1.1.tgz
331 86 Etienne Pallier
332 137 Etienne Pallier
---
333 137 Etienne Pallier
334 95 Etienne Pallier
h2. EXECUTION
335 92 Etienne Pallier
336 92 Etienne Pallier
h3. 1) PRÉREQUIS : Python 2.7
337 92 Etienne Pallier
338 92 Etienne Pallier
h4. Sur Mac (Machine de développement)
339 92 Etienne Pallier
340 92 Etienne Pallier
Avec Macport, pour que la version 2.7 soit bien la version par défaut quand on tape "python" :
341 92 Etienne Pallier
342 92 Etienne Pallier
sudo port select --set python python27
343 92 Etienne Pallier
344 92 Etienne Pallier
$ which python
345 92 Etienne Pallier
/opt/local/bin/python
346 92 Etienne Pallier
347 92 Etienne Pallier
$ python --version
348 92 Etienne Pallier
Python 2.7.9
349 92 Etienne Pallier
350 92 Etienne Pallier
Mettre à jour MacPort :
351 92 Etienne Pallier
sudo port -v selfupdate
352 92 Etienne Pallier
sudo port upgrade outdated
353 92 Etienne Pallier
354 92 Etienne Pallier
355 92 Etienne Pallier
h4. Sur CentOS 6.5 (serveur de production)
356 92 Etienne Pallier
357 92 Etienne Pallier
(fait le 19/3/15 sur le pc-EGSE Chemcam ; cf fiche wiki du pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour)
358 92 Etienne Pallier
359 92 Etienne Pallier
Par défaut, Cent0S 6.5 propose Python 2.6
360 92 Etienne Pallier
361 94 Etienne Pallier
(Voir l'installation de Python 2.7 faite sur le pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Installation_de_Python_2_7)
362 86 Etienne Pallier
363 89 Etienne Pallier
h3. 2) EXECUTING TESTS
364 89 Etienne Pallier
365 86 Etienne Pallier
h4. Depuis Eclipse
366 86 Etienne Pallier
367 86 Etienne Pallier
Ouvrir la console adaptée : Window / Show View / PyUnit
368 86 Etienne Pallier
clic-droit sur test/c_spec_hk_TEST.py
369 86 Etienne Pallier
Run As / Python unit-test
370 89 Etienne Pallier
371 86 Etienne Pallier
372 89 Etienne Pallier
h4. En mode ligne de commande
373 86 Etienne Pallier
374 72 Etienne Pallier
h5. TESTS faits avec Python 2.7
375 72 Etienne Pallier
376 1 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
377 72 Etienne Pallier
378 73 Etienne Pallier
cd test/
379 1 Etienne Pallier
380 72 Etienne Pallier
$ py27 premiertest.py
381 1 Etienne Pallier
<pre>
382 72 Etienne Pallier
...
383 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
384 1 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
385 72 Etienne Pallier
386 72 Etienne Pallier
OK
387 73 Etienne Pallier
</pre>
388 72 Etienne Pallier
389 72 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk_TEST.py
390 72 Etienne Pallier
391 72 Etienne Pallier
<pre>
392 72 Etienne Pallier
...
393 1 Etienne Pallier
======================================================================
394 62 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
395 1 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 5.833s
396 1 Etienne Pallier
397 72 Etienne Pallier
OK
398 72 Etienne Pallier
</pre>
399 1 Etienne Pallier
400 62 Etienne Pallier
401 72 Etienne Pallier
402 72 Etienne Pallier
403 70 Etienne Pallier
*2) Tests de Performance (Benchmark)*
404 70 Etienne Pallier
405 62 Etienne Pallier
Depuis la racine du projet :
406 62 Etienne Pallier
407 62 Etienne Pallier
<pre>
408 62 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk.py -t
409 62 Etienne Pallier
...Executing main program...
410 62 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
411 62 Etienne Pallier
412 62 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
413 62 Etienne Pallier
414 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
415 62 Etienne Pallier
0.000790863037109
416 62 Etienne Pallier
417 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
418 62 Etienne Pallier
0.000117941689491
419 62 Etienne Pallier
420 62 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
421 62 Etienne Pallier
0.0429699897766
422 62 Etienne Pallier
423 62 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
424 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
425 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
426 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
427 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
428 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
429 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
430 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
431 62 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
432 62 Etienne Pallier
total 56
433 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20110223
434 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2011_0223_logs.csv
435 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20130223
436 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2013_0223_logs.csv
437 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140123
438 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0123_logs.csv
439 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140223
440 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0223_logs.csv
441 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140225
442 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  16:39 2014_0225_logs.csv
443 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140226
444 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  16:39 2014_0226_logs.csv
445 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20150223
446 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2015_0223_logs.csv
447 62 Etienne Pallier
448 62 Etienne Pallier
1.91459012032
449 1 Etienne Pallier
Average time per day : 0.273513
450 1 Etienne Pallier
451 1 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
452 62 Etienne Pallier
453 1 Etienne Pallier
</pre>
454 86 Etienne Pallier
455 89 Etienne Pallier
456 86 Etienne Pallier
457 72 Etienne Pallier
h5. TESTS faits avec Python 2.6
458 1 Etienne Pallier
459 72 Etienne Pallier
C'est encore possible de faire tourner le logiciel en Python 2.6 dans la version 1.1.x, mais ça ne sera plus garanti dans l'avenir (à partir de la version 1.2.x)
460 1 Etienne Pallier
461 72 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
462 1 Etienne Pallier
463 72 Etienne Pallier
cd test/
464 72 Etienne Pallier
465 72 Etienne Pallier
$ python premiertest.py
466 72 Etienne Pallier
<pre>
467 72 Etienne Pallier
...
468 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
469 72 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
470 72 Etienne Pallier
471 72 Etienne Pallier
OK
472 72 Etienne Pallier
</pre>
473 72 Etienne Pallier
474 72 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk_TEST.py
475 72 Etienne Pallier
476 72 Etienne Pallier
<pre>
477 72 Etienne Pallier
...
478 72 Etienne Pallier
======================================================================
479 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
480 72 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 6.742s
481 72 Etienne Pallier
482 72 Etienne Pallier
OK
483 72 Etienne Pallier
</pre>
484 72 Etienne Pallier
485 72 Etienne Pallier
---
486 72 Etienne Pallier
487 72 Etienne Pallier
488 72 Etienne Pallier
*2) Tests de Performance (Benchmark)*
489 72 Etienne Pallier
490 58 Etienne Pallier
Depuis la racine du projet 
491 58 Etienne Pallier
492 58 Etienne Pallier
$ ./c_spec_hk.py -t
493 58 Etienne Pallier
<pre>
494 58 Etienne Pallier
...Executing main program...
495 58 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
496 58 Etienne Pallier
497 58 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
498 58 Etienne Pallier
499 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
500 58 Etienne Pallier
0.00105306601524
501 58 Etienne Pallier
502 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
503 58 Etienne Pallier
0.000152537894249
504 58 Etienne Pallier
505 58 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
506 58 Etienne Pallier
0.0518409013748
507 58 Etienne Pallier
508 58 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
509 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
510 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
511 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
512 1 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
513 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
514 59 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
515 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
516 58 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
517 58 Etienne Pallier
total 56
518 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20110223
519 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2011_0223_logs.csv
520 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20130223
521 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2013_0223_logs.csv
522 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140123
523 1 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0123_logs.csv
524 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140223
525 80 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0223_logs.csv
526 21 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140225
527 25 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  14:01 2014_0225_logs.csv
528 1 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140226
529 22 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  14:01 2014_0226_logs.csv
530 22 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20150223
531 21 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2015_0223_logs.csv
532 21 Etienne Pallier
533 77 Etienne Pallier
2.33647012711
534 21 Etienne Pallier
Average time per day : 0.333781
535 21 Etienne Pallier
536 1 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
537 96 Etienne Pallier
</pre>
538 21 Etienne Pallier
539 97 Etienne Pallier
h3. 3) EXECUTING MAIN SCRIPT 
540 1 Etienne Pallier
541 88 Etienne Pallier
h4. Depuis Eclipse
542 88 Etienne Pallier
543 21 Etienne Pallier
clic-droit sur c_spec_hk.py
544 97 Etienne Pallier
Run As / Python Run
545 21 Etienne Pallier
546 21 Etienne Pallier
h4. In Command line mode
547 1 Etienne Pallier
548 80 Etienne Pallier
	a) Pour voir l'aide :
549 81 Etienne Pallier
550 80 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk.py -h
551 1 Etienne Pallier
552 80 Etienne Pallier
...Executing main program...
553 1 Etienne Pallier
554 81 Etienne Pallier
Usage:
555 1 Etienne Pallier
556 81 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py [-i <inputDataDir>] [-o <outputLogDir>]
557 1 Etienne Pallier
OR
558 81 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py [--inputDir=<inputDataDir>] [--outputDir=<outputLogDir>]
559 1 Etienne Pallier
560 80 Etienne Pallier
Ex: python27 c_spec_hk.py-i './DATA' -o './LOGS'
561 80 Etienne Pallier
562 80 Etienne Pallier
All options available are (none is mandatory) :
563 80 Etienne Pallier
-d : activate DEBUG mode
564 80 Etienne Pallier
-h : print this HELP message
565 80 Etienne Pallier
-n : do NOT create sub-directories (like YYYYMMDD) for each day
566 80 Etienne Pallier
-t : test execution TIME of several methods
567 1 Etienne Pallier
-v : print current VERSION number
568 21 Etienne Pallier
-i <inputDataDir> or --input=<inputDataDir> : set INPUT directory from where DATA files are READ (default is "DATA")
569 1 Etienne Pallier
-o <outputDataDir> or --output=<outputLogDir> : set OUTPUT directory where LOG files are WRITTEN to (default is "LOGS")
570 81 Etienne Pallier
571 80 Etienne Pallier
572 23 Etienne Pallier
573 81 Etienne Pallier
	b) Speed testing (benchmark)
574 21 Etienne Pallier
575 21 Etienne Pallier
cf https://projects.irap.omp.eu/projects/cspechkanalyser/wiki/Wiki#TESTS-faits-avec-Python-27 (section "Tests de performance")
576 21 Etienne Pallier
577 21 Etienne Pallier
578 82 Etienne Pallier
	c) Pour faire un test avec les données d'échantillon fournies :
579 1 Etienne Pallier
580 82 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py -i test/DATASET/UC0_NOMINAL/DATA -o /tmp/LOGS
581 82 Etienne Pallier
582 21 Etienne Pallier
(il faudra d'abord créer le dossier LOGS/ dans /tmp)
583 21 Etienne Pallier
584 82 Etienne Pallier
Exemple d'affichage attendu :
585 21 Etienne Pallier
586 82 Etienne Pallier
...Executing main program...
587 82 Etienne Pallier
588 21 Etienne Pallier
inputDataDir is "test/DATASET/UC0_NOMINAL/DATA"
589 82 Etienne Pallier
ouputLogDir is "/tmp/LOGS"
590 82 Etienne Pallier
591 21 Etienne Pallier
The DATA DIR (input) contains 126 files (total)
592 82 Etienne Pallier
The DATA DIR (input) contains 26 SPECTRA text files
593 82 Etienne Pallier
594 21 Etienne Pallier
Log files created in /tmp/LOGS/ :
595 21 Etienne Pallier
['20110223', '20130223', '20140123', '20140223', '20140225', '20140226', '20150223']
596 36 Etienne Pallier
597 54 Etienne Pallier
598 36 Etienne Pallier
---
599 52 Etienne Pallier
600 50 Etienne Pallier
h2. DAILY WORKFLOW
601 52 Etienne Pallier
602 1 Etienne Pallier
h3. 1) Voici la structure de fichiers réalisée sur le pc-EGSE :
603 52 Etienne Pallier
604 52 Etienne Pallier
Les nouveaux fichiers de données produits lors des tirs de Chemcam sont automatiquement placés dans /home/vx/data/ (au fur et à mesure des tirs)
605 1 Etienne Pallier
606 1 Etienne Pallier
Ils sont ensuite déplacés dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ lorsqu'ils ont été traités
607 52 Etienne Pallier
608 37 Etienne Pallier
Les fichiers de LOG (relation spectre => HK) créés sont placés directment dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
609 53 Etienne Pallier
610 50 Etienne Pallier
<pre>
611 50 Etienne Pallier
612 50 Etienne Pallier
- /home/vx/data/ : données d'origine restant à traiter (spectres et HK), provenant directement de la manip
613 50 Etienne Pallier
614 36 Etienne Pallier
- /home/vx/EQM_DATA/ : données traitées (spectres, HK, et fichiers logs produits)
615 36 Etienne Pallier
    - AAAAMMJJ/ : un dossier par jour
616 142 Etienne Pallier
        - le fichier log produit (CSV)
617 40 Etienne Pallier
        - DATA/ : les données d'origine (spectres et HK)
618 48 Etienne Pallier
619 1 Etienne Pallier
</pre>
620 51 Etienne Pallier
621 48 Etienne Pallier
h3. 2) WORKFLOW
622 57 Etienne Pallier
623 55 Etienne Pallier
Ce workflow devrait normalement fonctionner dans tous les cas de figure (démarrage n'importe quand, en début de journée ou en cours de journée, ou même reprise après un crash brutal...)
624 1 Etienne Pallier
625 39 Etienne Pallier
Démarrage automatique du workflow à partir du Démarrage du pc-EGSE
626 57 Etienne Pallier
627 1 Etienne Pallier
1) Faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents dans le dossier /home/vx/data/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
628 57 Etienne Pallier
Les fichiers LOGS produits sont placés automatiquement dans le dossier correspondant à leur jour /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
629 57 Etienne Pallier
(AAAA année en 4 chiffres, MM mois en deux chiffres et JJ jour du mois en deux chiffres)
630 57 Etienne Pallier
631 57 Etienne Pallier
2) Déplacer TOUS les fichiers de /home/vx/data/ dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
632 57 Etienne Pallier
633 48 Etienne Pallier
3) (Every 5 seconds) : pour les fichiers du jour J
634 1 Etienne Pallier
S'il existe au moins un fichier dans /home/vx/data/, faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents 
635 51 Etienne Pallier
LE FICHIER LOG produit (un seul pour le jour J) est placé automatiquement dans le dossier correspondant à son jour (J) /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
636 1 Etienne Pallier
Attention : on ne déplace pas les fichiers dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ ; cela sera fait au prochain démarrage du workflow) ; cela permet d'avoir un fichier LOG qui se complète au fur et à mesure de la journée
637 1 Etienne Pallier
Il faudrait quand meme les COPIER (cp) (mais pas les DEPLACER (mv))
638 1 Etienne Pallier
OPTIMISATION : Exécution SSI le nb de fichiers du repertoire DATA/ a changé (tenir à jour un fichier contenant le nb de files)
639 1 Etienne Pallier
640 1 Etienne Pallier
Fin du workflow à l'extinction du pc-EGSE