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Version 146 (Etienne Pallier, 05/29/2015 10:06 am)

1 1 Etienne Pallier
h1. Wiki
2 1 Etienne Pallier
3 8 Etienne Pallier
{{toc}}
4 3 Etienne Pallier
5 105 Etienne Pallier
6 35 Etienne Pallier
---
7 35 Etienne Pallier
8 1 Etienne Pallier
9 124 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}UTILISATION EFFECTIVE EN SALLE BLANCHE%
10 124 Etienne Pallier
11 124 Etienne Pallier
12 106 Etienne Pallier
http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Utilisation_du_logiciel_C_SPEC_H
13 105 Etienne Pallier
14 105 Etienne Pallier
15 105 Etienne Pallier
---
16 123 Etienne Pallier
17 123 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}DEPOT SVN%
18 123 Etienne Pallier
19 35 Etienne Pallier
20 35 Etienne Pallier
(cliquer sur l'onglet Dépôt)
21 35 Etienne Pallier
22 35 Etienne Pallier
 * URL du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk/
23 35 Etienne Pallier
24 35 Etienne Pallier
 * Administration du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu
25 35 Etienne Pallier
26 35 Etienne Pallier
 * Administrateur : Etienne Pallier
27 35 Etienne Pallier
28 35 Etienne Pallier
 * Groupes :
29 76 Etienne Pallier
30 35 Etienne Pallier
   * grp-admin-chemcam : Admin du dépot CHEMCAM (RW sur racine).
31 35 Etienne Pallier
   * grp-chemcam : Les développeurs de CHEMCAM (RW sur branches).
32 35 Etienne Pallier
   * On peut également créer un groupe grp-readonly-chemcam (et mettre les droits en read-only sur tout le projet)
33 35 Etienne Pallier
34 35 Etienne Pallier
 * Ajout d'utilisateurs 
35 35 Etienne Pallier
36 11 Etienne Pallier
  * On peut ajouter des utilisateurs extérieurs via l'interface web, puis les ajouter dans les groupes (en tant que "Utilisateurs affectés").
37 42 Etienne Pallier
  * Dans le cas des utilisateurs IRAP, il faut qu'ils se connectent une première fois sur https://usvn-idems.irap.omp.eu avec leur login/mdp IRAP avant de pouvoir être affectés dans les groupes du repository.
38 41 Etienne Pallier
39 104 Etienne Pallier
 * Dashboard : le dashboard du projet est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu (=interface de gestion des utilisateurs, groupes et droits d'accès sur le repo, et également navigateur/explorateur du repo)
40 104 Etienne Pallier
41 104 Etienne Pallier
 * Accès : Le repo SVN est accessible depuis partout dans le monde (svn-over-https only), la racine du repo est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/chemcam/
42 104 Etienne Pallier
43 104 Etienne Pallier
 * TODO: passer sur SourceSup : https://sourcesup.renater.fr, https://sourcesup.cru.fr/
44 104 Etienne Pallier
45 104 Etienne Pallier
46 104 Etienne Pallier
47 104 Etienne Pallier
48 121 Etienne Pallier
49 11 Etienne Pallier
50 120 Etienne Pallier
---
51 120 Etienne Pallier
52 122 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}COLLABORATION DE CET OUTIL AVEC C-GDL%
53 122 Etienne Pallier
54 134 Etienne Pallier
Suite aux réunions du 29/4/15 et du 22/5/15 avec OG, WR, AC, PM, et EP,
55 134 Etienne Pallier
un nouveau besoin a été exprimé qui pourrait être résolu en faisant collaborer 2 outils existants (C-SPEC-HK et C-GDL),
56 134 Etienne Pallier
et en leur apportant quelques adaptations.
57 134 Etienne Pallier
58 141 Etienne Pallier
*Actions* : 
59 141 Etienne Pallier
- OG et AC : réfléchier à une simplification éventuelle de l'outil CGDL (en un seul formulaire au lieu de plusieurs onglets)
60 141 Etienne Pallier
- EP : proposer une solution technique répondant au besoin
61 141 Etienne Pallier
62 141 Etienne Pallier
63 1 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}BESOIN%
64 1 Etienne Pallier
65 131 Etienne Pallier
Créer un *contexte* (ensemble d'informations de description) pour décrire chaque *observation* (série de tirs ChemCam) effectuée en salle blanche.
66 131 Etienne Pallier
A ce contexte, seront automatiquement associés tous les fichiers (spectres, HK, ...) générés à l'occasion des tirs ChemCam.
67 1 Etienne Pallier
Un nouveau contexte devra être créé à chaque fois qu'on change de roche, de distance de tir, ou bien de type d'atmosphère...
68 1 Etienne Pallier
69 129 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}SOLUTION TECHNIQUE%
70 129 Etienne Pallier
71 130 Etienne Pallier
Pour répondre à ce besoin, plutôt que de re-développer un nouvel outil, on doit pouvoir faire collaborer efficacement deux outils existants que sont C-GDL et C-SPEC-HK,
72 130 Etienne Pallier
et qui devront en outre subir quelques adaptations plus ou moins importantes.
73 126 Etienne Pallier
*C-GDL* est une IHM Java qui permet de créer manuellement un contexte 
74 126 Etienne Pallier
*C-SPEC-HK* est un script Python qui s'exécute en permanence en arrière-plan, et qui associe automatiquement les fichiers HK (SOH) aux fichiers spectres et crée un fichier LOG quotidien décrivant ces associations (pour la journée), au fur et à mesure des tirs ChemCam
75 126 Etienne Pallier
Il faut donc faire collaborer ces 2 outils pour qu'un contexte C-GDL soit automatiquement associé aux fichiers générés par les tirs ChemCam et qui sont regroupés par C-SPEC-HK (y-compris le fichier de LOG généré par C-SPEC-HK).
76 126 Etienne Pallier
77 145 Etienne Pallier
Voici une proposition de collaboration entre ces 2 outils :
78 145 Etienne Pallier
79 144 Etienne Pallier
{{thumbnail(Collaboration C-SPEC-HK et C-GDL.jpg, size=300, title=Dashboard_Controller)}}
80 143 Etienne Pallier
81 133 Etienne Pallier
h3. %{margin-left:30px; font-weight:normal; display:block; background-color:lightgrey; color:black;}Adaptations nécessaires sur les 2 logiciels%
82 133 Etienne Pallier
83 146 Etienne Pallier
*Adaptations de C-GDL* : voir [[cgdl:Collaboration-avec-loutil-C-SPEC-HK]]
84 133 Etienne Pallier
85 139 Etienne Pallier
*Adaptations de C-SPEC-HK* : 
86 138 Etienne Pallier
87 138 Etienne Pallier
NOUVELLES NOTES A TRIER
88 138 Etienne Pallier
89 138 Etienne Pallier
Transférer tous les types de fichiers (TXT, RAW…)
90 138 Etienne Pallier
91 138 Etienne Pallier
Fichier SOH le plus près AVANT le transmit (génère le spectre)
92 138 Etienne Pallier
93 138 Etienne Pallier
(ce fichier SOH a été fait après le tir, et avant le transmit)
94 138 Etienne Pallier
95 138 Etienne Pallier
Changer label Distance : dist(mm) => dist SEED (mm)
96 138 Etienne Pallier
97 138 Etienne Pallier
Tableau utile pour la partie processing, sorte de masterlist
98 138 Etienne Pallier
99 138 Etienne Pallier
Convertir la colonne pm en distance réelle : (donner formule) « dist real (mm)»
100 138 Etienne Pallier
101 138 Etienne Pallier
******************
102 138 Etienne Pallier
103 138 Etienne Pallier
Anciennes notes à trier :
104 138 Etienne Pallier
105 138 Etienne Pallier
*Objectif final* : Faire collaborer les 3 outils C-Spec-HK, C-GDL, et la prise de photos par la webcam du pc portable de la salle blanche
106 138 Etienne Pallier
107 138 Etienne Pallier
C-Spec-HK est déjà installé sur le pc-EGSE. Il faudra y ajouter C-GDL.
108 138 Etienne Pallier
Dans l'idéal, la communication avec la webcam nécessitera de mettre les 2 pc (PC-EGSE et le portable webcam) en réseau (soit sur le réseau global IRAP, soit sur un réseau privé salle blanche avec un hub ou switch ; sachant que pc-EGSE est déjà en réseau privé avec le BU-EGSE, il faudrait donc mettre ces 3 éléments sur un même réseau).
109 138 Etienne Pallier
En attendant, on pourrait se contenter d'un "mode dégradé", qui consisterait à copier manuellement (via clé ou disque usb) les photos de la webcam sur le pc-EGSE
110 138 Etienne Pallier
111 138 Etienne Pallier
Fichier LOG : Produire un CSV + un fichier HTML (ou fichier texte séparé par tabulations) pour qu'il soit lisible sans devoir passer par Open Office
112 138 Etienne Pallier
113 138 Etienne Pallier
DARK BEFORE/AFTER : priorité au DARK AFTER
114 138 Etienne Pallier
Le DARK BEFORE est très rare, il existerait seulement si il y a 2 DARK à la suite (le 2ème serait le DARK BEFORE du SPECTRE LIBS qui arrive ensuite)
115 138 Etienne Pallier
=> pour simplifier, on peut le supprimer (donc supprimer 2 colonnes dans le fichier LOG)
116 138 Etienne Pallier
117 138 Etienne Pallier
Passer le délai de la boucle du traitement quotidien à 2 secondes (au lieu de 60 actuellement)
118 138 Etienne Pallier
119 138 Etienne Pallier
Les 2 fichiers "LOG général" et "LOG du jour" doivent s’afficher automatiquement au démarrage
120 138 Etienne Pallier
121 138 Etienne Pallier
Le LOG général affiche l'état en cours d'exécution du script, pour savoir où on en est :
122 138 Etienne Pallier
- a) traitement global des fichiers, avec affichage des dossiers jours créés
123 138 Etienne Pallier
Ne pas afficher le contenu de /home/vx/EQM_DATA/
124 138 Etienne Pallier
(log files « created » in …)
125 138 Etienne Pallier
car ces dossiers ont été créés antérieurement
126 138 Etienne Pallier
N’afficher le contenu QUE du dossier qui vient d’être créé
127 138 Etienne Pallier
- b) traitement quotidien des fichiers du jour, avec affichage de : 
128 138 Etienne Pallier
  - numéro d'itération
129 138 Etienne Pallier
  - fichiers SPECTRE et SOH traités (+ leur nombre)
130 138 Etienne Pallier
131 138 Etienne Pallier
Le LOG quotidien affiche le contenu du fichier LOG du jour (qui se remplit au fur et à mesure)
132 138 Etienne Pallier
133 138 Etienne Pallier
Mettre les 4 champs de température laser
134 138 Etienne Pallier
135 138 Etienne Pallier
Formule pour distance à partir de pm (quelqu'un doit me la donner)
136 138 Etienne Pallier
(supprimer dist(mm))
137 138 Etienne Pallier
138 138 Etienne Pallier
Supprimer nshots
139 138 Etienne Pallier
140 138 Etienne Pallier
Créer un dossier avec pour nom datedujour+contexte-name/
141 138 Etienne Pallier
Si pas de contexte avec la date du jour (au démarrage), créer un dossier datedujour+NO-CONTEXT/
142 138 Etienne Pallier
Quand le contexte change (un nouveau fichier contexte a été créé via C-GDL), alors un nouveau dossier est créé
143 138 Etienne Pallier
*Problème : que va-t-il se passer si le contexte est créé A POSTERIORI, après avoir fait tous les tirs ???*
144 138 Etienne Pallier
145 138 Etienne Pallier
(Technique interne : Ne laisser que c-spec-hk-workflow à la racine du projet, le reste doit être dans un sous-dossier (contiendra c-spec-hk + tests))
146 138 Etienne Pallier
147 138 Etienne Pallier
148 138 Etienne Pallier
149 138 Etienne Pallier
150 138 Etienne Pallier
151 138 Etienne Pallier
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153 138 Etienne Pallier
154 138 Etienne Pallier
155 138 Etienne Pallier
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157 138 Etienne Pallier
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160 138 Etienne Pallier
161 138 Etienne Pallier
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163 138 Etienne Pallier
164 138 Etienne Pallier
165 138 Etienne Pallier
166 138 Etienne Pallier
167 138 Etienne Pallier
168 138 Etienne Pallier
169 138 Etienne Pallier
170 138 Etienne Pallier
171 138 Etienne Pallier
172 138 Etienne Pallier
173 138 Etienne Pallier
174 138 Etienne Pallier
175 138 Etienne Pallier
---
176 126 Etienne Pallier
177 120 Etienne Pallier
178 120 Etienne Pallier
---
179 128 Etienne Pallier
180 128 Etienne Pallier
h2. %{margin-left:0px; font-weight:normal; font-size:150;  display:block; background-color:yellow; color:red}SPECIFICATIONS%
181 128 Etienne Pallier
182 1 Etienne Pallier
183 11 Etienne Pallier
184 12 Etienne Pallier
h3. Schéma de connexion
185 11 Etienne Pallier
186 11 Etienne Pallier
PcEGSE <==RJ45==> EGSE <==serial==> ChemCam
187 11 Etienne Pallier
188 11 Etienne Pallier
ChemCam (garde tous les spectres en RAM) : serial==> BU (Body Unit) <== MU (Mast Unit)
189 11 Etienne Pallier
- MU : fait les tirs
190 11 Etienne Pallier
- BU : analyse les spectres
191 11 Etienne Pallier
192 11 Etienne Pallier
SOH (Spectra O? HK)
193 11 Etienne Pallier
194 30 Etienne Pallier
h3. Types d’observations
195 30 Etienne Pallier
196 30 Etienne Pallier
(sur la ligne DOLIBS modifier controlWord)
197 11 Etienne Pallier
198 11 Etienne Pallier
Bit # 	Bit Value	Fonction si activé
199 11 Etienne Pallier
-----	---------	------------------
200 11 Etienne Pallier
201 11 Etienne Pallier
0		1	 	Do focus : effectuer une focalisation (voir focusAlgorithm)
202 11 Etienne Pallier
203 11 Etienne Pallier
1		2	 	Pre dark spectra : acquisition d’un spectre dark AVANT les tirs
204 1 Etienne Pallier
205 11 Etienne Pallier
2		4 		Post dark spectra : acquisition d’un spectre dark APRES les tirs
206 11 Etienne Pallier
207 20 Etienne Pallier
*3		8 		Enable laser : effectuer un (des) tir(s) laser (voir Nshots) (sinon, c'est un DARK)*
208 11 Etienne Pallier
209 11 Etienne Pallier
4		16 		Collect spectra : acquisition de spectre pendant les tirs
210 11 Etienne Pallier
211 11 Etienne Pallier
5		32 		BS
212 11 Etienne Pallier
213 11 Etienne Pallier
214 14 Etienne Pallier
=> 25 = 1+8+16 = tir avec laser
215 14 Etienne Pallier
=> 17 = 1+0+16 = tir sans laser (DARK)
216 11 Etienne Pallier
217 11 Etienne Pallier
Bits 0 et 1 pas utilisés !!! :
218 11 Etienne Pallier
Le mode (Bit0 ET Bit1 activés) ne fait pas des darks after et before satisfaisant donc on le fait séparément en faisant un spectre sans enable laser,
219 1 Etienne Pallier
ce qui génère tous ces spectres avec un controlWord =17 dans la liste.
220 11 Etienne Pallier
221 31 Etienne Pallier
h3. Fichier spectre
222 11 Etienne Pallier
223 11 Etienne Pallier
Suite d'intensités pour chaque canal (dans l'ordre 0, 1, 2, 3, ... 6444)
224 11 Etienne Pallier
A représenter sur axe 
225 11 Etienne Pallier
- X : channel number, assimilable à longueur d'onde : 0 à 6444
226 11 Etienne Pallier
- Y : intensité
227 11 Etienne Pallier
228 11 Etienne Pallier
Si fichier DARK, alors intensités (à peu près) constantes (toutes égales) :
229 14 Etienne Pallier
=> donne le bruit de fond de l'instrument, puisque on a zero lumière
230 1 Etienne Pallier
231 32 Etienne Pallier
h3. Stratégie de développement
232 13 Etienne Pallier
233 11 Etienne Pallier
Prendre le last stack only
234 11 Etienne Pallier
235 11 Etienne Pallier
Lire fichier *_spect.TXT et *_SOH.TXT associé (celui qui est juste avant, < 5mn avant)
236 11 Etienne Pallier
237 11 Etienne Pallier
1 fich/jour
238 11 Etienne Pallier
239 11 Etienne Pallier
Methods to write :
240 11 Etienne Pallier
241 11 Etienne Pallier
findSOH(liste des *SOH.TXT du jour, spect.TXT)
242 16 Etienne Pallier
=> convertit les noms SOH en timestamps, trouve le SOH qui est juste avant le spect.TXT (< 5mn avant)
243 11 Etienne Pallier
244 11 Etienne Pallier
findDARK(liste des *spect.TXT (dark), le spect.TXT pour lequel on veut le dark)
245 16 Etienne Pallier
=> retourne le fichier dark qui est juste après (<5mn) (mais, peut être before...)
246 16 Etienne Pallier
=> regarde un peu autour (avant et après)
247 11 Etienne Pallier
248 11 Etienne Pallier
findAutofocus(...)
249 16 Etienne Pallier
=> *_afocus.TXT (juste prendre son nom, pas son contenu), qui est AVANT
250 11 Etienne Pallier
251 15 Etienne Pallier
h3. EXEMPLE DE FICHIER RESULTAT (LOG) A OBTENIR (1 par jour)
252 11 Etienne Pallier
253 11 Etienne Pallier
data_Feb25_2014_5 
254 11 Etienne Pallier
firstfile = Feb25_161115_2014_spect.TXT
255 11 Etienne Pallier
lastfile = Feb25_162059_2014_spect.TXT
256 1 Etienne Pallier
257 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, 
258 1 Etienne Pallier
259 11 Etienne Pallier
// from *_SOH.TXT file :
260 15 Etienne Pallier
nbStacks					// Nb de stacks (indiqué par le nb occurences de "mast SOH" qui indique le début d'un nouveau stack) - Prendre seulement les HK du LAST stack
261 1 Etienne Pallier
temp_laser_min(degC), temp_laser_max(degC),	// prendre min et max des 4 HK_Temp_Laser_1-4
262 15 Etienne Pallier
temp_spect(C), 					// Spectrometer_Temp
263 15 Etienne Pallier
pm(cnts), 					// Motor_Position
264 11 Etienne Pallier
265 11 Etienne Pallier
// from *_spect.TXT file :
266 15 Etienne Pallier
dist(mm),					// distance to target distToTarget
267 15 Etienne Pallier
nshots, 					// (Nshots) ajouter ici "nshots_real" car le laser fait parfois plus de shots que prévu (erreur) (lire 1ère ligne pour savoir le nb de col)
268 15 Etienne Pallier
controlWord, 					// 25 = tir avec laser,  17 = tir sans laser (DARK)
269 15 Etienne Pallier
data_mean,					// moyenne des data \ nbshots reels (= intensité moyenne ?) (à lire from >>>>>Begin Processed Spectral Data<<<<<)
270 15 Etienne Pallier
dark_file, 					// remplacer par dark_file_before, dark_file_after (file name)
271 15 Etienne Pallier
mean_spect_value - dark				// (= data_mean - ???)
272 11 Etienne Pallier
273 11 Etienne Pallier
274 11 Etienne Pallier
// Liste des fichiers *_spect.TXT associés avec leurs paramètres HK (trouvés dans *_SOH.TXT) :
275 11 Etienne Pallier
276 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, nbStacks, temp_laser_min, temp_laser_max, temp_spect, pm, dist(mm), nshots, controlWord, data_mean, dark_file_before, dark_file_after, mean_spect_value - dark
277 11 Etienne Pallier
278 11 Etienne Pallier
  1 Feb25_161115_2014_spect.TXT 161055 nbStacks 4.25 5.44 30.15 5499 3000 10  25   677.39 161142 dark_file_after 50.28 
279 15 Etienne Pallier
  2 (D)Feb25_161142_2014_spect.TXT 161132 4.29 5.48 30.15 5499 3000 10  17   627.11 -        627.11 
280 11 Etienne Pallier
  3 Feb25_161243_2014_spect.TXT 161210 4.29 5.33 30.15 5444 2951 10  25   649.07 161307    19.72 
281 11 Etienne Pallier
  4 Feb25_161307_2014_spect.TXT 161257 4.25 5.55 30.15 5444 3000 10  17   629.35 -        629.35 
282 11 Etienne Pallier
  5 Feb25_161339_2014_spect.TXT 161329 4.25 5.59 30.15 5454 2959 10  25   674.78 161404    43.76 
283 1 Etienne Pallier
  6 Feb25_161404_2014_spect.TXT 161353 4.29 5.52 30.15 5454 3000 10  17   631.02 -        631.02 
284 1 Etienne Pallier
  7 Feb25_161435_2014_spect.TXT 161425 4.21 5.55 30.15 5463 2967 10  25   693.77 161500    60.76 
285 11 Etienne Pallier
  8 Feb25_161500_2014_spect.TXT 161450 4.33 5.59 30.15 5463 3000 10  17   633.01 -        633.01 
286 11 Etienne Pallier
  9 Feb25_161532_2014_spect.TXT 161521 4.29 5.59 30.15 5473 2975 10  25   703.08 161556    68.71 
287 11 Etienne Pallier
 10 Feb25_161556_2014_spect.TXT 161546 4.36 5.52 30.15 5473 3000 10  17   634.36 -        634.36 
288 11 Etienne Pallier
 11 Feb25_161646_2014_spect.TXT 161636 4.33 5.63 30.15 5482 2983 10  25   702.22 161711    67.98 
289 11 Etienne Pallier
 12 Feb25_161711_2014_spect.TXT 161701 4.33 5.59 30.15 5482 3000 10  17   634.24 -        634.24 
290 11 Etienne Pallier
 13 Feb25_161743_2014_spect.TXT 161733 4.36 5.55 30.15 5493 2992 10  25   695.08 161808    58.88 
291 11 Etienne Pallier
 14 Feb25_161808_2014_spect.TXT 161757 4.36 5.55 30.15 5493 3000 10  17   636.20 -        636.20 
292 11 Etienne Pallier
 15 Feb25_161840_2014_spect.TXT 161829 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  25   683.94 161905    46.74 
293 11 Etienne Pallier
 16 Feb25_161905_2014_spect.TXT 161854 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  17   637.20 -        637.20 
294 11 Etienne Pallier
 17 Feb25_161937_2014_spect.TXT 161926 4.40 5.59 30.15 5513 3009 10  25   675.67 162002    37.24 
295 11 Etienne Pallier
 18 Feb25_162002_2014_spect.TXT 161951 4.44 5.59 30.15 5513 3000 10  17   638.43 -        638.43 
296 11 Etienne Pallier
 19 Feb25_162034_2014_spect.TXT 162023 4.36 5.63 30.15 5522 3017 10  25   663.56 162059    24.10 
297 15 Etienne Pallier
 20 (D) Feb25_162059_2014_spect.TXT 162048 4.40 5.63 30.15 5522 3000 10  17   639.46 -        639.46
298 15 Etienne Pallier
299 46 Etienne Pallier
h3. CAS EXCEPTIONNELS à traiter (Exceptions)
300 43 Etienne Pallier
301 43 Etienne Pallier
 * NoDataFileFoundException : pas de fichier (ni Spectre ni SOH) dans le dossier DATA/
302 43 Etienne Pallier
303 43 Etienne Pallier
 * MalformedFileException : fichier (Spectre ou SOH) avec format incorrect
304 43 Etienne Pallier
305 43 Etienne Pallier
 * UnknownCaseException : Cas inconnu ; par exemple, controlWord ni 17 (DARK) ni 25 (PAS DARK) !!!
306 43 Etienne Pallier
307 47 Etienne Pallier
 * noSOHFileFoundForSpectraFileException : pas de fichier SOH (HK) trouvé pour un fichier Spectra (data)
308 47 Etienne Pallier
309 136 Etienne Pallier
---
310 136 Etienne Pallier
311 83 Etienne Pallier
h2. RECUPERATION DU PROJET
312 91 Etienne Pallier
313 83 Etienne Pallier
314 83 Etienne Pallier
*a) Directement, depuis svn*
315 83 Etienne Pallier
316 83 Etienne Pallier
svn co https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
317 83 Etienne Pallier
318 83 Etienne Pallier
Si on ne veut pas rester synchronisé avec le repository (juste une copie du projet au temps t, sans les fichiers de versionning .svn) : 
319 1 Etienne Pallier
320 90 Etienne Pallier
svn export https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
321 90 Etienne Pallier
322 91 Etienne Pallier
323 58 Etienne Pallier
324 1 Etienne Pallier
*b) Par téléchargement (100 Mo à cause des données)*
325 1 Etienne Pallier
326 1 Etienne Pallier
https://projects.irap.omp.eu/attachments/download/1237/c-spec-hk_1.1.tgz
327 86 Etienne Pallier
328 137 Etienne Pallier
---
329 137 Etienne Pallier
330 95 Etienne Pallier
h2. EXECUTION
331 92 Etienne Pallier
332 92 Etienne Pallier
h3. 1) PRÉREQUIS : Python 2.7
333 92 Etienne Pallier
334 92 Etienne Pallier
h4. Sur Mac (Machine de développement)
335 92 Etienne Pallier
336 92 Etienne Pallier
Avec Macport, pour que la version 2.7 soit bien la version par défaut quand on tape "python" :
337 92 Etienne Pallier
338 92 Etienne Pallier
sudo port select --set python python27
339 92 Etienne Pallier
340 92 Etienne Pallier
$ which python
341 92 Etienne Pallier
/opt/local/bin/python
342 92 Etienne Pallier
343 92 Etienne Pallier
$ python --version
344 92 Etienne Pallier
Python 2.7.9
345 92 Etienne Pallier
346 92 Etienne Pallier
Mettre à jour MacPort :
347 92 Etienne Pallier
sudo port -v selfupdate
348 92 Etienne Pallier
sudo port upgrade outdated
349 92 Etienne Pallier
350 92 Etienne Pallier
351 92 Etienne Pallier
h4. Sur CentOS 6.5 (serveur de production)
352 92 Etienne Pallier
353 92 Etienne Pallier
(fait le 19/3/15 sur le pc-EGSE Chemcam ; cf fiche wiki du pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour)
354 92 Etienne Pallier
355 92 Etienne Pallier
Par défaut, Cent0S 6.5 propose Python 2.6
356 92 Etienne Pallier
357 94 Etienne Pallier
(Voir l'installation de Python 2.7 faite sur le pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Installation_de_Python_2_7)
358 86 Etienne Pallier
359 89 Etienne Pallier
h3. 2) EXECUTING TESTS
360 89 Etienne Pallier
361 86 Etienne Pallier
h4. Depuis Eclipse
362 86 Etienne Pallier
363 86 Etienne Pallier
Ouvrir la console adaptée : Window / Show View / PyUnit
364 86 Etienne Pallier
clic-droit sur test/c_spec_hk_TEST.py
365 86 Etienne Pallier
Run As / Python unit-test
366 89 Etienne Pallier
367 86 Etienne Pallier
368 89 Etienne Pallier
h4. En mode ligne de commande
369 86 Etienne Pallier
370 72 Etienne Pallier
h5. TESTS faits avec Python 2.7
371 72 Etienne Pallier
372 1 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
373 72 Etienne Pallier
374 73 Etienne Pallier
cd test/
375 1 Etienne Pallier
376 72 Etienne Pallier
$ py27 premiertest.py
377 1 Etienne Pallier
<pre>
378 72 Etienne Pallier
...
379 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
380 1 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
381 72 Etienne Pallier
382 72 Etienne Pallier
OK
383 73 Etienne Pallier
</pre>
384 72 Etienne Pallier
385 72 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk_TEST.py
386 72 Etienne Pallier
387 72 Etienne Pallier
<pre>
388 72 Etienne Pallier
...
389 1 Etienne Pallier
======================================================================
390 62 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
391 1 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 5.833s
392 1 Etienne Pallier
393 72 Etienne Pallier
OK
394 72 Etienne Pallier
</pre>
395 1 Etienne Pallier
396 62 Etienne Pallier
397 72 Etienne Pallier
398 72 Etienne Pallier
399 70 Etienne Pallier
*2) Tests de Performance (Benchmark)*
400 70 Etienne Pallier
401 62 Etienne Pallier
Depuis la racine du projet :
402 62 Etienne Pallier
403 62 Etienne Pallier
<pre>
404 62 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk.py -t
405 62 Etienne Pallier
...Executing main program...
406 62 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
407 62 Etienne Pallier
408 62 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
409 62 Etienne Pallier
410 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
411 62 Etienne Pallier
0.000790863037109
412 62 Etienne Pallier
413 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
414 62 Etienne Pallier
0.000117941689491
415 62 Etienne Pallier
416 62 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
417 62 Etienne Pallier
0.0429699897766
418 62 Etienne Pallier
419 62 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
420 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
421 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
422 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
423 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
424 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
425 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
426 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
427 62 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
428 62 Etienne Pallier
total 56
429 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20110223
430 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2011_0223_logs.csv
431 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20130223
432 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2013_0223_logs.csv
433 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140123
434 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0123_logs.csv
435 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140223
436 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0223_logs.csv
437 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140225
438 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  16:39 2014_0225_logs.csv
439 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140226
440 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  16:39 2014_0226_logs.csv
441 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20150223
442 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2015_0223_logs.csv
443 62 Etienne Pallier
444 62 Etienne Pallier
1.91459012032
445 1 Etienne Pallier
Average time per day : 0.273513
446 1 Etienne Pallier
447 1 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
448 62 Etienne Pallier
449 1 Etienne Pallier
</pre>
450 86 Etienne Pallier
451 89 Etienne Pallier
452 86 Etienne Pallier
453 72 Etienne Pallier
h5. TESTS faits avec Python 2.6
454 1 Etienne Pallier
455 72 Etienne Pallier
C'est encore possible de faire tourner le logiciel en Python 2.6 dans la version 1.1.x, mais ça ne sera plus garanti dans l'avenir (à partir de la version 1.2.x)
456 1 Etienne Pallier
457 72 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
458 1 Etienne Pallier
459 72 Etienne Pallier
cd test/
460 72 Etienne Pallier
461 72 Etienne Pallier
$ python premiertest.py
462 72 Etienne Pallier
<pre>
463 72 Etienne Pallier
...
464 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
465 72 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
466 72 Etienne Pallier
467 72 Etienne Pallier
OK
468 72 Etienne Pallier
</pre>
469 72 Etienne Pallier
470 72 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk_TEST.py
471 72 Etienne Pallier
472 72 Etienne Pallier
<pre>
473 72 Etienne Pallier
...
474 72 Etienne Pallier
======================================================================
475 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
476 72 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 6.742s
477 72 Etienne Pallier
478 72 Etienne Pallier
OK
479 72 Etienne Pallier
</pre>
480 72 Etienne Pallier
481 72 Etienne Pallier
---
482 72 Etienne Pallier
483 72 Etienne Pallier
484 72 Etienne Pallier
*2) Tests de Performance (Benchmark)*
485 72 Etienne Pallier
486 58 Etienne Pallier
Depuis la racine du projet 
487 58 Etienne Pallier
488 58 Etienne Pallier
$ ./c_spec_hk.py -t
489 58 Etienne Pallier
<pre>
490 58 Etienne Pallier
...Executing main program...
491 58 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
492 58 Etienne Pallier
493 58 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
494 58 Etienne Pallier
495 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
496 58 Etienne Pallier
0.00105306601524
497 58 Etienne Pallier
498 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
499 58 Etienne Pallier
0.000152537894249
500 58 Etienne Pallier
501 58 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
502 58 Etienne Pallier
0.0518409013748
503 58 Etienne Pallier
504 58 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
505 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
506 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
507 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
508 1 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
509 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
510 59 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
511 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
512 58 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
513 58 Etienne Pallier
total 56
514 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20110223
515 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2011_0223_logs.csv
516 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20130223
517 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2013_0223_logs.csv
518 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140123
519 1 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0123_logs.csv
520 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140223
521 80 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0223_logs.csv
522 21 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140225
523 25 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  14:01 2014_0225_logs.csv
524 1 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140226
525 22 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  14:01 2014_0226_logs.csv
526 22 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20150223
527 21 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2015_0223_logs.csv
528 21 Etienne Pallier
529 77 Etienne Pallier
2.33647012711
530 21 Etienne Pallier
Average time per day : 0.333781
531 21 Etienne Pallier
532 1 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
533 96 Etienne Pallier
</pre>
534 21 Etienne Pallier
535 97 Etienne Pallier
h3. 3) EXECUTING MAIN SCRIPT 
536 1 Etienne Pallier
537 88 Etienne Pallier
h4. Depuis Eclipse
538 88 Etienne Pallier
539 21 Etienne Pallier
clic-droit sur c_spec_hk.py
540 97 Etienne Pallier
Run As / Python Run
541 21 Etienne Pallier
542 21 Etienne Pallier
h4. In Command line mode
543 1 Etienne Pallier
544 80 Etienne Pallier
	a) Pour voir l'aide :
545 81 Etienne Pallier
546 80 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk.py -h
547 1 Etienne Pallier
548 80 Etienne Pallier
...Executing main program...
549 1 Etienne Pallier
550 81 Etienne Pallier
Usage:
551 1 Etienne Pallier
552 81 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py [-i <inputDataDir>] [-o <outputLogDir>]
553 1 Etienne Pallier
OR
554 81 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py [--inputDir=<inputDataDir>] [--outputDir=<outputLogDir>]
555 1 Etienne Pallier
556 80 Etienne Pallier
Ex: python27 c_spec_hk.py-i './DATA' -o './LOGS'
557 80 Etienne Pallier
558 80 Etienne Pallier
All options available are (none is mandatory) :
559 80 Etienne Pallier
-d : activate DEBUG mode
560 80 Etienne Pallier
-h : print this HELP message
561 80 Etienne Pallier
-n : do NOT create sub-directories (like YYYYMMDD) for each day
562 80 Etienne Pallier
-t : test execution TIME of several methods
563 1 Etienne Pallier
-v : print current VERSION number
564 21 Etienne Pallier
-i <inputDataDir> or --input=<inputDataDir> : set INPUT directory from where DATA files are READ (default is "DATA")
565 1 Etienne Pallier
-o <outputDataDir> or --output=<outputLogDir> : set OUTPUT directory where LOG files are WRITTEN to (default is "LOGS")
566 81 Etienne Pallier
567 80 Etienne Pallier
568 23 Etienne Pallier
569 81 Etienne Pallier
	b) Speed testing (benchmark)
570 21 Etienne Pallier
571 21 Etienne Pallier
cf https://projects.irap.omp.eu/projects/cspechkanalyser/wiki/Wiki#TESTS-faits-avec-Python-27 (section "Tests de performance")
572 21 Etienne Pallier
573 21 Etienne Pallier
574 82 Etienne Pallier
	c) Pour faire un test avec les données d'échantillon fournies :
575 1 Etienne Pallier
576 82 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py -i test/DATASET/UC0_NOMINAL/DATA -o /tmp/LOGS
577 82 Etienne Pallier
578 21 Etienne Pallier
(il faudra d'abord créer le dossier LOGS/ dans /tmp)
579 21 Etienne Pallier
580 82 Etienne Pallier
Exemple d'affichage attendu :
581 21 Etienne Pallier
582 82 Etienne Pallier
...Executing main program...
583 82 Etienne Pallier
584 21 Etienne Pallier
inputDataDir is "test/DATASET/UC0_NOMINAL/DATA"
585 82 Etienne Pallier
ouputLogDir is "/tmp/LOGS"
586 82 Etienne Pallier
587 21 Etienne Pallier
The DATA DIR (input) contains 126 files (total)
588 82 Etienne Pallier
The DATA DIR (input) contains 26 SPECTRA text files
589 82 Etienne Pallier
590 21 Etienne Pallier
Log files created in /tmp/LOGS/ :
591 21 Etienne Pallier
['20110223', '20130223', '20140123', '20140223', '20140225', '20140226', '20150223']
592 36 Etienne Pallier
593 54 Etienne Pallier
594 36 Etienne Pallier
---
595 52 Etienne Pallier
596 50 Etienne Pallier
h2. DAILY WORKFLOW
597 52 Etienne Pallier
598 1 Etienne Pallier
h3. 1) Voici la structure de fichiers réalisée sur le pc-EGSE :
599 52 Etienne Pallier
600 52 Etienne Pallier
Les nouveaux fichiers de données produits lors des tirs de Chemcam sont automatiquement placés dans /home/vx/data/ (au fur et à mesure des tirs)
601 1 Etienne Pallier
602 1 Etienne Pallier
Ils sont ensuite déplacés dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ lorsqu'ils ont été traités
603 52 Etienne Pallier
604 37 Etienne Pallier
Les fichiers de LOG (relation spectre => HK) créés sont placés directment dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
605 53 Etienne Pallier
606 50 Etienne Pallier
<pre>
607 50 Etienne Pallier
608 50 Etienne Pallier
- /home/vx/data/ : données d'origine restant à traiter (spectres et HK), provenant directement de la manip
609 50 Etienne Pallier
610 36 Etienne Pallier
- /home/vx/EQM_DATA/ : données traitées (spectres, HK, et fichiers logs produits)
611 36 Etienne Pallier
    - AAAAMMJJ/ : un dossier par jour
612 142 Etienne Pallier
        - le fichier log produit (CSV)
613 40 Etienne Pallier
        - DATA/ : les données d'origine (spectres et HK)
614 48 Etienne Pallier
615 1 Etienne Pallier
</pre>
616 51 Etienne Pallier
617 48 Etienne Pallier
h3. 2) WORKFLOW
618 57 Etienne Pallier
619 55 Etienne Pallier
Ce workflow devrait normalement fonctionner dans tous les cas de figure (démarrage n'importe quand, en début de journée ou en cours de journée, ou même reprise après un crash brutal...)
620 1 Etienne Pallier
621 39 Etienne Pallier
Démarrage automatique du workflow à partir du Démarrage du pc-EGSE
622 57 Etienne Pallier
623 1 Etienne Pallier
1) Faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents dans le dossier /home/vx/data/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
624 57 Etienne Pallier
Les fichiers LOGS produits sont placés automatiquement dans le dossier correspondant à leur jour /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
625 57 Etienne Pallier
(AAAA année en 4 chiffres, MM mois en deux chiffres et JJ jour du mois en deux chiffres)
626 57 Etienne Pallier
627 57 Etienne Pallier
2) Déplacer TOUS les fichiers de /home/vx/data/ dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
628 57 Etienne Pallier
629 48 Etienne Pallier
3) (Every 5 seconds) : pour les fichiers du jour J
630 1 Etienne Pallier
S'il existe au moins un fichier dans /home/vx/data/, faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents 
631 51 Etienne Pallier
LE FICHIER LOG produit (un seul pour le jour J) est placé automatiquement dans le dossier correspondant à son jour (J) /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
632 1 Etienne Pallier
Attention : on ne déplace pas les fichiers dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ ; cela sera fait au prochain démarrage du workflow) ; cela permet d'avoir un fichier LOG qui se complète au fur et à mesure de la journée
633 1 Etienne Pallier
Il faudrait quand meme les COPIER (cp) (mais pas les DEPLACER (mv))
634 1 Etienne Pallier
OPTIMISATION : Exécution SSI le nb de fichiers du repertoire DATA/ a changé (tenir à jour un fichier contenant le nb de files)
635 1 Etienne Pallier
636 1 Etienne Pallier
Fin du workflow à l'extinction du pc-EGSE