Wiki
Version 11 (Etienne Pallier, 03/16/2015 11:06 am) → Version 12/246 (Etienne Pallier, 03/16/2015 11:06 am)
h1. Wiki
{{toc}}
---
h2. SPECIFICATIONS
CAHIER DES CHARGES
==================
h3. Schéma de connexion
===================
PcEGSE <==RJ45==> EGSE <==serial==> ChemCam
ChemCam (garde tous les spectres en RAM) : serial==> BU (Body Unit) <== MU (Mast Unit)
- MU : fait les tirs
- BU : analyse les spectres
SOH (Spectra O? HK)
Type d’observation : sur la ligne DOLIBS modifier controlWord
==================
Bit # Bit Value Fonction si activé
----- --------- ------------------
0 1 Do focus : effectuer une focalisation (voir focusAlgorithm)
1 2 Pre dark spectra : acquisition d’un spectre dark AVANT les tirs
2 4 Post dark spectra : acquisition d’un spectre dark APRES les tirs
***
3 8 Enable laser : effectuer un (des) tir(s) laser (voir Nshots) (sinon, c'est un DARK)
***
4 16 Collect spectra : acquisition de spectre pendant les tirs
5 32 BS
==> 25 = 1+8+16 = tir avec laser
==> 17 = 1+0+16 = tir sans laser (DARK)
Bits 0 et 1 pas utilisés !!! :
Le mode (Bit0 ET Bit1 activés) ne fait pas des darks after et before satisfaisant donc on le fait séparément en faisant un spectre sans enable laser,
ce qui génère tous ces spectres avec un controlWord =17 dans la liste.
Fichier spectre :
===============
Suite d'intensités pour chaque canal (dans l'ordre 0, 1, 2, 3, ... 6444)
A représenter sur axe
- X : channel number, assimilable à longueur d'onde : 0 à 6444
- Y : intensité
Si fichier DARK, alors intensités (à peu près) constantes (toutes égales) :
==> donne le bruit de fond de l'instrument, puisque on a zero lumière
Stratégie :
=========
Prendre le last stack only
Lire fichier *_spect.TXT et *_SOH.TXT associé (celui qui est juste avant, < 5mn avant)
1 fich/jour
Methods to write :
findSOH(liste des *SOH.TXT du jour, spect.TXT)
==> convertit les noms SOH en timestamps, trouve le SOH qui est juste avant le spect.TXT (< 5mn avant)
findDARK(liste des *spect.TXT (dark), le spect.TXT pour lequel on veut le dark)
==> retourne le fichier dark qui est juste après (<5mn) (mais, peut être before...)
==> regarde un peu autour (avant et après)
findAutofocus(...)
==> *_afocus.TXT (juste prendre son nom, pas son contenu), qui est AVANT
EXEMPLE DE FICHIER RESULTAT (LOG) A OBTENIR (1 par jour)
===========================================
data_Feb25_2014_5
firstfile = Feb25_161115_2014_spect.TXT
lastfile = Feb25_162059_2014_spect.TXT
id, SPECT_file, SOH_file,
// from *_SOH.TXT file :
nbStacks // Nb de stacks (indiqué par le nb occurences de "mast SOH" qui indique le début d'un nouveau stack) - Prendre seulement les HK du LAST stack
temp_laser_min(degC), temp_laser_max(degC), // prendre min et max des 4 HK_Temp_Laser_1-4
temp_spect(C), // Spectrometer_Temp
pm(cnts), // Motor_Position
// from *_spect.TXT file :
dist(mm), // distance to target distToTarget
nshots, // (Nshots) ajouter ici "nshots_real" car le laser fait parfois plus de shots que prévu (erreur) (lire 1ère ligne pour savoir le nb de col)
controlWord, // 25 = tir avec laser, 17 = tir sans laser (DARK)
data_mean, // moyenne des data \ nbshots reels (= intensité moyenne ?) (à lire from >>>>>Begin Processed Spectral Data<<<<<)
dark_file, // remplacer par dark_file_before, dark_file_after (file name)
mean_spect_value - dark // (= data_mean - ???)
// Liste des fichiers *_spect.TXT associés avec leurs paramètres HK (trouvés dans *_SOH.TXT) :
id, SPECT_file, SOH_file, nbStacks, temp_laser_min, temp_laser_max, temp_spect, pm, dist(mm), nshots, controlWord, data_mean, dark_file_before, dark_file_after, mean_spect_value - dark
1 Feb25_161115_2014_spect.TXT 161055 nbStacks 4.25 5.44 30.15 5499 3000 10 25 677.39 161142 dark_file_after 50.28
DARK 2 Feb25_161142_2014_spect.TXT 161132 4.29 5.48 30.15 5499 3000 10 17 627.11 - 627.11
3 Feb25_161243_2014_spect.TXT 161210 4.29 5.33 30.15 5444 2951 10 25 649.07 161307 19.72
4 Feb25_161307_2014_spect.TXT 161257 4.25 5.55 30.15 5444 3000 10 17 629.35 - 629.35
5 Feb25_161339_2014_spect.TXT 161329 4.25 5.59 30.15 5454 2959 10 25 674.78 161404 43.76
6 Feb25_161404_2014_spect.TXT 161353 4.29 5.52 30.15 5454 3000 10 17 631.02 - 631.02
7 Feb25_161435_2014_spect.TXT 161425 4.21 5.55 30.15 5463 2967 10 25 693.77 161500 60.76
8 Feb25_161500_2014_spect.TXT 161450 4.33 5.59 30.15 5463 3000 10 17 633.01 - 633.01
9 Feb25_161532_2014_spect.TXT 161521 4.29 5.59 30.15 5473 2975 10 25 703.08 161556 68.71
10 Feb25_161556_2014_spect.TXT 161546 4.36 5.52 30.15 5473 3000 10 17 634.36 - 634.36
11 Feb25_161646_2014_spect.TXT 161636 4.33 5.63 30.15 5482 2983 10 25 702.22 161711 67.98
12 Feb25_161711_2014_spect.TXT 161701 4.33 5.59 30.15 5482 3000 10 17 634.24 - 634.24
13 Feb25_161743_2014_spect.TXT 161733 4.36 5.55 30.15 5493 2992 10 25 695.08 161808 58.88
14 Feb25_161808_2014_spect.TXT 161757 4.36 5.55 30.15 5493 3000 10 17 636.20 - 636.20
15 Feb25_161840_2014_spect.TXT 161829 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10 25 683.94 161905 46.74
16 Feb25_161905_2014_spect.TXT 161854 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10 17 637.20 - 637.20
17 Feb25_161937_2014_spect.TXT 161926 4.40 5.59 30.15 5513 3009 10 25 675.67 162002 37.24
18 Feb25_162002_2014_spect.TXT 161951 4.44 5.59 30.15 5513 3000 10 17 638.43 - 638.43
19 Feb25_162034_2014_spect.TXT 162023 4.36 5.63 30.15 5522 3017 10 25 663.56 162059 24.10
DARK 20 Feb25_162059_2014_spect.TXT 162048 4.40 5.63 30.15 5522 3000 10 17 639.46 - 639.46
h2. Dépôt SVN
(cliquer sur l'onglet Dépôt)
* URL du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk/
* Administration du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu
* Administrateur : Etienne Pallier
* Groupes :
* grp-admin-chemcam : Admin du dépot CHEMCAM (RW sur racine).
* grp-chemcam : Les développeurs de CHEMCAM (RW sur branches).
* On peut également créer un groupe grp-readonly-chemcam (et mettre les droits en read-only sur tout le projet)
* Ajout d'utilisateurs
* On peut ajouter des utilisateurs extérieurs via l'interface web, puis les ajouter dans les groupes (en tant que "Utilisateurs affectés").
* Dans le cas des utilisateurs IRAP, il faut qu'ils se connectent une première fois sur https://usvn-idems.irap.omp.eu avec leur login/mdp IRAP avant de pouvoir être affectés dans les groupes du repository.
* Dashboard : le dashboard du projet est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu (=interface de gestion des utilisateurs, groupes et droits d'accès sur le repo, et également navigateur/explorateur du repo)
* Accès : Le repo SVN est accessible depuis partout dans le monde (svn-over-https only), la racine du repo est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/chemcam/
h2. Installation
S'assurer d'avoir python 2.7
Sur Mac, avec Macport, pour que la version 2.7 soit bien la version par défaut quand on tape "python" :
sudo port select --set python python27
$ which python
/opt/local/bin/python
$ python --version
Python 2.7.9
Mettre à jour MacPort :
sudo port -v selfupdate
sudo port upgrade outdated
{{toc}}
---
h2. SPECIFICATIONS
CAHIER DES CHARGES
==================
h3. Schéma de connexion
===================
PcEGSE <==RJ45==> EGSE <==serial==> ChemCam
ChemCam (garde tous les spectres en RAM) : serial==> BU (Body Unit) <== MU (Mast Unit)
- MU : fait les tirs
- BU : analyse les spectres
SOH (Spectra O? HK)
Type d’observation : sur la ligne DOLIBS modifier controlWord
==================
Bit # Bit Value Fonction si activé
----- --------- ------------------
0 1 Do focus : effectuer une focalisation (voir focusAlgorithm)
1 2 Pre dark spectra : acquisition d’un spectre dark AVANT les tirs
2 4 Post dark spectra : acquisition d’un spectre dark APRES les tirs
***
3 8 Enable laser : effectuer un (des) tir(s) laser (voir Nshots) (sinon, c'est un DARK)
***
4 16 Collect spectra : acquisition de spectre pendant les tirs
5 32 BS
==> 25 = 1+8+16 = tir avec laser
==> 17 = 1+0+16 = tir sans laser (DARK)
Bits 0 et 1 pas utilisés !!! :
Le mode (Bit0 ET Bit1 activés) ne fait pas des darks after et before satisfaisant donc on le fait séparément en faisant un spectre sans enable laser,
ce qui génère tous ces spectres avec un controlWord =17 dans la liste.
Fichier spectre :
===============
Suite d'intensités pour chaque canal (dans l'ordre 0, 1, 2, 3, ... 6444)
A représenter sur axe
- X : channel number, assimilable à longueur d'onde : 0 à 6444
- Y : intensité
Si fichier DARK, alors intensités (à peu près) constantes (toutes égales) :
==> donne le bruit de fond de l'instrument, puisque on a zero lumière
Stratégie :
=========
Prendre le last stack only
Lire fichier *_spect.TXT et *_SOH.TXT associé (celui qui est juste avant, < 5mn avant)
1 fich/jour
Methods to write :
findSOH(liste des *SOH.TXT du jour, spect.TXT)
==> convertit les noms SOH en timestamps, trouve le SOH qui est juste avant le spect.TXT (< 5mn avant)
findDARK(liste des *spect.TXT (dark), le spect.TXT pour lequel on veut le dark)
==> retourne le fichier dark qui est juste après (<5mn) (mais, peut être before...)
==> regarde un peu autour (avant et après)
findAutofocus(...)
==> *_afocus.TXT (juste prendre son nom, pas son contenu), qui est AVANT
EXEMPLE DE FICHIER RESULTAT (LOG) A OBTENIR (1 par jour)
===========================================
data_Feb25_2014_5
firstfile = Feb25_161115_2014_spect.TXT
lastfile = Feb25_162059_2014_spect.TXT
id, SPECT_file, SOH_file,
// from *_SOH.TXT file :
nbStacks // Nb de stacks (indiqué par le nb occurences de "mast SOH" qui indique le début d'un nouveau stack) - Prendre seulement les HK du LAST stack
temp_laser_min(degC), temp_laser_max(degC), // prendre min et max des 4 HK_Temp_Laser_1-4
temp_spect(C), // Spectrometer_Temp
pm(cnts), // Motor_Position
// from *_spect.TXT file :
dist(mm), // distance to target distToTarget
nshots, // (Nshots) ajouter ici "nshots_real" car le laser fait parfois plus de shots que prévu (erreur) (lire 1ère ligne pour savoir le nb de col)
controlWord, // 25 = tir avec laser, 17 = tir sans laser (DARK)
data_mean, // moyenne des data \ nbshots reels (= intensité moyenne ?) (à lire from >>>>>Begin Processed Spectral Data<<<<<)
dark_file, // remplacer par dark_file_before, dark_file_after (file name)
mean_spect_value - dark // (= data_mean - ???)
// Liste des fichiers *_spect.TXT associés avec leurs paramètres HK (trouvés dans *_SOH.TXT) :
id, SPECT_file, SOH_file, nbStacks, temp_laser_min, temp_laser_max, temp_spect, pm, dist(mm), nshots, controlWord, data_mean, dark_file_before, dark_file_after, mean_spect_value - dark
1 Feb25_161115_2014_spect.TXT 161055 nbStacks 4.25 5.44 30.15 5499 3000 10 25 677.39 161142 dark_file_after 50.28
DARK 2 Feb25_161142_2014_spect.TXT 161132 4.29 5.48 30.15 5499 3000 10 17 627.11 - 627.11
3 Feb25_161243_2014_spect.TXT 161210 4.29 5.33 30.15 5444 2951 10 25 649.07 161307 19.72
4 Feb25_161307_2014_spect.TXT 161257 4.25 5.55 30.15 5444 3000 10 17 629.35 - 629.35
5 Feb25_161339_2014_spect.TXT 161329 4.25 5.59 30.15 5454 2959 10 25 674.78 161404 43.76
6 Feb25_161404_2014_spect.TXT 161353 4.29 5.52 30.15 5454 3000 10 17 631.02 - 631.02
7 Feb25_161435_2014_spect.TXT 161425 4.21 5.55 30.15 5463 2967 10 25 693.77 161500 60.76
8 Feb25_161500_2014_spect.TXT 161450 4.33 5.59 30.15 5463 3000 10 17 633.01 - 633.01
9 Feb25_161532_2014_spect.TXT 161521 4.29 5.59 30.15 5473 2975 10 25 703.08 161556 68.71
10 Feb25_161556_2014_spect.TXT 161546 4.36 5.52 30.15 5473 3000 10 17 634.36 - 634.36
11 Feb25_161646_2014_spect.TXT 161636 4.33 5.63 30.15 5482 2983 10 25 702.22 161711 67.98
12 Feb25_161711_2014_spect.TXT 161701 4.33 5.59 30.15 5482 3000 10 17 634.24 - 634.24
13 Feb25_161743_2014_spect.TXT 161733 4.36 5.55 30.15 5493 2992 10 25 695.08 161808 58.88
14 Feb25_161808_2014_spect.TXT 161757 4.36 5.55 30.15 5493 3000 10 17 636.20 - 636.20
15 Feb25_161840_2014_spect.TXT 161829 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10 25 683.94 161905 46.74
16 Feb25_161905_2014_spect.TXT 161854 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10 17 637.20 - 637.20
17 Feb25_161937_2014_spect.TXT 161926 4.40 5.59 30.15 5513 3009 10 25 675.67 162002 37.24
18 Feb25_162002_2014_spect.TXT 161951 4.44 5.59 30.15 5513 3000 10 17 638.43 - 638.43
19 Feb25_162034_2014_spect.TXT 162023 4.36 5.63 30.15 5522 3017 10 25 663.56 162059 24.10
DARK 20 Feb25_162059_2014_spect.TXT 162048 4.40 5.63 30.15 5522 3000 10 17 639.46 - 639.46
h2. Dépôt SVN
(cliquer sur l'onglet Dépôt)
* URL du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk/
* Administration du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu
* Administrateur : Etienne Pallier
* Groupes :
* grp-admin-chemcam : Admin du dépot CHEMCAM (RW sur racine).
* grp-chemcam : Les développeurs de CHEMCAM (RW sur branches).
* On peut également créer un groupe grp-readonly-chemcam (et mettre les droits en read-only sur tout le projet)
* Ajout d'utilisateurs
* On peut ajouter des utilisateurs extérieurs via l'interface web, puis les ajouter dans les groupes (en tant que "Utilisateurs affectés").
* Dans le cas des utilisateurs IRAP, il faut qu'ils se connectent une première fois sur https://usvn-idems.irap.omp.eu avec leur login/mdp IRAP avant de pouvoir être affectés dans les groupes du repository.
* Dashboard : le dashboard du projet est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu (=interface de gestion des utilisateurs, groupes et droits d'accès sur le repo, et également navigateur/explorateur du repo)
* Accès : Le repo SVN est accessible depuis partout dans le monde (svn-over-https only), la racine du repo est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/chemcam/
h2. Installation
S'assurer d'avoir python 2.7
Sur Mac, avec Macport, pour que la version 2.7 soit bien la version par défaut quand on tape "python" :
sudo port select --set python python27
$ which python
/opt/local/bin/python
$ python --version
Python 2.7.9
Mettre à jour MacPort :
sudo port -v selfupdate
sudo port upgrade outdated