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Version 106 (Etienne Pallier, 04/30/2015 10:56 am)

1 1 Etienne Pallier
h1. Wiki
2 1 Etienne Pallier
3 8 Etienne Pallier
{{toc}}
4 3 Etienne Pallier
5 105 Etienne Pallier
6 35 Etienne Pallier
---
7 35 Etienne Pallier
8 105 Etienne Pallier
h2. UTILISATION EFFECTIVE EN SALLE BLANCHE
9 105 Etienne Pallier
10 106 Etienne Pallier
http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Utilisation_du_logiciel_C_SPEC_H
11 105 Etienne Pallier
12 105 Etienne Pallier
13 105 Etienne Pallier
---
14 105 Etienne Pallier
15 35 Etienne Pallier
h2. DEPOT SVN
16 35 Etienne Pallier
17 35 Etienne Pallier
(cliquer sur l'onglet Dépôt)
18 35 Etienne Pallier
19 35 Etienne Pallier
 * URL du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk/
20 35 Etienne Pallier
21 35 Etienne Pallier
 * Administration du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu
22 35 Etienne Pallier
23 35 Etienne Pallier
 * Administrateur : Etienne Pallier
24 35 Etienne Pallier
25 35 Etienne Pallier
 * Groupes :
26 76 Etienne Pallier
27 35 Etienne Pallier
   * grp-admin-chemcam : Admin du dépot CHEMCAM (RW sur racine).
28 35 Etienne Pallier
   * grp-chemcam : Les développeurs de CHEMCAM (RW sur branches).
29 35 Etienne Pallier
   * On peut également créer un groupe grp-readonly-chemcam (et mettre les droits en read-only sur tout le projet)
30 35 Etienne Pallier
31 35 Etienne Pallier
 * Ajout d'utilisateurs 
32 35 Etienne Pallier
33 11 Etienne Pallier
  * On peut ajouter des utilisateurs extérieurs via l'interface web, puis les ajouter dans les groupes (en tant que "Utilisateurs affectés").
34 42 Etienne Pallier
  * Dans le cas des utilisateurs IRAP, il faut qu'ils se connectent une première fois sur https://usvn-idems.irap.omp.eu avec leur login/mdp IRAP avant de pouvoir être affectés dans les groupes du repository.
35 41 Etienne Pallier
36 104 Etienne Pallier
 * Dashboard : le dashboard du projet est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu (=interface de gestion des utilisateurs, groupes et droits d'accès sur le repo, et également navigateur/explorateur du repo)
37 104 Etienne Pallier
38 104 Etienne Pallier
 * Accès : Le repo SVN est accessible depuis partout dans le monde (svn-over-https only), la racine du repo est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/chemcam/
39 104 Etienne Pallier
40 104 Etienne Pallier
 * TODO: passer sur SourceSup : https://sourcesup.renater.fr, https://sourcesup.cru.fr/
41 104 Etienne Pallier
42 104 Etienne Pallier
43 104 Etienne Pallier
44 104 Etienne Pallier
45 12 Etienne Pallier
---
46 11 Etienne Pallier
47 11 Etienne Pallier
h2. SPECIFICATIONS
48 1 Etienne Pallier
49 11 Etienne Pallier
50 12 Etienne Pallier
h3. Schéma de connexion
51 11 Etienne Pallier
52 11 Etienne Pallier
PcEGSE <==RJ45==> EGSE <==serial==> ChemCam
53 11 Etienne Pallier
54 11 Etienne Pallier
ChemCam (garde tous les spectres en RAM) : serial==> BU (Body Unit) <== MU (Mast Unit)
55 11 Etienne Pallier
- MU : fait les tirs
56 11 Etienne Pallier
- BU : analyse les spectres
57 11 Etienne Pallier
58 11 Etienne Pallier
SOH (Spectra O? HK)
59 11 Etienne Pallier
60 30 Etienne Pallier
h3. Types d’observations
61 30 Etienne Pallier
62 30 Etienne Pallier
(sur la ligne DOLIBS modifier controlWord)
63 11 Etienne Pallier
64 11 Etienne Pallier
Bit # 	Bit Value	Fonction si activé
65 11 Etienne Pallier
-----	---------	------------------
66 11 Etienne Pallier
67 11 Etienne Pallier
0		1	 	Do focus : effectuer une focalisation (voir focusAlgorithm)
68 11 Etienne Pallier
69 11 Etienne Pallier
1		2	 	Pre dark spectra : acquisition d’un spectre dark AVANT les tirs
70 1 Etienne Pallier
71 11 Etienne Pallier
2		4 		Post dark spectra : acquisition d’un spectre dark APRES les tirs
72 11 Etienne Pallier
73 20 Etienne Pallier
*3		8 		Enable laser : effectuer un (des) tir(s) laser (voir Nshots) (sinon, c'est un DARK)*
74 11 Etienne Pallier
75 11 Etienne Pallier
4		16 		Collect spectra : acquisition de spectre pendant les tirs
76 11 Etienne Pallier
77 11 Etienne Pallier
5		32 		BS
78 11 Etienne Pallier
79 11 Etienne Pallier
80 14 Etienne Pallier
=> 25 = 1+8+16 = tir avec laser
81 14 Etienne Pallier
=> 17 = 1+0+16 = tir sans laser (DARK)
82 11 Etienne Pallier
83 11 Etienne Pallier
Bits 0 et 1 pas utilisés !!! :
84 11 Etienne Pallier
Le mode (Bit0 ET Bit1 activés) ne fait pas des darks after et before satisfaisant donc on le fait séparément en faisant un spectre sans enable laser,
85 1 Etienne Pallier
ce qui génère tous ces spectres avec un controlWord =17 dans la liste.
86 11 Etienne Pallier
87 31 Etienne Pallier
h3. Fichier spectre
88 11 Etienne Pallier
89 11 Etienne Pallier
Suite d'intensités pour chaque canal (dans l'ordre 0, 1, 2, 3, ... 6444)
90 11 Etienne Pallier
A représenter sur axe 
91 11 Etienne Pallier
- X : channel number, assimilable à longueur d'onde : 0 à 6444
92 11 Etienne Pallier
- Y : intensité
93 11 Etienne Pallier
94 11 Etienne Pallier
Si fichier DARK, alors intensités (à peu près) constantes (toutes égales) :
95 14 Etienne Pallier
=> donne le bruit de fond de l'instrument, puisque on a zero lumière
96 1 Etienne Pallier
97 32 Etienne Pallier
h3. Stratégie de développement
98 13 Etienne Pallier
99 11 Etienne Pallier
Prendre le last stack only
100 11 Etienne Pallier
101 11 Etienne Pallier
Lire fichier *_spect.TXT et *_SOH.TXT associé (celui qui est juste avant, < 5mn avant)
102 11 Etienne Pallier
103 11 Etienne Pallier
1 fich/jour
104 11 Etienne Pallier
105 11 Etienne Pallier
Methods to write :
106 11 Etienne Pallier
107 11 Etienne Pallier
findSOH(liste des *SOH.TXT du jour, spect.TXT)
108 16 Etienne Pallier
=> convertit les noms SOH en timestamps, trouve le SOH qui est juste avant le spect.TXT (< 5mn avant)
109 11 Etienne Pallier
110 11 Etienne Pallier
findDARK(liste des *spect.TXT (dark), le spect.TXT pour lequel on veut le dark)
111 16 Etienne Pallier
=> retourne le fichier dark qui est juste après (<5mn) (mais, peut être before...)
112 16 Etienne Pallier
=> regarde un peu autour (avant et après)
113 11 Etienne Pallier
114 11 Etienne Pallier
findAutofocus(...)
115 16 Etienne Pallier
=> *_afocus.TXT (juste prendre son nom, pas son contenu), qui est AVANT
116 11 Etienne Pallier
117 15 Etienne Pallier
h3. EXEMPLE DE FICHIER RESULTAT (LOG) A OBTENIR (1 par jour)
118 11 Etienne Pallier
119 11 Etienne Pallier
data_Feb25_2014_5 
120 11 Etienne Pallier
firstfile = Feb25_161115_2014_spect.TXT
121 11 Etienne Pallier
lastfile = Feb25_162059_2014_spect.TXT
122 1 Etienne Pallier
123 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, 
124 1 Etienne Pallier
125 11 Etienne Pallier
// from *_SOH.TXT file :
126 15 Etienne Pallier
nbStacks					// Nb de stacks (indiqué par le nb occurences de "mast SOH" qui indique le début d'un nouveau stack) - Prendre seulement les HK du LAST stack
127 1 Etienne Pallier
temp_laser_min(degC), temp_laser_max(degC),	// prendre min et max des 4 HK_Temp_Laser_1-4
128 15 Etienne Pallier
temp_spect(C), 					// Spectrometer_Temp
129 15 Etienne Pallier
pm(cnts), 					// Motor_Position
130 11 Etienne Pallier
131 11 Etienne Pallier
// from *_spect.TXT file :
132 15 Etienne Pallier
dist(mm),					// distance to target distToTarget
133 15 Etienne Pallier
nshots, 					// (Nshots) ajouter ici "nshots_real" car le laser fait parfois plus de shots que prévu (erreur) (lire 1ère ligne pour savoir le nb de col)
134 15 Etienne Pallier
controlWord, 					// 25 = tir avec laser,  17 = tir sans laser (DARK)
135 15 Etienne Pallier
data_mean,					// moyenne des data \ nbshots reels (= intensité moyenne ?) (à lire from >>>>>Begin Processed Spectral Data<<<<<)
136 15 Etienne Pallier
dark_file, 					// remplacer par dark_file_before, dark_file_after (file name)
137 15 Etienne Pallier
mean_spect_value - dark				// (= data_mean - ???)
138 11 Etienne Pallier
139 11 Etienne Pallier
140 11 Etienne Pallier
// Liste des fichiers *_spect.TXT associés avec leurs paramètres HK (trouvés dans *_SOH.TXT) :
141 11 Etienne Pallier
142 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, nbStacks, temp_laser_min, temp_laser_max, temp_spect, pm, dist(mm), nshots, controlWord, data_mean, dark_file_before, dark_file_after, mean_spect_value - dark
143 11 Etienne Pallier
144 11 Etienne Pallier
  1 Feb25_161115_2014_spect.TXT 161055 nbStacks 4.25 5.44 30.15 5499 3000 10  25   677.39 161142 dark_file_after 50.28 
145 15 Etienne Pallier
  2 (D)Feb25_161142_2014_spect.TXT 161132 4.29 5.48 30.15 5499 3000 10  17   627.11 -        627.11 
146 11 Etienne Pallier
  3 Feb25_161243_2014_spect.TXT 161210 4.29 5.33 30.15 5444 2951 10  25   649.07 161307    19.72 
147 11 Etienne Pallier
  4 Feb25_161307_2014_spect.TXT 161257 4.25 5.55 30.15 5444 3000 10  17   629.35 -        629.35 
148 11 Etienne Pallier
  5 Feb25_161339_2014_spect.TXT 161329 4.25 5.59 30.15 5454 2959 10  25   674.78 161404    43.76 
149 1 Etienne Pallier
  6 Feb25_161404_2014_spect.TXT 161353 4.29 5.52 30.15 5454 3000 10  17   631.02 -        631.02 
150 1 Etienne Pallier
  7 Feb25_161435_2014_spect.TXT 161425 4.21 5.55 30.15 5463 2967 10  25   693.77 161500    60.76 
151 11 Etienne Pallier
  8 Feb25_161500_2014_spect.TXT 161450 4.33 5.59 30.15 5463 3000 10  17   633.01 -        633.01 
152 11 Etienne Pallier
  9 Feb25_161532_2014_spect.TXT 161521 4.29 5.59 30.15 5473 2975 10  25   703.08 161556    68.71 
153 11 Etienne Pallier
 10 Feb25_161556_2014_spect.TXT 161546 4.36 5.52 30.15 5473 3000 10  17   634.36 -        634.36 
154 11 Etienne Pallier
 11 Feb25_161646_2014_spect.TXT 161636 4.33 5.63 30.15 5482 2983 10  25   702.22 161711    67.98 
155 11 Etienne Pallier
 12 Feb25_161711_2014_spect.TXT 161701 4.33 5.59 30.15 5482 3000 10  17   634.24 -        634.24 
156 11 Etienne Pallier
 13 Feb25_161743_2014_spect.TXT 161733 4.36 5.55 30.15 5493 2992 10  25   695.08 161808    58.88 
157 11 Etienne Pallier
 14 Feb25_161808_2014_spect.TXT 161757 4.36 5.55 30.15 5493 3000 10  17   636.20 -        636.20 
158 11 Etienne Pallier
 15 Feb25_161840_2014_spect.TXT 161829 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  25   683.94 161905    46.74 
159 11 Etienne Pallier
 16 Feb25_161905_2014_spect.TXT 161854 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  17   637.20 -        637.20 
160 11 Etienne Pallier
 17 Feb25_161937_2014_spect.TXT 161926 4.40 5.59 30.15 5513 3009 10  25   675.67 162002    37.24 
161 11 Etienne Pallier
 18 Feb25_162002_2014_spect.TXT 161951 4.44 5.59 30.15 5513 3000 10  17   638.43 -        638.43 
162 11 Etienne Pallier
 19 Feb25_162034_2014_spect.TXT 162023 4.36 5.63 30.15 5522 3017 10  25   663.56 162059    24.10 
163 15 Etienne Pallier
 20 (D) Feb25_162059_2014_spect.TXT 162048 4.40 5.63 30.15 5522 3000 10  17   639.46 -        639.46
164 15 Etienne Pallier
165 46 Etienne Pallier
h3. CAS EXCEPTIONNELS à traiter (Exceptions)
166 43 Etienne Pallier
167 43 Etienne Pallier
 * NoDataFileFoundException : pas de fichier (ni Spectre ni SOH) dans le dossier DATA/
168 43 Etienne Pallier
169 43 Etienne Pallier
 * MalformedFileException : fichier (Spectre ou SOH) avec format incorrect
170 43 Etienne Pallier
171 43 Etienne Pallier
 * UnknownCaseException : Cas inconnu ; par exemple, controlWord ni 17 (DARK) ni 25 (PAS DARK) !!!
172 43 Etienne Pallier
173 47 Etienne Pallier
 * noSOHFileFoundForSpectraFileException : pas de fichier SOH (HK) trouvé pour un fichier Spectra (data)
174 47 Etienne Pallier
175 99 Etienne Pallier
h3. EVOLUTIONS DU PROJET suite à réunions du 29/4/15 et du 5/5/15
176 98 Etienne Pallier
177 99 Etienne Pallier
Réunion le 29/4/15 avec WR, AC, PM, et EP
178 98 Etienne Pallier
179 99 Etienne Pallier
Réunion le 5/5/15 avec OG, WR, AC, PM, et EP
180 98 Etienne Pallier
181 101 Etienne Pallier
*Objectif final* : Faire collaborer les 3 outils C-Spec-HK, C-GDL, et la prise de photos par la webcam du pc portable de la salle blanche
182 101 Etienne Pallier
183 100 Etienne Pallier
C-Spec-HK est déjà installé sur le pc-EGSE. Il faudra y ajouter C-GDL.
184 100 Etienne Pallier
Dans l'idéal, la communication avec la webcam nécessitera de mettre les 2 pc (PC-EGSE et le portable webcam) en réseau (soit sur le réseau global IRAP, soit sur un réseau privé salle blanche avec un hub ou switch ; sachant que pc-EGSE est déjà en réseau privé avec le BU-EGSE, il faudrait donc mettre ces 3 éléments sur un même réseau).
185 1 Etienne Pallier
En attendant, on pourrait se contenter d'un "mode dégradé", qui consisterait à copier manuellement (via clé ou disque usb) les photos de la webcam sur le pc-EGSE
186 98 Etienne Pallier
187 101 Etienne Pallier
*Adaptations nécessaires sur les logiciels (C-Spec-HK et C-GDL) :*
188 100 Etienne Pallier
189 102 Etienne Pallier
*1) C-GDL*
190 1 Etienne Pallier
191 102 Etienne Pallier
C-GDL réalise 1 contexte par cible
192 98 Etienne Pallier
193 102 Etienne Pallier
Lancer C-GDL au démarrage du pc
194 1 Etienne Pallier
195 102 Etienne Pallier
(OPT: Créer un contexte vide par défaut au démarrage, mais pas forcément nécessaire)
196 1 Etienne Pallier
197 102 Etienne Pallier
Cible LIBS only (enlever RMI et FOCUS)
198 1 Etienne Pallier
199 102 Etienne Pallier
Créer un fichier xml sur SAVE (contenant uniquement le contexte de la cible) :
200 102 Etienne Pallier
actuellement, ce fichier n'est pas créé séparément, il est ajouté à un fichier CgdlContextList.xml dans le répertoire du programme
201 102 Etienne Pallier
(trié par date puis par nom de cible)
202 102 Etienne Pallier
=> Ajouter un nouveau bouton "Save Context" (en plus du bouton "Save") qui crée un fichier séparé du contexte (xml)
203 1 Etienne Pallier
204 102 Etienne Pallier
Ajouter un bouton "RESET ALL" sur le premier onglet (Observation) qui remet TOUS les onglets à leurs valeurs par défaut
205 1 Etienne Pallier
206 102 Etienne Pallier
Dans l'idéal, plutôt que d'être codées en dur, les valeurs par défaut doivent être dans un fichier xml DEFAULT.xml (que l'on pourra ainsi faire évoluer dans le temps sans avoir à toucher au code)
207 1 Etienne Pallier
208 102 Etienne Pallier
Au démarrage : on part sur un nouveau contexte avec les valeurs par défaut standard
209 103 Etienne Pallier
Une fois le contexte créé, il reste actif pendant toute l'utilisation du logiciel,
210 103 Etienne Pallier
et ne change que si on change le nom de la cible.
211 1 Etienne Pallier
212 103 Etienne Pallier
Le fichier contexte ne contient que l'heure, il faudrait ajouter minutes et secondes.
213 103 Etienne Pallier
214 102 Etienne Pallier
VALEURS PAR DEFAUT des champs pour chaque onglet :
215 1 Etienne Pallier
216 1 Etienne Pallier
Observation :
217 1 Etienne Pallier
- type : LIBS
218 1 Etienne Pallier
219 1 Etienne Pallier
Target :
220 1 Etienne Pallier
- granulo : unknown
221 1 Etienne Pallier
- rough : unknown
222 1 Etienne Pallier
- size : 1-5 cm
223 1 Etienne Pallier
- albedo : remplacer 0 par unknown
224 1 Etienne Pallier
- origin : ajouter PELLET
225 1 Etienne Pallier
- composition : unknown
226 1 Etienne Pallier
227 1 Etienne Pallier
Env :
228 1 Etienne Pallier
- Mars
229 1 Etienne Pallier
- pressure : controlled
230 1 Etienne Pallier
231 1 Etienne Pallier
Hard :
232 1 Etienne Pallier
- Location : IRAP
233 1 Etienne Pallier
- body unit : + Chemcam EM 2013 (par défaut)
234 1 Etienne Pallier
- Ctrl/cde : LANL/GSE
235 1 Etienne Pallier
- Mast : CC EQM
236 98 Etienne Pallier
- Fiber : FM-like
237 98 Etienne Pallier
238 98 Etienne Pallier
Dist :
239 98 Etienne Pallier
- Obtained : autofocus
240 98 Etienne Pallier
241 98 Etienne Pallier
Misc :
242 98 Etienne Pallier
- temperature : désactiver
243 98 Etienne Pallier
- SOH : yes
244 98 Etienne Pallier
- more comments : 
245 102 Etienne Pallier
"Sample in Martian chamber
246 98 Etienne Pallier
With folding mirror
247 102 Etienne Pallier
Laser in cold chamber"
248 102 Etienne Pallier
- Laser freq : 3 Hz
249 102 Etienne Pallier
- Existing of laser : désactiver
250 98 Etienne Pallier
251 102 Etienne Pallier
END :
252 98 Etienne Pallier
bouton Save Context (rouge si pas encore fait, ou bien le nom du fichier en rouge ?)
253 98 Etienne Pallier
254 103 Etienne Pallier
Voir avec Agnès : Faut-il vraiment maintenir la fonctionnalité "ajouter des fichiers numériques au contexte" ?
255 98 Etienne Pallier
256 98 Etienne Pallier
257 102 Etienne Pallier
*2) C-Spec-HK*
258 102 Etienne Pallier
259 1 Etienne Pallier
DARK BEFORE/AFTER : priorité au DARK AFTER
260 1 Etienne Pallier
Le DARK BEFORE est très rare, il existerait seulement si il y a 2 DARK à la suite (le 2ème serait le DARK BEFORE du SPECTRE LIBS qui arrive ensuite)
261 103 Etienne Pallier
=> pour simplifier, on peut le supprimer (donc supprimer 2 colonnes dans le fichier LOG)
262 1 Etienne Pallier
263 103 Etienne Pallier
Passer le délai de la boucle du traitement quotidien à 2 secondes (au lieu de 60 actuellement)
264 1 Etienne Pallier
265 103 Etienne Pallier
Les 2 fichiers "LOG général" et "LOG du jour" doivent s’afficher automatiquement au démarrage
266 102 Etienne Pallier
267 103 Etienne Pallier
Le LOG général affiche l'état en cours d'exécution du script, pour savoir où on en est :
268 103 Etienne Pallier
- a) traitement global des fichiers, avec affichage des dossiers jours créés
269 103 Etienne Pallier
Ne pas afficher le contenu de /home/vx/EQM_DATA/
270 1 Etienne Pallier
(log files « created » in …)
271 102 Etienne Pallier
car ces dossiers ont été créés antérieurement
272 103 Etienne Pallier
N’afficher le contenu QUE du dossier qui vient d’être créé
273 103 Etienne Pallier
- b) traitement quotidien des fichiers du jour, avec affichage de : 
274 103 Etienne Pallier
  - numéro d'itération
275 103 Etienne Pallier
  - fichiers SPECTRE et SOH traités (+ leur nombre)
276 102 Etienne Pallier
277 103 Etienne Pallier
Le LOG quotidien affiche le contenu du fichier LOG du jour (qui se remplit au fur et à mesure)
278 102 Etienne Pallier
279 102 Etienne Pallier
Mettre les 4 champs de température laser
280 102 Etienne Pallier
281 103 Etienne Pallier
Formule pour distance à partir de pm (quelqu'un doit me la donner)
282 102 Etienne Pallier
(supprimer dist(mm))
283 102 Etienne Pallier
284 103 Etienne Pallier
Supprimer nshots
285 102 Etienne Pallier
286 102 Etienne Pallier
Créer un dossier avec pour nom datedujour+contexte-name/
287 102 Etienne Pallier
Si pas de contexte avec la date du jour (au démarrage), créer un dossier datedujour+NO-CONTEXT/
288 103 Etienne Pallier
Quand le contexte change (un nouveau fichier contexte a été créé via C-GDL), alors un nouveau dossier est créé
289 103 Etienne Pallier
*Problème : que va-t-il se passer si le contexte est créé A POSTERIORI, après avoir fait tous les tirs ???*
290 102 Etienne Pallier
291 103 Etienne Pallier
(Technique interne : Ne laisser que c-spec-hk-workflow à la racine du projet, le reste doit être dans un sous-dossier (contiendra c-spec-hk + tests))
292 98 Etienne Pallier
293 98 Etienne Pallier
294 98 Etienne Pallier
295 98 Etienne Pallier
296 98 Etienne Pallier
297 98 Etienne Pallier
298 98 Etienne Pallier
299 98 Etienne Pallier
300 98 Etienne Pallier
301 98 Etienne Pallier
302 98 Etienne Pallier
303 98 Etienne Pallier
304 98 Etienne Pallier
305 98 Etienne Pallier
306 98 Etienne Pallier
307 98 Etienne Pallier
308 98 Etienne Pallier
309 98 Etienne Pallier
310 98 Etienne Pallier
311 98 Etienne Pallier
312 98 Etienne Pallier
313 98 Etienne Pallier
314 98 Etienne Pallier
315 98 Etienne Pallier
316 98 Etienne Pallier
317 98 Etienne Pallier
318 98 Etienne Pallier
319 17 Etienne Pallier
320 11 Etienne Pallier
321 86 Etienne Pallier
---
322 4 Etienne Pallier
323 83 Etienne Pallier
h2. RECUPERATION DU PROJET
324 91 Etienne Pallier
325 83 Etienne Pallier
326 83 Etienne Pallier
*a) Directement, depuis svn*
327 83 Etienne Pallier
328 83 Etienne Pallier
svn co https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
329 83 Etienne Pallier
330 83 Etienne Pallier
Si on ne veut pas rester synchronisé avec le repository (juste une copie du projet au temps t, sans les fichiers de versionning .svn) : 
331 1 Etienne Pallier
332 90 Etienne Pallier
svn export https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
333 90 Etienne Pallier
334 91 Etienne Pallier
335 58 Etienne Pallier
336 1 Etienne Pallier
*b) Par téléchargement (100 Mo à cause des données)*
337 1 Etienne Pallier
338 1 Etienne Pallier
https://projects.irap.omp.eu/attachments/download/1237/c-spec-hk_1.1.tgz
339 86 Etienne Pallier
340 95 Etienne Pallier
h2. EXECUTION
341 92 Etienne Pallier
342 92 Etienne Pallier
h3. 1) PRÉREQUIS : Python 2.7
343 92 Etienne Pallier
344 92 Etienne Pallier
h4. Sur Mac (Machine de développement)
345 92 Etienne Pallier
346 92 Etienne Pallier
Avec Macport, pour que la version 2.7 soit bien la version par défaut quand on tape "python" :
347 92 Etienne Pallier
348 92 Etienne Pallier
sudo port select --set python python27
349 92 Etienne Pallier
350 92 Etienne Pallier
$ which python
351 92 Etienne Pallier
/opt/local/bin/python
352 92 Etienne Pallier
353 92 Etienne Pallier
$ python --version
354 92 Etienne Pallier
Python 2.7.9
355 92 Etienne Pallier
356 92 Etienne Pallier
Mettre à jour MacPort :
357 92 Etienne Pallier
sudo port -v selfupdate
358 92 Etienne Pallier
sudo port upgrade outdated
359 92 Etienne Pallier
360 92 Etienne Pallier
361 92 Etienne Pallier
h4. Sur CentOS 6.5 (serveur de production)
362 92 Etienne Pallier
363 92 Etienne Pallier
(fait le 19/3/15 sur le pc-EGSE Chemcam ; cf fiche wiki du pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour)
364 92 Etienne Pallier
365 92 Etienne Pallier
Par défaut, Cent0S 6.5 propose Python 2.6
366 92 Etienne Pallier
367 94 Etienne Pallier
(Voir l'installation de Python 2.7 faite sur le pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Installation_de_Python_2_7)
368 86 Etienne Pallier
369 89 Etienne Pallier
h3. 2) EXECUTING TESTS
370 89 Etienne Pallier
371 86 Etienne Pallier
h4. Depuis Eclipse
372 86 Etienne Pallier
373 86 Etienne Pallier
Ouvrir la console adaptée : Window / Show View / PyUnit
374 86 Etienne Pallier
clic-droit sur test/c_spec_hk_TEST.py
375 86 Etienne Pallier
Run As / Python unit-test
376 89 Etienne Pallier
377 86 Etienne Pallier
378 89 Etienne Pallier
h4. En mode ligne de commande
379 86 Etienne Pallier
380 72 Etienne Pallier
h5. TESTS faits avec Python 2.7
381 72 Etienne Pallier
382 1 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
383 72 Etienne Pallier
384 73 Etienne Pallier
cd test/
385 1 Etienne Pallier
386 72 Etienne Pallier
$ py27 premiertest.py
387 1 Etienne Pallier
<pre>
388 72 Etienne Pallier
...
389 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
390 1 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
391 72 Etienne Pallier
392 72 Etienne Pallier
OK
393 73 Etienne Pallier
</pre>
394 72 Etienne Pallier
395 72 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk_TEST.py
396 72 Etienne Pallier
397 72 Etienne Pallier
<pre>
398 72 Etienne Pallier
...
399 1 Etienne Pallier
======================================================================
400 62 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
401 1 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 5.833s
402 1 Etienne Pallier
403 72 Etienne Pallier
OK
404 72 Etienne Pallier
</pre>
405 1 Etienne Pallier
406 62 Etienne Pallier
407 72 Etienne Pallier
408 72 Etienne Pallier
409 70 Etienne Pallier
*2) Tests de Performance (Benchmark)*
410 70 Etienne Pallier
411 62 Etienne Pallier
Depuis la racine du projet :
412 62 Etienne Pallier
413 62 Etienne Pallier
<pre>
414 62 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk.py -t
415 62 Etienne Pallier
...Executing main program...
416 62 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
417 62 Etienne Pallier
418 62 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
419 62 Etienne Pallier
420 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
421 62 Etienne Pallier
0.000790863037109
422 62 Etienne Pallier
423 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
424 62 Etienne Pallier
0.000117941689491
425 62 Etienne Pallier
426 62 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
427 62 Etienne Pallier
0.0429699897766
428 62 Etienne Pallier
429 62 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
430 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
431 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
432 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
433 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
434 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
435 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
436 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
437 62 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
438 62 Etienne Pallier
total 56
439 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20110223
440 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2011_0223_logs.csv
441 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20130223
442 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2013_0223_logs.csv
443 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140123
444 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0123_logs.csv
445 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140223
446 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0223_logs.csv
447 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140225
448 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  16:39 2014_0225_logs.csv
449 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140226
450 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  16:39 2014_0226_logs.csv
451 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20150223
452 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2015_0223_logs.csv
453 62 Etienne Pallier
454 62 Etienne Pallier
1.91459012032
455 1 Etienne Pallier
Average time per day : 0.273513
456 1 Etienne Pallier
457 1 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
458 62 Etienne Pallier
459 1 Etienne Pallier
</pre>
460 86 Etienne Pallier
461 89 Etienne Pallier
462 86 Etienne Pallier
463 72 Etienne Pallier
h5. TESTS faits avec Python 2.6
464 1 Etienne Pallier
465 72 Etienne Pallier
C'est encore possible de faire tourner le logiciel en Python 2.6 dans la version 1.1.x, mais ça ne sera plus garanti dans l'avenir (à partir de la version 1.2.x)
466 1 Etienne Pallier
467 72 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
468 1 Etienne Pallier
469 72 Etienne Pallier
cd test/
470 72 Etienne Pallier
471 72 Etienne Pallier
$ python premiertest.py
472 72 Etienne Pallier
<pre>
473 72 Etienne Pallier
...
474 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
475 72 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
476 72 Etienne Pallier
477 72 Etienne Pallier
OK
478 72 Etienne Pallier
</pre>
479 72 Etienne Pallier
480 72 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk_TEST.py
481 72 Etienne Pallier
482 72 Etienne Pallier
<pre>
483 72 Etienne Pallier
...
484 72 Etienne Pallier
======================================================================
485 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
486 72 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 6.742s
487 72 Etienne Pallier
488 72 Etienne Pallier
OK
489 72 Etienne Pallier
</pre>
490 72 Etienne Pallier
491 72 Etienne Pallier
---
492 72 Etienne Pallier
493 72 Etienne Pallier
494 72 Etienne Pallier
*2) Tests de Performance (Benchmark)*
495 72 Etienne Pallier
496 58 Etienne Pallier
Depuis la racine du projet 
497 58 Etienne Pallier
498 58 Etienne Pallier
$ ./c_spec_hk.py -t
499 58 Etienne Pallier
<pre>
500 58 Etienne Pallier
...Executing main program...
501 58 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
502 58 Etienne Pallier
503 58 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
504 58 Etienne Pallier
505 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
506 58 Etienne Pallier
0.00105306601524
507 58 Etienne Pallier
508 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
509 58 Etienne Pallier
0.000152537894249
510 58 Etienne Pallier
511 58 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
512 58 Etienne Pallier
0.0518409013748
513 58 Etienne Pallier
514 58 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
515 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
516 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
517 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
518 1 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
519 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
520 59 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
521 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
522 58 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
523 58 Etienne Pallier
total 56
524 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20110223
525 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2011_0223_logs.csv
526 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20130223
527 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2013_0223_logs.csv
528 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140123
529 1 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0123_logs.csv
530 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140223
531 80 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0223_logs.csv
532 21 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140225
533 25 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  14:01 2014_0225_logs.csv
534 1 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140226
535 22 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  14:01 2014_0226_logs.csv
536 22 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20150223
537 21 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2015_0223_logs.csv
538 21 Etienne Pallier
539 77 Etienne Pallier
2.33647012711
540 21 Etienne Pallier
Average time per day : 0.333781
541 21 Etienne Pallier
542 1 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
543 96 Etienne Pallier
</pre>
544 21 Etienne Pallier
545 97 Etienne Pallier
h3. 3) EXECUTING MAIN SCRIPT 
546 1 Etienne Pallier
547 88 Etienne Pallier
h4. Depuis Eclipse
548 88 Etienne Pallier
549 21 Etienne Pallier
clic-droit sur c_spec_hk.py
550 97 Etienne Pallier
Run As / Python Run
551 21 Etienne Pallier
552 21 Etienne Pallier
h4. In Command line mode
553 1 Etienne Pallier
554 80 Etienne Pallier
	a) Pour voir l'aide :
555 81 Etienne Pallier
556 80 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk.py -h
557 1 Etienne Pallier
558 80 Etienne Pallier
...Executing main program...
559 1 Etienne Pallier
560 81 Etienne Pallier
Usage:
561 1 Etienne Pallier
562 81 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py [-i <inputDataDir>] [-o <outputLogDir>]
563 1 Etienne Pallier
OR
564 81 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py [--inputDir=<inputDataDir>] [--outputDir=<outputLogDir>]
565 1 Etienne Pallier
566 80 Etienne Pallier
Ex: python27 c_spec_hk.py-i './DATA' -o './LOGS'
567 80 Etienne Pallier
568 80 Etienne Pallier
All options available are (none is mandatory) :
569 80 Etienne Pallier
-d : activate DEBUG mode
570 80 Etienne Pallier
-h : print this HELP message
571 80 Etienne Pallier
-n : do NOT create sub-directories (like YYYYMMDD) for each day
572 80 Etienne Pallier
-t : test execution TIME of several methods
573 1 Etienne Pallier
-v : print current VERSION number
574 21 Etienne Pallier
-i <inputDataDir> or --input=<inputDataDir> : set INPUT directory from where DATA files are READ (default is "DATA")
575 1 Etienne Pallier
-o <outputDataDir> or --output=<outputLogDir> : set OUTPUT directory where LOG files are WRITTEN to (default is "LOGS")
576 81 Etienne Pallier
577 80 Etienne Pallier
578 23 Etienne Pallier
579 81 Etienne Pallier
	b) Speed testing (benchmark)
580 21 Etienne Pallier
581 21 Etienne Pallier
cf https://projects.irap.omp.eu/projects/cspechkanalyser/wiki/Wiki#TESTS-faits-avec-Python-27 (section "Tests de performance")
582 21 Etienne Pallier
583 21 Etienne Pallier
584 82 Etienne Pallier
	c) Pour faire un test avec les données d'échantillon fournies :
585 1 Etienne Pallier
586 82 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py -i test/DATASET/UC0_NOMINAL/DATA -o /tmp/LOGS
587 82 Etienne Pallier
588 21 Etienne Pallier
(il faudra d'abord créer le dossier LOGS/ dans /tmp)
589 21 Etienne Pallier
590 82 Etienne Pallier
Exemple d'affichage attendu :
591 21 Etienne Pallier
592 82 Etienne Pallier
...Executing main program...
593 82 Etienne Pallier
594 21 Etienne Pallier
inputDataDir is "test/DATASET/UC0_NOMINAL/DATA"
595 82 Etienne Pallier
ouputLogDir is "/tmp/LOGS"
596 82 Etienne Pallier
597 21 Etienne Pallier
The DATA DIR (input) contains 126 files (total)
598 82 Etienne Pallier
The DATA DIR (input) contains 26 SPECTRA text files
599 82 Etienne Pallier
600 21 Etienne Pallier
Log files created in /tmp/LOGS/ :
601 21 Etienne Pallier
['20110223', '20130223', '20140123', '20140223', '20140225', '20140226', '20150223']
602 36 Etienne Pallier
603 54 Etienne Pallier
604 36 Etienne Pallier
---
605 52 Etienne Pallier
606 50 Etienne Pallier
h2. DAILY WORKFLOW
607 52 Etienne Pallier
608 1 Etienne Pallier
h3. 1) Voici la structure de fichiers réalisée sur le pc-EGSE :
609 52 Etienne Pallier
610 52 Etienne Pallier
Les nouveaux fichiers de données produits lors des tirs de Chemcam sont automatiquement placés dans /home/vx/data/ (au fur et à mesure des tirs)
611 1 Etienne Pallier
612 1 Etienne Pallier
Ils sont ensuite déplacés dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ lorsqu'ils ont été traités
613 52 Etienne Pallier
614 37 Etienne Pallier
Les fichiers de LOG (relation spectre => HK) créés sont placés directment dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
615 53 Etienne Pallier
616 50 Etienne Pallier
<pre>
617 50 Etienne Pallier
618 50 Etienne Pallier
- /home/vx/data/ : données d'origine restant à traiter (spectres et HK), provenant directement de la manip
619 50 Etienne Pallier
620 36 Etienne Pallier
- /home/vx/EQM_DATA/ : données traitées (spectres, HK, et fichiers logs produits)
621 36 Etienne Pallier
    - AAAAMMJJ/ : un dossier par jour
622 40 Etienne Pallier
        - les fichiers logs produits (CSV)
623 40 Etienne Pallier
        - DATA/ : les données d'origine (spectres et HK)
624 48 Etienne Pallier
625 1 Etienne Pallier
</pre>
626 51 Etienne Pallier
627 48 Etienne Pallier
h3. 2) WORKFLOW
628 57 Etienne Pallier
629 55 Etienne Pallier
Ce workflow devrait normalement fonctionner dans tous les cas de figure (démarrage n'importe quand, en début de journée ou en cours de journée, ou même reprise après un crash brutal...)
630 1 Etienne Pallier
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Démarrage automatique du workflow à partir du Démarrage du pc-EGSE
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1) Faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents dans le dossier /home/vx/data/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
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Les fichiers LOGS produits sont placés automatiquement dans le dossier correspondant à leur jour /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
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(AAAA année en 4 chiffres, MM mois en deux chiffres et JJ jour du mois en deux chiffres)
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2) Déplacer TOUS les fichiers de /home/vx/data/ dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
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3) (Every 5 seconds) : pour les fichiers du jour J
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S'il existe au moins un fichier dans /home/vx/data/, faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents 
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LE FICHIER LOG produit (un seul pour le jour J) est placé automatiquement dans le dossier correspondant à son jour (J) /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
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Attention : on ne déplace pas les fichiers dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ ; cela sera fait au prochain démarrage du workflow) ; cela permet d'avoir un fichier LOG qui se complète au fur et à mesure de la journée
643 1 Etienne Pallier
Il faudrait quand meme les COPIER (cp) (mais pas les DEPLACER (mv))
644 1 Etienne Pallier
OPTIMISATION : Exécution SSI le nb de fichiers du repertoire DATA/ a changé (tenir à jour un fichier contenant le nb de files)
645 1 Etienne Pallier
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Fin du workflow à l'extinction du pc-EGSE