Wiki

Version 105 (Etienne Pallier, 04/30/2015 10:54 am)

1 1 Etienne Pallier
h1. Wiki
2 1 Etienne Pallier
3 8 Etienne Pallier
{{toc}}
4 3 Etienne Pallier
5 105 Etienne Pallier
6 35 Etienne Pallier
---
7 35 Etienne Pallier
8 105 Etienne Pallier
h2. UTILISATION EFFECTIVE EN SALLE BLANCHE
9 105 Etienne Pallier
10 105 Etienne Pallier
http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/ChemCam/WebHome#Tools_suite_developped_for_ChemC
11 105 Etienne Pallier
12 105 Etienne Pallier
13 105 Etienne Pallier
14 105 Etienne Pallier
15 105 Etienne Pallier
---
16 105 Etienne Pallier
17 35 Etienne Pallier
h2. DEPOT SVN
18 35 Etienne Pallier
19 35 Etienne Pallier
(cliquer sur l'onglet Dépôt)
20 35 Etienne Pallier
21 35 Etienne Pallier
 * URL du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk/
22 35 Etienne Pallier
23 35 Etienne Pallier
 * Administration du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu
24 35 Etienne Pallier
25 35 Etienne Pallier
 * Administrateur : Etienne Pallier
26 35 Etienne Pallier
27 35 Etienne Pallier
 * Groupes :
28 76 Etienne Pallier
29 35 Etienne Pallier
   * grp-admin-chemcam : Admin du dépot CHEMCAM (RW sur racine).
30 35 Etienne Pallier
   * grp-chemcam : Les développeurs de CHEMCAM (RW sur branches).
31 35 Etienne Pallier
   * On peut également créer un groupe grp-readonly-chemcam (et mettre les droits en read-only sur tout le projet)
32 35 Etienne Pallier
33 35 Etienne Pallier
 * Ajout d'utilisateurs 
34 35 Etienne Pallier
35 11 Etienne Pallier
  * On peut ajouter des utilisateurs extérieurs via l'interface web, puis les ajouter dans les groupes (en tant que "Utilisateurs affectés").
36 42 Etienne Pallier
  * Dans le cas des utilisateurs IRAP, il faut qu'ils se connectent une première fois sur https://usvn-idems.irap.omp.eu avec leur login/mdp IRAP avant de pouvoir être affectés dans les groupes du repository.
37 41 Etienne Pallier
38 104 Etienne Pallier
 * Dashboard : le dashboard du projet est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu (=interface de gestion des utilisateurs, groupes et droits d'accès sur le repo, et également navigateur/explorateur du repo)
39 104 Etienne Pallier
40 104 Etienne Pallier
 * Accès : Le repo SVN est accessible depuis partout dans le monde (svn-over-https only), la racine du repo est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/chemcam/
41 104 Etienne Pallier
42 104 Etienne Pallier
 * TODO: passer sur SourceSup : https://sourcesup.renater.fr, https://sourcesup.cru.fr/
43 104 Etienne Pallier
44 104 Etienne Pallier
45 104 Etienne Pallier
46 104 Etienne Pallier
47 12 Etienne Pallier
---
48 11 Etienne Pallier
49 11 Etienne Pallier
h2. SPECIFICATIONS
50 1 Etienne Pallier
51 11 Etienne Pallier
52 12 Etienne Pallier
h3. Schéma de connexion
53 11 Etienne Pallier
54 11 Etienne Pallier
PcEGSE <==RJ45==> EGSE <==serial==> ChemCam
55 11 Etienne Pallier
56 11 Etienne Pallier
ChemCam (garde tous les spectres en RAM) : serial==> BU (Body Unit) <== MU (Mast Unit)
57 11 Etienne Pallier
- MU : fait les tirs
58 11 Etienne Pallier
- BU : analyse les spectres
59 11 Etienne Pallier
60 11 Etienne Pallier
SOH (Spectra O? HK)
61 11 Etienne Pallier
62 30 Etienne Pallier
h3. Types d’observations
63 30 Etienne Pallier
64 30 Etienne Pallier
(sur la ligne DOLIBS modifier controlWord)
65 11 Etienne Pallier
66 11 Etienne Pallier
Bit # 	Bit Value	Fonction si activé
67 11 Etienne Pallier
-----	---------	------------------
68 11 Etienne Pallier
69 11 Etienne Pallier
0		1	 	Do focus : effectuer une focalisation (voir focusAlgorithm)
70 11 Etienne Pallier
71 11 Etienne Pallier
1		2	 	Pre dark spectra : acquisition d’un spectre dark AVANT les tirs
72 1 Etienne Pallier
73 11 Etienne Pallier
2		4 		Post dark spectra : acquisition d’un spectre dark APRES les tirs
74 11 Etienne Pallier
75 20 Etienne Pallier
*3		8 		Enable laser : effectuer un (des) tir(s) laser (voir Nshots) (sinon, c'est un DARK)*
76 11 Etienne Pallier
77 11 Etienne Pallier
4		16 		Collect spectra : acquisition de spectre pendant les tirs
78 11 Etienne Pallier
79 11 Etienne Pallier
5		32 		BS
80 11 Etienne Pallier
81 11 Etienne Pallier
82 14 Etienne Pallier
=> 25 = 1+8+16 = tir avec laser
83 14 Etienne Pallier
=> 17 = 1+0+16 = tir sans laser (DARK)
84 11 Etienne Pallier
85 11 Etienne Pallier
Bits 0 et 1 pas utilisés !!! :
86 11 Etienne Pallier
Le mode (Bit0 ET Bit1 activés) ne fait pas des darks after et before satisfaisant donc on le fait séparément en faisant un spectre sans enable laser,
87 1 Etienne Pallier
ce qui génère tous ces spectres avec un controlWord =17 dans la liste.
88 11 Etienne Pallier
89 31 Etienne Pallier
h3. Fichier spectre
90 11 Etienne Pallier
91 11 Etienne Pallier
Suite d'intensités pour chaque canal (dans l'ordre 0, 1, 2, 3, ... 6444)
92 11 Etienne Pallier
A représenter sur axe 
93 11 Etienne Pallier
- X : channel number, assimilable à longueur d'onde : 0 à 6444
94 11 Etienne Pallier
- Y : intensité
95 11 Etienne Pallier
96 11 Etienne Pallier
Si fichier DARK, alors intensités (à peu près) constantes (toutes égales) :
97 14 Etienne Pallier
=> donne le bruit de fond de l'instrument, puisque on a zero lumière
98 1 Etienne Pallier
99 32 Etienne Pallier
h3. Stratégie de développement
100 13 Etienne Pallier
101 11 Etienne Pallier
Prendre le last stack only
102 11 Etienne Pallier
103 11 Etienne Pallier
Lire fichier *_spect.TXT et *_SOH.TXT associé (celui qui est juste avant, < 5mn avant)
104 11 Etienne Pallier
105 11 Etienne Pallier
1 fich/jour
106 11 Etienne Pallier
107 11 Etienne Pallier
Methods to write :
108 11 Etienne Pallier
109 11 Etienne Pallier
findSOH(liste des *SOH.TXT du jour, spect.TXT)
110 16 Etienne Pallier
=> convertit les noms SOH en timestamps, trouve le SOH qui est juste avant le spect.TXT (< 5mn avant)
111 11 Etienne Pallier
112 11 Etienne Pallier
findDARK(liste des *spect.TXT (dark), le spect.TXT pour lequel on veut le dark)
113 16 Etienne Pallier
=> retourne le fichier dark qui est juste après (<5mn) (mais, peut être before...)
114 16 Etienne Pallier
=> regarde un peu autour (avant et après)
115 11 Etienne Pallier
116 11 Etienne Pallier
findAutofocus(...)
117 16 Etienne Pallier
=> *_afocus.TXT (juste prendre son nom, pas son contenu), qui est AVANT
118 11 Etienne Pallier
119 15 Etienne Pallier
h3. EXEMPLE DE FICHIER RESULTAT (LOG) A OBTENIR (1 par jour)
120 11 Etienne Pallier
121 11 Etienne Pallier
data_Feb25_2014_5 
122 11 Etienne Pallier
firstfile = Feb25_161115_2014_spect.TXT
123 11 Etienne Pallier
lastfile = Feb25_162059_2014_spect.TXT
124 1 Etienne Pallier
125 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, 
126 1 Etienne Pallier
127 11 Etienne Pallier
// from *_SOH.TXT file :
128 15 Etienne Pallier
nbStacks					// Nb de stacks (indiqué par le nb occurences de "mast SOH" qui indique le début d'un nouveau stack) - Prendre seulement les HK du LAST stack
129 1 Etienne Pallier
temp_laser_min(degC), temp_laser_max(degC),	// prendre min et max des 4 HK_Temp_Laser_1-4
130 15 Etienne Pallier
temp_spect(C), 					// Spectrometer_Temp
131 15 Etienne Pallier
pm(cnts), 					// Motor_Position
132 11 Etienne Pallier
133 11 Etienne Pallier
// from *_spect.TXT file :
134 15 Etienne Pallier
dist(mm),					// distance to target distToTarget
135 15 Etienne Pallier
nshots, 					// (Nshots) ajouter ici "nshots_real" car le laser fait parfois plus de shots que prévu (erreur) (lire 1ère ligne pour savoir le nb de col)
136 15 Etienne Pallier
controlWord, 					// 25 = tir avec laser,  17 = tir sans laser (DARK)
137 15 Etienne Pallier
data_mean,					// moyenne des data \ nbshots reels (= intensité moyenne ?) (à lire from >>>>>Begin Processed Spectral Data<<<<<)
138 15 Etienne Pallier
dark_file, 					// remplacer par dark_file_before, dark_file_after (file name)
139 15 Etienne Pallier
mean_spect_value - dark				// (= data_mean - ???)
140 11 Etienne Pallier
141 11 Etienne Pallier
142 11 Etienne Pallier
// Liste des fichiers *_spect.TXT associés avec leurs paramètres HK (trouvés dans *_SOH.TXT) :
143 11 Etienne Pallier
144 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, nbStacks, temp_laser_min, temp_laser_max, temp_spect, pm, dist(mm), nshots, controlWord, data_mean, dark_file_before, dark_file_after, mean_spect_value - dark
145 11 Etienne Pallier
146 11 Etienne Pallier
  1 Feb25_161115_2014_spect.TXT 161055 nbStacks 4.25 5.44 30.15 5499 3000 10  25   677.39 161142 dark_file_after 50.28 
147 15 Etienne Pallier
  2 (D)Feb25_161142_2014_spect.TXT 161132 4.29 5.48 30.15 5499 3000 10  17   627.11 -        627.11 
148 11 Etienne Pallier
  3 Feb25_161243_2014_spect.TXT 161210 4.29 5.33 30.15 5444 2951 10  25   649.07 161307    19.72 
149 11 Etienne Pallier
  4 Feb25_161307_2014_spect.TXT 161257 4.25 5.55 30.15 5444 3000 10  17   629.35 -        629.35 
150 11 Etienne Pallier
  5 Feb25_161339_2014_spect.TXT 161329 4.25 5.59 30.15 5454 2959 10  25   674.78 161404    43.76 
151 1 Etienne Pallier
  6 Feb25_161404_2014_spect.TXT 161353 4.29 5.52 30.15 5454 3000 10  17   631.02 -        631.02 
152 1 Etienne Pallier
  7 Feb25_161435_2014_spect.TXT 161425 4.21 5.55 30.15 5463 2967 10  25   693.77 161500    60.76 
153 11 Etienne Pallier
  8 Feb25_161500_2014_spect.TXT 161450 4.33 5.59 30.15 5463 3000 10  17   633.01 -        633.01 
154 11 Etienne Pallier
  9 Feb25_161532_2014_spect.TXT 161521 4.29 5.59 30.15 5473 2975 10  25   703.08 161556    68.71 
155 11 Etienne Pallier
 10 Feb25_161556_2014_spect.TXT 161546 4.36 5.52 30.15 5473 3000 10  17   634.36 -        634.36 
156 11 Etienne Pallier
 11 Feb25_161646_2014_spect.TXT 161636 4.33 5.63 30.15 5482 2983 10  25   702.22 161711    67.98 
157 11 Etienne Pallier
 12 Feb25_161711_2014_spect.TXT 161701 4.33 5.59 30.15 5482 3000 10  17   634.24 -        634.24 
158 11 Etienne Pallier
 13 Feb25_161743_2014_spect.TXT 161733 4.36 5.55 30.15 5493 2992 10  25   695.08 161808    58.88 
159 11 Etienne Pallier
 14 Feb25_161808_2014_spect.TXT 161757 4.36 5.55 30.15 5493 3000 10  17   636.20 -        636.20 
160 11 Etienne Pallier
 15 Feb25_161840_2014_spect.TXT 161829 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  25   683.94 161905    46.74 
161 11 Etienne Pallier
 16 Feb25_161905_2014_spect.TXT 161854 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  17   637.20 -        637.20 
162 11 Etienne Pallier
 17 Feb25_161937_2014_spect.TXT 161926 4.40 5.59 30.15 5513 3009 10  25   675.67 162002    37.24 
163 11 Etienne Pallier
 18 Feb25_162002_2014_spect.TXT 161951 4.44 5.59 30.15 5513 3000 10  17   638.43 -        638.43 
164 11 Etienne Pallier
 19 Feb25_162034_2014_spect.TXT 162023 4.36 5.63 30.15 5522 3017 10  25   663.56 162059    24.10 
165 15 Etienne Pallier
 20 (D) Feb25_162059_2014_spect.TXT 162048 4.40 5.63 30.15 5522 3000 10  17   639.46 -        639.46
166 15 Etienne Pallier
167 46 Etienne Pallier
h3. CAS EXCEPTIONNELS à traiter (Exceptions)
168 43 Etienne Pallier
169 43 Etienne Pallier
 * NoDataFileFoundException : pas de fichier (ni Spectre ni SOH) dans le dossier DATA/
170 43 Etienne Pallier
171 43 Etienne Pallier
 * MalformedFileException : fichier (Spectre ou SOH) avec format incorrect
172 43 Etienne Pallier
173 43 Etienne Pallier
 * UnknownCaseException : Cas inconnu ; par exemple, controlWord ni 17 (DARK) ni 25 (PAS DARK) !!!
174 43 Etienne Pallier
175 47 Etienne Pallier
 * noSOHFileFoundForSpectraFileException : pas de fichier SOH (HK) trouvé pour un fichier Spectra (data)
176 47 Etienne Pallier
177 99 Etienne Pallier
h3. EVOLUTIONS DU PROJET suite à réunions du 29/4/15 et du 5/5/15
178 98 Etienne Pallier
179 99 Etienne Pallier
Réunion le 29/4/15 avec WR, AC, PM, et EP
180 98 Etienne Pallier
181 99 Etienne Pallier
Réunion le 5/5/15 avec OG, WR, AC, PM, et EP
182 98 Etienne Pallier
183 101 Etienne Pallier
*Objectif final* : Faire collaborer les 3 outils C-Spec-HK, C-GDL, et la prise de photos par la webcam du pc portable de la salle blanche
184 101 Etienne Pallier
185 100 Etienne Pallier
C-Spec-HK est déjà installé sur le pc-EGSE. Il faudra y ajouter C-GDL.
186 100 Etienne Pallier
Dans l'idéal, la communication avec la webcam nécessitera de mettre les 2 pc (PC-EGSE et le portable webcam) en réseau (soit sur le réseau global IRAP, soit sur un réseau privé salle blanche avec un hub ou switch ; sachant que pc-EGSE est déjà en réseau privé avec le BU-EGSE, il faudrait donc mettre ces 3 éléments sur un même réseau).
187 1 Etienne Pallier
En attendant, on pourrait se contenter d'un "mode dégradé", qui consisterait à copier manuellement (via clé ou disque usb) les photos de la webcam sur le pc-EGSE
188 98 Etienne Pallier
189 101 Etienne Pallier
*Adaptations nécessaires sur les logiciels (C-Spec-HK et C-GDL) :*
190 100 Etienne Pallier
191 102 Etienne Pallier
*1) C-GDL*
192 1 Etienne Pallier
193 102 Etienne Pallier
C-GDL réalise 1 contexte par cible
194 98 Etienne Pallier
195 102 Etienne Pallier
Lancer C-GDL au démarrage du pc
196 1 Etienne Pallier
197 102 Etienne Pallier
(OPT: Créer un contexte vide par défaut au démarrage, mais pas forcément nécessaire)
198 1 Etienne Pallier
199 102 Etienne Pallier
Cible LIBS only (enlever RMI et FOCUS)
200 1 Etienne Pallier
201 102 Etienne Pallier
Créer un fichier xml sur SAVE (contenant uniquement le contexte de la cible) :
202 102 Etienne Pallier
actuellement, ce fichier n'est pas créé séparément, il est ajouté à un fichier CgdlContextList.xml dans le répertoire du programme
203 102 Etienne Pallier
(trié par date puis par nom de cible)
204 102 Etienne Pallier
=> Ajouter un nouveau bouton "Save Context" (en plus du bouton "Save") qui crée un fichier séparé du contexte (xml)
205 1 Etienne Pallier
206 102 Etienne Pallier
Ajouter un bouton "RESET ALL" sur le premier onglet (Observation) qui remet TOUS les onglets à leurs valeurs par défaut
207 1 Etienne Pallier
208 102 Etienne Pallier
Dans l'idéal, plutôt que d'être codées en dur, les valeurs par défaut doivent être dans un fichier xml DEFAULT.xml (que l'on pourra ainsi faire évoluer dans le temps sans avoir à toucher au code)
209 1 Etienne Pallier
210 102 Etienne Pallier
Au démarrage : on part sur un nouveau contexte avec les valeurs par défaut standard
211 103 Etienne Pallier
Une fois le contexte créé, il reste actif pendant toute l'utilisation du logiciel,
212 103 Etienne Pallier
et ne change que si on change le nom de la cible.
213 1 Etienne Pallier
214 103 Etienne Pallier
Le fichier contexte ne contient que l'heure, il faudrait ajouter minutes et secondes.
215 103 Etienne Pallier
216 102 Etienne Pallier
VALEURS PAR DEFAUT des champs pour chaque onglet :
217 1 Etienne Pallier
218 1 Etienne Pallier
Observation :
219 1 Etienne Pallier
- type : LIBS
220 1 Etienne Pallier
221 1 Etienne Pallier
Target :
222 1 Etienne Pallier
- granulo : unknown
223 1 Etienne Pallier
- rough : unknown
224 1 Etienne Pallier
- size : 1-5 cm
225 1 Etienne Pallier
- albedo : remplacer 0 par unknown
226 1 Etienne Pallier
- origin : ajouter PELLET
227 1 Etienne Pallier
- composition : unknown
228 1 Etienne Pallier
229 1 Etienne Pallier
Env :
230 1 Etienne Pallier
- Mars
231 1 Etienne Pallier
- pressure : controlled
232 1 Etienne Pallier
233 1 Etienne Pallier
Hard :
234 1 Etienne Pallier
- Location : IRAP
235 1 Etienne Pallier
- body unit : + Chemcam EM 2013 (par défaut)
236 1 Etienne Pallier
- Ctrl/cde : LANL/GSE
237 1 Etienne Pallier
- Mast : CC EQM
238 98 Etienne Pallier
- Fiber : FM-like
239 98 Etienne Pallier
240 98 Etienne Pallier
Dist :
241 98 Etienne Pallier
- Obtained : autofocus
242 98 Etienne Pallier
243 98 Etienne Pallier
Misc :
244 98 Etienne Pallier
- temperature : désactiver
245 98 Etienne Pallier
- SOH : yes
246 98 Etienne Pallier
- more comments : 
247 102 Etienne Pallier
"Sample in Martian chamber
248 98 Etienne Pallier
With folding mirror
249 102 Etienne Pallier
Laser in cold chamber"
250 102 Etienne Pallier
- Laser freq : 3 Hz
251 102 Etienne Pallier
- Existing of laser : désactiver
252 98 Etienne Pallier
253 102 Etienne Pallier
END :
254 98 Etienne Pallier
bouton Save Context (rouge si pas encore fait, ou bien le nom du fichier en rouge ?)
255 98 Etienne Pallier
256 103 Etienne Pallier
Voir avec Agnès : Faut-il vraiment maintenir la fonctionnalité "ajouter des fichiers numériques au contexte" ?
257 98 Etienne Pallier
258 98 Etienne Pallier
259 102 Etienne Pallier
*2) C-Spec-HK*
260 102 Etienne Pallier
261 1 Etienne Pallier
DARK BEFORE/AFTER : priorité au DARK AFTER
262 1 Etienne Pallier
Le DARK BEFORE est très rare, il existerait seulement si il y a 2 DARK à la suite (le 2ème serait le DARK BEFORE du SPECTRE LIBS qui arrive ensuite)
263 103 Etienne Pallier
=> pour simplifier, on peut le supprimer (donc supprimer 2 colonnes dans le fichier LOG)
264 1 Etienne Pallier
265 103 Etienne Pallier
Passer le délai de la boucle du traitement quotidien à 2 secondes (au lieu de 60 actuellement)
266 1 Etienne Pallier
267 103 Etienne Pallier
Les 2 fichiers "LOG général" et "LOG du jour" doivent s’afficher automatiquement au démarrage
268 102 Etienne Pallier
269 103 Etienne Pallier
Le LOG général affiche l'état en cours d'exécution du script, pour savoir où on en est :
270 103 Etienne Pallier
- a) traitement global des fichiers, avec affichage des dossiers jours créés
271 103 Etienne Pallier
Ne pas afficher le contenu de /home/vx/EQM_DATA/
272 1 Etienne Pallier
(log files « created » in …)
273 102 Etienne Pallier
car ces dossiers ont été créés antérieurement
274 103 Etienne Pallier
N’afficher le contenu QUE du dossier qui vient d’être créé
275 103 Etienne Pallier
- b) traitement quotidien des fichiers du jour, avec affichage de : 
276 103 Etienne Pallier
  - numéro d'itération
277 103 Etienne Pallier
  - fichiers SPECTRE et SOH traités (+ leur nombre)
278 102 Etienne Pallier
279 103 Etienne Pallier
Le LOG quotidien affiche le contenu du fichier LOG du jour (qui se remplit au fur et à mesure)
280 102 Etienne Pallier
281 102 Etienne Pallier
Mettre les 4 champs de température laser
282 102 Etienne Pallier
283 103 Etienne Pallier
Formule pour distance à partir de pm (quelqu'un doit me la donner)
284 102 Etienne Pallier
(supprimer dist(mm))
285 102 Etienne Pallier
286 103 Etienne Pallier
Supprimer nshots
287 102 Etienne Pallier
288 102 Etienne Pallier
Créer un dossier avec pour nom datedujour+contexte-name/
289 102 Etienne Pallier
Si pas de contexte avec la date du jour (au démarrage), créer un dossier datedujour+NO-CONTEXT/
290 103 Etienne Pallier
Quand le contexte change (un nouveau fichier contexte a été créé via C-GDL), alors un nouveau dossier est créé
291 103 Etienne Pallier
*Problème : que va-t-il se passer si le contexte est créé A POSTERIORI, après avoir fait tous les tirs ???*
292 102 Etienne Pallier
293 103 Etienne Pallier
(Technique interne : Ne laisser que c-spec-hk-workflow à la racine du projet, le reste doit être dans un sous-dossier (contiendra c-spec-hk + tests))
294 98 Etienne Pallier
295 98 Etienne Pallier
296 98 Etienne Pallier
297 98 Etienne Pallier
298 98 Etienne Pallier
299 98 Etienne Pallier
300 98 Etienne Pallier
301 98 Etienne Pallier
302 98 Etienne Pallier
303 98 Etienne Pallier
304 98 Etienne Pallier
305 98 Etienne Pallier
306 98 Etienne Pallier
307 98 Etienne Pallier
308 98 Etienne Pallier
309 98 Etienne Pallier
310 98 Etienne Pallier
311 98 Etienne Pallier
312 98 Etienne Pallier
313 98 Etienne Pallier
314 98 Etienne Pallier
315 98 Etienne Pallier
316 98 Etienne Pallier
317 98 Etienne Pallier
318 98 Etienne Pallier
319 98 Etienne Pallier
320 98 Etienne Pallier
321 17 Etienne Pallier
322 11 Etienne Pallier
323 86 Etienne Pallier
---
324 4 Etienne Pallier
325 83 Etienne Pallier
h2. RECUPERATION DU PROJET
326 91 Etienne Pallier
327 83 Etienne Pallier
328 83 Etienne Pallier
*a) Directement, depuis svn*
329 83 Etienne Pallier
330 83 Etienne Pallier
svn co https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
331 83 Etienne Pallier
332 83 Etienne Pallier
Si on ne veut pas rester synchronisé avec le repository (juste une copie du projet au temps t, sans les fichiers de versionning .svn) : 
333 1 Etienne Pallier
334 90 Etienne Pallier
svn export https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
335 90 Etienne Pallier
336 91 Etienne Pallier
337 58 Etienne Pallier
338 1 Etienne Pallier
*b) Par téléchargement (100 Mo à cause des données)*
339 1 Etienne Pallier
340 1 Etienne Pallier
https://projects.irap.omp.eu/attachments/download/1237/c-spec-hk_1.1.tgz
341 86 Etienne Pallier
342 95 Etienne Pallier
h2. EXECUTION
343 92 Etienne Pallier
344 92 Etienne Pallier
h3. 1) PRÉREQUIS : Python 2.7
345 92 Etienne Pallier
346 92 Etienne Pallier
h4. Sur Mac (Machine de développement)
347 92 Etienne Pallier
348 92 Etienne Pallier
Avec Macport, pour que la version 2.7 soit bien la version par défaut quand on tape "python" :
349 92 Etienne Pallier
350 92 Etienne Pallier
sudo port select --set python python27
351 92 Etienne Pallier
352 92 Etienne Pallier
$ which python
353 92 Etienne Pallier
/opt/local/bin/python
354 92 Etienne Pallier
355 92 Etienne Pallier
$ python --version
356 92 Etienne Pallier
Python 2.7.9
357 92 Etienne Pallier
358 92 Etienne Pallier
Mettre à jour MacPort :
359 92 Etienne Pallier
sudo port -v selfupdate
360 92 Etienne Pallier
sudo port upgrade outdated
361 92 Etienne Pallier
362 92 Etienne Pallier
363 92 Etienne Pallier
h4. Sur CentOS 6.5 (serveur de production)
364 92 Etienne Pallier
365 92 Etienne Pallier
(fait le 19/3/15 sur le pc-EGSE Chemcam ; cf fiche wiki du pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour)
366 92 Etienne Pallier
367 92 Etienne Pallier
Par défaut, Cent0S 6.5 propose Python 2.6
368 92 Etienne Pallier
369 94 Etienne Pallier
(Voir l'installation de Python 2.7 faite sur le pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Installation_de_Python_2_7)
370 86 Etienne Pallier
371 89 Etienne Pallier
h3. 2) EXECUTING TESTS
372 89 Etienne Pallier
373 86 Etienne Pallier
h4. Depuis Eclipse
374 86 Etienne Pallier
375 86 Etienne Pallier
Ouvrir la console adaptée : Window / Show View / PyUnit
376 86 Etienne Pallier
clic-droit sur test/c_spec_hk_TEST.py
377 86 Etienne Pallier
Run As / Python unit-test
378 89 Etienne Pallier
379 86 Etienne Pallier
380 89 Etienne Pallier
h4. En mode ligne de commande
381 86 Etienne Pallier
382 72 Etienne Pallier
h5. TESTS faits avec Python 2.7
383 72 Etienne Pallier
384 1 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
385 72 Etienne Pallier
386 73 Etienne Pallier
cd test/
387 1 Etienne Pallier
388 72 Etienne Pallier
$ py27 premiertest.py
389 1 Etienne Pallier
<pre>
390 72 Etienne Pallier
...
391 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
392 1 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
393 72 Etienne Pallier
394 72 Etienne Pallier
OK
395 73 Etienne Pallier
</pre>
396 72 Etienne Pallier
397 72 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk_TEST.py
398 72 Etienne Pallier
399 72 Etienne Pallier
<pre>
400 72 Etienne Pallier
...
401 1 Etienne Pallier
======================================================================
402 62 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
403 1 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 5.833s
404 1 Etienne Pallier
405 72 Etienne Pallier
OK
406 72 Etienne Pallier
</pre>
407 1 Etienne Pallier
408 62 Etienne Pallier
409 72 Etienne Pallier
410 72 Etienne Pallier
411 70 Etienne Pallier
*2) Tests de Performance (Benchmark)*
412 70 Etienne Pallier
413 62 Etienne Pallier
Depuis la racine du projet :
414 62 Etienne Pallier
415 62 Etienne Pallier
<pre>
416 62 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk.py -t
417 62 Etienne Pallier
...Executing main program...
418 62 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
419 62 Etienne Pallier
420 62 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
421 62 Etienne Pallier
422 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
423 62 Etienne Pallier
0.000790863037109
424 62 Etienne Pallier
425 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
426 62 Etienne Pallier
0.000117941689491
427 62 Etienne Pallier
428 62 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
429 62 Etienne Pallier
0.0429699897766
430 62 Etienne Pallier
431 62 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
432 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
433 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
434 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
435 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
436 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
437 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
438 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
439 62 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
440 62 Etienne Pallier
total 56
441 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20110223
442 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2011_0223_logs.csv
443 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20130223
444 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2013_0223_logs.csv
445 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140123
446 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0123_logs.csv
447 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140223
448 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0223_logs.csv
449 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140225
450 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  16:39 2014_0225_logs.csv
451 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140226
452 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  16:39 2014_0226_logs.csv
453 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20150223
454 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2015_0223_logs.csv
455 62 Etienne Pallier
456 62 Etienne Pallier
1.91459012032
457 1 Etienne Pallier
Average time per day : 0.273513
458 1 Etienne Pallier
459 1 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
460 62 Etienne Pallier
461 1 Etienne Pallier
</pre>
462 86 Etienne Pallier
463 89 Etienne Pallier
464 86 Etienne Pallier
465 72 Etienne Pallier
h5. TESTS faits avec Python 2.6
466 1 Etienne Pallier
467 72 Etienne Pallier
C'est encore possible de faire tourner le logiciel en Python 2.6 dans la version 1.1.x, mais ça ne sera plus garanti dans l'avenir (à partir de la version 1.2.x)
468 1 Etienne Pallier
469 72 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
470 1 Etienne Pallier
471 72 Etienne Pallier
cd test/
472 72 Etienne Pallier
473 72 Etienne Pallier
$ python premiertest.py
474 72 Etienne Pallier
<pre>
475 72 Etienne Pallier
...
476 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
477 72 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
478 72 Etienne Pallier
479 72 Etienne Pallier
OK
480 72 Etienne Pallier
</pre>
481 72 Etienne Pallier
482 72 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk_TEST.py
483 72 Etienne Pallier
484 72 Etienne Pallier
<pre>
485 72 Etienne Pallier
...
486 72 Etienne Pallier
======================================================================
487 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
488 72 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 6.742s
489 72 Etienne Pallier
490 72 Etienne Pallier
OK
491 72 Etienne Pallier
</pre>
492 72 Etienne Pallier
493 72 Etienne Pallier
---
494 72 Etienne Pallier
495 72 Etienne Pallier
496 72 Etienne Pallier
*2) Tests de Performance (Benchmark)*
497 72 Etienne Pallier
498 58 Etienne Pallier
Depuis la racine du projet 
499 58 Etienne Pallier
500 58 Etienne Pallier
$ ./c_spec_hk.py -t
501 58 Etienne Pallier
<pre>
502 58 Etienne Pallier
...Executing main program...
503 58 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
504 58 Etienne Pallier
505 58 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
506 58 Etienne Pallier
507 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
508 58 Etienne Pallier
0.00105306601524
509 58 Etienne Pallier
510 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
511 58 Etienne Pallier
0.000152537894249
512 58 Etienne Pallier
513 58 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
514 58 Etienne Pallier
0.0518409013748
515 58 Etienne Pallier
516 58 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
517 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
518 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
519 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
520 1 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
521 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
522 59 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
523 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
524 58 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
525 58 Etienne Pallier
total 56
526 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20110223
527 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2011_0223_logs.csv
528 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20130223
529 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2013_0223_logs.csv
530 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140123
531 1 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0123_logs.csv
532 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140223
533 80 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0223_logs.csv
534 21 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140225
535 25 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  14:01 2014_0225_logs.csv
536 1 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140226
537 22 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  14:01 2014_0226_logs.csv
538 22 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20150223
539 21 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2015_0223_logs.csv
540 21 Etienne Pallier
541 77 Etienne Pallier
2.33647012711
542 21 Etienne Pallier
Average time per day : 0.333781
543 21 Etienne Pallier
544 1 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
545 96 Etienne Pallier
</pre>
546 21 Etienne Pallier
547 97 Etienne Pallier
h3. 3) EXECUTING MAIN SCRIPT 
548 1 Etienne Pallier
549 88 Etienne Pallier
h4. Depuis Eclipse
550 88 Etienne Pallier
551 21 Etienne Pallier
clic-droit sur c_spec_hk.py
552 97 Etienne Pallier
Run As / Python Run
553 21 Etienne Pallier
554 21 Etienne Pallier
h4. In Command line mode
555 1 Etienne Pallier
556 80 Etienne Pallier
	a) Pour voir l'aide :
557 81 Etienne Pallier
558 80 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk.py -h
559 1 Etienne Pallier
560 80 Etienne Pallier
...Executing main program...
561 1 Etienne Pallier
562 81 Etienne Pallier
Usage:
563 1 Etienne Pallier
564 81 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py [-i <inputDataDir>] [-o <outputLogDir>]
565 1 Etienne Pallier
OR
566 81 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py [--inputDir=<inputDataDir>] [--outputDir=<outputLogDir>]
567 1 Etienne Pallier
568 80 Etienne Pallier
Ex: python27 c_spec_hk.py-i './DATA' -o './LOGS'
569 80 Etienne Pallier
570 80 Etienne Pallier
All options available are (none is mandatory) :
571 80 Etienne Pallier
-d : activate DEBUG mode
572 80 Etienne Pallier
-h : print this HELP message
573 80 Etienne Pallier
-n : do NOT create sub-directories (like YYYYMMDD) for each day
574 80 Etienne Pallier
-t : test execution TIME of several methods
575 1 Etienne Pallier
-v : print current VERSION number
576 21 Etienne Pallier
-i <inputDataDir> or --input=<inputDataDir> : set INPUT directory from where DATA files are READ (default is "DATA")
577 1 Etienne Pallier
-o <outputDataDir> or --output=<outputLogDir> : set OUTPUT directory where LOG files are WRITTEN to (default is "LOGS")
578 81 Etienne Pallier
579 80 Etienne Pallier
580 23 Etienne Pallier
581 81 Etienne Pallier
	b) Speed testing (benchmark)
582 21 Etienne Pallier
583 21 Etienne Pallier
cf https://projects.irap.omp.eu/projects/cspechkanalyser/wiki/Wiki#TESTS-faits-avec-Python-27 (section "Tests de performance")
584 21 Etienne Pallier
585 21 Etienne Pallier
586 82 Etienne Pallier
	c) Pour faire un test avec les données d'échantillon fournies :
587 1 Etienne Pallier
588 82 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py -i test/DATASET/UC0_NOMINAL/DATA -o /tmp/LOGS
589 82 Etienne Pallier
590 21 Etienne Pallier
(il faudra d'abord créer le dossier LOGS/ dans /tmp)
591 21 Etienne Pallier
592 82 Etienne Pallier
Exemple d'affichage attendu :
593 21 Etienne Pallier
594 82 Etienne Pallier
...Executing main program...
595 82 Etienne Pallier
596 21 Etienne Pallier
inputDataDir is "test/DATASET/UC0_NOMINAL/DATA"
597 82 Etienne Pallier
ouputLogDir is "/tmp/LOGS"
598 82 Etienne Pallier
599 21 Etienne Pallier
The DATA DIR (input) contains 126 files (total)
600 82 Etienne Pallier
The DATA DIR (input) contains 26 SPECTRA text files
601 82 Etienne Pallier
602 21 Etienne Pallier
Log files created in /tmp/LOGS/ :
603 21 Etienne Pallier
['20110223', '20130223', '20140123', '20140223', '20140225', '20140226', '20150223']
604 36 Etienne Pallier
605 54 Etienne Pallier
606 36 Etienne Pallier
---
607 52 Etienne Pallier
608 50 Etienne Pallier
h2. DAILY WORKFLOW
609 52 Etienne Pallier
610 1 Etienne Pallier
h3. 1) Voici la structure de fichiers réalisée sur le pc-EGSE :
611 52 Etienne Pallier
612 52 Etienne Pallier
Les nouveaux fichiers de données produits lors des tirs de Chemcam sont automatiquement placés dans /home/vx/data/ (au fur et à mesure des tirs)
613 1 Etienne Pallier
614 1 Etienne Pallier
Ils sont ensuite déplacés dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ lorsqu'ils ont été traités
615 52 Etienne Pallier
616 37 Etienne Pallier
Les fichiers de LOG (relation spectre => HK) créés sont placés directment dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
617 53 Etienne Pallier
618 50 Etienne Pallier
<pre>
619 50 Etienne Pallier
620 50 Etienne Pallier
- /home/vx/data/ : données d'origine restant à traiter (spectres et HK), provenant directement de la manip
621 50 Etienne Pallier
622 36 Etienne Pallier
- /home/vx/EQM_DATA/ : données traitées (spectres, HK, et fichiers logs produits)
623 36 Etienne Pallier
    - AAAAMMJJ/ : un dossier par jour
624 40 Etienne Pallier
        - les fichiers logs produits (CSV)
625 40 Etienne Pallier
        - DATA/ : les données d'origine (spectres et HK)
626 48 Etienne Pallier
627 1 Etienne Pallier
</pre>
628 51 Etienne Pallier
629 48 Etienne Pallier
h3. 2) WORKFLOW
630 57 Etienne Pallier
631 55 Etienne Pallier
Ce workflow devrait normalement fonctionner dans tous les cas de figure (démarrage n'importe quand, en début de journée ou en cours de journée, ou même reprise après un crash brutal...)
632 1 Etienne Pallier
633 39 Etienne Pallier
Démarrage automatique du workflow à partir du Démarrage du pc-EGSE
634 57 Etienne Pallier
635 1 Etienne Pallier
1) Faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents dans le dossier /home/vx/data/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
636 57 Etienne Pallier
Les fichiers LOGS produits sont placés automatiquement dans le dossier correspondant à leur jour /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
637 57 Etienne Pallier
(AAAA année en 4 chiffres, MM mois en deux chiffres et JJ jour du mois en deux chiffres)
638 57 Etienne Pallier
639 57 Etienne Pallier
2) Déplacer TOUS les fichiers de /home/vx/data/ dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
640 57 Etienne Pallier
641 48 Etienne Pallier
3) (Every 5 seconds) : pour les fichiers du jour J
642 1 Etienne Pallier
S'il existe au moins un fichier dans /home/vx/data/, faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents 
643 51 Etienne Pallier
LE FICHIER LOG produit (un seul pour le jour J) est placé automatiquement dans le dossier correspondant à son jour (J) /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
644 1 Etienne Pallier
Attention : on ne déplace pas les fichiers dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ ; cela sera fait au prochain démarrage du workflow) ; cela permet d'avoir un fichier LOG qui se complète au fur et à mesure de la journée
645 1 Etienne Pallier
Il faudrait quand meme les COPIER (cp) (mais pas les DEPLACER (mv))
646 1 Etienne Pallier
OPTIMISATION : Exécution SSI le nb de fichiers du repertoire DATA/ a changé (tenir à jour un fichier contenant le nb de files)
647 1 Etienne Pallier
648 1 Etienne Pallier
Fin du workflow à l'extinction du pc-EGSE