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Version 104 (Etienne Pallier, 04/30/2015 10:54 am)

1 1 Etienne Pallier
h1. Wiki
2 1 Etienne Pallier
3 8 Etienne Pallier
{{toc}}
4 3 Etienne Pallier
5 35 Etienne Pallier
---
6 35 Etienne Pallier
7 35 Etienne Pallier
h2. DEPOT SVN
8 35 Etienne Pallier
9 35 Etienne Pallier
(cliquer sur l'onglet Dépôt)
10 35 Etienne Pallier
11 35 Etienne Pallier
 * URL du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk/
12 35 Etienne Pallier
13 35 Etienne Pallier
 * Administration du dépôt : https://usvn-chemcam.irap.omp.eu
14 35 Etienne Pallier
15 35 Etienne Pallier
 * Administrateur : Etienne Pallier
16 35 Etienne Pallier
17 35 Etienne Pallier
 * Groupes :
18 76 Etienne Pallier
19 35 Etienne Pallier
   * grp-admin-chemcam : Admin du dépot CHEMCAM (RW sur racine).
20 35 Etienne Pallier
   * grp-chemcam : Les développeurs de CHEMCAM (RW sur branches).
21 35 Etienne Pallier
   * On peut également créer un groupe grp-readonly-chemcam (et mettre les droits en read-only sur tout le projet)
22 35 Etienne Pallier
23 35 Etienne Pallier
 * Ajout d'utilisateurs 
24 35 Etienne Pallier
25 35 Etienne Pallier
  * On peut ajouter des utilisateurs extérieurs via l'interface web, puis les ajouter dans les groupes (en tant que "Utilisateurs affectés").
26 35 Etienne Pallier
  * Dans le cas des utilisateurs IRAP, il faut qu'ils se connectent une première fois sur https://usvn-idems.irap.omp.eu avec leur login/mdp IRAP avant de pouvoir être affectés dans les groupes du repository.
27 35 Etienne Pallier
28 35 Etienne Pallier
 * Dashboard : le dashboard du projet est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu (=interface de gestion des utilisateurs, groupes et droits d'accès sur le repo, et également navigateur/explorateur du repo)
29 35 Etienne Pallier
30 35 Etienne Pallier
 * Accès : Le repo SVN est accessible depuis partout dans le monde (svn-over-https only), la racine du repo est https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/chemcam/
31 11 Etienne Pallier
32 42 Etienne Pallier
 * TODO: passer sur SourceSup : https://sourcesup.renater.fr, https://sourcesup.cru.fr/
33 41 Etienne Pallier
34 104 Etienne Pallier
35 104 Etienne Pallier
---
36 104 Etienne Pallier
37 104 Etienne Pallier
h2. UTILISATION EFFECTIVE EN SALLE BLANCHE
38 104 Etienne Pallier
39 104 Etienne Pallier
http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/ChemCam/WebHome#Tools_suite_developped_for_ChemC
40 104 Etienne Pallier
41 104 Etienne Pallier
42 104 Etienne Pallier
43 12 Etienne Pallier
---
44 11 Etienne Pallier
45 11 Etienne Pallier
h2. SPECIFICATIONS
46 1 Etienne Pallier
47 11 Etienne Pallier
48 12 Etienne Pallier
h3. Schéma de connexion
49 11 Etienne Pallier
50 11 Etienne Pallier
PcEGSE <==RJ45==> EGSE <==serial==> ChemCam
51 11 Etienne Pallier
52 11 Etienne Pallier
ChemCam (garde tous les spectres en RAM) : serial==> BU (Body Unit) <== MU (Mast Unit)
53 11 Etienne Pallier
- MU : fait les tirs
54 11 Etienne Pallier
- BU : analyse les spectres
55 11 Etienne Pallier
56 11 Etienne Pallier
SOH (Spectra O? HK)
57 11 Etienne Pallier
58 30 Etienne Pallier
h3. Types d’observations
59 30 Etienne Pallier
60 30 Etienne Pallier
(sur la ligne DOLIBS modifier controlWord)
61 11 Etienne Pallier
62 11 Etienne Pallier
Bit # 	Bit Value	Fonction si activé
63 11 Etienne Pallier
-----	---------	------------------
64 11 Etienne Pallier
65 11 Etienne Pallier
0		1	 	Do focus : effectuer une focalisation (voir focusAlgorithm)
66 11 Etienne Pallier
67 11 Etienne Pallier
1		2	 	Pre dark spectra : acquisition d’un spectre dark AVANT les tirs
68 1 Etienne Pallier
69 11 Etienne Pallier
2		4 		Post dark spectra : acquisition d’un spectre dark APRES les tirs
70 11 Etienne Pallier
71 20 Etienne Pallier
*3		8 		Enable laser : effectuer un (des) tir(s) laser (voir Nshots) (sinon, c'est un DARK)*
72 11 Etienne Pallier
73 11 Etienne Pallier
4		16 		Collect spectra : acquisition de spectre pendant les tirs
74 11 Etienne Pallier
75 11 Etienne Pallier
5		32 		BS
76 11 Etienne Pallier
77 11 Etienne Pallier
78 14 Etienne Pallier
=> 25 = 1+8+16 = tir avec laser
79 14 Etienne Pallier
=> 17 = 1+0+16 = tir sans laser (DARK)
80 11 Etienne Pallier
81 11 Etienne Pallier
Bits 0 et 1 pas utilisés !!! :
82 11 Etienne Pallier
Le mode (Bit0 ET Bit1 activés) ne fait pas des darks after et before satisfaisant donc on le fait séparément en faisant un spectre sans enable laser,
83 1 Etienne Pallier
ce qui génère tous ces spectres avec un controlWord =17 dans la liste.
84 11 Etienne Pallier
85 31 Etienne Pallier
h3. Fichier spectre
86 11 Etienne Pallier
87 11 Etienne Pallier
Suite d'intensités pour chaque canal (dans l'ordre 0, 1, 2, 3, ... 6444)
88 11 Etienne Pallier
A représenter sur axe 
89 11 Etienne Pallier
- X : channel number, assimilable à longueur d'onde : 0 à 6444
90 11 Etienne Pallier
- Y : intensité
91 11 Etienne Pallier
92 11 Etienne Pallier
Si fichier DARK, alors intensités (à peu près) constantes (toutes égales) :
93 14 Etienne Pallier
=> donne le bruit de fond de l'instrument, puisque on a zero lumière
94 1 Etienne Pallier
95 32 Etienne Pallier
h3. Stratégie de développement
96 13 Etienne Pallier
97 11 Etienne Pallier
Prendre le last stack only
98 11 Etienne Pallier
99 11 Etienne Pallier
Lire fichier *_spect.TXT et *_SOH.TXT associé (celui qui est juste avant, < 5mn avant)
100 11 Etienne Pallier
101 11 Etienne Pallier
1 fich/jour
102 11 Etienne Pallier
103 11 Etienne Pallier
Methods to write :
104 11 Etienne Pallier
105 11 Etienne Pallier
findSOH(liste des *SOH.TXT du jour, spect.TXT)
106 16 Etienne Pallier
=> convertit les noms SOH en timestamps, trouve le SOH qui est juste avant le spect.TXT (< 5mn avant)
107 11 Etienne Pallier
108 11 Etienne Pallier
findDARK(liste des *spect.TXT (dark), le spect.TXT pour lequel on veut le dark)
109 16 Etienne Pallier
=> retourne le fichier dark qui est juste après (<5mn) (mais, peut être before...)
110 16 Etienne Pallier
=> regarde un peu autour (avant et après)
111 11 Etienne Pallier
112 11 Etienne Pallier
findAutofocus(...)
113 16 Etienne Pallier
=> *_afocus.TXT (juste prendre son nom, pas son contenu), qui est AVANT
114 11 Etienne Pallier
115 15 Etienne Pallier
h3. EXEMPLE DE FICHIER RESULTAT (LOG) A OBTENIR (1 par jour)
116 11 Etienne Pallier
117 11 Etienne Pallier
data_Feb25_2014_5 
118 11 Etienne Pallier
firstfile = Feb25_161115_2014_spect.TXT
119 11 Etienne Pallier
lastfile = Feb25_162059_2014_spect.TXT
120 1 Etienne Pallier
121 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, 
122 1 Etienne Pallier
123 11 Etienne Pallier
// from *_SOH.TXT file :
124 15 Etienne Pallier
nbStacks					// Nb de stacks (indiqué par le nb occurences de "mast SOH" qui indique le début d'un nouveau stack) - Prendre seulement les HK du LAST stack
125 1 Etienne Pallier
temp_laser_min(degC), temp_laser_max(degC),	// prendre min et max des 4 HK_Temp_Laser_1-4
126 15 Etienne Pallier
temp_spect(C), 					// Spectrometer_Temp
127 15 Etienne Pallier
pm(cnts), 					// Motor_Position
128 11 Etienne Pallier
129 11 Etienne Pallier
// from *_spect.TXT file :
130 15 Etienne Pallier
dist(mm),					// distance to target distToTarget
131 15 Etienne Pallier
nshots, 					// (Nshots) ajouter ici "nshots_real" car le laser fait parfois plus de shots que prévu (erreur) (lire 1ère ligne pour savoir le nb de col)
132 15 Etienne Pallier
controlWord, 					// 25 = tir avec laser,  17 = tir sans laser (DARK)
133 15 Etienne Pallier
data_mean,					// moyenne des data \ nbshots reels (= intensité moyenne ?) (à lire from >>>>>Begin Processed Spectral Data<<<<<)
134 15 Etienne Pallier
dark_file, 					// remplacer par dark_file_before, dark_file_after (file name)
135 15 Etienne Pallier
mean_spect_value - dark				// (= data_mean - ???)
136 11 Etienne Pallier
137 11 Etienne Pallier
138 11 Etienne Pallier
// Liste des fichiers *_spect.TXT associés avec leurs paramètres HK (trouvés dans *_SOH.TXT) :
139 11 Etienne Pallier
140 11 Etienne Pallier
id, SPECT_file, SOH_file, nbStacks, temp_laser_min, temp_laser_max, temp_spect, pm, dist(mm), nshots, controlWord, data_mean, dark_file_before, dark_file_after, mean_spect_value - dark
141 11 Etienne Pallier
142 11 Etienne Pallier
  1 Feb25_161115_2014_spect.TXT 161055 nbStacks 4.25 5.44 30.15 5499 3000 10  25   677.39 161142 dark_file_after 50.28 
143 15 Etienne Pallier
  2 (D)Feb25_161142_2014_spect.TXT 161132 4.29 5.48 30.15 5499 3000 10  17   627.11 -        627.11 
144 11 Etienne Pallier
  3 Feb25_161243_2014_spect.TXT 161210 4.29 5.33 30.15 5444 2951 10  25   649.07 161307    19.72 
145 11 Etienne Pallier
  4 Feb25_161307_2014_spect.TXT 161257 4.25 5.55 30.15 5444 3000 10  17   629.35 -        629.35 
146 11 Etienne Pallier
  5 Feb25_161339_2014_spect.TXT 161329 4.25 5.59 30.15 5454 2959 10  25   674.78 161404    43.76 
147 1 Etienne Pallier
  6 Feb25_161404_2014_spect.TXT 161353 4.29 5.52 30.15 5454 3000 10  17   631.02 -        631.02 
148 1 Etienne Pallier
  7 Feb25_161435_2014_spect.TXT 161425 4.21 5.55 30.15 5463 2967 10  25   693.77 161500    60.76 
149 11 Etienne Pallier
  8 Feb25_161500_2014_spect.TXT 161450 4.33 5.59 30.15 5463 3000 10  17   633.01 -        633.01 
150 11 Etienne Pallier
  9 Feb25_161532_2014_spect.TXT 161521 4.29 5.59 30.15 5473 2975 10  25   703.08 161556    68.71 
151 11 Etienne Pallier
 10 Feb25_161556_2014_spect.TXT 161546 4.36 5.52 30.15 5473 3000 10  17   634.36 -        634.36 
152 11 Etienne Pallier
 11 Feb25_161646_2014_spect.TXT 161636 4.33 5.63 30.15 5482 2983 10  25   702.22 161711    67.98 
153 11 Etienne Pallier
 12 Feb25_161711_2014_spect.TXT 161701 4.33 5.59 30.15 5482 3000 10  17   634.24 -        634.24 
154 11 Etienne Pallier
 13 Feb25_161743_2014_spect.TXT 161733 4.36 5.55 30.15 5493 2992 10  25   695.08 161808    58.88 
155 11 Etienne Pallier
 14 Feb25_161808_2014_spect.TXT 161757 4.36 5.55 30.15 5493 3000 10  17   636.20 -        636.20 
156 11 Etienne Pallier
 15 Feb25_161840_2014_spect.TXT 161829 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  25   683.94 161905    46.74 
157 11 Etienne Pallier
 16 Feb25_161905_2014_spect.TXT 161854 4.40 5.59 30.15 5502 3000 10  17   637.20 -        637.20 
158 11 Etienne Pallier
 17 Feb25_161937_2014_spect.TXT 161926 4.40 5.59 30.15 5513 3009 10  25   675.67 162002    37.24 
159 11 Etienne Pallier
 18 Feb25_162002_2014_spect.TXT 161951 4.44 5.59 30.15 5513 3000 10  17   638.43 -        638.43 
160 11 Etienne Pallier
 19 Feb25_162034_2014_spect.TXT 162023 4.36 5.63 30.15 5522 3017 10  25   663.56 162059    24.10 
161 15 Etienne Pallier
 20 (D) Feb25_162059_2014_spect.TXT 162048 4.40 5.63 30.15 5522 3000 10  17   639.46 -        639.46
162 15 Etienne Pallier
163 46 Etienne Pallier
h3. CAS EXCEPTIONNELS à traiter (Exceptions)
164 43 Etienne Pallier
165 43 Etienne Pallier
 * NoDataFileFoundException : pas de fichier (ni Spectre ni SOH) dans le dossier DATA/
166 43 Etienne Pallier
167 43 Etienne Pallier
 * MalformedFileException : fichier (Spectre ou SOH) avec format incorrect
168 43 Etienne Pallier
169 43 Etienne Pallier
 * UnknownCaseException : Cas inconnu ; par exemple, controlWord ni 17 (DARK) ni 25 (PAS DARK) !!!
170 43 Etienne Pallier
171 47 Etienne Pallier
 * noSOHFileFoundForSpectraFileException : pas de fichier SOH (HK) trouvé pour un fichier Spectra (data)
172 47 Etienne Pallier
173 99 Etienne Pallier
h3. EVOLUTIONS DU PROJET suite à réunions du 29/4/15 et du 5/5/15
174 98 Etienne Pallier
175 99 Etienne Pallier
Réunion le 29/4/15 avec WR, AC, PM, et EP
176 98 Etienne Pallier
177 99 Etienne Pallier
Réunion le 5/5/15 avec OG, WR, AC, PM, et EP
178 98 Etienne Pallier
179 101 Etienne Pallier
*Objectif final* : Faire collaborer les 3 outils C-Spec-HK, C-GDL, et la prise de photos par la webcam du pc portable de la salle blanche
180 101 Etienne Pallier
181 100 Etienne Pallier
C-Spec-HK est déjà installé sur le pc-EGSE. Il faudra y ajouter C-GDL.
182 100 Etienne Pallier
Dans l'idéal, la communication avec la webcam nécessitera de mettre les 2 pc (PC-EGSE et le portable webcam) en réseau (soit sur le réseau global IRAP, soit sur un réseau privé salle blanche avec un hub ou switch ; sachant que pc-EGSE est déjà en réseau privé avec le BU-EGSE, il faudrait donc mettre ces 3 éléments sur un même réseau).
183 1 Etienne Pallier
En attendant, on pourrait se contenter d'un "mode dégradé", qui consisterait à copier manuellement (via clé ou disque usb) les photos de la webcam sur le pc-EGSE
184 98 Etienne Pallier
185 101 Etienne Pallier
*Adaptations nécessaires sur les logiciels (C-Spec-HK et C-GDL) :*
186 100 Etienne Pallier
187 102 Etienne Pallier
*1) C-GDL*
188 1 Etienne Pallier
189 102 Etienne Pallier
C-GDL réalise 1 contexte par cible
190 98 Etienne Pallier
191 102 Etienne Pallier
Lancer C-GDL au démarrage du pc
192 1 Etienne Pallier
193 102 Etienne Pallier
(OPT: Créer un contexte vide par défaut au démarrage, mais pas forcément nécessaire)
194 1 Etienne Pallier
195 102 Etienne Pallier
Cible LIBS only (enlever RMI et FOCUS)
196 1 Etienne Pallier
197 102 Etienne Pallier
Créer un fichier xml sur SAVE (contenant uniquement le contexte de la cible) :
198 102 Etienne Pallier
actuellement, ce fichier n'est pas créé séparément, il est ajouté à un fichier CgdlContextList.xml dans le répertoire du programme
199 102 Etienne Pallier
(trié par date puis par nom de cible)
200 102 Etienne Pallier
=> Ajouter un nouveau bouton "Save Context" (en plus du bouton "Save") qui crée un fichier séparé du contexte (xml)
201 1 Etienne Pallier
202 102 Etienne Pallier
Ajouter un bouton "RESET ALL" sur le premier onglet (Observation) qui remet TOUS les onglets à leurs valeurs par défaut
203 1 Etienne Pallier
204 102 Etienne Pallier
Dans l'idéal, plutôt que d'être codées en dur, les valeurs par défaut doivent être dans un fichier xml DEFAULT.xml (que l'on pourra ainsi faire évoluer dans le temps sans avoir à toucher au code)
205 1 Etienne Pallier
206 102 Etienne Pallier
Au démarrage : on part sur un nouveau contexte avec les valeurs par défaut standard
207 103 Etienne Pallier
Une fois le contexte créé, il reste actif pendant toute l'utilisation du logiciel,
208 103 Etienne Pallier
et ne change que si on change le nom de la cible.
209 1 Etienne Pallier
210 103 Etienne Pallier
Le fichier contexte ne contient que l'heure, il faudrait ajouter minutes et secondes.
211 103 Etienne Pallier
212 102 Etienne Pallier
VALEURS PAR DEFAUT des champs pour chaque onglet :
213 1 Etienne Pallier
214 1 Etienne Pallier
Observation :
215 1 Etienne Pallier
- type : LIBS
216 1 Etienne Pallier
217 1 Etienne Pallier
Target :
218 1 Etienne Pallier
- granulo : unknown
219 1 Etienne Pallier
- rough : unknown
220 1 Etienne Pallier
- size : 1-5 cm
221 1 Etienne Pallier
- albedo : remplacer 0 par unknown
222 1 Etienne Pallier
- origin : ajouter PELLET
223 1 Etienne Pallier
- composition : unknown
224 1 Etienne Pallier
225 1 Etienne Pallier
Env :
226 1 Etienne Pallier
- Mars
227 1 Etienne Pallier
- pressure : controlled
228 1 Etienne Pallier
229 1 Etienne Pallier
Hard :
230 1 Etienne Pallier
- Location : IRAP
231 1 Etienne Pallier
- body unit : + Chemcam EM 2013 (par défaut)
232 1 Etienne Pallier
- Ctrl/cde : LANL/GSE
233 1 Etienne Pallier
- Mast : CC EQM
234 98 Etienne Pallier
- Fiber : FM-like
235 98 Etienne Pallier
236 98 Etienne Pallier
Dist :
237 98 Etienne Pallier
- Obtained : autofocus
238 98 Etienne Pallier
239 98 Etienne Pallier
Misc :
240 98 Etienne Pallier
- temperature : désactiver
241 98 Etienne Pallier
- SOH : yes
242 98 Etienne Pallier
- more comments : 
243 102 Etienne Pallier
"Sample in Martian chamber
244 98 Etienne Pallier
With folding mirror
245 102 Etienne Pallier
Laser in cold chamber"
246 102 Etienne Pallier
- Laser freq : 3 Hz
247 102 Etienne Pallier
- Existing of laser : désactiver
248 98 Etienne Pallier
249 102 Etienne Pallier
END :
250 98 Etienne Pallier
bouton Save Context (rouge si pas encore fait, ou bien le nom du fichier en rouge ?)
251 98 Etienne Pallier
252 103 Etienne Pallier
Voir avec Agnès : Faut-il vraiment maintenir la fonctionnalité "ajouter des fichiers numériques au contexte" ?
253 98 Etienne Pallier
254 98 Etienne Pallier
255 102 Etienne Pallier
*2) C-Spec-HK*
256 102 Etienne Pallier
257 1 Etienne Pallier
DARK BEFORE/AFTER : priorité au DARK AFTER
258 1 Etienne Pallier
Le DARK BEFORE est très rare, il existerait seulement si il y a 2 DARK à la suite (le 2ème serait le DARK BEFORE du SPECTRE LIBS qui arrive ensuite)
259 103 Etienne Pallier
=> pour simplifier, on peut le supprimer (donc supprimer 2 colonnes dans le fichier LOG)
260 1 Etienne Pallier
261 103 Etienne Pallier
Passer le délai de la boucle du traitement quotidien à 2 secondes (au lieu de 60 actuellement)
262 1 Etienne Pallier
263 103 Etienne Pallier
Les 2 fichiers "LOG général" et "LOG du jour" doivent s’afficher automatiquement au démarrage
264 102 Etienne Pallier
265 103 Etienne Pallier
Le LOG général affiche l'état en cours d'exécution du script, pour savoir où on en est :
266 103 Etienne Pallier
- a) traitement global des fichiers, avec affichage des dossiers jours créés
267 103 Etienne Pallier
Ne pas afficher le contenu de /home/vx/EQM_DATA/
268 1 Etienne Pallier
(log files « created » in …)
269 102 Etienne Pallier
car ces dossiers ont été créés antérieurement
270 103 Etienne Pallier
N’afficher le contenu QUE du dossier qui vient d’être créé
271 103 Etienne Pallier
- b) traitement quotidien des fichiers du jour, avec affichage de : 
272 103 Etienne Pallier
  - numéro d'itération
273 103 Etienne Pallier
  - fichiers SPECTRE et SOH traités (+ leur nombre)
274 102 Etienne Pallier
275 103 Etienne Pallier
Le LOG quotidien affiche le contenu du fichier LOG du jour (qui se remplit au fur et à mesure)
276 102 Etienne Pallier
277 102 Etienne Pallier
Mettre les 4 champs de température laser
278 102 Etienne Pallier
279 103 Etienne Pallier
Formule pour distance à partir de pm (quelqu'un doit me la donner)
280 102 Etienne Pallier
(supprimer dist(mm))
281 102 Etienne Pallier
282 103 Etienne Pallier
Supprimer nshots
283 102 Etienne Pallier
284 102 Etienne Pallier
Créer un dossier avec pour nom datedujour+contexte-name/
285 102 Etienne Pallier
Si pas de contexte avec la date du jour (au démarrage), créer un dossier datedujour+NO-CONTEXT/
286 103 Etienne Pallier
Quand le contexte change (un nouveau fichier contexte a été créé via C-GDL), alors un nouveau dossier est créé
287 103 Etienne Pallier
*Problème : que va-t-il se passer si le contexte est créé A POSTERIORI, après avoir fait tous les tirs ???*
288 102 Etienne Pallier
289 103 Etienne Pallier
(Technique interne : Ne laisser que c-spec-hk-workflow à la racine du projet, le reste doit être dans un sous-dossier (contiendra c-spec-hk + tests))
290 98 Etienne Pallier
291 98 Etienne Pallier
292 98 Etienne Pallier
293 98 Etienne Pallier
294 98 Etienne Pallier
295 98 Etienne Pallier
296 98 Etienne Pallier
297 98 Etienne Pallier
298 98 Etienne Pallier
299 98 Etienne Pallier
300 98 Etienne Pallier
301 98 Etienne Pallier
302 98 Etienne Pallier
303 98 Etienne Pallier
304 98 Etienne Pallier
305 98 Etienne Pallier
306 98 Etienne Pallier
307 98 Etienne Pallier
308 98 Etienne Pallier
309 98 Etienne Pallier
310 98 Etienne Pallier
311 98 Etienne Pallier
312 98 Etienne Pallier
313 98 Etienne Pallier
314 98 Etienne Pallier
315 98 Etienne Pallier
316 98 Etienne Pallier
317 17 Etienne Pallier
318 11 Etienne Pallier
319 86 Etienne Pallier
---
320 4 Etienne Pallier
321 83 Etienne Pallier
h2. RECUPERATION DU PROJET
322 91 Etienne Pallier
323 83 Etienne Pallier
324 83 Etienne Pallier
*a) Directement, depuis svn*
325 83 Etienne Pallier
326 83 Etienne Pallier
svn co https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
327 83 Etienne Pallier
328 83 Etienne Pallier
Si on ne veut pas rester synchronisé avec le repository (juste une copie du projet au temps t, sans les fichiers de versionning .svn) : 
329 1 Etienne Pallier
330 90 Etienne Pallier
svn export https://usvn-chemcam.irap.omp.eu/repo/c-spec-hk/trunk c-spec-hk-svn
331 90 Etienne Pallier
332 91 Etienne Pallier
333 58 Etienne Pallier
334 1 Etienne Pallier
*b) Par téléchargement (100 Mo à cause des données)*
335 1 Etienne Pallier
336 1 Etienne Pallier
https://projects.irap.omp.eu/attachments/download/1237/c-spec-hk_1.1.tgz
337 86 Etienne Pallier
338 95 Etienne Pallier
h2. EXECUTION
339 92 Etienne Pallier
340 92 Etienne Pallier
h3. 1) PRÉREQUIS : Python 2.7
341 92 Etienne Pallier
342 92 Etienne Pallier
h4. Sur Mac (Machine de développement)
343 92 Etienne Pallier
344 92 Etienne Pallier
Avec Macport, pour que la version 2.7 soit bien la version par défaut quand on tape "python" :
345 92 Etienne Pallier
346 92 Etienne Pallier
sudo port select --set python python27
347 92 Etienne Pallier
348 92 Etienne Pallier
$ which python
349 92 Etienne Pallier
/opt/local/bin/python
350 92 Etienne Pallier
351 92 Etienne Pallier
$ python --version
352 92 Etienne Pallier
Python 2.7.9
353 92 Etienne Pallier
354 92 Etienne Pallier
Mettre à jour MacPort :
355 92 Etienne Pallier
sudo port -v selfupdate
356 92 Etienne Pallier
sudo port upgrade outdated
357 92 Etienne Pallier
358 92 Etienne Pallier
359 92 Etienne Pallier
h4. Sur CentOS 6.5 (serveur de production)
360 92 Etienne Pallier
361 92 Etienne Pallier
(fait le 19/3/15 sur le pc-EGSE Chemcam ; cf fiche wiki du pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour)
362 92 Etienne Pallier
363 92 Etienne Pallier
Par défaut, Cent0S 6.5 propose Python 2.6
364 92 Etienne Pallier
365 94 Etienne Pallier
(Voir l'installation de Python 2.7 faite sur le pc-EGSE Chemcam : http://planetowiki.irap.omp.eu/do/view/Computers/PcChemcam2Tour#Installation_de_Python_2_7)
366 86 Etienne Pallier
367 89 Etienne Pallier
h3. 2) EXECUTING TESTS
368 89 Etienne Pallier
369 86 Etienne Pallier
h4. Depuis Eclipse
370 86 Etienne Pallier
371 86 Etienne Pallier
Ouvrir la console adaptée : Window / Show View / PyUnit
372 86 Etienne Pallier
clic-droit sur test/c_spec_hk_TEST.py
373 86 Etienne Pallier
Run As / Python unit-test
374 89 Etienne Pallier
375 86 Etienne Pallier
376 89 Etienne Pallier
h4. En mode ligne de commande
377 86 Etienne Pallier
378 72 Etienne Pallier
h5. TESTS faits avec Python 2.7
379 72 Etienne Pallier
380 1 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
381 72 Etienne Pallier
382 73 Etienne Pallier
cd test/
383 1 Etienne Pallier
384 72 Etienne Pallier
$ py27 premiertest.py
385 1 Etienne Pallier
<pre>
386 72 Etienne Pallier
...
387 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
388 1 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
389 72 Etienne Pallier
390 72 Etienne Pallier
OK
391 73 Etienne Pallier
</pre>
392 72 Etienne Pallier
393 72 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk_TEST.py
394 72 Etienne Pallier
395 72 Etienne Pallier
<pre>
396 72 Etienne Pallier
...
397 1 Etienne Pallier
======================================================================
398 62 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
399 1 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 5.833s
400 1 Etienne Pallier
401 72 Etienne Pallier
OK
402 72 Etienne Pallier
</pre>
403 1 Etienne Pallier
404 62 Etienne Pallier
405 72 Etienne Pallier
406 72 Etienne Pallier
407 70 Etienne Pallier
*2) Tests de Performance (Benchmark)*
408 70 Etienne Pallier
409 62 Etienne Pallier
Depuis la racine du projet :
410 62 Etienne Pallier
411 62 Etienne Pallier
<pre>
412 62 Etienne Pallier
$ py27 c_spec_hk.py -t
413 62 Etienne Pallier
...Executing main program...
414 62 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
415 62 Etienne Pallier
416 62 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
417 62 Etienne Pallier
418 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
419 62 Etienne Pallier
0.000790863037109
420 62 Etienne Pallier
421 62 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
422 62 Etienne Pallier
0.000117941689491
423 62 Etienne Pallier
424 62 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
425 62 Etienne Pallier
0.0429699897766
426 62 Etienne Pallier
427 62 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
428 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
429 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
430 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
431 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
432 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
433 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
434 62 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
435 62 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
436 62 Etienne Pallier
total 56
437 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20110223
438 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2011_0223_logs.csv
439 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20130223
440 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2013_0223_logs.csv
441 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140123
442 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0123_logs.csv
443 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140223
444 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2014_0223_logs.csv
445 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140225
446 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  16:39 2014_0225_logs.csv
447 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20140226
448 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  16:39 2014_0226_logs.csv
449 62 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 2 vx vx 4096 19 mars  16:39 20150223
450 62 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  16:39 2015_0223_logs.csv
451 62 Etienne Pallier
452 62 Etienne Pallier
1.91459012032
453 1 Etienne Pallier
Average time per day : 0.273513
454 1 Etienne Pallier
455 1 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
456 62 Etienne Pallier
457 1 Etienne Pallier
</pre>
458 86 Etienne Pallier
459 89 Etienne Pallier
460 86 Etienne Pallier
461 72 Etienne Pallier
h5. TESTS faits avec Python 2.6
462 1 Etienne Pallier
463 72 Etienne Pallier
C'est encore possible de faire tourner le logiciel en Python 2.6 dans la version 1.1.x, mais ça ne sera plus garanti dans l'avenir (à partir de la version 1.2.x)
464 1 Etienne Pallier
465 72 Etienne Pallier
*1) Tests Unitaires et Fonctionnels*
466 1 Etienne Pallier
467 72 Etienne Pallier
cd test/
468 72 Etienne Pallier
469 72 Etienne Pallier
$ python premiertest.py
470 72 Etienne Pallier
<pre>
471 72 Etienne Pallier
...
472 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
473 72 Etienne Pallier
Ran 3 tests in 0.000s
474 72 Etienne Pallier
475 72 Etienne Pallier
OK
476 72 Etienne Pallier
</pre>
477 72 Etienne Pallier
478 72 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk_TEST.py
479 72 Etienne Pallier
480 72 Etienne Pallier
<pre>
481 72 Etienne Pallier
...
482 72 Etienne Pallier
======================================================================
483 72 Etienne Pallier
----------------------------------------------------------------------
484 72 Etienne Pallier
Ran 14 tests in 6.742s
485 72 Etienne Pallier
486 72 Etienne Pallier
OK
487 72 Etienne Pallier
</pre>
488 72 Etienne Pallier
489 72 Etienne Pallier
---
490 72 Etienne Pallier
491 72 Etienne Pallier
492 72 Etienne Pallier
*2) Tests de Performance (Benchmark)*
493 72 Etienne Pallier
494 58 Etienne Pallier
Depuis la racine du projet 
495 58 Etienne Pallier
496 58 Etienne Pallier
$ ./c_spec_hk.py -t
497 58 Etienne Pallier
<pre>
498 58 Etienne Pallier
...Executing main program...
499 58 Etienne Pallier
Testing execution time of several methods
500 58 Etienne Pallier
501 58 Etienne Pallier
All times are in SECONDS
502 58 Etienne Pallier
503 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called from a function time_extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered() (takes about 0.0008" on a MacBookPro 11.1) :
504 58 Etienne Pallier
0.00105306601524
505 58 Etienne Pallier
506 58 Etienne Pallier
Testing _extractSpectraFileNamesIndexedAndOrdered(dataFileNames) method called directly (takes about 0.00012" on a MacBookPro 11.1) :
507 58 Etienne Pallier
0.000152537894249
508 58 Etienne Pallier
509 58 Etienne Pallier
Testing getLogInfosForDay(day,spectraFilesForTheDay) method called directly (takes about 0.06" on a MacBookPro 11.1) :
510 58 Etienne Pallier
0.0518409013748
511 58 Etienne Pallier
512 58 Etienne Pallier
Testing main method createAllLogFiles(True) called directly (takes about 2.8" on a MacBookPro 11.1) :
513 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20110223
514 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20130223
515 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140123
516 1 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140223
517 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140225
518 59 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20140226
519 58 Etienne Pallier
test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/20150223
520 58 Etienne Pallier
Log files created in test/DATASET/UC0_NOMINAL/LOGS/ :
521 58 Etienne Pallier
total 56
522 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20110223
523 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2011_0223_logs.csv
524 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20130223
525 58 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2013_0223_logs.csv
526 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140123
527 1 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0123_logs.csv
528 58 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140223
529 80 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2014_0223_logs.csv
530 21 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140225
531 25 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx 2849 19 mars  14:01 2014_0225_logs.csv
532 1 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20140226
533 22 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  474 19 mars  14:01 2014_0226_logs.csv
534 22 Etienne Pallier
drwxrwxr-x 3 vx vx 4096 19 mars  14:01 20150223
535 21 Etienne Pallier
-rw-rw-r-- 1 vx vx  471 19 mars  14:01 2015_0223_logs.csv
536 21 Etienne Pallier
537 77 Etienne Pallier
2.33647012711
538 21 Etienne Pallier
Average time per day : 0.333781
539 21 Etienne Pallier
540 1 Etienne Pallier
*** finished TIMING ***
541 96 Etienne Pallier
</pre>
542 21 Etienne Pallier
543 97 Etienne Pallier
h3. 3) EXECUTING MAIN SCRIPT 
544 1 Etienne Pallier
545 88 Etienne Pallier
h4. Depuis Eclipse
546 88 Etienne Pallier
547 21 Etienne Pallier
clic-droit sur c_spec_hk.py
548 97 Etienne Pallier
Run As / Python Run
549 21 Etienne Pallier
550 21 Etienne Pallier
h4. In Command line mode
551 1 Etienne Pallier
552 80 Etienne Pallier
	a) Pour voir l'aide :
553 81 Etienne Pallier
554 80 Etienne Pallier
$ python c_spec_hk.py -h
555 1 Etienne Pallier
556 80 Etienne Pallier
...Executing main program...
557 1 Etienne Pallier
558 81 Etienne Pallier
Usage:
559 1 Etienne Pallier
560 81 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py [-i <inputDataDir>] [-o <outputLogDir>]
561 1 Etienne Pallier
OR
562 81 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py [--inputDir=<inputDataDir>] [--outputDir=<outputLogDir>]
563 1 Etienne Pallier
564 80 Etienne Pallier
Ex: python27 c_spec_hk.py-i './DATA' -o './LOGS'
565 80 Etienne Pallier
566 80 Etienne Pallier
All options available are (none is mandatory) :
567 80 Etienne Pallier
-d : activate DEBUG mode
568 80 Etienne Pallier
-h : print this HELP message
569 80 Etienne Pallier
-n : do NOT create sub-directories (like YYYYMMDD) for each day
570 80 Etienne Pallier
-t : test execution TIME of several methods
571 1 Etienne Pallier
-v : print current VERSION number
572 21 Etienne Pallier
-i <inputDataDir> or --input=<inputDataDir> : set INPUT directory from where DATA files are READ (default is "DATA")
573 1 Etienne Pallier
-o <outputDataDir> or --output=<outputLogDir> : set OUTPUT directory where LOG files are WRITTEN to (default is "LOGS")
574 81 Etienne Pallier
575 80 Etienne Pallier
576 23 Etienne Pallier
577 81 Etienne Pallier
	b) Speed testing (benchmark)
578 21 Etienne Pallier
579 21 Etienne Pallier
cf https://projects.irap.omp.eu/projects/cspechkanalyser/wiki/Wiki#TESTS-faits-avec-Python-27 (section "Tests de performance")
580 21 Etienne Pallier
581 21 Etienne Pallier
582 82 Etienne Pallier
	c) Pour faire un test avec les données d'échantillon fournies :
583 1 Etienne Pallier
584 82 Etienne Pallier
python27 c_spec_hk.py -i test/DATASET/UC0_NOMINAL/DATA -o /tmp/LOGS
585 82 Etienne Pallier
586 21 Etienne Pallier
(il faudra d'abord créer le dossier LOGS/ dans /tmp)
587 21 Etienne Pallier
588 82 Etienne Pallier
Exemple d'affichage attendu :
589 21 Etienne Pallier
590 82 Etienne Pallier
...Executing main program...
591 82 Etienne Pallier
592 21 Etienne Pallier
inputDataDir is "test/DATASET/UC0_NOMINAL/DATA"
593 82 Etienne Pallier
ouputLogDir is "/tmp/LOGS"
594 82 Etienne Pallier
595 21 Etienne Pallier
The DATA DIR (input) contains 126 files (total)
596 82 Etienne Pallier
The DATA DIR (input) contains 26 SPECTRA text files
597 82 Etienne Pallier
598 21 Etienne Pallier
Log files created in /tmp/LOGS/ :
599 21 Etienne Pallier
['20110223', '20130223', '20140123', '20140223', '20140225', '20140226', '20150223']
600 36 Etienne Pallier
601 54 Etienne Pallier
602 36 Etienne Pallier
---
603 52 Etienne Pallier
604 50 Etienne Pallier
h2. DAILY WORKFLOW
605 52 Etienne Pallier
606 1 Etienne Pallier
h3. 1) Voici la structure de fichiers réalisée sur le pc-EGSE :
607 52 Etienne Pallier
608 52 Etienne Pallier
Les nouveaux fichiers de données produits lors des tirs de Chemcam sont automatiquement placés dans /home/vx/data/ (au fur et à mesure des tirs)
609 1 Etienne Pallier
610 1 Etienne Pallier
Ils sont ensuite déplacés dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ lorsqu'ils ont été traités
611 52 Etienne Pallier
612 37 Etienne Pallier
Les fichiers de LOG (relation spectre => HK) créés sont placés directment dans /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
613 53 Etienne Pallier
614 50 Etienne Pallier
<pre>
615 50 Etienne Pallier
616 50 Etienne Pallier
- /home/vx/data/ : données d'origine restant à traiter (spectres et HK), provenant directement de la manip
617 50 Etienne Pallier
618 36 Etienne Pallier
- /home/vx/EQM_DATA/ : données traitées (spectres, HK, et fichiers logs produits)
619 36 Etienne Pallier
    - AAAAMMJJ/ : un dossier par jour
620 40 Etienne Pallier
        - les fichiers logs produits (CSV)
621 40 Etienne Pallier
        - DATA/ : les données d'origine (spectres et HK)
622 48 Etienne Pallier
623 1 Etienne Pallier
</pre>
624 51 Etienne Pallier
625 48 Etienne Pallier
h3. 2) WORKFLOW
626 57 Etienne Pallier
627 55 Etienne Pallier
Ce workflow devrait normalement fonctionner dans tous les cas de figure (démarrage n'importe quand, en début de journée ou en cours de journée, ou même reprise après un crash brutal...)
628 1 Etienne Pallier
629 39 Etienne Pallier
Démarrage automatique du workflow à partir du Démarrage du pc-EGSE
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1) Faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents dans le dossier /home/vx/data/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
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Les fichiers LOGS produits sont placés automatiquement dans le dossier correspondant à leur jour /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
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(AAAA année en 4 chiffres, MM mois en deux chiffres et JJ jour du mois en deux chiffres)
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2) Déplacer TOUS les fichiers de /home/vx/data/ dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ (SAUF les fichiers du jour J, s'il y en a...)
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3) (Every 5 seconds) : pour les fichiers du jour J
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S'il existe au moins un fichier dans /home/vx/data/, faire tourner le traitement sur TOUS les fichiers présents 
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LE FICHIER LOG produit (un seul pour le jour J) est placé automatiquement dans le dossier correspondant à son jour (J) /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/
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Attention : on ne déplace pas les fichiers dans leur dossier correspondant /home/vx/EQM_DATA/AAAAMMJJ/DATA/ ; cela sera fait au prochain démarrage du workflow) ; cela permet d'avoir un fichier LOG qui se complète au fur et à mesure de la journée
641 1 Etienne Pallier
Il faudrait quand meme les COPIER (cp) (mais pas les DEPLACER (mv))
642 1 Etienne Pallier
OPTIMISATION : Exécution SSI le nb de fichiers du repertoire DATA/ a changé (tenir à jour un fichier contenant le nb de files)
643 1 Etienne Pallier
644 1 Etienne Pallier
Fin du workflow à l'extinction du pc-EGSE